가. 청구법인은 OOO(이하 “관리공단”이라한다)과 위탁운영계약을 체결하고 주차사업 외 8개의 사업을 위탁운영하고 있는 지방자치단체로서, 2007년 제1기부터 2009년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 위 사업 중 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)의 사용료 및 수강료 등의 수입금액은 위탁자인 청구법인의 세입으로 귀속시키고 부가가치세 신고시 매출로 신고하였으나, 매입과 관련된 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 관리공단이 자신의 명의로 교부받아 매입세금계산서합계표를 처분청에 제출하고, 부가가치세 신고는 하지 아니하여 쟁점세금계산서 관련 매입세액은 청구법인과 관리공단 모두 공제받지 아니하였다.

나. 청구법인은 2009.11.30. 착오로 인하여 쟁점세금계산서의 공급받는 자가 청구법인이 아닌 관리공단을 명의로 발행되어 매입세액을 공제받지 못하였다는 이유로 관련 매입세액을 당해 각 과세기간의 청구법인의 매입세액으로 공제하는 것으로 하여 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2010.2.11. 쟁점세금계산서를 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인의 경정청구에 대하여 거부통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

관리공단은 청구법인이 전액 투자하였고, 청구법인으로부터 감독 및 통제를 받고 있는 청구법인의 업무대행기관으로서, 청구법인과 관리공단의 위수탁계약에 의하여 쟁점사업장의 시설사용료 등 수입금 전액은 청구법인의 세입으로 귀속되고, 수선관리비 등의 비용은 관리공단이 청구법인으로부터 예산을 배정받아 지출하고 있으며, 쟁점세금계산서의 공급받는 자가 관리공단으로 기재된 것은 단순한 업무상 착오에 의한 것으로서 위수탁계약서 등에 의하여 공급받는 자가 관리공단이 아닌 청구법인이라는 사실이 확인될 뿐만 아니라, 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재되었더라도 다른 필요적 기재사항 및 임의적 기재사항에 의하여 실제 거래사실이 확인되는 경우에는 관련 매입세액을 공제하는 것이 타당하고, 관리공단의 모든 매출이 청구법인에 귀속되듯이 청구법인으로부터 위탁받은 업무 범위내에서 매입하고 승인받은 예산으로 지출한 매입액 또한 청구법인의 매입으로 보아야 함에도 불구하고, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

국가·지방자치단체 등이 「부가가치세법 시행령」제38조 제3호에서 규정하는 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 경우에는 매입세액의 공제에 있어서 일반사업자와 동일하게「부가가치세법」이 적용되는 것으로서, 공급받는 자의 등록번호가 사실과 다르게 기재된 쟁점세금계산서 관련 매입세액은 공제받을 수 없으며, 쟁점세금계산서 발행자는 관리공단으로부터 발주·매입주문에 따른 공급 이후 대금을 받았으므로 객관적으로 존재하는 사실을 바탕으로 쟁점세금계산서를 교부한 바, 단순한 사무착오로 공급받는 자를 잘못 기재한 것으로 보기 어렵고, 이를 수취한 관리공단과 청구법인이 세금계산서의 기재사항 확인에 대하여 성실한 주의의무를 다할 책임이 있음에도 불구하고 여러 과세기간에 걸쳐 계속적·반복적으로 관리공단 명의로 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 거래사실의 진위가 확인가능하다는 사정만으로는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

위탁자가 수탁자의 명의로 교부된 세금계산서에 대하여 부가가치세 매입분으로 신고하지 아니하였으나 추후 세금계산서의 공급받는 자가 착오로 잘못 기재되었으므로 위탁자의 매입세액으로 공제하여 한다는 이유로 한 경정청구를 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것)

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1.과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

(2) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)

제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑤ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다.다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

제12조【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는용역으로서 대통령령이 정하는 것

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다.이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2.공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만,대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

(3) 부가가치세법 시행령(2010.1.27. 대통령령 제22003호로 개정되기 전의 것)

제38조【국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.

3.부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만，다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

나. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역

제53조【세금계산서】① 법 제16조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 공급하는 자의 주소

2.공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소

2의2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

3. 공급품목

4. 단가와 수량

5. 공급연월일

6. 거래의 종류

7. 사업자단위과세사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호

제58조【위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 발급】②위탁매입또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.

제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

5.필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우:세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.

제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조에 따라 교부받은세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 관리공단은 「지방공기업법」제76조 및「OOO 설립 및 운영에 관한 조례」에 의거 설립되고 청구법인이 전액 투자한 법인으로서, 청구법인과의 위탁운영계약에 의하여 위임받은 범위내에서 쟁점사업장의 운영을 관리하는 업무대행기관이며, 쟁점세금계산서는 관리공단이 교부받아 청구법인이 부가가치세 신고시 이를 매입처별세금계산서합계표에 포함하지 아니한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인과 관리공단이 쟁점사업장의 관리·운영을 위하여 체결한 위탁운영계약서에 의하면, 위탁시설의 유지보수 및 안전관리에 관한 사항, 장비·비품·물품 등의 구입 및 제작에 관한 사항이 위·수탁관리의 범위에 포함되어 있고, 쟁점사업장에서 발생하는 모든 수입금은 청구법인의 징수결의에 의하여 금고에 납입(구세입 조치)되며, 관리공단의 예산은 청구법인의 세출예산에 편성되어 있고, 관리공단은 각 대행사업별로 청구법인으로부터 구체적인 업무지시·감독·통제를 받고 있으며, 쟁점사업장의 재산은 청구법인의 소유이고, 청구법인은 관리공단의 사업계획서와 수입금내역서를 검토한 후 관리비용(인건비, 사무관리비, 수선관리비 등)을 예산으로 승인하며, 관리공단에 월별로 보조금(위탁운영비)을 교부하고, 관리공단은 예산범위내에서 이를 집행하는 것으로 되어 있다.

(3) 「부가가치세법 시행령」제38조(국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위) 제3호는 지방자치단체가 하는 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업에 대하여 부가가치세 과세대상인 용역의 공급으로 규정하고 있는 바, 청구법인은 쟁점사업장을 사용하게 하고 받은 대가인 모든 수입금을 징수결의에 의하여 금고에 납입(구세입)조치하고 청구법인을 공급자로 하여 세금계산서를 교부하였으나, 관리공단은 2009년 제1기 부가가치세 과세기간까지는 청구법인으로부터 위탁받은 업무를 처리하면서 매입처에 발주 및 매입주문을 하고, 대금을 지급한 것에 대한 세금계산서를 관리공단을 공급받는 자로 하여 수취하다가 2009년 제2기 부가가치세 과세기간부터는 청구법인을 공급받는 자로 하여 수취하고 있다.

(4) 관리공단은 청구법인으로 위탁받은 업무 범위내에서 자신의 명의로 발주·매입하고 용역 또는 재화를 공급받은 후 대금은 청구법인으로부터 승인·교부받은 예산으로 지급한 바, 이는 「상법」제101조(의의)에서 규정하는 위탁매매에 해당하고, 「부가가치세법」제6조(재화의 공급) 제5항은 위탁매매에 의한 매매에 있어서는 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 보나, 위탁자를 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제58조(위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 발급) 제2항은 위탁매입에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다고 규정하고 있는 바, 수탁자가 위탁자로부터 위탁을 받아 매입하는 경우에는 위탁자는 공급자로부터 자기의 명의로 세금계산서를 교부받으면 다시 자기의 명의로 위탁자에게 세금계산서를 교부하여야 한다(「부가가치세법」통칙 16-58-12 참고).

(5) 「부가가치세법」제17조 제2항 제1호의2는 사업자가 교부받은 세금계산서의 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제16조 제1항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있으며, 다만 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에서 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 예외적으로 매입세액을 공제할 수 있도록 규정하고 있는 바, 여기서 ‘사실과 다르게 기재된 경우’라 함은 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받은 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 의미하는 것으로서, 이와 같은 규정은 부가가치세가 내국세 수입의 막대한 부분을 차지하고 있을 정도로 국가재정수입의 기초를 이루고 있는 상황에서 이른바 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계상 당사자간의 거래를 노출시킴으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 담보할 목적 아래 마련된 일종의 제재규정이라 할 것이다OOO.

(6) 쟁점세금계산서상의 매입세액을 실제 사업자인 청구법인의 매입세액으로서 공제하여야 하는지의 여부와 관련하여 살피건대, 청구법인과 관리공단은 청구법인이 쟁점사업장의 관리 및 운영을 관리공단에게 위탁함에 있어서 수익ㆍ비용 및 위험 등을 청구법인의 책임과 계산으로 부담하고, 관리공단은 위탁받은 업무를 대행하는 대가로 운영비 등을 지급받는 일반적인 위수탁계약의 관계임에도 불구하고, 쟁점세금계산서의 공급받는 자를 위탁자인 청구법인이 아니라 수탁자인 관리공단으로 하여 교부받고도 관리공단이 청구법인에게 세금계산서를 교부하지 아니하였고, 청구법인이 「부가가치세법 시행령」제59조(수정세금계산서 교부사유 및 교부절차) 제5호에 의거 수정세금계산서를 교부받아 경정청구를 하지 아니하여, 쟁점세금계산서의 기재사항만으로는 실지 공급받는 자가 청구법인이라는 사실을 확인할 수 없는 바, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.