가. 청구인은 OOO. 상속으로 취득한 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO 주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에게 양도하고 OOO. 양도가액을 OOO, 취득가액을 OOO, 필요경비를 OOO으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 OOO까지 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 조사한 결과, 청구인이 필요경비로 신고한 아래 ＜표1＞의 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 지출 여부가 확인되지 아니한다는 이유 등으로 이를 부인하여 OOO. 청구인에게 OOO 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점금액은 다음과 같은 이유로 필요경비로 인정하여야 한다.

(가) (기계장치 등) 「소득세법」제94조 제1항 제1호에서 양도소득은 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득이라고 규정하면서, 여기서 건물에는 부속된 시설물과 구축물을 포함한다고 규정되어 있는바, 쟁점부동산은 청구인이OOO라는 상호로 고무제품 제조업을 영위하면서 사용한 사업용자산이고, 양도 당시 재무상태표에는 기계장치 OOO, 공구와기구 OOO, 비품 OOO, 시설장치 OOO이 장부가액(취득가액-감가상각누계액)으로 계상되어 있으므로 「국세기본법」상 실질과세의 원칙, 근거과세의 원칙 등에 근거하여 양도 당시 기계장치 등의 잔액 OOO을 필요경비로 인정하여야 한다.

(나) (소각로․기름탱크 설치비용) 청구인은 OOO 동안 쟁점부동산에서 고무제품 제조업을 영위하였는바, 고무제품 생산과정에서 배출되는 유해물질이 사외로 반출되는 것을 방지하기 위해 이를 소각․처리하는 소각로를 설치하게 되었고, 이를 설치하지 아니하면 행정기관에서 생산을 중단시키므로 고무제품 제조업체에서 소각로는 필수적인 시설이다.

또한, 개업 초기에는 제품 생산량이 적어 유류를 사용할 때, 운반한 드럼통에 담아 지상에 두고 이용하였으나, 이후 제품 생산량과 유류 사용량이 증가하자 화재위험이 높아져 소방행정기관에서 유류탱크를 제작하여 지하에 매설하도록 행정명령을 하였고, 청구인은 이에 따라 유류탱크를 제작하여 지하에 매설하였는바, 이 시설 또한 고무제품 제조업종에서는 필수적인 시설이다.

쟁점부동산에서 OOO 고무제품을 생산․제조한 사실 등을 고려하면, 소각로 및 탱크시설의 존재를 부인할 수 없고, 「국세기본법」제85조의3 제2항에서 납세자의 장부 및 증거서류의 보관기간이 OOO이라고 규정되어 있음에도 보관기간이 경과된 증빙서류가 없다는 이유만으로 소각로 설치비용 OOO원, 기름탱크 설치비용 OOO원을 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(다) (외국인근로자 숙소 설치비용) 열악한 노동여건상 영세기업은 외국인근로자 고용이 불가피하고, 외국인근로자 고용업체에서는 이들을 위한 숙소가 당연히 필요하며, 기숙사를 설치한 사실이 청구인이 제시한 항공사진에서 확인됨에도 동 사진을 판독전문기관에 의뢰하여 기숙사 존부의 진위여부를 확인하지 아니하고 증빙이 부족하다는 이유로 필요경비를 부인한 처분은 위법하므로 설치비용 OOO을 필요경비로 인정하여야 한다.

(라) (객토작업비용) 저지대에 위치한 쟁점부동산의 공장마당을 높이기 위해 객토작업비 OOO이 소요되었으므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다.

(마) (상속 관련 비용) 「민법」제112조에 의하면 상속재산을 단독으로 취득할 경우 법정지분의 2분의 1을 타 상속인에게 유류분으로 지급하여야 하는바, 청구인은 쟁점부동산을 상속을 원인으로 취득하며 다른 상속인에게 합의 목적으로 OOO원을 지급한 사실이 있으므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다.

(2) 과세관청은 쟁점부동산 양도시점으로부터OOO이 지나서야 세무조사에 착수하였고, 조사과정에서도 재량권을 남용하는 무리한 조사로 필요경비를 부인하고 이 건 처분을 하였는바, 이 건 처분시 가산된 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 합계 OOO은 필요경비 부인으로 납부할 세액OOO를 넘을 정도로 과도하므로 동 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점금액은 다음과 같은 이유로 필요경비로 인정하기 어렵다.

(가) (기계장치 등) 청구인은 쟁점부동산 양도 당시 기계장치 등의 장부가액(취득가액-감가상각누계액)을 필요경비로 인정하여 달라고 주장하나, 양도계약서상 양도자산은 토지, 건물만 명시되어 있고, 양수인도 기계장치 비용을 취득자산으로 계상하지 아니하고 취득가액 OOO을 모두 공사용지로 계상하였는바, 동 기계장치는 「소득세법」제94조의 양도소득의 과세대상자산에 해당하지 아니하므로 이와 관련된 지출 또한 필요경비로 인정하기 어렵다.

(나) (소각로․기름탱크 및 외국인근로자 숙소 설치비용, 객토작업비용) 청구인이 제시한 확인서를 작성한 OOO은 국세청 전산자료에서 공사업을 영위한 이력이 없는 것으로 확인되고, 청구인에게 객관적 증빙을 수차례 요청하였으나, 공사실시 업체가 아닌 주식회사 OOO의 공사완료보고서만 제출하는 등 공사여부를 확인할 수 있는 객관적인 증빙서류가 제시되지 아니하였으므로 관련 비용을 필요경비로 인정하기 어렵다.

(다) (상속 관련 비용) 청구인은 쟁점부동산을 단독으로 상속받으며 다른 상속인인 OOO에게 유류분에 해당하는 OOO을 지급하였다고 주장하나, 이는 「소득세법 시행령」제163조 제1항 제2호에서 “취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용․화해비용 등의 금액”에 해당하지 아니하므로 필요경비로 인정하기 어렵다.

(2) 과세관청의 세무조사 착수가 지연되었다는 사정은 「국세기본법」제48조에서 규정한 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려우므로 당초 가산세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점금액을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

② 가산세 부과처분이 과도하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것)

제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다(각 호 생략).

제85조의3[장부 등의 비치와 보존] ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제1항 제5호에 해당하는 경우에는 같은 호에 규정한 날까지 보존하여야 한다.

(2) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것)

제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제160조[장부의 비치·기록] ① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다.

(3) 소득세법 시행령(2012.6.29. 대통령령 제23887호로 개정된 것)

제163조[양도자산의 필요경비] ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 과세자료 등을 보면, 청구인은 OOO. 협의분할로 인한 재산상속을 원인으로 쟁점부동산을 취득하고 OOO 양수법인에게 소유권을 이전하였으며, OOO양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 OOO부터 OOO까지 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 조사한 결과, 청구인이 신고한 필요경비 중 쟁점금액을 부인하고 OOO 청구인에게 이 건 처분을 하였다.

(2) 국세청 전산자료 등에 의하면, 청구인은 OOO까지 쟁점부동산에서 OOO 상호로 고무제품 제조업을 영위하고, OOO이라는 상호로 지함(종이상자) 제조업을 영위하고 있는 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 OOO 양수법인과 체결한 매매계약서에 의하면, 청구인은 양수법인에게 쟁점부동산(건물, 토지)을 OOO에 양도하기로 하고, 특약사항으로 매매대금 중 건물분 가액은 OOO으로 한다고 되어 있으며, 시설장치 등과 관련된 별도의 협의내용은 확인되지 아니한다.

(4) 쟁점부동산을 청구인으로부터 양수한 양수법인의 표준대차대조표에 의하면, 건설용지는 OOO으로 계상되어 있다.

(5) 청구인이 제시한 재무상태표OOO에 의하면, 기계장치 등의 장부가액은 아래 ＜표2＞와 같이 계상되어 있다.

(6) 청구인이 외국인근로자 숙소 등을 건축하였다는 증빙으로 제시한 확인서OOO 옥상창고, 외국인근로자 숙소, 소각로 및 기름탱크 제작 등의 공사를 하였고, 공사금액은 합계OOO쟁점부동산 항공사진 등을 제시하였으나, 국세청 전산자료에서 동 확인서를 작성한 OOO의 사업이력이 확인되지 아니하고, 공사비 지급여부를 확인할 수 있는 금융증빙도 제시되지 아니하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 기계장치 등이 쟁점부동산의 건물에 부속된 시설물임을 전제로 하여 동 설비의 장부가액을 양도가액에서 필요경비로 공제하고, 소각로․기름탱크 등의 설치비용과 상속협의에 따른 비용 등을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 뿐만 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 그의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청이 입증하기 곤란한 경우가 있으므로, 그 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자가 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 그 책임을 돌려야 할 것(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결, 같은 뜻임)인바, 시설장치 등의 취득을 입증할 수 있는 증빙이나 동 장부가액이 쟁점부동산의 양도대가에 포함되어 있음을 인정할 만한 구체적이고 객관적인 근거가 부족하고, 건물에 부속되지 않은 시설장치 등을 양도한 소득은 「소득세법」 제94조에서 정하고 있는 양도소득으로 보기 어려우며, 금융증빙에 따라 기름탱크 공사대금이나 협의비용 등을 지급한 사실이 객관적으로 확인되지 아니하는 상황에서 사인 간에 작성한 확인서만을 토대로 지급사실을 인정하기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(8) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제48조에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유 등이 있는 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정되어 있는바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것(대법원 2005.11.25. 선고 2004두930 판결, 같은 뜻임)이나, 납부불성실가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있으므로 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 납부하도록 하는 의미도 있고, 이 건 양도소득세의 부과제척기간이 만료되기 전까지는 과세가 가능한 처분청이 양도소득세 신고 이후 곧바로 경정‧고지하지 아니하였다 하여 청구인에게 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 납부불성실가산세 등을 부과한 처분이 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2011부3157, 2011.11.21. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.