가. 청구법인은 1975.3.1.부터 항공기상관측장비를 기상청 및 방위 사업청에 납품하는 법인으로, 청구법인의 대표이사인 OOO는 2002∼2008사업연도 중 공급가액 합계 766,323,610원의 가공매입세금계산서를수취한 후 가공원가를 계상하고 납품단가를 조작하여 부당이득을 취하였다 하여「특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률 위반(횡령)」혐의로검찰에 2008.11.7. 구속되어 2008.11.26.기소(서울남부지방검찰청,OOOOOOOOOOO)되었고, 2009.2.5. 지방법원의 판결(서울남부지방법원 OOOOOOOOO)을 거쳐 2009.6.11. 고등법원의 판결(서울고등법원 OOOOOOOO)에 따라 징역 2년 6월(집행유예 4년)의 실형을 선고받았다.

한편, 청구법인은 OOO로부터 2008.10.30.부터 2008.12.30.까지 위횡령금액 766,323,610원(이하 “쟁점횡령금액”이라 한다)을 회수하고2009.6.30.쟁점횡령금액을 익금산입한 후 사내유보로 소득처분하여 2004∼2008사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 수정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 “경정이 있을 것을 미리 알고” 사외유출된 쟁점횡령금액을 익금산입하여 수정신고한 것이라 하여 2010.7.5. 쟁점횡령금액 중 2004년∼2006년 귀속 387,720,670원(2004년 귀속134,846,900원, 2005년 귀속 180,145,060원, 2006년 귀속 67,728,710원)을 OOO에게 대표자상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 검찰의 기소, 법원의 확정판결, 청구법인이 쟁점횡령금액을익금산입하여 수정신고하기 전까지 청구법인에게 세무조사통지나 과세자료에 대한 해명안내문 발송 등 세무조사와 관련하여 어떠한 조치도 취한 사실이 없었고, 청구법인의 대표이사에 대한 검찰의 수사와 법원의 확정판결이 반드시 청구법인에 대한 세무조사로 이어지는 것이 아님에도 청구법인이 “경정이 있을 것을 미리 알고” 쟁점횡령금액을 익금산입하여 수정신고한 것으로 보아 쟁점금액을 대표자상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 검찰의 수사과정에서 횡령사실이 확인되자 경정이 있을 것을 미리 예상하여 쟁점횡령금액을 회수하여 익금산입한 것으로 보이며, 법인의 대표이사가 법인자금을 유용하는 행위는 회수를 전제로이루어진 것이 아니어서 사외유출이 일어난 시점에 납세의무가 성립된조세는 비록 사후에 그 자금이 법인에 환원되었다 하더라도 이미 성립된 납세의무에는 영향을 줄 수 없는 것이므로 쟁점금액을 대표자상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2008년 검찰의 수사가 착수된 이후, 검찰의 기소(2008.11.26.)와 법원의 확정판결(2009.6.11.) 및 세무조사 통지(2010.3.31.) 이전인 2008.10.31.∼2008.12.30. 쟁점횡령금액을 회수하고 2009.6.30. 쟁점횡령금액을 익금산입하여 수정신고한 경우 행위자에 대한 상여로 소득 처분할 것인지, 아니면 사내유보로 소득처분할 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법시행령

<2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 것 >

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우 에는 대표자(괄호안규정 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

④ 내국법인이 「국세기본법」제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다.다만，세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입 하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.2.19. 신설)

부칙 제7조【소득처분】제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후수정신고하는 분부터적용한다.

<2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 것 >

제106조【소득처분】④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우 에는 그러하지 아니하다.

1. 세무조사의 통지를 받은 경우

2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

4.납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

5.수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우(2010.2.18. 신설)

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

부칙 제16조【사외유출된 금액의 익금산입에 관한 적용례】제106조 제4항 단서의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에익금 산입하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 검찰의 공소장 및 법원의 판결문 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 1975.3.1.부터 항공기상관측장비를 기상청 및 방위 사업청에 납품하는 법인체이다.

(나) 청구법인의 대표이사인 OOO는 2002∼2008사업연도 중 공급가액 합계 766,323,610원의 가공매입세금계산서를수취한 후 가공원가를 계상하고 납품단가를 조작하여 부당이득을 취하였다 하여「특정경제 범죄가중처벌 등에 관한 법률 위반(횡령)」혐의로검찰에 2008.11.7. 구속되어 2008.11.26.기소(서울남부지방검찰청,OOOOOOOOOOO)되었다.

(다) 그 후 OOO는 2009.2.5. 지방법원의 판결(서울남부지방법원 OOOOOOOOO)을 거쳐 2009.6.11. 고등법원의 판결(서울고등법원 OOOOOOOO)에 따라 징역 2년 6월(집행유예 4년)의 실형을 선고받았다.

(라) 한편, 청구법인은 OOO로부터 2008.10.30.부터 2008.12.30. 까지쟁점횡령금액을 회수하고 2009.6.30. 동 금액을익금산입한 후 사내유보로 소득처분하여 2004∼2008사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 수정신고를 하고 세액을 납부하였다.

(마) 처분청은 청구법인이 “경정이 있을 것을 미리 알고” 사외유출된 쟁점횡령금액을 익금산입하여 수정신고한 것이라 하여 2010.3.31. 청구법인에게세무조사통지를 한 후 2010.4.22. 세무조사결과통지를 하였으며,2010.7.5.쟁점횡령금액 중387,720,670원을 OOO에게 대표자상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 청구법인은 검찰의 기소, 법원의 확정판결, 청구법인이 쟁점 횡령금액을익금산입하여 수정신고하기 전까지 처분청이 청구법인에게 세무조사통지나 과세자료에 대한 해명안내문 발송 등 세무조사와 관련하여 어떠한 조치도 취한 사실이 없었고, 청구법인의 대표이사에 대한 검찰의 수사와 법원의 확정판결이 반드시 청구법인에 대한 세무조사로 이어지는 것이 아님에도 청구법인이 “경정이 있을 것을 미리 알고” 쟁점횡령금액을 익금산입하여 수정신고한 것으로 보아 쟁점횡령금액 중387,720,670원을 대표자상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(3) 「법인세법」제67조 및 같은 법 시행령 제106조에 의하면, 법 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등으로 소득처분하도록 규정하고 있고,

2005.2.19. 대통령령 제18706호로 신설된 「법인세법 시행령」제106조 제4항의 규정에 의하면, 내국법인이 「국세기본법」제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 하는 것이나

이 경우에도 세무조사의 통지를 받거나 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 상여 등으로 소득처분하도록 규정하고 있다.

한편, 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 「법인세법 시행령」제106조 제4항에 의하면, 내국법인이 「국세기본법」제45조의 수정 신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 하도록 하면서,

제5호에서 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우에는 그러하지 아니한 것으로 규정하고 있으며, 부칙에서 동 개정사항은 2010.2.18.이 속하는 사업연도에 익금산입하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관계법령을 종합하여 살피건대, OOO가 2002∼2008사업연도 중 공급가액 합계 766,323,610원의 가공매입세금계산서를수취한 후 가공원가를 계상하고 납품단가를 조작하는 등의 방법으로 청구법인을 통하여 마련한쟁점횡령금액을 횡령한 혐의로검찰에 2008.11.7. 구속되어 2008.11.26.기소(서울남부지방검찰청,OOOOOOOOOOO)되었고, 2009.2.5. 지방법원의 판결(서울남부지방법원 OOOOOOOOO)을거쳐 2009.6.11. 고등법원의 판결(서울고등법원 OOOOOOOO)에 따라 징역 2년 6월(집행유예 4년)의 실형을 선고받았으나,

청구법인이 검찰의 OOO에 대한 공소제기가 있기 전인2008.10.30.부터 321,000,000원을 OOO로부터 회수하기 시작하여 2008.12.30.까지횡령금 전액인 766,323,610원(쟁점횡령금액)을 회수한 후,2009.6.30.동 금액을익금산입하여2004∼2008사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 수정신고하고 납부한 점, 청구법인이 쟁점횡령금액을 익금산입하여 수정신고하기 전까지 처분청이 청구법인에 대하여 세무조사통지나과세자료에 대한 소명안내문 발송 등 세무조사와 관련된 어떠한 조치도취한 사실이 없었던 점, 청구법인의 대표이사인 OOO에 대한 검찰의 수사나 법원의 판결이 반드시 청구법인에 대한 세무조사로 이어지는것은 아니라는 점, 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된「법인세법」제106조 제4항 제5호에서 수사기관의 수사 등의 과정에서 사외유출사실이 확인된 경우에는 사내유보가 아닌 상여 등으로 소득처분하도록 규정하고 있으나 부칙에서 동 개정사항은 2010.2.18.이 속하는사업연도에 익금산입하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어이건의 경우 그 이전 사업연도에 해당하는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 “처분청의 경정이 있을 것을 미리 알고” 사외유출된 쟁점횡령금액을 회수하여 익금산입한 후 2004∼2008사업 연도법인세 과세표준 및 세액의 수정신고를 한 것으로 보기는 어려우므로,쟁점횡령금액중 2004-2006년 귀속387,720,670원에 대한 소득처분은 이 건 수정신고 당시 시행되던「법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 것)」제106조 제4항단서의 규정이 아닌 같은 항 본문의 규정에 따라 사내유보로 하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 OOOOOOOO, 2010.8.24. 같은 뜻).

(5) 따라서, 처분청이 쟁점횡령금액 중387,720,670원이사외유출된 것으로 보고 OOO에게 대표자상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.