가.청구인의 부(父) 유OOO은 2000.7.24. 취득한 OOO아파트 27동 310호(이하 ‘종전주택’이라 한다)이 2000.9.6. 재건축사업계획이 승인되어 재건축됨에 따라 2004.9.30. OOO아파트 105동 1401호(이하 ‘쟁점신축주택’이라 한다)를 대체취득하였다가 2009.4.15. 쟁점신축주택을 양도한 후, 2009.7.3. 처분청에 양도소득세 과세표준 예정신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고, 「조세특례제한법」제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면신고하였다.

나.처분청은 OOO지방국세청장의 「조세특례제한법」제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 쟁점신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 종전주택 취득일(2000.7.24.)부터 신축주택사용승인일 전일(2004.9.29.)까지의 양도소득금액에 대한 감면적용을 배제하여 2012.9.14. 청구인(부의 사망으로 청구인에게 고지)에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.9.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청이 적용한 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항은 취득일로부터 5년 이후에 양도된 경우에 적용하는 것이어서 5년 이내에 양도된 이 건의 경우에는 적용할 수 없는 것이므로 「소득세법 시행령」제166조에 의하여 금액을 계산하여야 하는데, 쟁점신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득은 조특법 제99조의3에 의하여, 그 이전 발생한 소득은 환지에 대하여 양도로 보지 아니하도록 규정한 「소득세법」제88조 제2항에 따라 과세되지 아니하므로 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있으므로 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년이내에 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액 등 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 할 수 없는 것이고, 그 감면소득금액의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항에 의하도록 하고 있으므로 청구인의 감면신청을 일부 부인하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 처분청 결의서 등 이 건 심리자료에 의하면,청구인의 부(父) 유OOO은 2000.7.24. 취득한 종전주택이 2000.9.6. 재건축사업계획이 승인되어 재건축됨에 따라 2004.9.30. 쟁점신축주택을 대체취득하였다가 2009.4.15. 쟁점신축주택을 양도한 후, 2009.7.3. 처분청에 양도소득세 과세표준 예정신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고, 「조세특례제한법」제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면신고하였는데, 처분청은 종전주택 취득일(2000.7.24.)부터 신축주택사용승인일 전일(2004.9.29.)까지의 양도소득금액 에 대한 감면적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 것으로 나타난다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도 소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 하면서제4항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도 소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(3) 청구인은 처분청이 적용한「조세특례제한법시행령」 제40조 제1항은 취득일로부터 5년 이후에 양도된 경우에 적용하는 것이어서 5년 이내에 양도된 이 건의 경우에는 적용할 수 없는 것이므로 「소득세법 시행령」제166조에 의하여 금액을 계산하여야 하는데, 쟁점신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득은 「조세특례제한법」 제99조의3에 의하여, 그 이전 발생한 소득은 환지에 대하여 양도로 보지 아니하도록 규정한 「소득세법」제88조 제2항에 따라 과세되지 아니하므로 과세처분은 부당하다고 주장하나, 처분청은 청구인의 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득 중 쟁점신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득을 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하였고, 이는 다음과 같은 이유로 타당하므로 청구주장을 받아들일 수 없다고 할 것이다.

(가) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 제2호는「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 청구인이 감면대상이라고 주장하는 종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하다고 할 것이다.

(나) 한편, 위 「조세특례제한법」 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것임에도, 「소득세법 시행령」제166조에 의하여 「조세특례제한법」 제99조의3에 의하여 소득금액을 계산하고 이를 「조세특례제한법」 제99조의3 등에 의하여 전액 감면 또는 비과세하여야 한다는 청구주장은 법령에 반하는 주장이므로 받아들일 수 없다(조심2012서3623, 2012.9.28. 등 다수 참조).

<감면대상 소득금액 계산식>

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.