가. 청구법인은 2015.3.13. OOO소재 건축물(공동주택 86세대, 연면적 5,947.43㎡, 이하 “쟁점공동주택”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2015.3.20. 처분청에 취득가격 OOO을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 OOO을 신고·납부하고, 2015.5.11. 취득세 OOO수정신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2019.9.4. 처분청에 쟁점공동주택이 전용면적 60㎡ 이하인 공동주택에 해당하고 「지방세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제33조 제1항(이하 “종전 법률”이라 한다)이 폐지되기 전에 쟁점공동주택을 건축 중이었으므로 종전 법률이 실효된 이후에 쟁점공동주택을 취득하였다고 하더라도 같은 법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 적용하여 종전 법률에 따라 취득세가 감면되어야 한다며 쟁점공동주택에 관한 취득세 OOO환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.10.25. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조세심판원은 최근 납세자가 종전 감면조례 시행일 당시 지식산업센터의 사업승인을 받아 착공 및 분양공고를 하였으나 이후 조례가 개정되어 감면대상에서 제외된 경우에 법 개정 이전에 해당 부동산의 취득을 위한 원인행위가 있었으므로 납세자의 신뢰보호를 위하여 해당 부동산을 취득세 면제대상으로 보는 것이 타당하다고 판단하였다(조심 2017지1075, 2018.2.14. 참조).

(2) 청구법인은 2013.3.12. 전용면적 60㎡ 이하인 공동주택을 분양할 목적으로 처분청으로부터 사업계획 승인을 받아, 2013.4.25. 건축공사를 착공하였고, 2014.7.3. 입주자모집공고 승인을 받아 분양공고를 하였으며, 2015.3.13. 쟁점공동주택의 사용승인을 받았으나, 취득일 현재 종전 법률의 일몰기한이 종료되어 취득세를 면제받지 못하고 전액 신고납부하였다.

(3) 청구법인의 2014사업연도 귀속 법인세 신고시 제출한 수입금액 조정명세서를 보면, 2014년말 이미 쟁점공동주택 신축공사가 47.68%나 진척되어 있었던 사실을 알 수 있는바, 비록 쟁점공동주택의 사용승인일(2015.3.13.)에는 일몰기한의 도래로 종전 법률이 효력을 상실하였다고 하더라도 일반적 경과조치와 납세자의 신뢰보호원칙에 따라 쟁점공동주택에 대하여는 일몰기한의 도래와 상관없이 종전 법률을 적용하여야 한다.

따라서 청구법인이 종전 법률의 일몰기한 이후 쟁점공동주택을 취득하였다며 종전 법률의 적용을 배제한 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 종전 법률에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 감면기한에 대한 일몰 규정을 두고 있었으므로, 감면기한(2014.12.31.) 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수도 있음을 충분히 예측할 수 있었던 상황이었는바, 청구인이 2014.12.31. 종전규정의 일몰기한 만료로 감면이 자동 종료된 후에 쟁점공동주택을 취득한다 하더라고 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰한 것을 정당한 것으로 볼 수 없고, 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 것은 아니다.

(2) 종전 법률은 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지도 않다.

(3) 「지방세특례제한법」제33조 제1항의 “건축한 공동주택”이란 건축이 완료된 공동주택만을 의미한다고 보는 것이 타당하므로(법제처 12-0700, 2012.12.31.), 쟁점공동주택은 쟁점 규정의 일몰기한까지 공동주택으로서의 실체가 존재하지도 아니한 상태였으므로, 착공행위 유무만으로 과세요건의 충족 여부를 판단하여서는 아니된다.

따라서 청구법인은 종전 법률의 일몰기한 이후 쟁점공동주택을 취득하였는바, 종전 법률의 적용을 배제한 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

60㎡ 이하 공동주택에 대하여 종전 법률을 적용하여 취득세를 면제하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것)

제33조[주택 공급 확대를 위한 감면] ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

부칙 제14조[일반적 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법 시행령

제15조[주택건설사업자의 범위 등] ① 법 제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 주택건설사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 해당 건축물의 사용승인서를 내주는 날 이전에 「부가가치세법」 제8조에 따라 건설업 또는 부동산매매업의 사업자등록증을 교부받거나 같은 법 시행령 제8조에 따라 고유번호를 부여받은 자

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 건축설계계약서(2012.7.9.), 공사감리계약서(2013.4.1.)에 의하면 청구법인은 종합건축사사무소 OOO쟁점공동주택 관련 설계계약(계약금액 : OOO) 및 감리계약(계약금액 : OOO)을 체결한 사실이 나타나고, 감리용역계약서(2014.2.14.)를 보면 청구법인은 2014.2.14. 주식회사 OOO쟁점공동주택 관련 공사감리계약(계약금액 : OOO)을 체결한 것으로 나타난다.

(나) 쟁점공동주택의 착공신고필증(2013.4.25.), 사용검사 확인증(2015.3.13.), 건축물대장 등의 주요 내용은 아래와 같다.

(다) 도급계약서(2014.1.11.)에 의하면, 청구법인은 2014.1.11. OOO주식회사와 쟁점공동주택 건설공사에 관한 도급계약(계약금액 : OOO)을 체결한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인의 계정별원장(2014사업연도)을 보면 청구법인이 2014.2.20. OOO주식회사에 쟁점공동주택 기성금 명목으로 OOO등을 지급하였다고 기재되어 있고, 청구법인 명의의 OOO계좌 내역에 의하면 청구법인은 2014.2.29. OOO주식회사에게 OOO지급한 사실이 확인된다.

(마) 쟁점공동주택의 입주자 모집공고(2014년 6월)에 의하면, 쟁점공동주택의 각 호실은 전용면적 60㎡ 이하로 확인되고, 입주예정일은 2014년 10월중으로 기재되어 있다.

(바) 청구법인의 2014사업연도 수입금액조정명세서를 보면, 쟁점공동주택 작업진행률이 2014년말 현재 47.68%로 계산되어 있다.

(사) 청구법인의 사업자등록증을 보면, 청구법인은 2001.3.21. 개업하여 주택신축판매 및 부동산임대업 등을 영위하고 있는 사실이 나타난다.

(2) 행정안전부는 2014.9.15. 「지방세특례제한법」 일부개정법률(안)을 입법예고하였고, 그 개정 이유에는 2014.12.31. 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들이 일괄 종료됨에 따라 지방세 감면 지원이 계속 필요한 분야에 대하여 감면을 재설계하기 위한 것이라고 적시되어 있으며, 그 개정 내용에 종전 법률은 포함되지 않은 것으로 확인된다.

법제처 법령입안심사기준(2017년, 587쪽)에 의하면, 경과조치는 새로 제정되거나 개정된 법령에 의한 기득권 침해방지 등의 정책적 필요에 의하여 특정한 사안이나 사람에 대하여 구(舊) 법령을 적용하기 위한 것이라고 규정되어 있다.

(3) 대법원은 일반적 경과조치란 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정을 의미한다고 판시하였다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결, 같은 뜻임).

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세”에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결, 대법원 2015.10.15. 선고 2015두36652 판결, 같은 뜻임).

한편, 종전 법률인 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항은 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다)에 대하여 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조는 일반적 경과조치라는 제목 아래 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여 종전 법률에 따르도록 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 처분청은 종전 법률의 적용을 배제한 이 건 경정청구 거부처분이 정당하다는 의견이나, 아래와 같은 점에 비추어 쟁점공동주택 취득에 관하여 주택 공급 확대를 위한 감면규정인 종전 법률을 적용하여야 한다는 청구주장은 타당한바, 쟁점법률의 적용을 부인한 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.

1) 통상적으로 건축물 신축에 있어서 착공에 이르기 이전까지 부지의 매입, 건축설계계약, 도급공사계약, 건축허가 등 건축물 신축을 위한 필요불가결한 업무가 이루어지게 되는바, 이러한 업무가 원활하게 진행된 이후의 건축물 신축을 위한 착공행위는 건축물 신축 및 취득과 밀접하게 관련된 원인행위에 해당하고, 이러한 원인행위로 인하여 납세의무자인 주택건설사업자는 종전 법률에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 종전 법률 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아가 그 신뢰를 보호하여야 할 정도의 법적 지위를 취득하였다거나 법률관계를 형성하였다고 보는 것이 타당하다 하겠다.

2) 청구법인이 제출한 금융거래내역상 청구법인이 2014년 2월경 쟁점공동주택 시공사에게 쟁점공동주택 건축공사대금을 지급한 사실이 확인될 뿐만 아니라, 청구법인이 과세관청에 제출하였던 2014사업연도 법인세 신고자료상 쟁점공동주택의 작업진행율이 2014년말 현재 약 48%에 달하는 등 2014년경 쟁점공동주택 신축공사가 진행 중이었던 사실까지 나타나는 등 청구법인이 2014년경 쟁점공동주택에 관한 착공행위 및 그 외 신축공사를 진행한 사실을 인정할 수 있는바, 청구법인은 쟁점공동주택을 착공함에 따라 종전 법률에 따른 감면에 관하여 보호가치 있는 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였다고 인정된다 하겠다.

3) 시·도세 감면조례에서 관련 규정이 신설되어 2014.12.31. 종전 법률이 일몰되기 전까지 약 20년간 계속되어 왔으므로 청구법인은 쟁점공동주택에 대한 사용승인을 받을 때까지 종전 법률이 유지될 것이라고 기대하였다고 볼 수 있고(조심 2018지1116, 2019.6.17., 같은 뜻임), 이를 단순한 기대라고 단정하기 어렵다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.