가. 처분청은 청구인이 2017.1.4. 소유권이전등기(사용승인 전 소유권등기로서, 이하 “이 건 소유권 등기”라 한다)를 한 OOO 건축물(271.84㎡, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여 종교단체인 청구인이 종교용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 취득세 등을 면제하였다.

나. 청구인은 이 건 건축물을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 2019.6.20. 이를 매각한 후, 2019.8.7. 그 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였다.

다. 청구인은 2019.9.9. 이 건 건축물을 취득하기 위하여 실제 지급한 금액은 OOO원에 불과함에도 이 건 건축물의 시가표준액을 과세표준OOO으로 하여 이 건 취득세 등을 신고․납부하였는바, 그 차액OOO에 대한 취득세 등은 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.11.9. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 비영리사업자인 종교단체로서 2015.4.28. OOO 외 3명(이하 “이 건 건축주”라 한다)과 이 건 건축물 및 그 부속토지에 대한 매매(분양)계약을 체결한 후, 2017.1.4. 이 건 건축물에 대하여 매매를 원인으로 사용승인 전 소유권이전등기를 마쳤으나, 이 건 건축주의 채권단이 유치권 행사를 하여 건축이 중단되는 등 사실상 종교용으로 사용할 수 없게 되어 OOO원의 손해를 보면서 2019.6.20. 이를 매각한 것이므로 청구인이 이 건 건축물을 취득한 후 2년 이상 종교용으로 직접 사용하지 않고 매각하였다 하더라도 여기에는 정당한 사유가 있다고 할 것임에도 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 설령, 청구인이 이 건 건축물을 종교용으로 직접 사용하지 않고 매각한데에 정당한 사유로 볼 만한 사유가 없다 하더라도 청구인이 이 건 건축물을 취득하기 위하여 지급한 금액은 OOO원이므로 이 건 취득세 등의 과세표준 OOO원 중 OOO원을 초과하는 OOO원에 대한 취득세 등은 하는 것이 타당하므로 그 초과액은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2015.4.28. 이 건 건축물에 대한 분양계약을 체결한 후 이 건 건축주들과 시공사의 다툼으로 공사가 중지되었고, 유치권 등의 행사로 이를 정상적으로 사용할 수 없었으므로 이와 같은 사유는 이 건 건축물을 종교용으로 직접 사용하지 않은 상태에서 매각할 수밖에 없는 정당한 사유에 해당된다고 주장하나, 이 건 건축물의 경우 청구인이 이 건 소유권등기(2017.1.4.)를 할 당시에도 시공사 등이 유치권을 행사 중에 있었으므로 청구인은 이를 해결하지 않고는 종교용으로 직접 사용할 수 없다는 사실을 알았다고 할 것이고, 그 후에도 이 건 건축물을 종교용으로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하지 않고 2018.6.20. 이를 매각하였으므로 이와 같은 사유는 종교용으로 직접 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 않는다.

(2) 청구인이 이 건 건축물을 취득하기 위하여 OOO원을 지급하였다고 하더라도 해당 금액은 「지방세법」제10조 제5항 각 호에서 규정하고 있는 사실상의 취득가격에 해당하지 않고 시가표준액에도 미달하므로 청구인이 이 건 건축물의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 신고․납부한 것은 정당하다 할 것인바, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 이 건 건축물을 종교용으로 직접 사용하지 않고 매각한데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

② 이 건 건축물의 시가표준액을 과세표준으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인이 제출한 매매계약서 및 대금 납부내역서 등을 보면, 청구인은 2015.4.28. 이 건 건축주들과 이 건 건축물 및 그 부속토지에 대한 매매계약을 체결한 후 2015.6.30.까지 그 매매가격 OOO원 중 OOO원만 지급하고, 이 건 소유권등기를 할 때까지 나머지 잔금 OOO원은 지급하지 않은 것으로 나타난다.

(나) 이 건 건축주들의 채권자들은 2016.9.20. 이 건 건축물을 비롯한 OOO 내 건축물에 대한 가처분 등기를 하고자 소유권보존을 위한 대위등기를 하였고, 청구인은 2017.1.4. 이 건 건축물의 취득자의 지위에서 이 건 소유권등기를 하였으며, 처분청은 청구인이 종교용으로 직접 사용하기 위하여 이 건 건축물(부속토지 포함)을 취득한 것으로 보아 소유권등기에 따른 취득세 등을 면제하였다.

(다) 처분청은 2018.7.11. 이 건 건축물에 대한 사용승인을 하였고, 청구인은 2019.6.20. 이 건 건축물을 OOO 외 1인에게 OOO원에 매각한 후, 2019.8.7. 그 시가표준액인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였다.

(라) 처분청 세무공무원이 2019.8.2. 이 건 건축물을 현지 확인한 후 작성한 출장복명서를 보면, OOO 외 1인이 청구인을 비롯한 수분양자 등으로부터 OOO 전부를 일괄 취득하여 실제 수요자에게 분양하고 있는 것으로 나타나며, 청구인은 2017.1.4. 이 건 소유권등기를 한 후 2019.8.2.까지 2년 6개월 이상 이 건 건축물을 사실상 소유하고 있었으나, 그 기간 동안 이 건 건축물을 종교용을 직접 사용하지는 않은 것으로 보인다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제50조 제1항에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되 그 제3호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 동 규정에서 “직접 사용”이란 현실적으로 당해 부동산을 종교사업 자체에 사용되는 것을 말하는 것이고, 그 범위는 종교단체의 사업목적과 해당 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결, 같은 뜻임)이다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 건축물을 취득한 후 2019.8.2. 이를 매각할 때까지 이 건 건축물을 종교용으로 사용한 사실은 없다고 보이는 점, 지방세특례제한법령 등에서 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말하는 것으로 단순히 소유하고 있다고 하여 이를 직접 사용한 것으로 볼 수는 없는 점, 「지방세특례제한법」제50조 제3항 본문 및 제3호에서 종교단체가 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하는 경우 면제한 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있을 뿐 여기에 정당한 사유가 있는지 여부에 대하여는 별도로 규정하지 않고 있는 점 등에 비추어 청구인은 이 건 건축물을 사실상 취득한 후 종교용으로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하였다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제10조 제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항에서 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 하되, 그 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다고 규정하면서 제5항 각 호에서 국가 등으로부터의 취득, 외국으로부터의 수입에 의한 취득, 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득, 공매방법에 의한 취득,「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제5조에 따라 검증이 이루어진 취득의 경우에는 시가표준액에 관계 없이 사실상의 취득가격을 취득세의 과세표준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제18조 제3항 제2호에서 대통령령으로 정하는 “법인장부”란 금융거래 내역 또는 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서를 말한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법」제10조 제5항 각 호에서 규정하고 있는 ‘취득의 방법’은 사실상의 취득가격을 알 수 있는 취득을 한정적으로 열거한 것으로 여기에 해당하지 않는 경우에는 사실상의 취득가격을 인정하거나 적용할 수 없다고 보아야 하는 점, 청구인과 이 건 건축주들은 법인이 아닌 개인으로서 복식부기사업자라 하더라도 그 비치된 장부 등은 「지방세법」제10조 제5항 제3호에서 규정하고 있는 법인의 장부에는 해당하지 않는 점, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문 그대로 해석하여야 하고 유추해석하거나 확장해석은 엄격히 제한되므로 이 건 건축물의 매매계약이 법인과 수분양자가 체결한 부동산의 분양계약과 유사하다고 하더라도 이 건 건축물의 취득을 「지방세법 시행령」제18조 제3항 제2호에서 규정한 법인의 장부에 의하여 사실상의 취득가격이 입증되는 취득으로 볼 수는 없는 점 등에 비추어 이 건 건축물의 취득세 과세표준은 그 시가표준액으로 보는 것이 타당하다고 할 것인바, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세 기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제50조[종교단체 또는 향교에 대한 면제] ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법

제10조[과세표준] ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. ② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5.「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(3) 지방세법 시행령

제18조[취득가격의 범위 등] ③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서(이하 생략)