청구인은 2002.7.4 OOO 답 1,488㎡ 중 지분 1/2(이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득하여 보유하다가 쟁점토지가 하천법 제27조의 규정에 의한 OOO의 하천정비시행계획에 따라 2004.10.18 OOO에 수용됨에 따라, 쟁점토지 소재지가 2004.2.26 토지투기지역으로 지정되었으므로 2004.10.16 실지거래가액에 의하여 양도소득세 1,274,120원을 신고납부하였다가, 쟁점토지가 지정지역내 공익사업용 부동산으로 2004년말에 신설된 조세특례제한법 제85조의 규정에 의하여 기준시가에 의한 양도소득세 과세대상이라고 보아 2005.3.14 처분청에 당초 신고납부한 양도소득세 1,274,120원의 환급을 요청하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 ‘사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날’ 이전에 취득하지 아니하여 조세특례제한법 제85조 소정의 기준시가 과세대상이 아니라고 보아 2005.5.13 청구인에게 당초 신고납부한 양도소득세를 환급할 이유가 없다는 뜻을 통지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.6.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2004년말에 신설된 조세특례제한법 제85조의 규정에 의하면, 지정지역내의 부동산이라 하더라도 기준시가 과세기준일 이전에 취득한 부동산이 공익목적을 위해 수용되는 경우에는 기준시가에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있고, 관련법령의 규정에 의하면 이 건 기준시가 과세기준일은 ‘하천정비시행계획 고시일’인 2003.6.9로 보아야 하므로 청구인이 2002.7.4 취득한 쟁점토지에 대하여는 위 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례가 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 위 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례를 적용받으려면, 쟁점토지를 이 건 ‘하천정비시행계획 고시일(2003.6.9)로부터 소급하여 2년이 되는 날’인 2001.6.9 이전에 취득하였어야 하나, 청구인은 쟁점토지를 2002.7.4 취득하여 위 조세특례제한법 제85조 소정의 기준시가 과세요건을 충족하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 기준시가 과세기준일을 ‘사업예정지구 지정일’로 보아야 하는지 아니면 ‘하천정비시행계획 고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날’로 보아야 하는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2004.12.31 법률 7322호로 개정된 것)

제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

부칙 제1조 【시행일】 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 제12조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】 제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법시행령(2005.2.19 대통령령 18704호로 개정된 것)

제79조의 2 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

별표 7 기준시가 과세기준일

1.～25. (생략)

26. 제1호 내지 제25호외의 법률에 의한 경우에는 제1호 내지 제25호의 법률에서 규정한 날과 유사한 경우로서 예정지역 지정, 실시계획 인가, 기본계획 수립등을 한 날

(3) 하천법(2004.1.20 법률 제7101호로 개정된 것)

제76조 【토지 등의 수용·사용】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 홍수예보시설의 설치공사 또는 하천공사에 필요한 때에는 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제3조의 규정에 의한 토지·물건 또는 권리(이하 "토지등"이라 한다)를 수용 또는 사용할 수 있다.

1. 제25조의 2의 규정에 의하여 홍수예보시설의 설치공사를 하는 OOOOO장관

2. 제28조의 규정에 의하여 하천공사를 하는 관리청

3. 제29조의 규정에 의하여 하천공사를 대행하는 자

4. 제30조의 규정에 의하여 하천공사허가를 받은 비관리청(행정기관 또는 정부투자기관에 한한다)

② 제1항의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용하는 경우에는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률을 준용한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률을 준용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제20조 제1항 및 제22조의 규정에 의한 사업인정과 사업인정의 고시가 있는 것으로 보며, 재결신청은 동법 제23조 제1항 및 제28조 제1항의 규정에 불구하고 당해 홍수예보시설설치공사 또는 하천공사의 사업기간내에 이를 하여야 한다.

1. 제25조의 2의 규정에 의하여 홍수예보시설설치계획을 수립·고시한 경우

2. 제27조의 규정에 의하여 하천정비시행계획을 수립·고시한 경우

3. 제30조의 규정에 의하여 비관리청(행정기관 또는 정부투자기관에 한한다)의 하천공사실시계획을 인가·고시한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 청구인이 2002.7.4 취득하였던 것으로 하천법 제27조의 규정에 의한 하천정비시행계획에 따라 2004.10.18 OOOOO에 수용되었고, 사업시행자인 OOO에 확인한 바 쟁점토지 소재지는 2003.6.9 ‘하천정비사업예정지구로 지정’되었으며, 같은날 ‘하천정비시행계획’이 고시OOO되었고, 한편 쟁점토지 소재지인 OOO는 소득세법시행령 제162조의 3의 규정에 의하여 2004.2.26 ‘토지투기지역’으로 지정고시되어 쟁점토지 양도일 현재 그 지정이 해제된 사실이 없는 것으로 확인되는 바, 이상의 사실관계에 대하여는 처분청과 청구인간에도 다툼이 없다.

(2) 처분청은 위 ‘하천정비시행계획 고시일’에 조세특례제한법 제85조 본문에서 규정하고 있는 ‘사업인정고시’가 있은 것으로 보아 ‘사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날’ 이전에 취득하지 아니한 쟁점토지는 위 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 기준시가 과세특례 대상이 아니라고 보았으나, 청구인은 하천법에는 사업인정고시일이라는 용어가 없으므로, 이 건 기준시가 과세기준일은 ‘사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날’이 아니라 쟁점토지 소재지가 ‘하천정비사업 예정지구로 지정된 날’, 즉 이 건 ‘하천정비시행계획 고시일’인 2003.6.9로 보아야 하고 쟁점토지는 청구인이 기준시가 과세기준일 이전에 취득하였으므로 위 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례 적용대상이라고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 위 조세특례제한법 제85조는 지정지역내 부동산이라도 공익목적을 위해 수용이 되는 경우 실지거래가액 대신 기준시가로 과세하여 납세자의 세부담을 완화함으로써 공익사업의 원활한 시행을 도모하기 위하여 2004년말에 신설된 규정으로, 거주자가 예정지구지정일등 이전에 취득한 부동산을 2006.12.31 이전에 「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의해 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에 적용되는 것이나, 다만 개발사업 발표일 이후에는 투기수요가 가세하므로 예정지구·지역 등을 지정하기 전에 취득한 경우등 일정요건을 충족하고 2006.12.31까지 공익사업시행자에게 양도하는 경우에 한하여 적용하도록 하고 있다.

그 구체적인 취득요건을 살펴보면, ① 원칙적으로 ‘예정지구지정일(이 건 2003.6.9)등’ 이전에 당해 부동산을 취득하여야 하나, ② 그 지정일 등이 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이내이면 ‘사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날(이 건 2001.6.9)’ 이전에 당해 부동산을 취득하여야 하고, ③ 소득세법시행령 제162조의 3의 규정에 의한 지정지역지정일 이후에 예정지구지정일등이 도래하면 그 ‘지정지역 지정일(이 건 2004.2.26)’ 이전에 당해 부동산을 취득하여야 한다.

또한, 위 하천법 제76조 제3항 제2호의 규정에 의하면, 하천법 제27조의 규정에 의하여 하천정비시행계획을 수립·고시한 경우에는 「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조 및 제22조의 규정에 의한 사업인정과 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다고 규정되어 있다.

따라서, 이 건 기준시가 과세기준일은 예정지구지정일이 하천법 제76조 제3항의 규정에 의하여 사업인정고시가 있은 것으로 의제되는 날인 하천정비시행계획 고시일로부터 소급하여 2년 이내이므로 위 취득요건 ②의 ‘하천정비시행계획 고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날’인 2001.6.9로 보아야 하고, 위와 같이 볼 경우 청구인이 2002.7.4 취득한 쟁점토지는 위 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없는 것으로 해석된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.