가.청구법인은 OOO 제조업을 영위하는 법인으로 2011년 제2기부터 2013년 제2기 부가가치세 과세기간 중 개인사업자인OOO을합하여 “쟁점거래처”라 한다)에게 공급가액OOO원의 OOO를 각 공급하면서 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 마목에 따라 영세율 적용대상 거래로 보아 세금계산서를 교부하는 한편, 해당 기간 부가가치세를 신고하였다.

나.처분청은 청구법인의 2013년 제2기 부가가치세 환급에 대해 검토한 결과 OOO이 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 자가 아니어서 이들에 대한 OOO 공급이 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 마목에 따른 영세율 적용대상 거래에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2014.5.15. 청구법인에게 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.31. 이의신청을 거쳐 2014.11. 21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 쟁점거래처에 대한 OOO 공급은 다음과 같은 근거로 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 마목에 따라 영세율 적용대상 거래로 보아야 한다.

(가) OOO의 경우 농업경영정보 등록에 대한 홍보부족 등의 사유로 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 국립농산물품질관리원에 농업경영정보를 등록하지 아니한 것은 사실이나 2002년 9월부터 육계 사육을 해오고 있는 축산농민인 사실이 OOO의 육계위탁사육계약서, 사업자등록증으로 확인되고 있는 점, 「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」이 2010.12.30. 대통령령 제22575호로 개정되면서 영세율 적용대상 농민(개인)에 대해 농어업경영정보에 등록한 자로 한정한 사유는 주말농장 등 일시적 농업에 종사하는 자가 부가가치세 영세율 혜택을 받지 못하도록 하여 실제 농민들에게만 차별화된 맞춤형 정책지원을 통해 농업경쟁력을 제고하기 위한 것이지 OOO과 같이 실제 축산농민에 대해서까지 형식적 요건의 미비로 영세율 적용을 배제하기 위한 것이 아닌 점 등에 비추어 청구법인의 OOO에 대한 OOO 공급에 대해서 영세율을 적용하여야 한다.

(나) OOO의 경우 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 2011.2.11. 축산농업인으로 농업경영정보 등록을 한 OOO과 동거하며 양계축산을 하고 있고, 본인 소유의 양계농장이 별도로 존재하는 것이 아니며, 청구법인이 공급한 OOO의 실제 공급받는 자는 위 농업경영정보 등록을 한 OOO이고, 단지 착오로 OOO의 주민등록번호를 기재하여 영세율세금계산서를 발행한 것이므로 동 거래는 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 마목에 따라 영세율 적용대상 거래에 해당된다.

(2) 「조세특례제한법」 제105조 제2항에서 농민에 해당하지 아니하는 자가 축산업용 기자재 및 사료(이하 “축산업용 기자재등”이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재등의공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다고 규정하고 있는바, 이 건 농업경영정보 등록을 하지 아니한 채 영의 세율을 적용받아 부정하게 부가가치세를 부담하지 아니한 OOO에게 관련 부가가치세를 추징하여야 한다.

(3) 청구법인은 쟁점거래처에 대한 OOO 공급에 대해 영세율 적용대상으로 판단하여 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수하지 아니한 채 부가가치세액란을 OOO으로 기재하여 발급한 것으로 이는 「부가가치세법」 제60조 제2항 제5호에서 규정하고 있는 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우에 해당되지 아니하는데도 처분청이 동 규정에 따라 공급가액의 1% 상당액을 가산세를 가산하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」 제105조 제1항에 따라 부가가치세 영세율 적용대상인 축산업용 기자재등을 공급받는 농민에 대해 「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」 제2조 제1항 제1호에서 당초 개인으로 규정하였다가 2010.12.30. 대통령령 제22575호 개정되면서 개인의 경우 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당하는 것으로 괄호규정이 신설되었는바, OOO은 농어업경영정보를 등록한 자에 해당되지 아니하므로 청구법인의 OOO에 대한 OOO 공급은 「조세특례제한법」 제105조 제1항 규정에 따른 영세율 적용대상이 아니고, 청구법인은 OOO을 공급받은 자로 하여 발행된 세금계산서의 실제 공급받은 자는 OOO이므로 영세율 적용대상이라고 주장하나, OOO은 2009.4.6. 경기도 OOO(가축사육업)등록을 하였고, 경기도 OOO의 축산업을 영위한 사실이 나타나며, 2009년 11월 OOO으로 지정된 것이 확인되는 이상, OOO이 실제 사업주로서 청구법인으로부터 OOO를 공급받은 것으로 보아야 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 「조세특례제한법」 제105조 제2항의 적용은 해당 농민이 적극적인 부정행위 등을 통해 부당하게 영세율을 적용받은 경우에 공급받은 자로부터 부가가치세 및 가산세를 추징한다는 것으로 이 건의 경우 OOO이 부당한 행위를 통하여 영세율을 적용받은 것이 아니라 청구법인이 세금계산서 발행 전에 OOO이 「조세특례제한법」 제105조 제1항에 따라 부가가치세 영세율 적용대상인 축산업용 기자재등을 공급받는 농민이 맞는지 확인하지 아니한 것이어서 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

(3) 사업자가 영세율이 적용되지 아니하는 과세거래분에 대하여 영세율세금계산서를 교부하고 부가가치세 신고시 그 매출세금계산서를 근거로 매출처별세금계산서합계표에 기재하여 제출한 경우에는 부가가치세액이 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제22조 제2항 제1호 규정에 따른 세금계산서불성실가산세가 적용되는 것(서면인터넷방문상담3팀-2432, 2004.12.2.)이므로 이 건 세금계산서 불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점거래처에 대한 공급가액을 부가가치세 영의 세율 적용대상으로 볼 수 있는지 여부

② 영세율 적용배제에 따른 부가가치세 추징세액의 적법 여부

③ 세금계산서불성실가산세 과세처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다.(후단 생략)

5.대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가및 지방자치단체와「농업협동조합법」, 「엽연초생산협동조합법」 또는 「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회와 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용또는 임업용기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

마.「사료관리법」에 따른 사료( 「부가가치세법」제26조에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 제외한다)

②관할 세무서장은 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민에 해당하지 아니하는 자가 같은 호 라목 및 마목에 따른 축산업용 기자재 및 사료(이하 이 항에서 “축산업용 기자재등”이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다.

(2) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제2조【영세율 적용대상 농ㆍ어민 등의 범위】①「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제105조 제1항제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란 「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농민”이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.

1.개인(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다)

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조【농어업경영정보의 등록】① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체 : 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보

(4) 국세기본법 시행령 제27조【무신고가산세】② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 방법"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 허위기장

2. 허위증빙 또는 허위문서(이하 이 조에서 "허위증빙등"이라 한다)의 작성

3. 허위증빙등의 수취(허위임을 알고 수취한 경우에 한한다)

4. 장부와 기록의 파기

5. 재산을 은닉하거나 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한 사기 그 밖에 부정한 행위

(5) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제22조【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1(제3호에 해당하는 경우에는 1천분의5)에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 제3호 및 제4호는 법인사업자에 대해서는 2010년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대해서는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용한다.

2. 제16조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우

(6) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것)

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제60조【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

5.세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우그 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액.다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

(7) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제108조【가산세】③ 법 제32조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제60조 제2항 제5호에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점거래처에 대한 과세기간별 OOO 공급내역 및 처분청의 경정·고지내역은 다음 <표1>·<표2>와 같다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 OOO에게 OOO이 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록하지 아니한 사실은 인정하면서도 실질적인 농민에 해당되므로 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 마목의 규정에 따라 청구법인이 OOO에게 공급한 OOO는 부가가치세 영세율 적용대상이라고 주장하면서 OOO이 실질적인 농민에 해당되는 근거로 다음과 같은 자료를 제시하였다.

1) OOO으로부터 2008.7.3. 교부받은 사업자등록증에 의하면 OOO은 충청남도 OOO이라는 상호로 2002.9.16. 개업하였고, 업태는 OOO으로, 교부사유는 정정재교부로 각 기재되어 있다.

2) OOO과 각 체결한 육계위탁사육계약서를 제시하였다.

3) 청구법인은 이의신청 당시 OOO이 2014.2.13. 국립농산물품질관리원 OOO로부터 임시 발급받은 농업경영체 등록 확인서를 제시하였다.

(나) 처분청은 청구법인이 OOO에게 OOO 공급 당시 OOO이「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록하지 아니한 자이므로 「조세특례제한법」 제105조 제1항제5호 마목의 규정에 따라 영세율 적용대상이 아니라는 의견으로, 농어업경영체 등록을 하지 않은 양축농가에 대해 부가가치세 과세대상에서 제외해 달라는 대한한돈협회의 요청에 대해 기획재정부에서 수용불가 입장을 밝혔다는 취지의 신문기사(축산뉴스, 2014.3.26. 기사입력)를 제시하였다.

(다) 청구법인은 OOO에 대한 OOO 공급과 관련하여 동 거래의 실질적인 OOO 공급을 받은 자는 OOO로서 「조세특례제한법」제105조 제1항제5호 마목의 규정에 따라 영세율 적용대상이라고 주장하며 그 근거로 다음과 같은 자료를 제시하였다.

1) 국립농산물품질관리원장이 2014.11.13. 발급한 농업경영체등록확인서에 의하면 경영주는 OOO로, 최초등록일자는 2011.2.11.로 되어 있고, 경영주 외 농업인으로 OOO이 기재되어 있으며, 경기도OOO 하천 66㎡, 같은 리 167-2 전 3,724㎡, 같은리 168 답 1,484㎡ 필지상의 축사에서 육계 및 닭을 사육하고 있는 것으로 되어 있다.

2) OOO의 주민등록등본에 의하면 주소지는 경기도 OOO은 동 주소지에 2011. 7.20. 전입한 사실이 나타난다.

3) 청구법인은 OOO 명의의 ‘사실확인서’(2015년 1월)를 제시하였는바, 주요내용은 다음과 같다.

(라) 처분청은 청구법인으로부터 OOO를 실제 공급받은 자는 OOO으로 보아야 한다며 그 근거로 다음과 같은 자료를 제시하였다.

1) 경기도 OOO이 2009.4.6. OOO에게 발급한 OOO에 의하면 경기도 OOO이라는 상호로 6동의 사육시설(2,973.3㎡)을 보유하면서 육계를 사육하고 있는 사실이 나타난다.

2) 경기도 OOO은 OOO 등록이후 계속 사업을 영위하고 있음이 탐문된다고 확인한 것으로 되어 있다.

3) OOO은 2009.11.16.자로 지정된 사실이 나타난다.

(마) 2010.12.30. 대통령령 제22575호로 「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」 개정시 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 규정에 따라 부가가치세 영세율 적용대상이 되는 개인인 농민의 범위에 대해 규정하고 있는 제2조 제1항 제1호가 기존 개인에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의해 농어업경영정보에 등록을 한 자로 한정하는 것으로 개정되었는바, 「간추린 개정세법」은 개정취지에 대해 “농촌 인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성 향상을 지원하기 위한 면세유 제도가 주말농장 등 일시적 농업에 종사하는 경우까지 지원되는 부작용을 방지하기 위해”라고 되어 있다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 마목에 따라 영세율 적용대상이 되는 농민의 범위에 대해 당초 「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」 제2조 제1항 제1호에서 개인으로 규정하고 있다가 동 규정이 2010.12.30. 개정되면서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다고 추가되어2011.7.1.부터 시행하는 것으로 규정되었는데 OOO이농어업경영정보를 등록하지 아니한 자에 해당하는 사실에 대하여 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없는 점 등에 비추어 청구법인의 OOO에 대한 공급가액 OOO원에 대해 영세율 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다만, OOO이라는 상호로 2009.4.6. 경기도 OOO장에게 신고하여 발급받은 OOO에 의한 사육시설 소재지가 OOO의 주소지로 되어 있고, OOO가 2011. 2.11. 등록한 농어업경영정보에 의한 사육시설 소재지가 동 주소지의 연접토지에 위치하고 있어 OOO가 사육시설을 함께 운영하는 것으로 나타나므로청구법인이 OOO에게 발급한 영세율세금계산서의 공급받는 자는 OOO로 보이므로 관련 공급분에대해서는 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 마목에 따라 영세율을 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 「조세특례제한법」 제105조 제2항에서 농민에 해당하지 아니하는 자가 축산업용 기자재 및 사료를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재 등을 공급받은 자로부터 부가가치세액과 가산세를 추징한다고 규정하고 있으므로 이 건의 경우에도 청구법인으로부터 OOO를 공급받은 자들로부터 부가가치세 및 가산세를 추징하여야 한다고 주장하나, 동 규정은 농민에 해당하지 아니하는 자가 적극적인 부정행위 등을 통해 부당하게 영세율을 적용받은 경우에 적용하는 것으로 보아야 할 것이고, 청구법인이「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록하였는지 여부를 제대로 확인하지 아니한 채 영세율세금계산서를 발행한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인에게 부가가치세 및 가산세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 마지막으로,쟁점③에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」 제32조제1항 제3호에서 부가가치세액을 필요적 기재사항으로 규정하고 있고,과세대상 거래에 대해 영의 세율을 적용한 세금계산서를 발행하는 경우 부가가치세액이 사실과 다르게 기재된 것인 점, 같은 법 시행령 제108조 제3항에서 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우라 함은 납세자가 교부한 세금계산서의 기재사항으로 부가가치세를 부과·징수하는데 어려움이 없을 정도로 그 거래의 주요 내용이 확인되어 납세자에게 굳이 의무이행을 해태한 책임을 물을 필요가 없는 경우를 의미하는 것으로 세금계산서에 기재된 부가가치세액은 매입자에게는 매입세액공제액을, 매출자에게는 부가가치세 매출세액을 결정하는 등 부가가치세제 운영상 거래의 중요한 내용을 알려주는 것이어서 부가가치세 일반세율(10%)이 적용되는 거래를 영세율로 기재하여 세금계산서를 발행하는 경우는 세금계산서불성실가산세의 적용이 배제되는 것이 아닌 점 등에 비추어 청구법인에게세금계산서불성실가산세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.