가.청구인은 1986.3.5. 개업하여 OOO에서 ‘OOO’라는 상호로 문구·제도용품 도소매업을 영위하는 사업자이고, 화장지 등 도소매업을 영위하였던 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 2004년 제1기 및 제2기에 공급가액53,070,659원 및 29,986,210원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 포함,다음 <표1>과 같이 세금계산서를 교부받아 그 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

OOOOOOOOOO OOOOOO OOOO

(OO : O)

나. 2008년 7월 OOO 대표자 정OOO이 사망하면서 상속세 조사를 하던 중 OOO의 위장(가공)매출 혐의가 발견되었고, 이에OO세무서장은 2011년 6월 세무조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공의 세금계산서라는 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 부과제척기간 10년을 적용하여 쟁점세금계산서 매입세액을 불공제하여 2011.9.14. 청구인에게 2004년 제1기 및 제2기 부가가치세OOO원 및OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.6. 이의신청을 거쳐 2012.4.2. 심판청구를 제기하였다(2006년 제2기 등 다른 과세기간의 세금계산서 교부분 부가가치세에 대하여는 불복하지 아니하고 납부하였다).

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 사업상 도움을 받던 ‘OOO’에서 퇴직한 민OOO을 직원으로 채용하여 사업의 일정 부분을 민OOO에게 맡겨 운영하였기에 민OOO이 OOO로부터 가공의 세금계산서를 받았을 수도 있다는 생각에 부과제척기간 내의 2006년 및 2007년 부가가치세는 전세보증금을 축소하여 납부하였으나, 직원관리에 소홀함이 있지만 사기 기타 부정한 방법으로 직접 쟁점세금계산서를 수취한 것은 아니어서 이의신청을 하게 되었고, 이의신청 과정에서 중환자실에 입원하여 연락이 되지 아니하던 민OOO에게서 실제로 화장지를 구입하여 실물을 거래하였다는 답변을 듣고 추가적으로 사실을 확인하게 되었다.

(2) OOO는 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에서 생산한 화장지를 판매한 대리점으로서 자료상이 아닌 정상사업자였고, 청구인은 매입한 화장지를 매출처인 에너지관리공단, 이화산업 등에 청소용품·규격봉투와 함께 납품한 사실이 있으며, 이는 매출장에 의해 확인된다.

(3) 구로세무서장의 2011년 6월 조사당시 OOO는 이미 폐업(2008.7.10.)하였고, 대표자 정OOO이 사망하여 조사대상자도 없는 상태에서 청구인은 대금결제 내역 및 정OOO의 배우자 이OOO가 작성한 거래사실 확인서를 제출하면서 실제 거래를 주장하였으나, 처분청은 금융자료가 명확하지 아니하고 자료상과의 거래라는 이유로 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 보았는바, 이는 장부 등의 보존기간 5년이 경과하고 구체적인 조세포탈 혐의도 없이 청구인에게 과세관청의 입증책임을 전가한 것이므로 부당한 처분이다.

(4) 청구인은 민병일의 과오로 생각하여 착각에 의해 2006년 및 2007년의 부가가치세를 납부하였으나, 위와 같이 OOO와 실제로 거래하였고 부과제척기간도 경과하였으므로 2004년 제1기 및 제2기 부가가치세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 것으로는 인정하면서 사기 기타 부정한 행위에 해당하지는 아니한다고 주장하나, 실물거래없이 교부받은 세금계산서로 부가가치세를 공제받은 경우 조세의 부과·징수를 현저히 곤란하게 하는 부정한 행위에 해당하고, 사실과 다른 세금계산서를 교부받은 사실이 명백하므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 년연간

제85조의3【장부 등의 비치 및 보존】① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다.

(2) 부가가치세법

제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. (단서 생략)

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서 조사공무원이 2011년 6월 작성한 OOO에 대한 조사종결복명서의 주요내용은 다음과 같다.

(가) (인적사항) 사업장은 OOO이고, 대표자는 정OOO이며, 화장지 외 도소매업을 영위하였고, 2003.7.1. 개업하여 2008.7.10. 폐업하였다.

(나) (조사사유) 2008년 7월 대표이사 정OOO의 사망으로 폐업된 법인으로서 상속세 조사시 거래처 매출누락 혐의가 있어 조사가 실시되었으나, 화장지·생리대 등 총 매입액의 98% 정도가 OOO로부터 구입한 것으로 볼 때 매출누락보다는 위장(가공)매출 혐의가 있어 조사를 전환하였다.

(다) (사업장 현황) 정OOO의 배우자 이OOO는 사업에 관해 전혀 모르고 회사 폐업 후 관련 컴퓨터 등을 형진유통 유OOO에게 넘겼으며, 7 8명에 달하던 직원들이 폐업 후 모두 흩어져 당시 사업과 관련하여 소명할 수 없다고 진술하였고, 조사 착수 후 사업장을 방문한바 건물을 철거중인 것으로 확인되었다.

(라) (조사내용) OOO는 OOO의 대리점으로 화장지 및 생리대 등 도매업종을 영위한 것으로 확인되고, 거래형태는 슈퍼마켓 등 거래처에 화장지 등을 배달하고 현장에서 현금 등을 수령하거나 가계수표 등을 받는 거래행태가 있었으며, 조사 대상기간 동안 세금계산서 및 계산서 발행은 정OOO이 관리한 것으로 파악되었다.

(마) OOO의 자료상 행위에 대한 조사결과는 다음과 같다.

1) OOO는 현금 및 가계수표 등을 받는 등으로 실제 거래처 전체를 파악할 수 없는 한계가 있으나, 상품을 판매하지 아니하고 가공의 세금계산서를 발행한 것은 아니고, 실제 판매처가 아닌 다른 사업자에게 세금계산서를 교부한 것으로 판단된다.

2) 조사대상 기간이 2004년 1기로 당시 거래처 대부분이 세금계산서 등 거래 관련 서류의 폐기 등을 사유로 소명이 어려운 점을 호소하고 있고, 거래금액이 대부분 OOO원에 불과하며 거래처 매장에서 직접 현금 등을 수령하고 있는 거래관행이 있었던 점을 고려하여 조사를 진행하였다.

3) OOO의 주요 매입처는 OOO이고 매입액의 98% 정도를 구입하고 있으며, OOO가 조사대상 기간에 총 OOO원을 OOO의 예금계좌에 입금한 것으로 확인되어 정상거래로 판단된다.

4) 청구인은 2004년 제1기부터 2007년 제2기까지 총공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취한 사업자로서 제시한 세금계산서, 거래명세서, 금융증빙을 검토한 결과, 세금계산서 및 거래명세서 등이 OOO에서 사용하지 않는 서식이므로 전액 가공거래로 확정하였다.

(2) 이의신청 당시 청구인은 물건을 다른 거래처로부터 매입하면서 세금계산서는 사실과 다르게 OOO로부터 교부받았다는 내용의 서면을 제출한 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제시한 증빙의 주요내용은 다음과 같다.

(가) OOO 대표자 정OOO의 배우자 이OOO는 2011.8.22. 인감증명서를 첨부하여 작성한 거래내용 확인서에서 청구인과 2004년 제1기 및 제2기에 거래사실이 있음을 확인하였다.

(나) 청구인이 제시한 쟁점세금계산서와 관련된 거래품목 및 대금결제의 내역은 다음 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO OOO OO OOOO O OOOO OO

(OO : O)

O OOOO OOOOO OOOO, OOOO OOOOOO OOOO OOOO OOOOOO OOOOO OOOOO OO

(다) 청구인은 사무용 문구류를 취급하는 문구점의 경우 소모품(커피, 종이컵, 화장지 등)까지 취급하는 것이 일반적이므로 민OOO을 통한 화장지 거래가 가능하다면서 다음 <표3>과 같은 화장지 등의 판매내역을 제시하였다.

OOOOOOOOOO OOOOO OOO O OOOO(OOO OOO)

(OO : O)

(4) 살피건대, 통상 처분청의 조사에 의하여 거래상대방이 자료상으로 고발되었다면, 실지 거래가 있었다는 점에 관하여는 청구인이 입증하여야 할 것이나, 「국세기본법」제85조의3 제2항은 납세자가 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하도록 하고 있는 점을 감안할 때, 처분청이 문서보존 기간이 지나서 과세함으로써 청구법인이 객관적인 증빙을 제시하지 못하는 경우에도 청구법인에게 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 보이는바, 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 거래상대방으로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 당해 세금계산서가 사실과 다르게 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이다(조심 2009중4271, 2010.12.31. 참조).

쟁점세금계산서의 경우 청구인이 이의신청 당시까지 사실과 다른 세금계산서임을 인정하는 입장을 취하였기는 하나, OOO세무서장의 2011년 6월 조사당시 OOO는 폐업상태였고, 대표자가 이미 사망하였으며, 배우자 이성자가 실물을 거래하였다는 취지로 확인서를 제출하였고, OOO가 대금을 현금으로 수령하였다는 조사결과에 부합하게 청구인이 거래대금을 현금출금하여 결제하였다는 내역을 증빙으로 제시하였으며, 처분청은 발행자로부터 쟁점세금계산서가 사실과 다르게 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나 금융자료 등 쟁점세금계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것으로 보기 어려운바, 이러한 경우까지도 사기 기타 부정한 경우로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 과세하는 것은 무리한 것으로 판단된다.

4. 결 론

심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.