청구법인은 금융업(OOOOO)을 영위하는 법인으로서, 사옥 및 임대업을 목적으로 97.11.26 수원시 팔달구 OO동 OOOOO 대지 718㎡위에 건물 1,894.45㎡를 신축하고, 98.1.14 부가가치세 과세사업자로 사업자등록정정신고를 한 후, 97년 2기 부가가치세 신고시, 위 건물을 신축한 공사비에 대한 매입매입세액 99,174,999원 중 임대업으로 사용할 부분에 대한 매입세액 56,650,795원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급받았으나, 처분청은 청구법인이 98.1.14 임대업으로 사업자등록정정신고를 하였으므로 사업자등록정정신고를 하기전인 97.2기 과세기간에는 부가가치세 면세사업자이었기 때문에 그 당시 매입세액에 대해서는 매입세액공제를 할 수 없다 하여 98.3.18 기 환급한 부가가치세 56,650,790원을 청구법인에게 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 98.5.13 심사청구를 거쳐 98.8.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

건물신축과 관련하여 수취한 매입세금계산서는 공사도급계약서에 의하여 정상적으로 수취한 것이므로, 부가가치세 과세사업인 부동산임대업으로 사용될 부분에 대해서는 매입세액으로 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견

부가가치세 면세사업인 금융업을 영위하는 청구법인이 부가가치세 과세사업인 부동산 임대업을 겸업하기 위해서는 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하여야 할 것인 바, 청구법인이 과세사업인 부동산 임대업을 겸업하기 위하여 사업자등록정정신고를 한 날이 98.1.14임이 처분청이 제출한 민원사무처리부에 의하여 확인되므로 98.1.14이전의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록을 하기전의 매입세액에 해당되므로 매입세액공제대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건은 사업자등록정정신고를 하기전의 매입세액에 대하여 공제를 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제5조【등록】제1항에서는 「신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 내에 사업장관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다」라고 규정하고 있으며, 같은법 제17조【납부세액】제1항에서는 「사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액」이라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서는 「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. ～ 4. (생 략)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액」이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

처분청의 과세자료 등에 의하면, 청구법인의 건물신축과 관련하여 99,174,999원의 매입세액이 있었으며 그중 97.2기 부가가치세 신고시 임대업과 관련된 쟁점매입세액을 환급받았으며, 청구법인이 사업자등록정정신고를 한 것은 98.1.14이라는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

살펴보건대,

부가가치세 면세사업자이던 청구법인이 면세사업자등록증을 교부받았다는 사실만으로는 부가가치세법 제5조 제1항 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없는 것이므로(국심 88서147, 88.4.19, 대법원 84누16384.7.10 같은 뜻), 청구법인이 과세사업자로 등록정정신청을 한 98.1.14 이전의 임대용 건물신축과 관련한 쟁점매입세액을 부가가치세법 제5조 제1항 규정에 의한 등록을 하기 전의 것에 해당하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 기 환급한 쟁점매입세액을 추징한 처분은 정당하다(국심 95광2081, 95.5.24 등 다수 같은뜻임)고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.