청구법인은 1995.2.17. 설립한 건강기능식품 등의 제조 및 수출업체로서, 2003.2.25. 미국 소재 출자법인인 OOOOOO OOOOOOOOOOO(이하 “미국법인 OO”이라 한다)와 “RESEARCH COLLABORATION AGREEMENT ON RX-0201 CLINICAL DEVELOPMENT”(이하 “쟁점연구협약”이라 한다)를 체결하고 2003.2.26. 미국법인 OO에게 USD1,500,000(이하 “쟁점금액”이라 한다)를 지급한 후 이를 기술도입료로서 기타의 무형자산으로 회계처리하였다.

처분청은 감사원의 시정요구에 의하여 청구법인이 미국법인 OO에게 지급한 쟁점금액은 한국 및 아시아 지역의 신약(RX-0201) 판매권리의 소유를 목적으로 하여 선지급한 포괄적인 사용료소득에 해당함에도 법인세를 원천징수하지 아니한 것으로 보아 쟁점금액에 송금일의 전신환매도율(“1”USD : 1,200.20원)을 적용하여 계산된 1,800,300,000원을 과세표준(사용료소득)으로 하고 한·미조세조약 제14조 제1항의 제한세율(15%)을 적용하여 2006.8.17. 청구법인에게 2003사업연도분 법인원천세 297,049,500원과 지급조서미제출가산세에 해당 하는 법인세 36,006,000원을 각각 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.11.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점금액은 청구법인이 미국법인 OO과 약정한 쟁점연구협약에 의하여 공동으로 부담하기로 한 연구개발비를 지급한 것으로 청구법인과 미국법인 OO은 개발에 따른 위험과 효익을 공동으로 부담하고, 연구결과물에 대한 원시적 소유권을 공동으로 취득하기로 함에 따라 공동부담한 연구개발비일 뿐 법인세법 제93조 제9호에서 규정하는 국내원천소득에 해당하지 않는다.

처분청은 “쟁점연구협약” 상 (3.1항), (4.1항), (4.2항) 및 (12항)의 내용을 근거로 동 계약을 한국 및 아시아지역에서의 독점권 또는 판매권 부여계약이거나 특허사용료 계약에 해당한다고 주장하나, 쟁점연구협약의 제목 및 계약내용과 같이 “RX-0201 임상개발에 관한 연구협약”으로서, 동 연구협약서상 청구법인과 미국법인 OO은 RX-0201을 한국과 아시아의 다른 나라에서 판매와 사용을 위하여 등록하기 위한 연구와 개발을 공동으로 수행하며, 연구와 개발은 미국에서 행해질 임상실험과 동물실험을 포함하여 한국과 아시아의 다른 나라에서 행해질 임상실험 및 데이터의 교환을 포함하고(2.1항), 청구법인은 한국과 아시아의 다른 나라에서 행해지는 임상실험(2.4항) 및 한국과 아시아지역에서의 특허, 등록과 승인에 관련된 모든 비용을 부담하고(2.6항 및 2.7항), 미국법인 OO은 미국과 아시아 이외의 지역에서 동물실험과 임상실험을 책임지며(2.4항) 아시아 이외의 지역에서의 특허, 등록과 승인에 관련된 모든 비용을 부담(2.6항 및 2.7항)하기로 한 내용을 보면, 쟁점연구협약은 청구법인과 미국법인 OO이 공동으로 연구개발하기로 한 제품 RX-0201과 관련하여 공동개발에 따른 비용 및 위험(만약, 개발에 실패하는 경우 이미 지급한 연구개발비가 청구법인의 손실로 부담지게 됨)을 공동부담하는 공동연구개발계약임을 알 수 있고, 이에 따라 쟁점금액은 청구법인이 부담하여야 할 연구개발비로서 부담한 것에 불과하다.

또한, 처분청은 청구법인의 연구활동이 없다고 하나, 심리일 현재 미국법인 OO에서 임상실험 중이므로 한국 및 아시아지역에서의 임상실험시기가 도래하지 아니하여 RX-0201과 관련한 청구법인의 직접적인 연구활동이 아직 없는 것이고, 향후 한국 및 아시아지역에서 임상실험시 청구법인의 연구개발활동이 행해지므로, 처분청의 주장은 사실관계를 오해한 주장이다.

나. 처분청 의견

청구법인은 코스닥 상장법인으로 쟁점연구계약 체결시 및 그 이후 사업보고서 작성시에도 미국법인 OO과 “RX-0201 암치료용 합성물질 개발기술도입계약”을 체결하여 국내 및 아시아 지역의 독점적 사용권을 취득하고 쟁점금액을 기술도입료로 지급한 것으로 공시하고 있으며, 청구법인이 달리 관련 연구진행사항이 없고, 코스닥시장에 제출한 분기보고서(2006년 3/4분기)와 사업보고서(2003년, 2004년, 2005년)에도 쟁점금액을 개발비가 아닌 기타의무형자산으로 회계처리하고 있는 점으로 보아 쟁점금액은 청구법인이 주장하는 것처럼 연구개발비라기 보다는 한국 및 아시아지역의 신약판매권리의 소유를 목적으로 하는 “사용료의 대가”를 선급한 것임을 알 수 있고, 쟁점연구협약 내용 중 미국법인 OO은 청구법인에게 Licensed Products의 아시아 지역에서의 모든 권한을 독점적으로 부여하고(3.1항), 청구법인은 아시아 지역에서 청구법인이 판매하거나 청구법인이 허가한 업체에서 판매하는 Licensed Products의 Net sales의 3%를 미국법인 OO에게 로얄티로 지급하며(4.1항), 이 계약은 상대방의 서면동의 없이 양도할 수 없다. 그러나 이 계약에 관련된 사업의 구매자에게는 동의 없이 양도할 수 있다(12항) 등의 조항을 보아도 쟁점연구협약은 신약 RX-0201과 관련하여 한국 및 아시아지역에서의 독점권 또는 판매권 부여계약이거나 특허사용료 계약에 해당한다는 것을 알 수 있다.

따라서, 쟁점금액은 법인세법 제93조 제9호 가목의 특허 또는 판매권의 사용대가에 해당하며, 기술도입에 대한 대가인 기술도입료라고 하더라도 법인세법 제93조의 9호 나목의 산업상ㆍ상업상 또는 과학상의 지식 경험에 관한 정보 또는 노하우에 대한 대가에 해당하므로 쟁점금액을 특허 또는 판매권의 사용 대가로 보건, 아니면 기술도입료로 보건 간에 처분청이 쟁점금액을 포괄적인 사용료에 대한 대가로 보아 법인세법 제93조와 한ㆍ미조세조약 제14조에 근거하여 청구법인에게 원천징수불이행에 따른 법인세와 지급조서미제출 가산세를 부과한 당초 처분은 정당한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 미국법인 OO에게 지급한 쟁점금액이 법인세법 제93조 제9호의 국내원천소득인 사용료소득인지, 아니면 공동연구개발비인지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제93조 【국내원천소득】

외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.

9. 다음 각목의 1에 해당하는 자산 정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산 정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 자산 정보 또는 권리에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권 특허권 상표권 의장 모형 도면이나 비밀의 공식 또는 공정 라디오 텔레비전방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상 상업상 또는 과학상의 지식 경험에 관한 정보 또는 노하우

다. 산업상 상업상 또는 과학상의 기계 설비 장치 기타 대통령령이 정하는 용구

(2) 한·미조세조약 제6조【소득의 원천】

이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조 (5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

같은 조약 제14조【사용료】

(1) 타방체약국의 거주자에 의하여 일방체약국 내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

(2) 저작권 또는 문학ㆍ연극ㆍ음악 또는 예술작품의 생산 또는 제생산권으로부터 일방체약국의 거주자에 의하여 발생되는 사용료와, 라디오 또는 텔레비전방송용 필름과 테이프를 포함하여 영화필름의 사용 또는 사용권에 대한 대가로 받는 사용료는 동 사용료총액의 10퍼센트를 초과하는 세율로써 동 타방체약국에 의하여 과세될 수 없다.

(3) 일방체약국의 거주자인 사용료 수취인이 타방체약국 내에 고정사업장을 가지며, 한 동 사용료를 발생시키는 권리 또는 재산이 동 고정사업장과 실질적으로 관련되어 있는 경우에는 상기 (1)항 및 (2)항이 적용되지 아니한다. 그러한 경우에는 제8조(사업소득) (6) (a)항이 적용된다.

(4) 본조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다.

(a) 문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필름ㆍ라디오 또는 텔레비전방송용 필름 또는 테이프의 저작권ㆍ특허ㆍ의장ㆍ신안ㆍ도면ㆍ비밀공정 또는 비밀공식ㆍ상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리ㆍ지식ㆍ경험ㆍ기능ㆍ선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

(b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각ㆍ교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각ㆍ교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성ㆍ사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산ㆍ채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료ㆍ임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.

(5) 특수관계인에게 사용료로서 지급된 금액이 비특수관계인에게 지급되는 금액을 초과하는 경우에, 본조의 제규정은 비특수관계인에게 지급되는 사용료의 상당액에 대해서만 적용된다. 그러한 경우에 초과지급금은, 적용할 수 있는 경우에, 이 협약의 제규정을 포함하여 각 체약국의 법에 따라 각 체약국에 의하여 과세될 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세근거인 감사원의 시정요구서에는 청구법인이 미국법인 OO에게 지급한 쟁점금액은 OO(미국소재 母법인)이 개발한 암치료용 합성물질(RX-0201)의 사용과 판매를 위하여 실시하는 임상실험단계에서 한국을 포함한 아시아지역의 판매권을 얻는 대가로 지급한 것이므로 특허권 등의 사용료소득에 해당하는데도 이를 신약개발을 위한 공동투자비로 회계처리하여 원천징수 대상에서 누락하였으므로 관련 원천징수세액을 과세하도록 적시하고 있다.

(2) 청구법인의 2003사업연도분 재무제표, 관련 회계전표 및 삼일회계법인의 감사보고서(2004.2.13) 등에 의하면, 청구법인은 2003.3.26. 쟁점금액 지급시 연구개발협력비(선급금, 1,792,700천원)로 계상하였다가 2003.6.30. 기술도입료로 계정을 재분류한 후, 기타의무형자산으로 회계처리하고, 이후 계속 자산(기타 무형자산)으로 계상하고 있는 사실을 알 수 있다.

(3) 청구법인은 코스닥 상장법인으로서, 쟁점금액 지급시점에 공시한 자료는 아래와 같고, 이에 따르면 쟁점금액은 기술도입 및 독점적 사용권대가로 지급한 것으로 공시하고 있고, 그 이후인 2004.6.1. 미국법인 OO이 RX-0201에 대하여 미국 FDA로부터 임상시험 허가를 받아 2006.10.18. 임상1상을 종료하였고 2006.11.7. 항암후보물질(RX-0201)에 관한 미국특허를 받은 것으로 공시하고 있고 이에 대하여 당사자간 다툼이 없다.

<자본도입 또는 기술도입 계약체결>

(4) 청구법인은 쟁점금액에 대하여 청구법인이 미국법인 OO과 약정한 쟁점연구협약에 의하여 공동으로 부담하기로 한 연구개발비를 지급한 것일 뿐 국내원천소득에 해당하지 않는다고 주장하면서 쟁점연구협약 및 미국법인 OO의 재무보고서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(가) 먼저, 미국법인 OO은 2001년 미국 FDA, NIH(미국국립보건원) 등이 있는 메릴랜드 락빌에 설립한 한국계 생명공학 기업(대표 안창호)으로 청구법인이 11.5%를 출자하였고, RX-201 등 항암제 및 항신경정신제 관련 특허 30여개를 보유하고 있는 것으로 청구법인의 2005.5.14.자 공시자료에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인과 미국법인 OO과 체결된 쟁점연구협약서(2003.2.25)에 의하면, 주요 약정내용은 아래와 같다.

○ 미국법인 OO은 RX-0201이라는 암치료용 합성물질을 개발했고, 청구법인은 판매용 약품의 개발에 참여하며, 양사는 RX-0201의 연구 개발협력을 추진하기 위하여 다음과 같이 합의한다.

○ 합의 내용

2. COLLABORATIVE RESEARCH & REGISTRATION EFFORT (공동 연구 및 등록 협력)

·2.1항 : 양사는 RX-0201을 한국과 아시아의 다른 나라에서 판매와 사용을 등록하기 위한 연구와 개발에 전적으로 협력한다. 연구와 개발은 최소한 미국에서 행해질 임상실험과 동물실험을 포함하여 한국과 아시아의 다른 나라에서 행해질 임상실험 및 데이터의 교환을 포함한다.

·2.2항 : OO은 협력 개발과 연구의 목적으로 렉스진(청구법인)에서 행해질 연구와 개발을 위하여 Licensed Technology의 License를 제공할 것이다.

·2.3항 : 렉스진은 RX-0201의 심층 개발을 위하여 OO에 $1,500,000을 제공할 것이다. 그 대금의 지불은 렉스진에서 계약일로부터 20일 내에 지급한다.

·2.4항 ：양사는 위의 목적을 위하여 최선을 다할 것이다. 특히, 렉스진은 한국과 아시아의 다른 나라에서 행해지는 임상실험을 책임진다. 그에 따른 비용은 렉스진이 부담한다. OO은 미국과 아시아 이외의 지역에서의 동물 실험과 임상 실험을 책임진다.

·2.6항 : 렉스진은 한국과 아시아지역에서의 Licensed Products의 사용과 판매에 관련된 등록과 승인에 관한 모든 비용을 부담한다.

·2.7항 : OO은 아시아 이외의 지역에서 특허 신청과 관련된 모든 비용을 부담한다. 렉스진은 아시아 지역에서의 특허신청과 관련된 모든 비용을 부담한다. 단, OO은 한국, 일본, 중국, 인도에서 Licensed Technology를 위한 특허 신청에 관련된 모든 일을 수행한다.

·2.8항 : 양사는 Improvement를 통하여 획득할 수 있는 특허에 관한 권리를 공유한다.

·2.9항 : 렉스진과 OO은 이 계약서의 section 2에 명기된 Licensed Right를 가진다.

3. GRANT OF LICENSE (License의 부여)

·3.1항 : OO은 렉스진에게 Licensed Products의 아시아 지역에서의 모든 권한을 독점적으로 부여한다.

·3.2항 : 렉스진은 OO에게 아시아 이외 지역에서의 모든 권리가 OO에게 있다는 것을 인정한다.

4. ROYALTIES (특허 사용료)

·4.1항 : 렉스진은 아시아 지역에서의 렉스진이 판매하거나 렉스진이 허가한 업체에서 판매하는 Licensed Products의 Net sales 의 3%를 OO에게 로열티로 지급한다.

·4.2항 : 렉스진은 로열티를 분기마다 지불하며 각 분기의 마지막 날로부터 30일 이내에 지급한다.

(다) 청구법인이 제출한 미국법인 OO의 재무보고서(financial statements)에는 Revenue(수입)의 합계액이 2003년 107,935US$, 2004년 132,463US$, Expenses(지출) 중 Research and development(연구개발비)의 합계액이 2003년 977,724US$, 2004년 1,175,925US$로 각각 계상하고 있고, 이에 대하여 청구법인은 미국법인 OO이 쟁점금액 1,500,000US$를 공동연구비로 지급받아 사용하고 있음을 알 수 있다는 주장이다.

(라) 한편, 청구법인은 쟁점연구협약상의 임상실험(2.4항), 청구법인과 미국법인 OO간의 세부적인 공동연구 과제, 공동연구비 분담과 관련된 산출근거·정산내역, 공동연구결과에 따른 특허 공유 등의 객관적인 자료는 제시하지 못하고 있다.

(5) 위의 사실 및 관련법령 등을 종합하여 살펴보건대, 법인세법 제93조 제9호 가 목 및 나목의 규정에 의하면, 특허권 등의 권리나 산업상의 지식 또는 노하우 등의 사용대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가는 국내원천소득인 사용료소득에 해당하는 것으로 규정하고 있는 바, 쟁점연구협약에 의하면 청구법인은 미국법인 OO으로부터 Licensed Technology의 License를 제공받아 한국과 아시아의 다른 나라에서 행해지는 임상실험을 책임지고 상호 Improvement를 통하여 획득할 수 있는 특허에 관한 권리를 공유하는 것으로 하고 쟁점금액을 RX-0201의 공동개발 및 연구를 위한 분담금(initial contribution)으로 약정하고 있으나, 이 건 심리일 현재까지 관련 임상실험 등의 연구, 양사간 세부적인 공동연구 과제, 공동연구비(쟁점금액) 분담과 관련된 산출근거, 특허공유 자료 등을 제시하지 못하고 있고, 비록 특허사용료에 대하여 향후 순판매액의 3%로 약정하였으나 쟁점금액 지급액이 없었다면 그 사용료 비율이 상향 조정될 수 있는 것이며, 미국법인 OO의 재무보고서에 따르면 2003년 2월 청구법인으로부터 받은 쟁점금액을 공동연구개발비로 계상한 것으로 보여지지 아니하고(미국법인 OO의 연구개발비 계상액이 쟁점금액보다 적다는 점에서 그러하다), 청구법인 스스로도 쟁점금액을 기술도입료로 회계처리하고 있을 뿐만 아니라 기술도입 및 아시아 지역의 독점적 사용권대가로 지급한 것으로 공시하고 있으며, 그 외에 청구주장에 관한 객관적인 입증자료가 부족한 점 등에 비추어 볼 때 쟁점금액을 공동연구비로 지급하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

따라서, 처분청이 쟁점금액에 대하여 신약판매권 소유목적으로 선지급한 사용료소득으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 4. 13.

주심국세심판관 이 영 우

배석국세심판관 이 광 호

남 궁 훈

이 전 오