가. 청구인은 1988.9.30. OOOOO OOO OOO OO OOOOOOO OOOOOOOO(이하 “기존주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 기존주택 아파트단지가 재건축사업 관리처분계획인가를 받음에 따라 기존주택을 제공하고 조합원 자격으로 받은 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 2006.3.14. 양도한 후, 2006년 5월 기존주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간의 양도차익을 구분하여 계산하면서 기존주택에 대하여 113,016천원, 입주권에 대하여 68,782천원(이하 “쟁점금액”이라 한다), 합계 181,798천원의 장기보유특별공제를 적용하여 2006년 귀속 양도소득세 126,099,820원을 신고납부하였다.

나. 처분청은 입주권에 대한장기보유특별공제는 1세대 1주택자의 경우에만 적용되고,청구인은 쟁점입주권 양도당시 1세대 3주택자이어서 장기보유특별공제 대상이 아닌 것으로 보아 쟁점금액을 공제부인하여 2009.12.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 33,866,580원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

입주권을 보유한 상태는 환지를 보유한 상태로서 주택은 소멸되었더라도 토지는 존재하는 것이므로 관리처분계획인가일 이후의 입주권에 대한 양도차익 계산시 토지부분에 해당하는 장기보유특별공제액44,681천원은 양도차익에서 공제되어야 한다(OO OOOOOOOOO, 2004.11.19.같은 뜻)

나. 처분청의 의견

「소득세법」 제94조 제1항에서 부동산과 부동산을 취득할 수 있는 권리를 별도로 규정하여 과세하고 있고, 같은 법 시행령 제166조에서도 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우에도 관리처분일을 기준으로 부동산과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 각각 별도로 계산하고 있는 등 관리처분계획인가일 이후에는 실지로 토지가 존재하더라도 입주권으로 보고 있다.

또한, 청구인이 제시한 심판결정례(OO OOOOOOOOO, 2004.11.19.)를 보더라도 분양권이 1세대 1주택으로 의제되는 경우에 한정한 것으로 보이므로, 입주권 상태에서 토지가 실지로 존재한다는 이유로 토지부분에 대한 장기보유특별공제를 적용하라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1세대 1주택이 아닌 자가 보유한 입주권의 양도시 입주권 보유기간의 양도차익에서 토지부분에 대한 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.(단서 생략)

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고,그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것

양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

(2) 소득세법 시행령

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다.

제155조【1세대 1주택의 특례】<17>법 제89조 제2항 본문의 규정에 따른조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우

제166조【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비]

2. 청산금을 지급받은 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1988.9.30. 기존주택을 취득하여 보유하다가 조합원 자격으로 받은 쟁점입주권을 2006.3.14. 양도한 후, 2006년 5월 기존주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간의 양도차익을 구분하여 계산하면서 기존주택에 대하여 113,016천원, 입주권에 대하여 68,782천원(쟁점금액), 합계 181,798천원의 장기보유특별공제를 적용하여 2006년 귀속 양도소득세 126,099,820원을 신고납부하였고,처분청은 입주권에 대한 장기보유특별공제는 1세대 1주택자의 경우에만적용되는 것으로 보아 쟁점금액을 공제부인하여 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 청구인은 쟁점입주권의 양도시 1세대 3주택자인 것은 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 위 법령 및 사실관계를 종합하여 보건대, 청구인은 입주권 상태에서도 토지가 실지로 존재한다는 이유로 토지부분에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나,

「소득세법 시행령」 제155조 제17항에서 1세대 1주택자인 재건축조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주권에 대하여는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를 비과세되는 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있어 이 경우에는 장기보유특별공제액의 계산시 입주권을 주택으로 의제함이 타당할 것이나, 1세대 1주택이 아닌 자가 보유한 입주권 상태에서도 장기보유특별공제를 적용하는 것은 타당하지 않는 것으로 판단된다(OO OOOOOOOOO, 2008.4.24. 같은 뜻).

따라서, 1세대 1주택자가 아닌 청구인이 쟁점입주권을 양도한 것에 대하여 입주권 상태에서도 토지가 실지로 존재한다는 이유로 토지부분에 대한 장기보유특별공제를 하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.