학교법인인 청구법인이 출연받아 취득한 대전 서구 O동 OO외 12필지 합계 13,447평방미터의 토지(이하 쟁점토지라 한다)를 87.11.6 OO OO OO 공사에 양도한데 대하여, 처분청은 양도가액은 확인된 실지 거래가액으로 하고 취득가액은 위 양도가액을 환산한 가액으로 하여 양도차익을 계산한 후 동 양도차익에 대한 법인세 특별부가세는 조세감면 규제법 제57조의 규정에 의하여 면제하면서 청구법인이 동 자산양도에 따른 법인세를 신고한 바 없다하여 신고 불성실 가산세 454,510원과 면제한 법인세 특별 부가세에 대한 방위세 28,603,240원을 88.10.16 결정고지하자, 이에 불복 전심 절차를 거쳐 이 건 심판청구를 제기하기에 이르렀다.

2. 청구인 주O

청구법인은 출연받은 토지를 OO OO OO공사에 양도하기로 계약한 후에 이에 따른 잔금을 88.8.31 수령한 바 있으나, 양도토지중 일부는 잔금을 받기전에 양수인에게 등기 이전하였는바, 이는 잔금 청산 전에 등기 이전하도록 하는 OO OO OO 공사의 요청에 따른 것으로서 청구법인이 위 토지 양도에 따른 잔금을 88.8.31 수령하였으므로 이 날이 양도일이 되는데도 단지 등기가 이전되었다는 사유만으로 등기이전일을 양도시기로 보아서 과세함은 부당하며, 청구법인은 쟁점 토지를 출연받았고 이의 취득가액이 확인되지 아니함으로 양도가액이 확인된다 할지라고 방위세 과세표준의 근거가 되는 양도차익은 취득 및 양도가액 모두를 기준시가에 의하여 결정하여야 한다는 주O이다.

3. 국세청O 의견

이에 대하여 국세청O은, 법인세 특별 부가세의 양도차익을 계산함에 있어서의 양도시기는 법인세법 시행령 제124조의 2 제11항에 의하여 준용되는 소득세법 시행령 제53조 제1항 제1호에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권 이전 등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 소유권이전등기 원인일로 한다고 규정하고 있는 바, 위 규정은 대금을 청산한 날이 불분명한 경우와 대금을 청산하기 전에 소유권 이전 등기를 한 경우중 어느 하나에 해당하면 등기부등에 기재된 소유권 이전등기 원인일을 양도시기로 하고, 다만 등기 접수일과 등기원인일과의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기 접수일로 하여야 한다고 해석되므로 이 건 쟁점 토지의 양도시기를 소유권 이전 등기 완료된 분에 대하여는 양도시기를 등기원인일로 본 당초 처분은 아무런 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점

본 건 심판청구는 쟁점 토지의 양도시기를 언제로 하여야 하며, 동 토지 양도에 따른 방위세를 계산함에 있어서의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액을 어떻게 결정하여야 하는지에 그 쟁점이 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저 쟁점 토지의 양도시기에 관하여 본다. 법인세 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기와 양도시기는 법인세법 제59조의 2 제4항 및 동법 시행령 제124조의 2 제11항의 규정에 의하여 소득세법 시행령 제53조가 준용되도록 규정하고 있다.

그런데 청구법인의 이 건 사업년도가 속한 87.3.1부터 88.2.28간 사이에 시행된 소득세법 시행령 제53조 제1항은 과세 대상 자산의 양도시기는 대금청산일이 분명한 경우에는 대금청산일이 양도일이나 이날이 불분명하거나 대금 청산전에 소유권 이전 등기된 경우에는 등기부상의 등기이전원인일이 양도일이 되나 등기원인일로부터 등기 접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부상의 등기 접수일을 양도일로 하도록 규정하고 있다.

이 건의 경우 청구법인과 OO OO OO 공사간의 쟁점 토지 양도에 관한 사항을 보면 청구법인은 쟁점 토지를 포함한 총17필지 합계 24,430평방미터의 토지를 양도함에 있어서 각 필지별로 양도금액을 확정하고 이의 합계금액인 934,963,350원을 총 매매대금으로 정하면서 청구법인이 소유권 이전등기에 필요한 제반서류를 구비하여 OO OO OO공사에 제출하여 양도금액을 청구하면, OO OO OO 공사는 소유권 이전 등기후 대금을 지급하도록 하였음이 청구법인과 OO OO OO 공사간의 쟁점 토지 양도계약서에 의하여 확인되고 있다.

이러한 계약에 따라 OO OO OO 공사는 이 건 쟁점이 된 13필지 합계 13,447평방미터에 대하여 동 공사 앞으로 87.12.4 등기이전한 후에 동년 12.12자로 대금을 전액 지급하였음이 당심판소의 거래 사실 조회에 따른 회신(대덕용 1621-870, 87.8.22)에 의하여 확인되고 있고 청구법인이 주O하는 대금 청산일 88.8.31은 나머지 4필지 10,983평방미터의 양도에 따른 것이라 하겠다.

따라서 동일한 계약에 의하여 17필지의 거래가 이루어졌다 할지라도 각 필지별로 거래 가액이 확정되고 이에 따른 대금이 수수되었으며 법인세법 제124조의 2 제1항이 법인세 특별 부가세의 양도차익은 자산별로 계산하도록 한 점등을 종합하여 보면 이 건 특별 부가세의 양도차익을 계산함에 있어서의 양도시기는 각 필지별 대금 청산이 이루어 진 때라 하겠다.

그러므로 쟁점 토지에 대한 등기가 87.11.6를 등기원인으로 하여 88.12.4 이전되었으므로 이날이 전시 관계 법령에 의하여 법인세 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서의 양도시기가 될 것이므로 양도시기가 88.8.31이라는 청구법인의 주O은 인정하기 어렵다 하겠다.

다음으로 방위세 과세표준의 근거가 되는 법인세 특별부가세의 양도차익 계산 방법을 규정한 법인세법 제59조의 2 제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 하도록 규정하고 있다.

그런데 위에서의 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 위 규정에 따라 위 두가액을 모두 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하여야 한다 할 것이다.(대법원 85누42, 87.2.10 동지임)

그런데 법인세법령은 그 시행령 제124조의 2 제6항에서 전시 법인세법 제59조의 2 제3항에서의 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고 있을 뿐 법인세법과 그 시행령의 어느 조항에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 거래 유형에 따른 양도차익 계산방법을 규정한 동법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항이나 또는 위 소득세법 시행령의 조항을 준용한다는 규정이 없음은 분명하므로 법인세 특별 부가세의 양도차익 계산 방법을 규정한 위 법인세법 및 그 시행령의 해석 적용에 있어서는 비록 그 거래 유형이 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세 법률주의의 원칙상 위 시행령 제170조 제1항 단서를 준용하거나 유추적용할 수 없다 하겠다.(대법원 88누6269, 88.12.13 동지)

따라서 청구법인이 출연받은 쟁점 토지를 양도하였으므로 그 취득가액이 불분명하므로 양도가액이 확인되었다 할지라도 전시 관계 법령에 의하여 취득 및 양도가액 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여야 하고 이에 따라 방위세가 고지되어야 할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유있어 81조 동법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.