청구인은 OO특별시 관악구 OO동 OOOOO소재 대지 1,759㎡, 지하1층 지상4층건물3,734.91㎡(이하“쟁점부동산”이라 하고, 건물을“쟁점건물”이라 한다)을 1988.11.28.취득하여 부동산 임대업을 영위하여 오다가 2000.2.17. 쟁점건물의 3·4층을 임차하고 있던 청구외 OOOO교회에 양도하고 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

처분청은 OO지방국세청의 감사시 쟁점건물의 양도는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호에서 규정하고 있는 사업의 양도에 해당되지 아니하므로 부가가치세를 과세하여야 한다는 감사지적에 따라 2001.5.19.부가가치세 94,953,500원을 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2001.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 쟁점부동산을 취득하여 양도할 때까지 쟁점부동산 전체를 부동산 임대에 사용하였고, 취득자인 청구외 OOOO교회도 교회자체에서 사용하고 있는 부분을 제외한 모든 부분을 부동산 임대사업에 공하고 있어 사업의 동질성을 유지하고 있고, 청구인이 일반과세자로 부동산 임대업을 영위하였고 취득자인 OOOO교회도 취득과 동시에 일반과세자로 사업자등록을 하여 동일한 과세유형으로 사업자등록을 하였으며, 청구인이 임대하던 임대조건 및 임대현황을 취득자인 OOOO교회가 승계하여 부동산임대업을 영위하고 있으며, 취득자인 OOOO교회는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리법인으로서 고유목적행위는 과세사업이 아니므로 수익사업에 대해서만 사업의 양도여부를 판단하여야 하다.

따라서 취득자인 OOOO교회가 사용하고 있는 부분을 제외한 나머지 부분은 사업의 양도로 보아 경정결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산은 양도당시 양수자인 청구외 OOOO교회가 3층 및 4층을 임차하여 교회로 사용하고 있었고, 양수 후에도 계속하여 자기의 고유목적사업에 사용하고 있음이 청구인의 주장과 증빙서류에 의해 확인되고 있는바 청구인은 쟁점건물의 지층부터 4층까지 전부를 임대에 공 하였던 반면, 양수자인 OOOO교회는 양수당시부터 3층 및 4층을 고유목적사업에 사용하고 있었으므로 양도부동산 전부를 임대사업에 사용한 청구인이 사업의 동질성을 유지하면서 포괄적으로 양도하였다고 볼 수 없다.

따라서 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보지 아니하는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호의 사업의 양도에 해당하지 아니하는 것으로 보아 건물부분에 대하여 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물의 양도가 부가가치세법시행령 제17조제2항의 포괄적인 양도에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2000.12.29.법률제6305호로 개정되기 전의 것)

제6조 【재화의 공급】

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. (1999. 12. 28 개정)

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (1999. 12. 28 개정)

(2) 부가가치세법시행령(2000.12.29.대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)

제17조 【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무에는 다음각호의 것은 포함되지 아니한다.. (1999.12.31.개정)

1. 미수금에 관한 것 (1998. 12. 31 개정)

2. 미지급금에 관한 것 (1998. 12. 31 개정)

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것 (1998. 12. 31 개정)

③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 대통령령이 정하는 경우 라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다. (1999. 12. 31 개정)

다. 사실관계 및 판단

청구인은 쟁점부동산을 취득한 청구외 OOOO교회가 청구인이 임대하던 임차인 및 임대조건을 승계하여 계속 임대업을 영위하고 있고 청구인과 동일한 과세유형인 일반과세자로 사업자등록을 하여 사업의 동질성이 유지되므로 사업의 포괄적인 양도에 해당되어 재화의 공급이 아니므로 부가가치세 과세처분을 취소하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구인은 쟁점부동산을 2000.2.17. 청구외 OOOO교회에 양도하고 사업의 포괄적인 양도로 보아 쟁점건물의 양도에 대하여 부가가치세를 신고하지 아니한 사실과 처분청은 쟁점건물중 3·4층은 취득자인 OOOO교회가 사용하고 있어 사업의 동질성이 유지되지 아니한다는 이유로 부가가치세를 과세한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타나 있다.

(2) 청구인이 쟁점건물의 양도가 포괄적인 양도라고 주장하면서 청구외 OOOO교회와 계약한 부동산 매매계약서를 보면 2000.1.18. 매매대금 4,850,000,000원에 임차인과 임대보증금(3,126,000,000원)·월임대료(8,400,000원) 및 쟁점부동산을 담보로 대출 받은 부채 1,412,522,610원을 매수인이 승계하기로 계약되어 있고 쟁점건물의 임대현황에 매수인인 OOOO교회가 3·4층을 보증금 600,000,000원에 임차한 사실이 나타나 있다.

(3) 쟁점부동산을 취득한 청구외 OOOO교회가 양수전부터 교회로 사용했던 3·4층을 양수후에도 계속 사용하고 있는 사실, 쟁점건물의 나머지 부분에 대한 임대사실 및 일반사업자로 사업자등록을 한 사실에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(4) 위 사실관계에 나타난 바와 같이 청구인이 쟁점부동산을 양도하기 이전에는 쟁점건물 전체를 임대사업에 공하였으나 쟁점부동산을 양수한 OOOO교회는 쟁점부동산을 양수하기 이전부터 임차하여 사용하고 있던 3·4층을 제외한 나머지 부분만 임대에 공하고 있어 이는 양도·양수전후의 임대사업의 동질성이 유지되었다고 볼 수 없으므로 쟁점건물의 양도를 전시 부가가치세법 제6조 제6항 제2호와 같은법시행령 제17조 제2항에서 규정한 사업의 포괄양도라고 할 수는 없다고 인정된다.(국심1996서3995, 1997.7.30.같은 뜻)

따라서 쟁점건물의 양도를 사업의 포괄적 양도가 아닌 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.