가. 청구인은 2009.12.17. 경기도 OOO 전 195㎡, 동소 90-1 전 162㎡, 동소 92-1 전 277㎡, 동소 92-4 전 131㎡ 및 동소 92-5 전 5㎡(5필지 합계 770㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 2010.2.26. 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. OOO지방국세청장은 처분청에 대하여 종합감사를 실시한 결과, 쟁점토지가 2001년 이후 주거지역에 편입된 농지이고 지목이 전임에도 농지로 사용하지 않는 등 비사업용 토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하고 경정결정하라는 취지의 처분지시를 하였고, 처분청은 2013.9.16. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지의 실제 지목을 “전”으로 볼 경우 「소득세법 시행령」제168조의14에서 규정하고 있는 “2006.12.13. 이전에 20년 이상을 소유한 농지, 임야 및 목장용지로서 2009.12.31.까지 양도하는 토지”에 해당하고,

설령, “전”이 아닌 “잡종지”에 해당한다고 보더라도 위 규정의 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당하므로 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 부인하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 청구인이 직접 경작한 농지가 아니고 지구단위계획구역으로 지정되어 있으나 본래의 용도인 경작 자체가 금지 또는 제한되고 있는 토지가 아니므로 비사업용 토지에 해당한다고 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제95조 [양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조의3 [비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가.대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지.(단서 생략)

(2) 소득세법 시행령 제168조의6 [비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의8 [농지의 범위 등] ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「농지법」제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

제168조의14 [부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1.토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

1. 2006년 12월 31일 이전에 상속받은 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

2.2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본 등에 의하면 청구인의 쟁점토지 취득일 및 양도일은 아래 <표>와 같고, 쟁점토지의 취득가액은 OOO원, 양도가액은 OOO원, 필요경비는 OOO원, 양도차익은 OOO원으로 하여 양도소득세 등을 신고하였다.

<표> 쟁점토지의 취득일 및 양도일

주) 위 토지 중 1978.12.30. 취득분의 경우 양도소득세 신고시 취득일을 1985.1.1.(의제취득일)로 하여 신고.

(2) 처분청의 조사내용에 의하면청구인은 쟁점토지를 취득한 후 2007.5.22.까지 원거리에 거주하면서 이를 직접 경작한 사실이 없고, 쟁점토지는 2001.3.21. 제2종 일반주거지역에 편입되었고 양도일까지 계속해서 재산세 종합합산토지로 과세되었으며, 항공사진 등에 의하면 양도일 현재 농지로 사용하고 있지 아니한 것으로 조사되었다.

(3) 쟁점토지가「소득세법」상 비사업용 토지에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 「소득세법」제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14에서 비사업용 토지를 판정할 때 토지를 취득한 후에 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있도록 규정하고 있고, 이 때 농지의 경우에는 본래의 용도인 경작 자체가 금지 또는 제한되지 아니한 것은 법령에 따라서 사용이 금지 또는 제한되는 토지에 해당되지 아니하는 것으로 풀이되는바(OOOOOOOOOO, 2009.12.28. 같은 뜻임),

쟁점토지의 경우 2001.3.21. 일반주거지역에 편입되었으나 동 토지가 공부상 용도인 경작 자체가 금지 또는 제한되었다고 인정할 만한 사정이 보이지 아니하므로 위 규정에 의하여 비사업용 토지에서 제외된다고 보기는 어렵다 하겠다.

(나) 한편, 「소득세법」제104조의3은 제1항 각 호에서 양도소득세가 중과되는 비사업용 토지의 종류를 열거하면서, 제2항으로 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고, 그 위임에 의한 같은 법 시행령 제168조의14 제3항 제2호는 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우의 하나로 ‘2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지’를 규정하고 있는 바,

위 규정들의 입법취지가 농지·임야 및 목장용지는 본래의 용도를 유지하는 경우 다른 종류의 비사업용 토지에 비하여 양도소득세 중과를 통한 부동산투기수요 억제의 시급성이 덜하다고 보아 2009. 12.31.까지 한시적으로 양도소득세 중과를 유예하는데 있는 것으로 보이는 점, 양도소득세의 면제나 중과 요건의 판정은 특별한 규정이나 사정이 없는 한 양도시를 기준으로 하는 것이 원칙인 점, 위 시행령 제168조의14 제3항 제2호 말미의 ‘토지’는 전체 문언의 체계상 앞부분의 ‘농지·임야 및 목장용지’를 통칭하는 의미일 뿐 그 밖의 다른 용도의 토지까지 포함하는 의미는 아닌 것으로 해석되는 점 등을 고려하면, 위 시행령 제168조의14 제3항 제2호의 적용대상이 되기 위해서는 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상 소유하다가 2009년 12월 31일까지 양도한 농지·임야 또는 목장용지로서 양도 당시에도 그것이 농지·임야 또는 목장용지에 해당하여야 한다고 해석함이 타당하다(2012.7.12. 선고 대법원 2011두31963, 같은 뜻임).

그렇다면, 쟁점토지의 경우 양도 당시 농지 등으로 사용되었다고 인정할 만한 정황이 보이지 아니한 이상, 비사업용 토지에서 제외하는「소득세법시행령」제168조의14 제3항 제2호(2006년 12월 31일 전에 20년 이상을 소유한 농지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지)에서 규정하고 있는 토지에 해당된다고 보기도 어렵다 하겠다.

(4) 따라서, 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제 적용을 부인하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.