가. 청구인은 1996년부터 OOO OOO OOO OOO OOOOOO에서 OOOOOOOO이라는 상호로 산부인과 병원을 운영하는 자이고 OO지방국세청장은 청구인에 대한 조사를 하여 2003.7.1.～2005.12.31. 병원에서 작성한 자금운용내역서에 기재된 수입금액 합계액 10,971,725천원(2003년 3,815,234천원, 2004년 3,772,784천원, 2005년 3,383,707천원)이 청구인이 신고한 병원의 총수입금액 9,491,301천원(2003년 3,657,507천원, 2004년 3,220,735천원, 2005년 2,613,059천원)보다 많은 사실을 확인하고, 그 차액 1,480,424천원(2003년 157,727천원, 2004년 552,049천원, 2005년 770,648천원)에 대하여 이를 병원의 수입금액 신고누락으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 위 과세자료에 따라 2006.12.21. 청구인에게 종합소득세 2003년 귀속 86,418,950원, 2004년 귀속 272,803,300원, 2005년 귀속 345,418,600원을 경정고지하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2007.3.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

병원에서 작성하여 보관하던 자금운용내역서는 원무과 직원이 매일의 수입과 지출을 실제 집행한 대로 기재한 것으로서 수입의 대부분이 진료비 등 의료수입금액이나 일부는 일시대여금의 회수 등이 있음에도 이를 구분하여 해명하기 곤란하여 전액 의료수입금액으로 시인한 것이다. 처분청은 자금운용내역서에 기재된 수입에 의하여 병원의 총수입금액10,971,725천원을 산출하면서 자금운용내역서에 의사급여로 지출한 금액1,284,733천원(2003년340,299천원, 2004년 503,855천원, 2005년 440,579천원)을 필요경비로 공제하지 아니하고 청구인이 기 신고한 근로소득원천징수영수증에 기재된 의사급여618,275천원(2003년159,600천원, 2004년 233,372천원, 2005년 225,303천원)만을 필요경비로 공제하였는 바, 자금운용내역서에 기재된 의사급여와 청구인이 신고한 의사급여의 차액 666,458천원(2003년180,699천원, 2004년 270,483천원, 2005년 215,276천원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 필요경비로 추인하여야 한다.

나. 처분청 의견

처분청이 병원에서 작성하여 보관하던 자금운용내역서에 기재된 수입을 합계하여 이를 병원의 총수입금액으로 보아 과세한 것은 사실이나, 청구인은 의사자격이 있는 자들을 고용하여 병원을 운영하면서 갑종근로소득세의 부담을 경감시키기 위하여 실제 지급액보다 과소지급한 것으로 신고하고 이를 위해 수입금액도 신고누락한 것은 신의성실의 원칙에 위배되므로 청구인이 주장하는 의사급여는 필요경비로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

병원에서 작성한 자금운용내역서에 기재된 수입을 합계하여 이를 청구인이 운영하는 병원의 총수입금액으로 과세하는 경우 같은 자금운용내역서에 의사급여로 되어 있는 금액을 필요경비로 공제할 수 있는지 여부

나.관련법령

(1) 소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제27조【필요경비의 계산】① 부동산임대소득금액 사업소득금액 일시재산소득금액 기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제55조【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

(2) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득 수익 재산 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 수익 재산 행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 병원의 수입과 지출을 자금운용내역서에 기재하였고 처분청은 자금운용내역서에 수입으로 기재된 금액을 합계하여 청구인이 운영하는 병원의 총수입금액으로 보아 기 신고한 총수입금액과 차액에 대하여 매출누락으로 보았으나, 같은 자금운용내역서에 기재된 의사급여는 필요경비로 인정하지 않고 기 신고된 의사급여만 필요경비로 공제하였음이 이 건 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인이 신고한 수입금액·의사급여와 자금운용내역서상 수입·의사급여 내역은 다음 <표1>과 같다.

<표1> 신고 및 자금운용내역서

(OO O OO)

(3) 청구인이 제시하는 의사별 실제 급여지급 내역서는 다음 <표2>와 같은바, 의사들은 동 지급내역서상의 금액수령을 인정하는 확인서를 제시하고 있고, 청구인이 제시하는 실제 급여지급 내역서상의 금액과 자금운용내역서상의 의사급여가 일치하고 있음을 알 수 있다.

<표2> 의사별 급여신고 및 실제 지급내역서

(OO O OO)

(4) 살피건대, 처분청은 청구인이 갑종근로소득세의 부담을 경감시키기 위하여 의사급여를 실제 지급액보다 과소지급한 것으로 신고하고 이를 위해 수입금액도 신고누락한 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 청구인이 주장하는 의사급여는 필요경비로 인정할 수 없다는 의견이나, 당초 OO지방국세청장이 조사할 당시 자금운용내역서에 수입으로 기재된 금액을 합계하여 병원의 총수입금액으로 산정하면서도 동 자금운용내역서상에 기재된 의사급여는 필요경비로 인정하지 않는 것은 수익·비용의 대응원칙에 맞지 않은 것으로 보이고, 청구인이 실제로 지급한 것으로 제시하는 의사별 실제 지급내역서 금액이 자금운용내역서상의 의사급여 금액과 일치하고 있으며 실제 지급내역서상의 의사들이 동 내역서상의 금액수령 사실을 확인하고 있는 점 등으로 보아 자금운용내역서에 기재된 의사급여를 필요경비로 공제하여야 한다는 청구주장은 타당한 것으로 보이므로 청구인이 기 신고한 의사급여 618,275천원(2003년 159,600천원, 2004년 233,372천원, 2005년 225,303천원)만을 필요경비로 공제하여 과세한 이 건 처분은 자금운용내역서에 기재된 의사급여와 청구인이 신고한 의사급여의 차액 666,458천원(2003년 180,699천원, 2004년 270,483천원, 2005년 215,276천원)을 필요경비로 추가공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다. 다만 2003년 180,699천원의 경우 2003년 귀속 증액경정세액의 범위내에서 필요경비로 추가공제하는 것으로 그 과세표준과 세액을 경정하는 것으로 한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.