가. 청구법인은 2012.6.5. 개업하여 아파트 건설업을 영위하고 있고, 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 2013년 3월～2018년 8월 기간 동안OOO 등 6곳의 공사현장으로 구성된 도급공사를 공동수급하되, OOO이 전기, 소방, 통신 및 조경공사(이하 “쟁점공사”라 한다), 청구법인이 나머지 공사부분을 담당하고 각자가 전체 공사의 원가를 공동으로 분담(분담이행방식)하도록 하는 공사수급협정(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결한 후 해당 도급공사를 시행하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2017.4.19.～2017.6.2. 기간 중 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 청구법인이 2014년 OOO원(이하 “쟁점전체원가”라 한다)만큼 OOO이 쟁점계약에 따라 분담하는 쟁점공사를 수행하면서 발생한 비용을 대신하여 부담하였다고 보아 그 상당액을 법인세의 소득금액 계산시 손금불산입하고 관련된 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 불공제하도록 과세자료를 통보하자, 처분청은 2017.6.21. 청구법인에게 부가가치세 합계OOO)을 각각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.13. 이의신청을 거쳐 2017.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점전체원가 중에서 실제로 OOO이 담당․시행한 쟁점공사와 무관한 원가인 OOO원(이하 “쟁점비용”라 한다)만큼을 청구법인의 원가로 보아야 한다.

건설공사와 같이 일정기간 동안 진행․완성하여 분야별로 정산이 가능한 사업분야에서 활용되는 계약방식으로서 2인 이상의 사업자가 공동으로 공사 등을 도급받아 공동의 계산 하에 계약을 이행하는 공동도급계약은 계약당사자 각자가 전체 공사를 분담하여 시공한 후 그 시공부분에 대해서만 책임을 지는 분담이행방식과 전체 계약당사자가 일체로 도급받은 공사를 시공한 후 전체 공사에 대하여 연대하여 책임을 지는 공동이행방식으로 구분되는바, 이러한 공동도금계약의 정의에 따르면 쟁점계약의 경우 분담이행방식이므로 청구법인과 OOO에게 각각 담당한 공종(공사부문)에서 발생한 원가가 귀속된다는 처분청 의견에 대해서는 이견이 없으나, 이 건 과세처분 당시 처분청이 OOO이 부담하여야 할 것으로 본 쟁점전체원가에 청구법인이 담당할 공종과 관련된 것이 포함되어 있다면 그 상당액을 다시 손금 및 매입세액 공제의 대상으로 인정하여야 할 것이다.

청구법인이 조사청의 조사 후 쟁점전체원가를 다시 검토하여 본바, 그 금액 중에는 쟁점공사가 아니라 ＜별지＞ 기재와 같이 청구법인이 담당하는 공사부분과 관련한 엘리베이터의 매입대금 및 그 설치비용, 가스 및 기계설비의 매입대금, 에어컨의 수리비용 등의 합계인 쟁점비용이 포함되어 있음을 확인하였고, 이러한 사실은 이의신청 당시 그 재결청인 조사청이 직접 정리한 것으로서 쟁점비용과 관련한 세금계산서 등의 증빙자료에 기재된 공급자(청구법인의 하청업체)의 업종으로 명확히 확인된다 할 것이다.

나아가 쟁점계약에서 그 당사자 각자가 담당하는 공사부문은 관련 법률에 따른 것인데, 「건설산업기본법」제2조 제4호에서「전기공사법」에 따른 전기공사를 건설공사에 해당하지 아니하는 것으로,「전기공사법」에 따른 전기공사는 전기설비 등을 설치․유지하는 등의 공사를 의미하는 것으로, 「건설산업기본법 시행령」제7조에서 승강기설치공사업을 건설업 중 전문건설업에 해당하는 것으로 각각 규정하고 있고, 전기공사업의 경우 한국전기공사협회, 승강기설치공사업은 대한전문건설협회 등에서 각각 그 면허 및 공사를 관리하고 있으며 면허의 근거 법률, 취득기준 등도 서로 다른바, OOO이 담당한 쟁점공사와 청구법인이 담당한 이외의 공사부문은 명확히 구분된다 할 것이다.

한편 처분청은 청구법인의 감사보고서에 기재된 수익인식기준이 잘못되었다는 의견이나, 해당 기준은 청구법인 뿐만 아니라 모든 건설사에 적용되므로 정당한 것으로 보아야 한다.

또한 처분청은 청구법인이 실행보고서에 쟁점공사가 아닌 항목을 쟁점공사에 해당된다고 기재한 것이 잘못되었다는 의견이나, 청구법인은 대분류의 항목이 지나치게 많을 경우 실행보고서 상의 항목분류가 복잡해지는 문제가 있어 실무상 대분류의 항목에 포함되는 세부항목을 통합하여 관리한 점, 예컨대 실질상 전기공사에 해당하지 아니하는 엘리베이터 납품 원가가 형식상 전기공사에 포함되었다면 실질과세의 원칙에 따라 전기공사에서 제외하여야 하는 점 등을 볼 때 처분청의 의견은 부당하다.

더욱이 처분청은 청구법인이 조사 당시 날인한 확인서 및 OOO의 경정청구를 근거로 청구주장이 이유 없다는 의견이나, 납세자가 확인서를 제출하였더라도 세무조사 후 쟁점이 있는 사실관계에 대하여 착오를 바로 잡아 불복청구를 할 수 있는 점, 이 건 심판청구가 인용될 경우 OOO이 다시 수정신고할 예정인 점 등을 감안할 때 처분청의 의견은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점전체원가에서 쟁점비용 상당액을 차감할 수는 없다.

첫째, 쟁점전체원가가 쟁점공사와 관련된 것인 사실은 청구법인이 작성한 ‘실행보고서’ 등을 통하여 입증된다.

청구법인이 쟁점계약에 따른 도급공사에 대하여 작성한 실행보고서를 보면 ‘공종별 예정원가’에서 청구법인이 담당하는 공사부문에 대한 것이 아니라 ‘전체 공사부문’에 대하여 예정원가를 산출한 사실을 알 수 있는 점, 감사보고서의 ‘(7) 수익인식기준’ 항목을 보면 청구법인이 총공사예정원가 중 실제공사비 발생액의 비율로 산정된 공사진행률로 수익을 인식하는 것으로 나타나고 위 실행보고서 외에 청구법인이 총공사예정원가의 산정 근거를 제시하지 하지 못하는 점, 이러한 정황에서 조사청이 실행보고서의 ‘4. 기전공사’ 중 ‘4-1. 전기공사’의 항목에 기재된 ‘엘리베이터 납품 및 설치’가 전기공사, ‘4-3. 소방공사’의 항목에 기재된 ‘가스설비공사’가 소방공사로 각각 분류된 사실을 확인한 점, 쟁점계약에 의하면 청구법인과 OOO이 공사수입금액을 ‘80 : 20’으로 배분한 근거는 각자가 부담할 원가의 비율이고 청구법인이 달리 다른 근거를 제시하지 못하는 점 등을 감안할 때 쟁점공사의 원가는 실행보고서의 기준에 따라야 하므로 쟁점전체원가 중 엘리베이터 납품가액 등 쟁점비용만큼 차감하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.

둘째, 청구법인은 조사청의 조사 당시 쟁점전체원가 모두를 쟁점공사와 관련된 것으로 확인하였다.

처분청이 실행보고서 등 객관적인 증빙자료로 이 건 과세처분을 하였으므로 세무조사 당시 청구법인이 작성한 확인서만을 그 근거로 한 것은 아니나, 청구법인은 조사청에게 쟁점비용을 포함하여 쟁점전체원가의 전부를 쟁점공사와 관련되었다는 내용의 확인서를 작성․제출하였음에도 세무조사 후에 그 결과를 정리한 위 확인서를 부인하고 있다.

셋째, 청구법인은 OOO로부터 쟁점전체원가 상당액을 보전받았다.

청구법인이 조사청의 조사 후인 2017.7.6. 분담이행방식의 쟁점계약에 따라 그 상대방인 OOO로부터 쟁점전체원가 상당액을 보전받았고, OOO이 이에 대하여 불복하지 아니하고 관할 세무서장에게 그 상당액만큼의 법인세 환급을 구하는 경정청구를 한 후 받아들여졌다.

한편 청구법인은 쟁점계약에 따른 각 당사자의 담당 공사부문이 「건설산업기본법」등 관련 관률에 따라 구분되었다고 주장하나, 쟁점계약은 당사자 간의 합의에 불과하고 공사부문의 배정도 발주처의 승인이 필요하였던 점, 쟁점계약의 원가분담과 관련한 조항(제9조)에서 각자가 담당할 공사부분 및 발주처 및 제3자에 대한 책임의 범위를 정하였을 뿐 위 관련 법률에 따라 각자가 담당할 공사부분을 구분한다는 내용이 없는 점,「건설산업기본법」은 제1조에서 정한 입법목적(건설공사의 적정한 시공 등)이 원가의 분담과 무관한 점 등을 감안할 때 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가.쟁점

청구법인과 다른 법인 간에 원가를 분담하는 방식으로 도급공사를 공동수급하여 시행한 경우 쟁점비용의 귀속 주체를 청구법인으로 보아야 하는지 아니면 다른 법인으로 보아야 하는지 여부

나.관련 법령

(1) 국세기본법

제14조[실질과세] ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4.사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

(3) 법인세법

제19조[손금의 범위] ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(4) 법인세법 시행령

제48조[공동경비의 손금불산입] ①법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1.출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2.제1호 외의 경우로서 해당 조직·사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 “비출자공동사업자”라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

가.비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수․구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

나.가목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

(5) 건설산업기본법

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4.“건설공사”란 토목공사, 건축공사, 산업설비공사, 조경공사, 환경시설공사, 그 밖에 명칭에 관계없이 시설물을 설치·유지·보수하는 공사(시설물을 설치하기 위한 부지조성공사를 포함한다) 및 기계설비나 그 밖의 구조물의 설치 및 해체공사 등을 말한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공사는 포함하지 아니한다.

가. 「전기공사업법」에 따른 전기공사

(6) 건설산업기본법 시행령

제7조[건설업의 업종 및 업무내용 등] 법 제8조에 따른 건설업의 업종과 업종별 업무내용은 별표 1과 같다.

＜별표1＞ 건설업의 업종과 업종별 업무내용