청구법인은 레미콘, 골재, 각종 콘크리트제품을 제조·판매하는 법인으로, 1992～1996사업연도까지 계속하여 결손금이 발생하다가 1997사업연도에 처음으로 각사업연도 소득이 발생하여 1997사업연도 법인세 과세표준 신고시 이월결손금을 각사업연도 소득금액에서 공제하면서 1992사업연도에 발생한 이월결손금 OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)을 공제누락하였다.

청구법인은 그 이후 처분청의 서면분석에 따른 법인세 과세표준 수정신고시에도 쟁점이월결손금을 수정하여 공제하지 아니하였고, 세무조사에 따른 법인세 처분시에도 쟁점이월결손금에 대한 불복을 하지 아니하였다가, 2003.3.10 처분청이 1999～2001사업연도분에 대한 서면분석에서 나타난 문제점에 대하여 청구법인에게 법인세 과세표준 수정신고안내통지를 하자, 2003.6.16 청구법인은 1998～2002사업연분 법인세 과세표준 수정신고를 하면서 쟁점이월결손금을 1997사업연도 소득금액에서 공제하고 그 이후 사업연도 소득금액에서도 조정하여 신고하였다.

처분청은 청구법인이 1997사업연도부터 공제·조정하여 신고한 쟁점이월결손금을 1997사업연도는 부과제척기간이 경과하였음을 이유로 각사업연도 법인세 과세표준 계산시 공제부인하여, 2003.8.18 청구법인에게 1999사업연도분 법인세 OOO,OOO,OOO원, 2001사업연도분 법인세 OO,OOO,OOO원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.11.5 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 1997사업연도 법인세 과세표준을 신고하면서 각사업연도 소득금액에서 이월결손금 공제시 먼저 발생한 1992사업연도 쟁점이월결손금을 공제하였어야 하나 착오로 1993사업연도에 발생한 이월결손금부터 순차적으로 공제하여 신고하였고, 그 후 사업연도에서도 쟁점이월결손금을 공제하지 아니하였으며, 처분청이 1999년의 1997사업연도분 서면분석 및 2000년의 1998사업연도분 법인세 세무조사에서 각사업연도 소득금액 및 이월결손금을 조정하였는 바, 1997사업연도 법인세 과세표준 신고시 납세자가 쟁점이월결손금을 잘못 공제하여 신고하였다 하더라도 처분청에서 1992사업연도에서 발생한 쟁점이월결손금부터 순차적으로 공제하여 결정하였어야 하나 청구법인이 당초 신고한 내용대로 결정하여 처분청의 잘못이 있고, 청구법인이 처분청의 법인세 과세표준 수정신고안내에 따라 1998～2002사업연도분에 대하여 수정신고를 하면서 쟁점이월결손금을 1997사업연도부터 순차적으로 공제하였으므로 처분청이 쟁점이월결손금을 공제하지 아니한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

법인세법시행령 제10조에 의하여 각사업연도 과세표준 계산시 공제되는 이월결손금은 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차적으로 공제하는 것으로, 청구법인은 1997사업연도 법인세 과세표준 신고시 공제누락한 1992사업연도에 발생한 쟁점이월결손금을 관련 사업연도 과세표준을 수정신고하거나 과세관청의 결정처분 없이 1997사업연도의 과세표준에서 임의로 수정하여 공제하였고, 청구법인이 각사업연도 법인세 과세표준 계산시 공제하지 못한 쟁점이월결손금을 공제하기 위해서는 동 이월결손금 공제대상인 1997사업연도의 과세표준을 경정하여야 하나, 국세기본법 제26조 2의 규정에 의해 1997사업연도분은 법인세 부과제척기간이 만료되어 처분청에서 1997사업연도의 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 경정도 할 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1992사업연도에 발생하여 공제가능한 쟁점이월결손금을 부과제척기간이 만료된 1997사업연도의 과세표준에서 공제하여 그 이후 각 사업연도 과세표준 계산시 이월결손금 조정을 할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

같은법 시행령 제10조 【결손금공제】① 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다.

같은법 제14조 【각 사업연도소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

(2) 국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1997사업연도 이후 법인세 과세표준 신고시 쟁점이월결손금을 공제하여 신고하여야 했으나, 동 금액을 공제하지 아니하고 아래와 같이 1993년 발생분부터 순차적으로 공제하여 신고하였다.

(OO O OOO)

(2) 처분청이 2000.3.6 1996～1998사업연도분에 대한 서면분석결과 나타난 문제점에 대하여 청구법인에게 법인세 과세표준 수정신고를 안내하자, 청구법인은 2000.3.28 동 문제점에 대하여 1996～1998사업연도분 법인세 과세표준을 수정신고하면서도 쟁점이월결손금에 대하여 수정하지 아니하였으며, 처분청은 2001.2.13 1995～1999사업연도분에 대한 법인세 조사에서 적출사항에 대하여 경정고지하면서도 쟁점이월결손금에 대하여는 수정하지 아니하였으며, 청구법인 또한 동 처분에 대하여 쟁점이월결손금을 공제하여 달라는 불복도 하지 아니하였다.

(3) 처분청이 2003.3.10 1999～2001사업연도분에 대한 서면분석결과 나타난 문제점에 대하여 청구법인에게 법인세 과세표준 수정신고를 안내하자, 청구법인은 2003.6.16 처분청이 안내한 내용에 대하여 는 이의없이 수정신고를 하면서 쟁점이월결손금을 아래와 같이 1997사업연도부터 순차적으로 공제하여 수정신고(경정청구)하면서 OOO,OOO,OOO원(1998년 OO,OOO,OOO원, 1999년 OO,OOO,OOO원, 2001년 OOO,OOO원, 2002년 O,OOO,OOO원)의 환급을 요청하였다.

(OO O OOO)

(4) 처분청은 2003.8.18 청구법인이 1997사업연도부터 순차적으로 공제한 쟁점이월결손금을 1997사업연도분에 대한 법인세 부과제척기간이 2003.3.31 만료되어 1997사업연도분에 대한 과세표준이나 세액을 변경하는 경정을 할 수 없다는 이유로 쟁점이월결손금을 공제하지 아니하고 이 건 처분을 하였다.

(5) 청구법인은 이 건 처분일 현재 1997사업연도분의 법인세 부과제척기간이 경과하였더라도 쟁점이월결손금은 부과제척기간이 경과하지 아니한 이 후 사업연도에 계속하여 과세표준이 감소하는 영향을 미치므로 당연히 공제되어야 하고, 따라서 처분청의 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 전시 국세기본법 제26조의 2 제1항 제3호에서 법인세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하면 부과할 수 없다고 규정하고 있는 바, 국세부과 제척기간이 만료되면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없으므로(국세기본법기본통칙 3-4-4…26의 2 같은 뜻), 부과제척기간이 2003.3.31로 만료된 1997사업연도의 결손금을 조정할 수 있음을 전제로 이 건 처분이 부당하다는 청구법인의 주장은 이유없다고 할 것이다(국심1999서99, 1999.5.12 등 다수 및 재정경제부 기법46019-195, 1996.7.1 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.