가. 청구인은1983.2.9. 「부동산소유권이전등기에 관한 특별조치법」(법률 제3562호)에 따라 OOOOO OO OOO OOOOO 답 1,321㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여2008.7.30. OOO에게 280,000천원에 양도한 후2008.9.8. 양도소득세 과세표준 신고시 「조세특례제한법」 제69조 규정에 따른 자경농지라 하여 57,386,110원을 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액으로 하여 양도소득세를 감면신청하였다.

나. 처분청은 청구인이 농작업의 1/2이상을 자기의 노동력에 의하여 경작한 것으로 볼 수 없다고 하여 양도소득세 감면신청을 부인하여 2009.7.1. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 57,902,580원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 대대로 농사를 지어온 농사꾼 집안에서 태어나 어릴 때부터 농사를 지었고, 쟁점토지는 등기부등본상에는「부동산소유권이전등기 등에 관한 특별조치법」에 따라 1974.12.5. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 되어 있으나, 실지로는 청구인의 아버지 OOO의 사망일인 1963.3.17. 청구인이 상속으로 취득한 것이다.

쟁점토지는 청구인의 아버지가 1959.8.11. 취득하여 1963.3.17. 사망시까지 3년 7개월간 경작하였고, 아버지가 사망한 이후에 청구인은 1973.2.15. OO중학교를 졸업하고 고등학교에 진학하지 않은 채 어머니와 함께 쟁점토지 등을 자경하여 1992년 사업을 시작하기 이전에 이미 23년 5개월의 재촌·자경요건을 충족하였다.

처분청은 2006.2.9.이후 개정된 법률만을 적용하여 청구인이 8년 이상 자경요건을 갖추지 못하였다고 하나, 「조세특례제한법」제69조 및 같은 법 시행령 제66조를 보면, 직접 경작이라는 의미가 2006.2.9. 이후부터는 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에의하여 경작 또는 재배하는 것으로 규정하고 있으나, 같은 법 시행령 부칙 제23조를 보면, 2006.2.9. 이전에 상속받은 농지로서 2008.12.31.까지 양도하는 경우에는 종전규정에 의한다라고 규정하고 있다.

종전의 같은 법 시행령 제66조 제4항을 보면 “상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.”라고 규정하고 있고,

종전의 예규 재재산 22601-990, 1987.12.17.를 보면, “양도소득세 비과세규정을 적용함에 있어서 생계를 같이 하는 동일세대원인 모가 자녀명의의 농지를 경작한 때에는 자경기간에 산입하는 것이며, 이 경우 자녀들이 취학관계로 일시퇴거하였더라도 현실적으로 모가 생계를 같이 하였다면 모의 경작기간을 자경기간으로 인정하는 것”이라고 예시하고 있고, 종전의 예규 서면4팀-1414, 2005.08.16.를 보면, “자경한다 함은 자기가 직접 경작하는 경우 뿐만 아니라, 생계나 세대를 같이하는 가족으로 하여금 경작하게 한 경우도 포함된다”라고 예시하고 있는 바(조심 OOOOOOOOO, 2009.06.23. 및 국심 OOOOOOOOO, 2004.12.10. 같은 뜻), 쟁점토지를 청구인이 8년 이상 자경하지 않은 것으로 보아 과세한 처분청의 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 피상속인이 사망하기 직전까지의 3년 7개월 동안 자경을 하였고, 청구인이 상속개시일 이후 23년 5개월 동안을 영농에 종사하였다고 주장하나,

청구인의 주민등록초본을 보면, 쟁점토지를 상속받을 당시인 1963년 3월(만 5세)부터 1979년 3월(만 21세)까지 재촌(16년)하였고, 1979년 이후는 외지로 전출하여 불규칙적으로 6개월, 5개월, 3년 1개월, 3년 등을 쟁점토지와 동일한 지역 또는 연접지역으로 전입신고 되어 있어 1979년 이후에는 재촌기록에 연속성이 없다.

또한, 재촌 거주기간 중 마지막 3년은 사업이력이 확인되고 있어 실지로 재촌·자경한 것으로 보기 어렵고, 상속으로 쟁점토지를 취득한 이후부터 외지로 전출하기 전까지의 기간은 미성년자 기간이 포함되어 있어 이를 제외하면 피상속인의 재촌·자경기간을 합하더라도 8년 이상 자경요건이 충족되지 않으며, 인우보증서 등은 직접 영농에 대한 객관적인 자료가 될 수 없다.

따라서, 청구인이 쟁점토지를 양도하여 감면신청한 데 대하여, 처분청이 이를 부인하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것)

제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역 등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것)

제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것)

제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 다만, 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 경우에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에 한하여 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(4) 조세특례제한법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것) 부칙

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제23조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 제66조 제11항 및 제12항의 개정규정을 적용함에 있어서이 영 시행 전에 상속받은 농지로서 2008년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 제66조제11항 및 제12항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

나. 사실관계 조사

(1) 쟁점토지에 대한 토지이용계획확인서에는 쟁점토지의 지목은 답, 자연녹지지역, 토지거래계약에 관한 허가구역으로 기재되어 있고, 폐쇄등기부등본에는 청구인의 아버지가 쟁점토지를 1959.8.11. 취득하였다가 1983.2.9. 「부동산소유권이전등기에 관한 특별조치법」(법률 제3562호)에 따라 청구인 명의로 소유권이전등기를 한 것으로 기재되어 있으며, 제적등본에는 청구인의 아버지가 1963.3.17. 사망하고 청구인이 호주상속한 것으로 기재되어 있다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 2008.7.30. OOO에게 280,000천원에 양도한 이후 2008.9.8. 양도소득세 57,386,110원을 감면신청하였으나, 처분청은 이를 부인하여 이 건 과세처분을 하였다.

(3) 처분청의 과세근거는 아래 (가) ～ (라)와 같다.

(가) 청구인의 쟁점토지 보유기간 동안의 주민등록표상의 거주 내역은 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOOOOO OO OO

(나) 쟁점토지에 대한 2004년 ～ 2008년 기간동안의 쌀소득등보전직불금 지급내역은 아래 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOOOOOO OO OO

(다) 청구인은 1992.7.15.부터 이 건 심리일 현재까지 계속하여 사업을 영위하고 있는 사업자이고, 청구인의 사업자등록 및 사업소득에 대한 수입금액내역은 아래 <표3> 및 <표4>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOOO OO

(4) 청구인이 제시한 증빙은 아래 (가) ～ (마)와 같다.

(가) 청구인이 부모님과 함께 재촌·자경기간은 아래 <표6>과 같은 바, 청구인은 1973.2.15. OO중학교를 졸업한 이후 고등학교에 진학하지 않고 어머니와 함께 쟁점토지 등을 자경하였고, 1992년 이후 사업을 시작하기 이전기간(㉠,㉡,㉣,㉥,㉧,㉨)이 23년 5개월로 이미 8년 재촌 및 자경요건을 충족하였으며, 그 후로도 개인사업을 운영하였지만 농번기에는 농사일을 얼마든지 할 수 있었다고 주장한다.

OOOOOOOOOO OOOO OOO OOOO O OOOO

(나) 2009.7.21. OO중학교장이 발행한 청구인에 대한 졸업증명서에는 청구인이 1973.2.15. OO중학교를 졸업하고 OO상업고등학교에 진학한 것으로 기재되어 있으나, 2009.7.21. OO국제물류고등학교장(전 OO상업고등학교)이 발행한 미진학확인서에는 청구인이 입학배정만 받고 입학한 사실이 없는 것으로 기재되어 있으며, 청구인의 초등학교 생활기록부에는 아버지 OOO의 직업이 농업으로 기재되어 있다.

(다) 1989.12.31. OOOOO OO OOOOOOOO은 청구인의 어머니 OOO이 중구 OOOOOOO(OOOOO OOOOOOO)으로서 출자하였음을 확인하고 있고, OOO은 1989년부터 1998.3.11.까지 출자금을 납입한 것으로 기재되어 있으며, OOO이 1996.9.11. 가입한 OOOO 자립예탁금 예금계좌O(OOOOOOOOOOOOOOOO)에는 비료를 구입시 지급되는 농협비료배당금이 2003.12.23. 19,980원, 2004.12.6. 2,320원이 입금된 것으로 기재되어 있다.

(라) 주민 OOO 외 1인이 서명한 인우보증서에는 쟁점토지는 청구인의 아버지가 1959.8.11. 취득하여 1963.3.17. 사망시까지 3년 7개월 동안 청구인의 아버지가 경작한 것으로 확인하고 있다.

(마) 통장 OOO 외 2인이 서명한 확인서에는 청구인이 1974.12.5.부터 양도일까지 쟁점토지를 자경한 것으로 확인하고 있다.

(5) 위 사실 관계를 종합하여 보면, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하지 않은 것으로 보아 청구인의 양도소득세 감면신청을 부인하여 이 건 과세처분을 하였으나,

청구인의 어머니는 청구인의 아버지가 쟁점토지를 취득한 시점부터 양도일 현재까지 쟁점토지 소재지에서 계속 거주하였고, 다른 소득이 전혀 확인되지 않으며, 1989년부터 1998.3.11.까지 농협조합원 출자금을 납입한 사실과 비료 구입시 지급되는 농협비료배당금을 지급받았음이 확인되며, 청구인의 초등학교 생활기록부에는 아버지 OOO의 직업이 농업으로 기재되어 있는 점 등으로 보아 쟁점토지를 직법 경작한 것으로 보인다.

또한, 청구인의 아버지는 농업인으로서 쟁점토지를 3년 7개월 동안소유하면서 직접 경작하였고, 청구인은 쟁점토지를 포함하여 농지 4,595㎡를 아버지로부터 상속받아 1963.3.17.부터 최초로 외지로 전출한 1979.3.14.까지 15년 11개월 동안 쟁점토지와 동일한 지역 또는 연접지역에 재촌하면서 어머니와 함께 쟁점토지를 경작한 것으로 보인다.

특히, 청구인은 1973년도에 중학교를 졸업하고 고등학교에 진학하지않은 상태에서 재촌한 기간만 6년이 되어 아버지의 재촌·자경 기간3년 7개월을 합하면 8년 이상 재촌·자경기간을 충족한 것으로 보인다.

따라서,「조세특례제한법시행령」부칙 제23조에 의하면, 2006.2.9. 이전에 상속받은 농지로서 2008.12.31.까지 양도하는 경우에는 종전규정에 의한다라고 규정하고 있고, 쟁점토지는 위 법률이 개정되기 전에 상속받았고 2008.12.31. 이전에 양도하여 종전규정 적용대상이며, 종전규정에서는 「조세특례제한법」제69조 제1항의 “직접 경작”이라 함은 단순히 농지소재지에 거주하면서 자기가 직접 경작하는 경우뿐만 아니라, 생계나 세대를 같이하는 가족으로 하여금 경작하게 한 경우도 포함하는 것(OOO OOOOOOOOO, 2002.5.15. 같은 뜻)으로 되어 있는 점 등으로 보아 쟁점토지는 청구인이 8년 이상 자경한 농지로서 「조세특례제한법」 제69조에 따른 양도소득세 감면 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.