가. 처분청은 청구법인이 2008.12.26. 취득한OOO 소재 대지548.8㎡ 및 건축물 721.43㎡(이하 “이 건 건축물”이라하고 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 학교법인인 청구법인이 학교용으로 직접 사용하고자 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2009.8.6. 및 2009.12.23. 실시한 이 건 건축물의용도변경 및 증축공사(721.43㎡⇒812.24㎡)에 대하여도 청구법인이학교용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다.

다. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 학교 용도에 직접 사용하지아니하고 다른 용도로 사용하고 있다고 보아 2013.9.9. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가액OOO을 과세표준으로하여 산출한 OOO원(이하 “이 건 취득세등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 당해 부동산이 교사(校舍)와 교지(校地)(이하 “교사등”이라 한다)에 해당되는 경우에만 취득세 비과세 대상이라는 대법원 판결OOO에 따라 교육부장관으로부터 교사등으로 인가받지 아니한 이 건 부동산에 대하여 취득세 등을부과·고지하였으나, 처분청이 인용한 대법원 판례는 교육용 부동산이라고 하더라도 교육부장관으로부터 설립자로 인정받지 않은 개인이 취득한 경우에는 취득세 비과세 대상이 아니라는 취지의 판결로서 교육부장관으로부터 설립인가를 받은 비영리사업자인 청구법인이 취득하여 교육용으로 직접 사용 중인 이 건 부동산은 대학설립운영규정상의 인가받은 교사등에 해당되는지 여부에 관계없이 취득세 등을 면제하는 것이 학교법인이 교육연구시설 등으로 직접 사용하는 경우에는 재산세를 면제하여야 한다는 조세심판원 심판결정(조심 2012지793, 2013.2.7.)에 비추어 타당하다고 할 것이다.

(2) 청구법인이 이 건 부동산에서 수행한 교육과정은 디자인분야의 산학협력 교육으로서 만일 처분청의 의견과 같이 교육부로부터 승인받은 교사등에 한하여만 취득세 등을 비과세한다면 지방 소재 대학을 운영하는 청구법인의 경우에는 각종 산업활동이 활발하게 이루어지는 수도권에서 일체의 산학협력교육을 할 수 없다는 것으로서 이는 대학교육의 다양성을 무시한 처사이다.

(3) 청구법인은 산업통상자원부의 산학협력 관련 5개년 지원사업을원활히 수행하기 위하여 이 건 부동산을 취득한 것으로서 이에 대하여지방자치단체인 처분청이 이 건 취득세등을 부과하는 것은 정부정책에정면으로 배치되는 것이므로 재검토되어야 한다.

(4) 이 건 부동산을 취득한 후 정부지원사업을 원할히 수행하기 위하여 많은 노력을 기울였지만 당초 계획만큼 교육활동이 이루어지지않은 것은 사실이나, 청구법인은 이 건 부동산을 임대 등 다른 용도에사용하지 않고 교육 및 그 부수행위를 위한 시설OOO로사용하였을 뿐, 다른 용도로 사용한 사실은 없음에도 청구법인이 이 건 부동산을 당초 계획보다 다소 적게 교육용으로 사용하였다는 사실만으로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 이 건 부동산을 교육용으로 직접 사용하고자 하였다면 교육부장관으로부터 적법한 인가를 받아야 하나, 청구법인은 이와관련한 인가를 받지 않았을 뿐 아니라 이 건 부동산 중 1층 일부만 청구법인이 운영하는 OOO의 학생들이 방학 중에 간헐적으로 이용하였을 뿐 나머지 부분(지층 및 지상 2층～ 4층)은 청구법인이 취득한 후 교육용으로 사용한 사실이 없는 것으로 보인다.

(2) 이 건 부동산의 지층은 취득 후 현재까지 정당한 사유 없이 공실상태로 있고, 1층은 수도권에 거주하는 OOO 학생들을 상대로 토익 강의와 디자인교사 연수교육 등에 사용하고 있으나 이는 대부분1회성 행사로 그 외 기간에는 공실 상태이며, 2층 일부는OOO로 사용하고, 3층과 4층은 청구법인 이사장의 집무실과 접견실 등으로 사용하고 있음을 볼 때,이 건부동산은 청구법인이 교육용에 직접 사용하는 것이 아니라 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 이 건 부동산을 교육용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정된 것)

제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일 부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등록

(2) 지방세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20517호로 개정된 것)

제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 대통령으로 정하는 “비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2.「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교, (이하 생략)

(3) 고등교육법

제4조【학교의 설립 등】③ 공립학교나 사립학교의 설립자·경영자가 학교를 폐지하거나 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에는 교육부장관의 인가를 받아야 한다.

(4) 대학설립·운영규정(2008.12.31. 대통령령 제21214호로 개정된 것)

제2조【설립인가기준 등】① 대학을 설립하고자 하는 자(이하 “설립주체”라 한다)는 다음 각 호의 기준을 갖추어 교육부장관에게 대학설립의 인가(국립대학의 경우에는 개교조치를 말한다. 이하 같다)를 신청하여야 한다.

1. 제4조에 따른 교사 및 제5조에 따른 교지를 확보할 것

제4조【교사】③ 교육기본시설과 지원시설의 면적은 별표 3에 의한 학생 1인당 교사기준면적에 편제완성연도를 기준으로 한 계열별 학생정원을 곱하여 합산한 면적이상으로 한다. (이하 생략)

제5조【교지】① 교지는 교육·연구활동에 지장이 없는 적합한 장소에 별표 4에 의한 기준면적을 확보하여야 한다. 이 경우 동일한 대학에 교지가 분리되어 있는 경우에는 각 교지별로 수용하는 학생정원에 해당하는 기준면적을 각각 확보하여야 하되, 교지가 도로·하천등으로 부득이하게 분리되어 인접한 경우에는 그러하지 아니하다.

(5) 대학설립·운영규정 시행규칙

제7조【대학의 위치변경인가 신청】대학을 설립·경영하는 자는「고 교육법시행령제2조&public_ilja=&public_no=&dem_no=2014지0488&dem_ilja=20141001&chk2=1" target="_blank">등교육법 시행령」제2조 제5항의 규정에 의하여 대학의 위치변경인가를신청하고자 하는 경우에는 영 제4조 및 제5조의 규정에 의한 교사와 교지를 갖추어야 한다. 이 경우 교사와 교지를 갖추기 전에 대학의 위치변경계획서를 교육부장관에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1992.3.1. OOO에 소재하는 OOO를 개교하여 현재까지 운영하는 학교법인으로서 「지방세법 시행령」(2007.12.31. 대통령령 제20517호로 개정된 것, 이하 같다) 제79조 제1항에서 규정한 비영리사업자에 해당된다.

(2) 청구법인은 2008.12.26. 이 건 부동산을 OOO원에 취득한 후, 2009.8.6. 및 2009.12.23. OOO원을 투자하여 이 건 건축물의 90.81㎡(721.43㎡ ⇒ 812.24㎡)를 증축하고 그 용도를 변경하여 청구법인이 사용하고 있으나,「고 교육법시행령제2조&public_ilja=&public_no=&dem_no=2014지0488&dem_ilja=20141001&chk2=1" target="_blank">등교육법 시행령」제2조의 규정에 따라OOO의 교사등으로 승인받지는 않은 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 세무담당공무원이 2013.4.6. 이 건 부동산을 현지 조사하고 작성한 출장복명서에 의하면, 이 건 부동산의 1층은 방학 중에 일시적으로 강의실, 교수연구실 등으로 사용하고 있으나, 지하 1층은공실 상태이고 지상 2층～4층은 대학 구성원인 학생 및 교직원의 교육및 연구 활동에 직접 사용한다고 볼 수 없어서 이 건 부동산은 청구법인의 미인가 학습시설에 해당된다고 판단된다고 기재되어 있으며, 처분청이 확인한 구체적 사용현황은 아래와 같다.

(4) 청구법인은 이 건 부동산의 사용현황에 대하여 지층은 누수 등으로 인하여 사용하지 못한 것이므로 유예기간 내 사용하지 못하였다고하더라도 정당한 사유에 해당하고, 지상 1층은 OOO 학생들을 상대로 방학 중에 토익강의와 디자인 담당 교사 연수장소로 이용하였으며, 3층은 OOO의 부설연구소인OOO가 무료로 사용하도록 하고 있고, 3층과 4층은 청구법인의 이사장 집무실 및 접견실, 수행기사 대기실 등으로사용하고 있으므로 이는 청구법인이 교육용도에 직접 사용하는 것이라고 주장한다.

(5)「지방세법」(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정된 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서 학술·기예 등 공익사업을목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되 그 취득일부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제한 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

(6)「대학설립·운영규정(2008.12.31. 대통령령 제21214호로 개정된 것)제2조 제1항에서 대학을 설립하고자 하는 자는 교사 및 교지를 확보하여 교육부장관에게 대학설립의 인가를 신청하여야 한다고 규정하고 있고,「대학설립·운영규정 시행규칙」제7조는 대학을 설립·경영하는 자가「고 교육법시행령제2조&public_ilja=&public_no=&dem_no=2014지0488&dem_ilja=20141001&chk2=1" target="_blank">등교육법 시행령」제2조 제5항의 규정에 의하여 대학의 위치변경인가를 신청하고자 하는 경우에는 같은 영 제4조 및 제5조의 규정에 의한 교사와 교지를 갖추어야 한다고 규정하면서 이 경우 교사와 교지를 갖추기 전에 대학의 위치변경계획서를 교육부장관에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서 비영리사업자가 학교용도에 직접 사용하는 부동산이라 함은 당해 부동산을 학생들의 학업 및 연구활동에 직접 사용하는 부동산을 말하는 점, 이 건 부동산은「대학설립·운영규정 시행규칙」제7조에 따라 교육부장관으로부터 인가받지 않은 시설로서 그 사용현황도 학생들의 학업에 사용하는 것이 아니라 청구법인의 법인 운영 등에 사용하는 부동산으로 보이는 점,

이 건 부동산의 지층과 1층은 그 용도가 근린생활시설로서 지하 1층의경우 계속 공실 상태이고 1층은 방학을 제외한 대부분의 기간이 공실상태로 있으며 방학기간에도 OOO 학생들의 학업과 관련 없는디자인교사 연수 등에 사용하고 있으므로 학교용도에 직접 사용한 것으로보기는 어려운 점, 청구법인은 당초 OOO 디자인 관련학과의 산학협력을 위하여 이 건 부동산으로 취득하였다고 주장하고 있으나 1층의 경우디자인 관련 학과가 아닌 항공운항과의 강의실 등으로 사용하고 있는 점,이 건 부동산의 2층부터 4층은 청구법인의 사무실또는 학교용도가 아닌 다른 용도로 사용하고 있는 점 등에 비추어 이 건부동산은 청구법인이 취득한 후 유예기간 내 정당한 사유 없이 학교용도에 사용하지 않거나 2년 이상 학교용도에 직접 사용하지 않고 다른용도로 사용하고 있다고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세 기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.