가. 청구법인은 1999.2.22. 설립되어 건설폐기물 처리용역업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2011년 제1기부터 2014년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 관공서, 공기업 등 공공기관(이하 “발주처”라 한다)과 건설폐기물 처리용역(이하 “쟁점용역”이라 한다) 계약(이하 “쟁점용역계약”이라 한다)을 체결한 후, 쟁점용역을 완성도기준 지급조건부 용역으로 보아 기성검사 완료일을 「부가가치세법」상 공급시기로 보아 부가가치세를 신고하는 한편, 「법인세법」상 손익의 귀속시기에 있어 계약물량 범위 내에서 입고는 되었으나 발주처의 기성검사 진행으로 인하여 대가 청구절차가 완료되지 않은 미청구잔액(이하 “계약범위내 미청구잔액”이라 한다)에 대하여는 2013년부터 폐기물 입고일이 속하는 사업연도를 그 귀속시기로, 청구법인의 각 사업연도말 현재 계약물량을 초과하여 입고된 물량으로, 발주처와의 계약금액 조정절차 진행으로 인하여 대가 청구절차가 완료되지 않은 미청구잔액(이하 “계약범위초과 미청구잔액”이라 한다)에 대하여는 계약단가 조정 완료일이 속하는 사업연도를 그 귀속시기로 보아 법인세를 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 2014.8.28.부터 2014.10.29.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 계약범위내 미청구잔액 및 계약범위초과 미청구잔액에 대한 「부가가치세법」상 용역의 공급시기 및 「법인세법」상 손익의 귀속시기를 청구법인의 폐기물 처리장에 건설폐기물이 입고되는 시점으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점용역에 대한 「부가가치세법」상 공급시기 및 「법인세법」상 손익의 귀속시기를 조정하여 2015.2.12. 청구법인에게 <별지> 기재와 같이 부가가치세2011년 제2기분～2014년 제1기분 합계 OOO원및 법인세 2011～2013사업연도분 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점용역계약은 완성도기준 지급조건부 계약이므로 계약의 특정내용에 따라 검사를 거쳐 대가의 지급이 확정되는 때를 「부가가치세법」상 공급시기로 보아야 한다.

「부가가치세법 집행기준」9-0-2, 심판결정례(조심 2013중 4724, 2015.3.24. 조심 2013구4721, 2014.6.18.), 예규(부가 46015-2215, 1995.11.24.)에서는 ‘완성도기준 지급조건부 계약’이란 역무제공이 완료되기 이전에 계약에 따른 기성확인을 거친 후 대가의 각 부분을 지급받을 수 있는 계약으로 해석하고 있는바, 쟁점용역계약도 계약상의 계약물량에 대한 처리가 모두 완료되기 전에 그 대가를 기성청구된 입고량에 따라 분할하여 받기로 약정되어 있고, 발주처의 검사가 완료된 이후에 기성고 대가 각 부분의 지급이 확정되도록 약정하고 있는 점으로 볼 때, 명백한 완성도기준 지급조건부 계약에 해당한다.

그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점용역계약의 경우 기성청구가 불규칙적으로 이루어졌고, 특정 기간 안에 이루어지지 않았으므로 완성도기준 지급조건부 계약으로 볼 수 없다는 의견이나, 이는 근거 법령 등이 없는 것으로 조세법률주의 원칙에 위배되는 것이다.

만약, 쟁점용역계약에서 검사에 대한 내용 없이 특정한 날을 대가의지급일로 명시하였다면 그 명시된 지급일을공급시기로 볼 수 있지만,쟁점용역계약상 지급일은 ‘검사완료일’부터 7일 이내로 규정하고있으므로 ‘검사완료일’을 ‘대가의 각 부분을받기로 한 때’로 보는 것은당연한 해석이다.

이와 동일한 취지로 다수의 대법원 판례에서도 기성부분의 지급을청구하는 때에 검사에 합격한 기성부분 등에 따라 지급하기로 약정하면서 계약체결 당시 그 지급일을 특별히 명시하지 아니한 계약의 경우 ‘공사의 기성고가 결정되어 그 대금을 지급할 수 있게 된 날’을 「부가가치세법」상 용역의 공급시기로 보고 있다(대법원 1999.4.13. 선고 98두17722 판결 외 다수 같은 뜻임).

한편, OOO시스템은 건설폐기물을 친환경적으로 적절하게 처리하고, 그 재활용을 촉진하여 국가자원을 효율적으로 이용하기 위한 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」의 제정취지에 따라 도입된 절차로, 환경부가 폐기물의 배출부터 최종처리까지의 과정을 인터넷으로 관리하기 위한 목적의 시스템인바, 이는 계약상 대가를 지급하기 위한 목적으로 폐기물의 종류와 수량을 확정하는 행위가 아닌 환경부의 폐기물관리의 효율성을 높이는 것에 불과하다.

처분청은 건설폐기물의 입고일에 OOO시스템을 통하여 계약당사자간에 폐기물 처리량을 확인할 수 있으므로 폐기물 입고일을 ‘역무제공 완료일’로 보아 「부가가치세법」상 공급시기로 보아야 한다는 의견이나, 대법원은 ‘역무제공 완료시점’은 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무제공의 범위에 계약조건 등을 고려해야 하는 것으로 판시한바(대법원 2008.8.21. 선고 2008두5117 판결), 올바로(Allbaro)시스템 확인절차는 쟁점용역계약과 아무런 관련이 없는 절차로 ‘역무제공 완료일’과는 전혀 관련이 없다. 즉, 쟁점용역계약상 역무제공의 완료시점을 사전에 정해진 계약물량 만큼의 폐기물을 전부 처리한 시점을 의미하는 것이다.

같은 쟁점에 대한 과세당국의 유권해석(제도 46015-11743, 2001.6.29.)에서도 계약상 검사절차 이전에 계약 당사자간 매일 폐기물(분뇨)의 인수량을 확인할 수 있는 시점이 있음에도 불구하고 계약의특정내용에 따라 검사를 거쳐 대가의 지급이 확정되는 날을 「부가가치세법」상 공급시기로 해석하고 있다.

따라서, 쟁점용역과 관련하여 계약범위내 및 계약범위초과 미청구잔액의 「부가가치세법」상 공급시기를 기성검사 완료일로 보아야 함에도 폐기물 입고일로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 「법인세법」상 ‘익금의 확정’이라 함은 지급받을 권리뿐만 아니라 지급받을 금액까지 확정되는 것을 의미하는바(대법원 1990.11.13. 선고 90누943 판결, 같은 뜻임), 쟁점용역과 관련하여 폐기물 입고일 현재에는 계약범위초과 미청구잔액은 계약금액 조정절차를 거쳐 대부분 계약단가가 변경되므로 지급받을 금액이 확정되었다고 볼 수 없다.

또한, 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」(이하“지방계약법”)상계약단가만 있는 ‘단가계약’은 같은 법 시행령 제79조에서 열거한전기·가스·수도의 공급 등 특정한 거래에 해당하여야체결될 수 있는바, 쟁점용역계약은 위 시행령에서 열거된 거래에해당하지 않아 단가계약이 아닌 계약총액기준( 지방계약법 제24조제1항)으로 체결한 계약으로 계약물량을 초과한 폐기물 처리량이 발생할 경우 별도의 계약금액 조정절차를 통하여 계약물량 초과분에 대한 계약단가를 결정하도록 규정하고 있다.

그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점용역계약을 단가계약으로 착각하여 계약범위초과 물량도 OOO시스템에 계약범위내 물량과 동일하게 입고시점에 입력되고, 계약당사자간 확인가능하다는 이유만으로 계약범위초과 미청구잔액과 계약범위내 미청구잔액을 구분지을 이유가 없다고 보았다.

그러나, OOO시스템의 입력 데이터에는 폐기물 종류별 단가는 전혀 포함되지 않는 것으로, 계약서상 계약단가가 존재하지 않는 계약범위초과 미청구잔액은 계약금액 조정절차가 완료되기 이전에는 OOO시스템을 통해서도 확인할 방법이 없다.

또한, 예산한정성의 원칙을 엄격히 준수해야 하는「지방재정법」 규정과쟁점용역계약을 고려해볼 때, 청구법인이 계약금액 조정절차를 조속히이행하여 계약범위초과 물량에 대한 매출을 당해 물량이 입고된 날바로 인식하도록 하는 것은 「지방재정법」 및 거래 실질을 도외시한 것이다.

따라서, 사전에 정해진 계약단가가 있는 계약범위내 미청구잔액과 계약금액 조정절차가 완료되지 않아 계약단가를 알 수 없는 계약범위초과 미청구잔액은 엄연히 구분되어야 할 것으로, 계약범위초과미청구잔액의 「법인세법」상 손익의 귀속시기를 계약단가 조정완료일이속하는 사업연도로 보아야 함에도 불구하고,폐기물 입고일이속하는 사업연도로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점용역계약이 완성도기준 지급조건부 계약이므로 계약의 특정내용에 따라 검사를 거쳐 대가의 지급이 확정되는 때를 「부가가치세법」상 공급시기로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 제공하는 용역은 완성도기준 지급조건부 용역에 해당하지 않는다.

완성도기준 지급이란 재화나 용역 제공에 장기간을 요하는 경우와 같이 그 진행도 또는 완성도를 확인하여 그 비율만큼 대가를 지급하는 것을 말하는바, 즉, 건설용역과 같이 용역의 제공에 장기간 소요되고, 제공기간 동안 공급 단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 완성도기준 지급조건부 공급에 해당하여 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 「부가가치세법」상 공급시기로 보고 있으나, 쟁점용역의 경우 발주처와 용역 계약시 건설폐기물 현장에서 발생할 것으로 예상되는 폐기물의 양을 기준으로 처리량, 처리단가를 산정하며, 이 때 산정한 처리단가는 특별한 사유가 발생하지 않는 이상, 공사기간 중 계속적으로 적용되는 것으로 공사현장에서 폐기물을 수집, 운반하여 청구법인의 폐기물 처리장에 입고가 되는 순간 발주처로부터 지급받을 금액이 확정되는 점, 공사현장에서 폐기물을 수집하여 수집차량에 적재 후 1차 확인 작업으로 폐기물의 종류와 중량을 계근하고, 폐기물 처리장 입고 직전, 폐기물 종류 확인과 계근을 통하여 2차 확인작업을 하며, 2차 확인작업을 바탕으로 청구법인의 폐기물 관리시스템인 TRS에 입력하고, 입고 익일까지 발주처에서는 OOO시스템에 처리 폐기물의 종류, 수량을 입력하여 지급하여야 할 금액을 확정하게 되는 점 등으로 보아 그 실질은 완성도기준 지급조건부 용역에 해당하지 않는다.

또한, 청구법인은 OOO시스템의 확인절차가 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」에 의한 것으로 대가의 지급과 아무런 관련이 없다고 주장하나, 동 시스템에 처리량을 입력하는 것은 발주처가 청구법인의 처리량을 확인하여 입력하는 것이고, 동 시스템에 입력한 데이터가 추후 수정되는 경우는 거의 없으므로 발주처에서 처리량을 확인하여 동 시스템에 입력하는 시점에서 폐기물 처리용역의 제공이 완료된 것이다.

또한, 청구법인의 기성청구는 주기적으로 이루어지는 것이 아닌 발주처의 사정에 의하여 임의적으로 이루어지고 있는데, 쟁점용역계약의 일반조건에서 “계약상대자는 특별한 사유가 없는 한 30일마다 검사를 실시하여야 하고, 기성부분에 대한 대가지급청구서를 발주처에 제출할 수 있다”고 규정하고 있으나, 청구법인의 업무담당자 문답내용과 같이 발주처의 예산부족으로 용역의 제공이 완료되었음에도 불구하고 기성청구 자체를 하지 못하도록 하고 있으며, 만약 이와 같이 기성청구 시점을 임의대로 조정할 수 있다면 청구법인의 자금사정 등에 따라 세금계산서 교부 시점을 조정할 수 있다는 의미로 이는 법에서 정한 세금계산서를 교부하여야 하는 시점인 공급시기를 의미 없게 만드는 결과가 된다. 따라서 폐기물 처리용역이 완료되는 OOO시스템 입력일을 기준으로 용역의 제공이 완료된 것으로 보아 세금계산서를 교부하여야 하는 것이다.

또한, 청구법인은 법률상 쟁점용역의 역무제공 완료일은 계약에 규정된물량만큼의 폐기물 모두가 처리되었을 때라고 주장하나, 쟁점용역의 경우 발주처와 짧게는 수개월, 길게는 1년 이상의 기간 계약을체결하여 폐기물 처리용역을 수행하는데, 「부가가치세법」제9조에 의하면용역의 공급시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물또는 권리가 사용되는 때로 보고 있으므로 건설폐기물이 청구법인의 사업장내로 입고되는 때가 공급시기가 되는 것이다.

따라서, 쟁점용역과 관련하여 계약범위내 및 계약범위초과 미청구잔액의 「부가가치세법」상 공급시기를 폐기물 입고일로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 ‘익금의 확정’이란 지급받을 권리뿐만 아니라 지급 받을 금액까지 확정되는 것을 의미하는 것으로, 당초계약범위를 초과하는 폐기물 처리용역은 계약금액 조정완료 이전까지는 지급받을 금액이확정되지 아니한 미확정 금액이며, 계약범위초과 미청구잔액의 계약단가는계약범위내 물량에 적용되는 계약단가에서 대부분 변경되므로 계약금액 조정완료 이전까지는 알 수 없어서 계약범위내 미청구잔액과엄연히 구분된다고 주장하나,

계약서상 계약물량을 초과하게 되는 경우, 청구법인에서 임의로 작업을 진행하는 것이 아니라 발주처에서 작업을 지시하여 종전과 같은 방법으로 폐기물 처리 작업을 수행하고 있으며, 청구법인 업무담당자의 문답서에서 계약변경은 대부분 처리량의 변경만 이루어지고 초과처리량에 대한 단가는 변경되는 경우가 많지 않다고 진술하고 있으며, 당초 계약범위 초과 물량에 대하여도 계약범위내 물량과 동일하게 청구법인과 발주처의 확인을 거쳐 건설현장에서 출고할 때와 청구법인의 처리장에 입고할 때 각각 계근 후 발주처 전산시스템에 입력하여 관리하고 있는바, 계약범위 초과분이라고 하여 계약범위내의 처리용역과 구분 지을 이유가 없다.

만약, 계약범위내의 단가와 계약범위 초과부분의 단가가 대부분변경된다면, 계약범위 초과부분에 대하여 단가가 어떻게 변경될지모르는 상황에서(최악의 경우 비용이 수익을 초과하여 손실이 발생할 수있음) 위험부담을 무릅쓰고 청구법인이 작업을 수행할 이유가 없다.

청구주장대로 계약범위 초과부분에 대한 단가변경이 반드시 이루어진다면, 청구법인은 변경계약이 체결되기 전까지는 용역수행 작업을 중단하고 계약이 변경된 후 작업을 수행해야 할 것이고, 청구법인의폐기물 처리장에 입고된 폐기물 파쇄 등 폐기물 처리과정에서 발생되는 부산물인 골재나 고철을 청구법인이 재활용하여 별도의 수익을올리는 것은 폐기물이 청구법인의 폐기물 처리장에 입고되는 순간 청구법인의 소유가 되어 사용되고 있다는 것으로 앞선 용역의 제공이 완료되었다는 것을 의미한다.

청구법인이 계약범위 초과분에 대한 계약단가 조정사례라며 평택서재지구 토지구획 정리사업 건설폐기물 처리용역 계약서를 제출하였는데,청구법인은 변경된 혼합폐기물을 동일한 폐기물이라고 하면서 계약금액을 혼합폐기물 전체 물량으로 나누어 단가를 산정하고 계약단가가변경되었다고 하나, 수정계약집계표에는 가연성 30% 이하,가연성 20% 이하, 가연성 10% 이하 항목이 동일한폐기물이라는 내용이 어디에도없고, 오히려 집계표 하단에 ‘신규비목단가 산정’이라고 하면서 가연성20% 이하,가연성 10% 이하의 단가 산정내용이 나오고, 종전의가연성30% 이하의 단가는 변동이 없는 것으로 나오고 있어 오히려계약범위 초과분에 대해서 단가변동이 없었음을 입증하고 있다.

또한, 청구법인은 우월적 지위를 가지는 관공서의 예산배정 지연으로 계약변경이 되지 않아 계약범위 초과물량에 대하여는 기성청구를 할 수 없음을 주장하지만, 용역제공이 완료되었음에도 매출 인식을 지연하여 손익의 귀속시기를 비정상적으로 조정하는 것은 정당한 사유가 될 수 없다.

따라서, 계약범위초과 미청구잔액의 「법인세법」상 손익의 귀속시기를 폐기물 입고일이속하는 사업연도로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점용역의 「부가가치세법」상 공급시기를 ‘폐기물 입고일’로 볼 것인지, ‘기성검사 완료일’로 볼 것인지

② 계약범위초과 미청구잔액의 「법인세법」상 손익의 귀속시기를 “폐기물 입고일”이 속하는 사업연도로 볼 것인지, “계약단가조정 완료일”이 속하는 사업연도로 볼 것인지

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것)

제9조(거래시기) ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2012.1.25. 대통령령 제23527호로 개정되기전의 것)

제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다.(단서 생략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3.제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

(3) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

(4) 법인세법 시행령

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.(단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실관계가 나타난다.

(가) 쟁점용역 관련 청구법인의 건설폐기물 처리흐름 및 대가청구 절차는 아래와 같다.

(나) 쟁점용역계약 일반조건 중 제6절. 과업내용의 변경과 계약금액 조정 및 제8절. 용역의 완성과 대가 지급 규정은 아래와 같다.

1) 제6절. 과업내용의 변경과 계약금액 조정

1. 과업내용의 변경

가.계약담당자는 계약의 목적상 필요하다고 인정될 경우에는 다음 각 호의 과업내용을 계약상대자에게 지시할 수 있다.

1)추가업무및 특별업무의 수행

2) 용역공정계획의 변경

3) 특정용역 항목의 삭제 또는 감소

나. “가”에 따른 과업내용의 변경은 그 변경이 필요한 부분의 이행 전에 완료해야 한다, 다만, 계약담당자는 계약이행의 지연으로품질 저하가 우려되는 등 긴급하게 용역을 수행할 필요가 있는 때에는계약상대자와 협의하여 그 변경시기 등을 명확히 정하고, 과업내용의 변경을 완료하기 전에 우선용역을 이행하게 할 수 있다.

다～라. 생략

마.발주기관은 가부터 라까지에 따라 계약금액을 조정하는경우에는 계약상대자의 계약금액 조정청구를 받은 날로부터 30일이내에 계약금액을 조정해야 한다. 이 경우 예산배정의 지연 등 불가피한경우에는 계약상대자와 협의하여 그 조정기한을 연기할 수 있으며,계약금액을 조정할 수 있는 예산이 없는 때에는 업무량 등을 조정하여그 대가를 지급할 수 있다.

2) 제8절. 용역의 완성과 대가 지급

5. 기성대가의 지급

가. 계약상대자는 적어도 30일마다 검사를 완료하는 날까지 기성부분에 대한 대가지급청구서를 발주기관에 제출할 수 있다.

나.계약담당자는 검사완료일부터 7일 이내에 검사된 내용에 따라 기성대가를 확정하여 계약상대자에게 지급해야 한다. 다만, 계약상대자가 검사완료일 후 대가의 지급을 청구한 때에는 그 청구를 받은날로부터 7일 이내에 지급해야 한다.

다. 계약담당자는 가에 따른 청구서의 기재사항이 검사된 내용과 일치하지 아니할 때에는 그 사유를 명시하여 계약상대자에게 이의 시정을 요구해야 한다. 이 경우 시정에 소요되는 시간은 나에서 정한 기간에 산입하지 아니한다.

(다) 쟁점용역의 특성은 아래와 같다.

1) 청구법인과 발주처인 관공서의 계약조건은 지방계약법 및 같은 법 시행령에서 위임하고 있는 지방자치단체 입찰 및 계약집행기준(행정안전부 예규 제404호, 2012.3.22.) 제14장. 용역계약 일반조건에 기초하여 결정된다.

2) 이에 따라, 청구법인은 관공서가 발주하는 건설폐기물 처리용역에 대하여 건설폐기물 단위 중량당 계약단가가 아닌 계약총액 기준으로 체결하고 있는바( 지방계약법 제24조 제1항), 계약총액은 계약물량(폐기물 예상 입고량)에 단위 폐기물 중량당 계약단가를 곱하여 산출된다( 지방계약법 제14조 제1항).

3) 통상 지방계약법 제24조 제1항에 따라 연차별로 계약을 체결하는 장기계속계약의 형식을 따르고 있는바, 이는 대부분의 건설기간이 수년이 소요되는 특성과 주어진 연간 예산 범위 내에서 이루어지는 관공서 예산집행의 특수성으로 인한 것이다.

(라) 청구법인이 쟁점②와 관련하여 제시한 쟁점용역 변경내역 사례는 아래와 같다.

1)평택서재지구 토지구획 정리사업 건설폐기물 처리용역 변경내역

(단위 : 톤, 원)

가) 발주처(수요기관) : 인천지방조달청장(경기도 평택시)

나) 계약상대자 : 청구법인

다) 계약일(수정계약일) : 2008.10.24.(2010.12.20.)

라) 계약금액(수정계약금액) : OOO원(OOO원)

2) OOO 현장존치폐기물 처리용역 변경내역

(단위 : 원, %)

가) 발주처(수요기관) : OOO

나) 계약상대자 : 청구법인

다) 계약일(수정계약일) : 2009.5.19.(2011.5.16.)

라) 계약금액(수정계약금액) : OOO원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점용역 발주처가 폐기물 처리량을 확인하여 OOO시스템에 입력하는 시점에 지급금액이 확정되므로 청구법인의 처리장에 건설폐기물이 입고되는 시점을 「부가가치세법」상 공급시기로 보아야 한다는 의견이나,

통상적인 용역의 경우 공급시기가 ‘역무의 제공이 완료되는 때’이나, 완성도기준지급 조건부 용역의 공급시기는 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때라 할 것인데, 쟁점용역계약은 장기계속계약으로 당해 계약상의 폐기물 발생(예상)량에 대한 처리가 모두 완료되기 이전에 기성부분에 따라 그 대가를 분할하여 수령하고, 발주처가 청구법인의 폐기물 처리실적과 적정처리 이행여부에 대한 검사를 완료한 후 그 기성부분의 대가지급을 확정하는 점 등에 비추어 쟁점용역은 완성도기준지급 조건부 용역에 해당한다 할 것이다.

그렇다면, 이 건의 경우 쟁점용역계약서(용역계약 일반조건)상 용역대가의 지급일을 검사완료일부터 7일 이내로 규정하고 있으므로 당해 계약에 따른 대가의 각 부분을 받기로 한 때인 ‘기성검사 완료일’을 쟁점용역의 공급시기로 보는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2015전4989, 2016.4.28. 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 발주처의 전산시스템에 폐기물 처리물량을 입력하고 청구법인의 처리장에 당해 폐기물을 입고하는 때를 쟁점용역의 제공이 완료된 시기로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 계약범위 초과 물량에 대하여도 계약범위내 물량과 동일하게 청구법인과 발주처의 확인을 거쳐 청구법인의 처리장에 입고할 때 계근 후 발주처 전산시스템에 입력하여 관리하고 있는 등 계약범위내 물량의 처리용역과 구분 지을 이유가 없는 점 등으로 계약범위초과 미청구잔액의 「법인세법」상 손익의 귀속시기를 폐기물 입고일이 속하는 사업연도로 보아야 한다는 의견이나,

「법인세법」상 ‘익금의 확정’이란 지급받을 권리뿐만 아니라 지급받을 금액까지 확정되는 것을 의미하는 것(대법원 1990.11.13. 선고 90누943 판결)인바, 계약범위초과 미청구잔액은 쟁점용역계약 일반조건 제6절 제1항(과업내용의 변경) 가목 및 마목에 따라 계약단가조정 절차(계약상대자의 계약금액 조정청구를 받은 날로부터 30일 이내에 계약금액을 조정)를 거쳐 지급단가가 확정되므로 처분청이 「법인세법」상 공급시기로 본 건설폐기물 입고일 현재에는 동 잔액을 지급받을 금액이 확정된 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 제시한 ‘평택 서재지구 토지구획 정리사업 건설폐기물 처리용역’ 및 ‘인천간석 주거환경개선지구 현장존치폐기물 처리용역’ 사례에서 계약범위초과 물량에 대하여 당초 계약내용과 달리 계약금액 변경내역이 나타나는 점, ‘평택 서재지구 토지구획 정리사업 건설폐기물 처리용역’에 있어 가연성 20% 이하·10% 이하 혼합폐기물의 경우, 품목이 추가되어 새로운 단가를 책정할 수밖에 없어 조정 전에는 지급받을 금액이 확정되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 계약범위초과 미청구잔액의 「법인세법」상 손익의 귀속시기는 ‘계약단가조정 완료일’이 속하는 사업연도로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 계약범위초과 미청구잔액의 「법인세법」상 손익의 귀속시기를 폐기물 입고일이 속하는 사업연도로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.