가.청구인은 2001.1.30. OOO아파트(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던중 재건축으로 인해 2004.10.6. 같은 곳 OOO아파트 103-502(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2008.8.19. 양도한뒤, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정을 적용하여 양도소득세 과세표준을 신고하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.6.12. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2012.10.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조특법」 제99조의3 제1항은 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 금액에서 빼는 것”으로 규정하고 있는바, 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후에 적용되는 것이지, 5년 이내에 양도한 경우에는 적용되지 않는 것이며, 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산산식에 있어 분자와 분모에서 “취득시 기준시가”라는 동일한 용어를 사용하고 있어 분자는 신축주택의 기준시가, 분모는 종전주택의 취득시 기준시가로 해석하는 것은 근거가 없고, 기존예규(재산-220, 2009.1.20.)를 2009.1.20. 변경하여 소급적용하는 것은 소급과세의 원칙에 어긋나는 등 처분청의 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

신축주택에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 처분청에서 계산한 감면대상 양도소득금액이 적법한지 여부에 대하여 OOO행정법원의 판결OOO에 의하면, 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우, 「조특법」제99조의3 제1항 규정에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석 할 수는 없는 것이므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부

나. 관련법령

조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료를 보면, 청구인은청구인은 2001.1.30. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2004.10.6. 신축주택(아파트)을 취득하여 2008.8.19. 양도한뒤, 양도가액을 OOO백만원, 취득가액을 OOO백만원, 감면소득을 OOO백만원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 「조특법」제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조특법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에는 감면대상이며, 계산산식에서 분자는 신축주택의 기준시가, 분모는 종전주택의 취득시 기준시가로 해석하는 것은 근거가 없고, 소급과세의 원칙에 어긋나는 등 처분청의 과세처분은 부당하다는 주장이나, 「조특법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조특법」 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 점(조심 2012서2387, 2012.12.3. 참조), 「조특법 시행령」 제99조의3 제2항은 「조특법」 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득 계산산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수)인 점 등에 비추어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조특법」 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.