청구법인은 1995.5.11 청구외 OOOO보험주식회사의 유상증자시 청구법인과 특수관계에 있는 자가 포기한 실권주 30만주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 액면가액인 15억원에 취득한 후 취득시와 같은 사업연도(1995.4.1～1996.3.31사업연도를 말하며 이하 “쟁점사업연도”라 한다)인 1995.11.30 및 1996.2.26 쟁점주식을 OOOO문화재단에 기부하고 15억원을 지정기부금으로 손금처리하였다.

처분청은 청구법인이 0원인 쟁점주식을 특수관계자로부터 15억원에 매입하였다하여 부당행위계산부인규정을 적용하여 15억원을 익금가산 기타사외유출, 손금가산 유보처분한 후 쟁점주식 기부시 15억원 익금산입 유보처분함으로써 쟁점사업연도 법인소득금액을 △65,765,388,982원에서△64,265,388,982원으로 증액경정결정(위 처분을 이하 “쟁점사업연도 법인세 경정결정처분”이라 한다)하고 위 증액경정된 이월결손금을 반영하여 2000사업연도 법인세 590,935,930원을 2002.3.9 청구법인에게 경정결정고지(2002.3.9자 처분을 이하 “이 건 과세처분”이라 한다) 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2002.4.30 이의신청을 거쳐 2002.12.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 국세를 부과할 수 있는 기간이 경과하면 과세관청의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없는데도 불구하고 처분청에서 쟁점사업연도 소득금액의 경정가능시한(2001.6.30)을 경과하여 2002.3.9 쟁점사업연도 법인세를 경정결정하였고, 설령 처분청 주장대로 부과제척기간 이내에 경정결정을 하였다 하더라도이를 납세의무자에게 통지하지 아니하였으므로 쟁점사업연도 법인세 경정결정 처분은 무효이므로 이 건 과세처분을 취소하여야 하고,

(2) 쟁점사업연도 청구법인의 법인세법상 지정기부금 한도금액은 1억원이며, 쟁점주식가액 15억원을 포함한 쟁점사업연도 지정기부금의 합계액은 1,738,644,500원으로 이 중 1,638,644,500원을 지정기부금 한도초과로 손금불산입하여 법인세를 신고하였는데도 불구하고 처분청에서 쟁점주식 취득가액 15억원을 부인하면서 자동적으로 감액되어야 하는 기부금 한도초과액(15억원)을 그대로 두고 소득금액을 계산하여 과세한 처분 또한 이중과세에 해당되어 부당하다.(부당행위계산부인 15억원의 증가와 기부금 한도 초과액 15억원의 감소가 동시에 계산되므로 쟁점사업연도의 증감되는 소득금액은 없음.)

나. 처분청 의견

(1) 2000.7.27 OO지방국세청장으로부터 쟁점주식 거래와 관련하여 제세결의서를 통보받고 2000.7.31 쟁점사업연도법인세 경정결정을 하여 2000.8.2 이를 고지하였으므로 쟁점사업연도법인세 경정처분을 2002.3.9 하였다는 청구주장은 이유없고, 비록 과세표준과 세액을 통지 하지 아니한 하자가 있다 하더라도, 쟁점주식거래에 대한 세무조사결과 통지서를 2000.7.3 청구법인에게 통보하면서 조사항목별 적출내역 및 과세표준과 세액의 산출내역을 기재한 문서를 함께 통보하였다면 이는 법인세법 제70조상 과세표준과 세액의 통지를 하지 못한 하자를 사실상 보완한 것이므로 쟁점사업연도법인세 경정결정처분은 적법하고,

(2) 이 건의 경우 기부금한도초과액의 감소로 인해 소득금액의 감소만 발생하는 것이 아니고 과다계상된 지정기부금의 손금불산입으로 인한 소득금액의 증가도 동시에 발생되어 당해 사업연도 소득금액계산에는 아무런 영향을 미치지 아니하여 부당행위계산부인으로 인한 소득금액의 증가만 발생하게 되는 것이므로 당초 부당행위계산부인으로 인한 소득금액의 증가분만을 반영하여 법인소득 금액을 경정결정한 이 건 과세처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점사업연도법인세 경정결정처분이 법정기한내 적법한 절차를 거쳐 행해진 정당한 처분인지 여부

(2) 이 건 과세처분시 15억원을 두 번 손금불산입(익금산입)하여 쟁점사업연도 법인소득을 계산함으로써 결과적 이중과세에 해당되는지 여부

나. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 조세조약 이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

국세기본법시행령 제12조의 3 【국세부과 제척기간의 기산일】 ① 법 제26조의 2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 과세표준 신고기한 이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납 예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

법인세법 제70조 【과세표준과 세액의 통지】 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제53조 또는 제66조의 규정에 의하여 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 당해 내국법인에게 통지하여야 한다.

법인세법시행령 제109조 【과세표준과 세액의 통지】 ① 납세지 관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조 제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사 결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다.

법인세법 제81조의 7【세무조사에 있어서의 결과통지】세무공무원은 범칙사건의 조사, 법인세의 결정 또는 경정을 위한 조사 등 대통령령이 정하는 부과처분을 위한 실지조사를 마친 때에는 그 조사결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 청구법인이 특수관계에 있는 자가 포기한 평가금액이 0원인 쟁점주식을 15억원에 취득하여 취득시와 같은 사업연도인 1996 사업연도(쟁점사업연도)에 동 주식을 OOOO문화재단에 기부한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(나) 쟁점사업연도에 대한 청구법인의 법인소득금액의 법정경정(결정)기한이 2001.6.30이라는 사실에 대하여도 다툼이 없다.

(다) OO지방국세청장이 2000년 상반기 청구법인의 주식변동상황 조사를 실시하고 청구법인이 쟁점주식을 특수관계자로 부터 고가매입한 사실을 적출하여 제세결의서를 작성, 이를 처분청에 통보한사실이 OO지방국세청의 관련공문(OO지방국세청 사조일 46600-1539)에 의해 확인된다.

(라) 처분청은 청구법인의 2000사업연도에 대한 법인세 경정청구(경정청구일 : 2001.3.30)에 의거 쟁점사업연도의 이월결손금을 부당행위계산부인금액 15억원이 반영되지 아니한 △65,765,388,982원으로 하여 2000사업연도 법인세 1,471,366,512원을 2001.6.21 청구법인에게 환급해준 사실이 이 건 과세기록에 의해 확인된다.

(마) 이 건 과세처분과 관련하여 청구법인이 2002.4.30 제기한 이의신청결정서에는 “2000.7.27 처분청은 조사관청으로 부터 쟁점주식거래와 관련하여 제세결의서를 통보받은 후 2000.7.31 쟁점사업연도 및 1997사업연도 법인세의 과세표준금액 및 세액을 경정결의했으나 이 건 청구일 현재까지 청구법인에게 법인세법 제70조에 의한 과세표준과 세액의 통보를 한 사실이 없고……”라는 내용이 기재되어 있다.

(바) 처분청은 쟁점사업연도 청구법인의 소득금액을 2000.7.31 경정결정하여 2000.8.2 이를 청구법인에게 통보하였으므로 쟁점사업연도 법인세 경정결정처분은 법정경정기한(2001.6.30)내에 행해진 유효한 과세처분이라고 주장하고 있는 반면 청구법인은 청구법인이 쟁점주식거래와 관련된 부당행위계산부인금액 15억원을 청구법인의 소득금액에 가산하여 쟁점사업연도 법인세를 증액경정한 시기는 법정경정기한 이후이며, 이 건 과세처분일인 2002.3.9이므로 쟁점사업연도 증액(15억원) 경정된 법인소득금액(감액조정된 이월결손금)에 근거하여 과세한 이 건 처분을 취소하여야 한다고 주장하고 있어 살펴보면,

위 사실관계에서 알 수 있는 바와 같이 2001.3.30 청구법인의 경정청구에 의거 2001.6.21 2000사업연도 법인세를 환급결정하면서 쟁점사업연도 이월결손금을 부당행위계산부인액 15억원이 감소(기존 이월결손금액에서 15억원 감액)되지 아니한 금액으로 계산하여 결과적으로 2000사업연도 법인세를 과다환급해준 사실, TIS 출력자료이외에 쟁점사업연도법인세 경정결정을 2000.7.31 하였다는 사실을 객관적으로 입증할 수 있는 자료를 처분청이 제시하지 못하고 있는 점등을 종합해 볼 때 처분청에서 쟁점사업연도 법인세 경정결정을 한 시기는 청구법인이 주장하고 있는 바와 같이 이 건 과세처분일(2002.3.9)로 보여지고, 설령 처분청 주장처럼 2000.7.31에 쟁점사업연도 법인세 경정결정을 하였다 하더라도 이의신청결정서에 명시된 바와 같이 그 경정결정내용을 이의신청일인 2002.4.30 현재까지 청구법인에게 통보하지 아니한 것이 사실로 보여지므로 쟁점사업연도 법인세 경정결정처분은 어느모로 보나 적법하게 경정결정되었다고 볼 수는 없다 하겠다.

사실이 이러하다면 쟁점주식거래 관련 부당행위계산부인액 15억원 만큼 쟁점사업연도 이월결손금액이 감액된 것을 전제로 한이 건 과세처분 또한 부당하므로 이를 취소하는 것이 타당하다 하겠다.

다. 쟁점(2)는 심리할 실익이 없어 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.