청구외 신○○(1997.2.21.사망)의 소유였던 ○○도 ○○시 ○○동 ○―○번지 등 소재 토지 19필지(개별공시지가 9,326백만원. 이하 " 쟁점토지" 라 한다)를 상속인인 신○○ 등 7인이 상속받았다가, 쟁점토지는 청구법인의 소유라는 법원판결(대법원 993다51289. 1999.12.13)에 의해 2000.2.9자로 청구법인 소유로 소유권 이전되었으며, 소유권이전 당시 쟁점토지상에는 특수관계자인 신○○ 등 3인(출연자의 아들, 손자로 특수관계자임) 소유의 건물 (이하 " 쟁점건물" 이라 한다)이 있었으나 건물소유자인 신○○등 3인은 그동안 토지소유자인 청구법인에게 토지임대료를 지불하지 않고 무상사용한 것으로 확인된다.

처분청은 청구법인이 공익목적으로 출연받은 쟁점토지 등을 특수관계자들에게 무상사용 · 수익하게 하고 임대수입을 신고누락한 것으로 보아 상속세및증여세법 48조(공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)및 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정에 의거 2005.1.6. 청구법인에게 2000년도분 증여세 2,166,678,520원과 2000~ 2003사업연도 법인세 169,299,800원을 과세하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.3.24. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

상속세및증여법상 특수관계자에 대한 무상임대시 증여세를 부과하기 위하여서는 특수관계자가 해당 재산을 무상사용하여 실질적인 이익을 취했어야 하는데, 2000.2.9 ~2003.1.24. 기간동안 신○○이 토지무상 사용으로 얻은 수입금액은 252,495,000원이나 같은 2001.5.10~2003.1.24 기간중 신○○이 학교운영비로 청구법인에 입급한후 회수하지 못한 금액은 399,771,000원이나 되어 토지무상임차로 인하여 신○○ 등이 실질적인 수익을 얻은 것이 없으며, 또한 쟁점토지는 학교의 이전 및 발전기금에 충당할 목적으로 이사회 결의로 출연받기로 하고 감독관청인 ○○시 교육위원회의 승인을 받아 2000.2.9. 소유권을 취득하였으며, 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동에 현재의 「○○고등학교」를 신축하면서 출연받은 쟁점토지를 2003.1.14. 정관에 규정된 고유목적사업과 이사회 의결내용대로 교육용자산 취득자금(학교건물 신축대금)으로 대물변제하는 등 출연받은 재산을 3년이내에 공익사업 재원으로 모두 사용하였으므로 처분청이 증여세를 과세한 처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

신○○이 청구법인에 전입한 399,771,000원은 관련토지와 건물을 임대하여 얻은 수입금액과는 직접 관련이 없고, 신○○ 등이 청구법인에 납입한 금액은 관할 교육청의 승인을 받고 차입한 것이 아니므로 처분청의 이 건 과세처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

학교법인이 공익목적으로 출연받은 토지 등을 특수관계자가 무상임대 사용 · 수익하여 상속세및증여세법 제48조 제3항(특수관계자간에 내부거래를 통해 무상으로 이익을 이전)규정에 의거 증여세와 법인세를 과세한 처분이 정당한지 여부.

○ 상속세및증여세법시행령 제12조【공익법인등의 범위】법 제16조 제1항에서 " 공익법인등" 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

2. 초 · 중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 설립 · 경영하는 사업

○ 상속세및증여세법 제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다.

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년인 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

4의2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간증 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

③ 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등이 출연받은 재산 등을 다음 각호의 1에 해당하는 자에게 당해 재산의 임대차 · 소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용 · 수익하게 하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자 및 그 친족

2. 출연자가 출연한 다른 공익법인 등

3. 제1호 및 제2호와 특수관계에 있는 자

④ 제1항 내지 제3항 및 제8항의 규정을 적용함에 있어서 특수관계에 있는자의 범위, 직접 공익목적사업에의 사용여부의 판정기준, 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등의 범위, 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 범위, 특수관계에 있는 출연자의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 상속세및증여세법시행령 제38조【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】

② 법 제48조 제2항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용(재정경제부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.

④ 법 제48조 제2항 제4호에서 " 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우" 라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같디)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

⑤ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 운용소득과 관련된 " 대통령령이 정하는 기준금액" 이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액(이하 이 항에서 " 운용소득" 이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이항에서 “사용기준금액”이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 차감한 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.

1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 「법인세법」제29조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 당해 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

2, 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세 · 농어촌특별세. 주민세 및 이월결손금

⑥ 법 제 48조 제2항 제4호의 2의 규정에 의한 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항 제1호의 규정에 의하여 당해 과세기간 또는 사업연도중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 당해 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다.

⑦ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 “매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우”라 함은 매각대금중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

○ 상속세및증여세법시행령 제 39조 【공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세 과세】

① 법 제48조 제3항 제3호에서 " 특수관계에 있는 자" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 출연자가 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인인 경우에는 그 법인에 대한 출연자 및 그 친족

2. 출연자가 제1호 외의 법인인 경우에는 당해 법인을 출자에 의하여 지배하고 있는 자 및 그 친족

3. 출연자의 사용인(출연자가 출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 임원을 포함한다)

4. 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등의 임원

5. 출연자가 출자에 의하여 지배하고 있는 법인

6. 제28조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 해당하는 관계에 있는 자

② 법 제48조 제3항 단서에서 " 대통령령이 정하는 경우" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3월 이내에 한하여 법 제48조 제3항 각호의 1에 해당하는 자가 사용하는 경우(1998.12.31 개정)

2. 제12조 제2호의 규정에 의한 교육사업을 영위하는 교육기간이 재정경제부령이 정하는 연구시험용 시설 등을 출연받아 이를 당해 공익 법인 등과 출연자가 공동으로 사용하는 경우(1998.12.31 직제개정)

3. 당해 공익법인 등이 의뢰한 연구용역 등의 대가 또는 직접 공익목적사업의 수행과 관련한 경비 등을 지급하는 경우

③ 법 제48조 제3항 본문에서 “대통령령이 정하는 가액”이라 함은 동항 각호의 1에 해당하는 자에게 무상으로 사용 · 수익하게 한 경우에는 당해 출연재산가액을 말하며, 정상적인 대가보다 낮은 대가로 사용 · 수익하게 한 경우에는 그 차액에 상당하는 출연재산가액을 말한다. (1998.12.31 개정)

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입 (이하 “수익사업” 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도 · 소매 및 소비자용품수리업, 부동산 · 임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 소득세법 제 16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자 · 할인액 및 이익

3. 소득세법 제 17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식 · 신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

○ 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자” 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산살 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 · 이자율 · 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며 이하 이 조에서 “시가”한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 · 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 놓은 이율 · 요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호의 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

청구인이 제시한 개축물대장 등에 의하면, 쟁점건물은 1975년 ○○시가 ○○대통령 방한을 앞두고 기지촌 정화사업의 일환으로 토지 소유자로부터 토지무상사용승낙을 받은 후 그 지상에 ○○시 소유로 건물을 신축하는 대신 건물대금은 토지소유자가 건물에서 발생하는 수입금으로 분할상환하여 연부 매입키로 ○○시와 계약하여 1977.12월 쟁점건물 소유권을 신○○ 등이 취득하였으며(쟁점건물 소유권 이전등기는 1990.5.27. 이후 가능했으나 신○○은 2000.4.1~2003.8.13. 쟁점건물의 소유권을 이전 등기하였음), 처분청은 피상속인 신○○의 1997.7.21.사망에 따라 상속인인 청구외 정○○(신○○의 母)등이 쟁점토지를 상속한 것으로 보아 상속세 4,747,863,955원을 고지하였다가 법원 판결(대법원○○다 ○○○○○. 1990.12.13)에 따라 1988.2.13자 증여를 원인으로 쟁점토지의 소유권이 2000.2.9. 청구법인에게 출연된 것으로 조사하여 2000.2.25. 쟁점토지 9,326,120,900원을 상속재산가액에 포함하되 증여채무로 공제하여 상속세 4,728,001,562원을 경정감액한 것으로 확인된다.

처분청 과세자료에 의하면, 신○○ 등이 2001,5,10~2003.1.24 학교운영비로 입금하고 회수하지 못한 금액은 399,771,000원(2001년 197,310,000원, 2002년 202,461,000원)이고, 2000.2.9 ~2003.01.24 기간동안 신○○이 쟁점토지와 건물을 임대하고 얻은 임대료수입금액은 252,495,000원(2000년 72,688,000원, 2001년 84,124,000원, 2002년 89,646,000원, 2003년 6,037,000원)이며, 처분청이 조사한 신○○ 등의 쟁점토지의 무상사용으로 인한 부당행위계산부인금액은 527,948,000원(2000년 11,351,000원, 2001년 217,452,000원, 2002년 172,377,000원 2003년 126,768,000원)으로 확인된다.

신○○의 차입금 399,771,000원에 대한 청구법인의 회계처리 내용을 보면, 청구법인은 신○○으로부터 차입한 399,771,000원을 모두 차입금으로 회계처리한 것으로 확인되며, 사학기관 재무회계규칙 제8조(차입금)규정에 의하면 학교법인이 운영상 불가피한 경우 미리 관할청의 승인을 받아 차입할 수 있고, 일시차입금은 당해연도내에 상환하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 관할청으로부터 승인없이 위차입금 399,771,000원을 차입한 것으로 확인된다.

(2) 판단

상속세및증여세법 제48조 제4항과 같은 법 시행령 제39조에 의하면, 이 건 관련규정을 보면, 공익법인 등이 출연받은 재산 등을 특수관계있는 자에게 당해 재산의 임대차, 소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용 · 수익하게 하는 경우에는 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세하도록 규정하고 있고, 민법 제99조 제1항에 의하면, 임대차와 사용대차 범위에는 토지의 무상임대도 포함되는 것으로 규정하고 있다.

법인세법에 의한 부당행위계산부인 규정 적용대상인지 여부를 보면, 청구법인은 청구외 신○○이 학교법인에 입금한 금액이 쟁점건물의 부동산 임대수입 금액보다 많으므로 부당행위계산부인 대상이 아니라고 주장하나, 부당행위계산부인 규정은 거래내용, 업태와 종목, 거래금액에 관계없이 거래의 실질을 반영하여 판단하는 것으로, 법인세법시행령 제2조에서 비영리법인의 토지사용료 수입을 수입사업의 범위에 해당되는 것으로 규정하고 있고, 쟁점토지의 소유자인 청구법인과 쟁점건물의 소유자인 신○○ 등 3인간에 토지사용에 대한 임대차계약서 등을 작성한 사실이 없고, 신○○ 개인이 청구법인의 운영비(차입금)로 399,771,000원을 입금한 사실은 확인되나 토지무상 사용시기(2000.2.9~2003.1.24)와 운영비로 입금한 시기(2001.5.10~2003.1.24)가 달라 399,771,000원을 토지사용에 대한 임대료로 볼 수 없는 것으로 판단되므로 청구주장은 이유가 없다 할 것이다.

청구법인은 신○○으로부터 회수불가능한 399,771,000원을 차입한 사실이 있으므로 이 금액보다 적은 임대료를 수령한 사실이 없다 하여 증여세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 상속세및증여세법 제48조 제3항 및 같은법시행령 제39조 등의 규정에 의하면 공익법인이 출연받은 재산을 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 임대차 · 소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용 · 수익하게 하는 경우에는 당해 공익법인에게 증여세를 과세한다고 되어 있으며(서일 46014-10948 2002.7.22. 같은 뜻), 청구법인이 신○○으로부터 차입한 채무와 임대료는 별개의 채권 · 채무로 당사자 간에 이를 상계한 바도 없으므로 청구법인의 주장은 이유가 없는 것으로 판단된다.

또한, 공익법인에게 법인세와 증여세를 중복하여 과세할 수 있는지 여부를 보면, 특수관계자 간에 토지무상사용으로 조세부담을 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 경우 당해 법인에게 법인세를 과세하도록 규정하고 있고, 또한 공익법인 등이 출연받은 재산 등을 특수관계 있는 자에게 임대차, 소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 당해 재산을 사용 · 수익하게 하는 경우 출연요건위반으로 당초 공익법인에게 출연할 때 면제받은 증여세를 추징하도록 상속세및증여세법 제 48조에서 규정하고 있는 바, 이들 규정은 납세의무의 성립요건과 시기를 서로 달리하는 것이어서 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 하며, 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 중복과세라 할 수 없고, 또한 증여세가 소득세(법인세)의 보완세로서의 성격을 가지는 점 등에 비추어 보면, 소득세(법인세)와 증여세의 중복적용을 배제하는 특별한 규정은 없는 것으로 판단된다 할 것이다(대법원 98두11830. 1999.9.21 같은 뜻)

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제 65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.