2. 나머지 청구는 기각한다.

청구인은 ’77.12.21 충청남도 아산시 OO동 OOOOOOOO 대지 221㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 ’92.4.2 청구외 OOO에게 양도한 후, 자산양도차익 예정신고 및 과세표준 확정신고를 이행하지 아니하였다.

처분청은 쟁점토지의 취득일을 ’77.12.21, 양도일을 검인계약서상의 잔금지급약정일인 ’92.3.25로 보아 기준시가로 양도차익을 계산하여 ’95.6.17 청구인에게 ’92년도 귀속분 양도소득세 14,097,522원을 부과처분하였다.

청구인은 이에 불복하여 ’95.8.9 심사청구를 거쳐 ’95.10.19 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인이 ’77.12.21 취득하여 청구외 OOO에게 양도한 쟁점토지에 대하여 처분청은 양도일을 검인계약서상 잔금지급약정일인 ’92.3.25로 보아 양도소득세를 과세하였으나, 청구인은 쟁점토지중 165㎡(50평)은 ’79.6.3 2,000,000원에 매매가 종결된 것으로 국세부과제척기간이 만료되었으므로 과세대상에서 제외되어야 하고, ’92.3.5 매매가 이루어진 나머지 56㎡는 집터로 사용하고 있으므로 장기보유특별공제를 하여야 함에도 이를 확인하지 않고 부과한 처분은 위법부당하다.

나. 국세청장 의견

쟁점토지중 165㎡를 ’79.6.3 양도하였다고 제시한 매매계약서는 계약서 내용대로 대금청산이 이루어졌다는 명백한 증빙 등의 자료 제시가 없으므로 인정할 수 없고, 나머지 56㎡는 양도일 현재 주택이 있었다는 증빙자료가 없는 나대지이므로 장기보유특별공제대상이 아니라고 판단되는 바, 쟁점토지의 양도일을 검인계약서상의 잔금지급약정일로 하고 장기보유특별공제를 적용하지 아니하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점토지의 양도시기를 검인계약서상의 잔금지급약정일로 보아 과세한 처분의 당부

(2) 쟁점토지가 장기보유특별공제대상인지의 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제27조에 의하면 『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다』고 규정하고, 같은법 시행령 제53조 제1항에는 『법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산 대금을 청산한 날로 한다』고 하면서 제1호에서 『대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일, 다만 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부, 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기 접수일로 한다』라고 규정하고 있다.

(2) 소득세법 제23조 제2항에 의하면 『양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총 수입금액에서 필요경비를 공제한 금액에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 2년 미만인 것과 미등기양도 자산에 대하여는 다음 각호의 금액을 공제하지 아니한 금액으로 한다』라고 규정하고,

제1호 (생략)

제2호에서는 『제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지는 제외한다)으로서 그 자산의 보유기한이 5년이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(“장기보유특별공제액”)』라고 규정하고 있다.

같은법 시행령 제46조의 3에서는 『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있다.

다. 쟁점토지의 양도시기를 검인계약서상의 잔금지급약정일로 보아 과세한 처분의 당부

(1) 청구인은 ’77.12.21 쟁점토지를 취득하여 ’92.4.2 양도한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고, ’92.3.20 작성된 검인계약서에 의하면 쟁점토지의 잔금지급약정일이 ’93.3.25임이 확인된다.

(2) 청구인은 ’79.6.3 쟁점토지를 청구외 OOO에게 1차로 165㎡를 양도하고, ’93.3.5 2차로 나머지 56㎡를 양도하였다고 주장하나, 제출된 계약서 내용대로 매매가 이루어졌음을 입증할 수 있는 금융자료 등 객관적인 자료는 제시하지 못하고 있다.

(3) 위의 사실을 종합해 볼 때 청구인이 제시한 제증빙자료로는 쟁점토지의 양도일을 객관적으로 명백하게 확인할 수 없으므로, 소유권 이전등기시 제출된 검인계약서상의 잔금지급약정일이 확인되므로, 위 관련 법규정에 따라 쟁점토지의 양도일은 잔금지급약정일로 봄이 적법한 것으로 인정된다.

따라서 처분청이 이 건 양도시기를 검인계약서상의 잔금지급약정일로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 타당하다고 판단된다.

라. 쟁점토지가 장기보유특별공제대상인지의 여부

(1) 충청남도 아산시 OO동 OOOOOOOO(’84.6.27 분할전 동소 OOOOOOOO)에 주택 35.7㎡가 ’84.6.20 건축물관리대장에 등재된 사실확인이 된다.

(2) 청구외 OOO이 위 동소에서 ’81.10.31 이후 현재까지 주민등록상 거주사실이 주민등록등본에 의하여 확인이 된다.

따라서 이상 내용을 모아볼 때 쟁점토지(221㎡)중, 위 건물(주택)의 바닥면적 35.7㎡에 대하여 소득세법 시행령 제46조의 3의 규정을 적용, 계산한 면적에 상당하는 토지는 장기보유특별공제대상이라 인정되는 바, 이 건 양도소득세 결정시에 장기보유특별공제를 전혀 적용하지 않는 것은 위법한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.