분 법인세 39,137,040원(96.5.17 임시투자세액 24,119,286원을

공제하여 당초 고지세액이 없는 것으로 감액경정됨)의 부과

처분은 청구법인의 93사업년도의 법인세에서 임시투자세액

68,733,700원(추가공제할 세액 44,614,414원)을 공제하여 법인

세액을 경정결정한다.

청구법인은 92.8.29자에 700,000,000원을 유상증자 하고 93사업년도 및 94사업년도에 각각 84,000,000원에 상당하는 증자소득공제를 하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

처분청은 청구법인이 93.12.7 특수관계있는 자에게 업무와 관련없이 지급한 가지급금 124,670,000원이, 증자한 자본금의 10%를 초과한다 하여 증자소득공제를 배제하고 96.1.16 청구법인에게 93사업년도 법인세 39,137,040원과 94사업년도 법인세 45,569,380원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 96.2.23 심사청구를 거쳐 96.6.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구 주장 및 국세청장 의견

가. 청구 주장

청구법인은 관이음쇠 제조업을 영위하는 중소기업으로서 93사업년도에 국산사업용 기계장치 취득에 687,337,000원을 투자하고 임시투자세액 공제신청서와 투자이전계획서 및 완료보고서를 적법하게 제출하였으나 법인세과세표준 및 세액신고시 임시투자세액 68,733,700원을 공제하지 아니하였으므로 경정결정시 미공제한 임시투자세액을 추가로 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 93사업년도에 국산 사업용 기계장치를 687,337,000원을 투자하고 동 투자와 관련된 투자계획 및 완료보고서, 세액공제신청서를 법인세 과세표준 신고기한까지 정당하게 신고하였고 단지 법인세 자진납부세액계산시 임시투자세액 68,733,700원중 34,397,833원만을 공제한 것은 단순한 착오로 보여 지고, 당해년도의 법인세 결정시 추가로 납부할 세액은 경정하면서 추가로 공제할 세액에 대해서는 이를 공제하여 주지 않는 것은 부당한 처분이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

법인세과세표준 및 세액신고시 착오로 임시투자세액을 공제받지 않은 경우 다른 사유로 경정결정시 공제받지 않은 임시투자세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

조세감면규제법(93.12.31 개정되기전의 것) 제72조 제1항에 “정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자를 한 금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자를 한 경우에는 100분의 10)을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.”고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제57조의 2 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 사업용 기계장치를 새로이 취득하기 위하여 92년 1월 1일부터 93년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 법 제72조 제1항의 규정에 의하여 당해 과세년도에 국산기자재를 사용하여 투자한 금액의 100분의 10(제2호의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 그 과세년도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 1. 제조업 또는 광업을 영위하는 중소기업을 당해 사업에 직접 사용하는 기계장치 2.(생략)”라고 규정하고 있으며, 같은법 제91조 제1항에 “...(생략)... 제72조 ...(생략)... 의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 한다.”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 관이음쇠를 제조하는 중소기업으로 93사업년도에 사업용 국산 기계장치를 구입하는데 687,337,000원을 투자하고 동 투자와 관련된 투자계획 및 완료보고서, 임시투자세액공제신청서를 법인세과세표준 신고기한까지 적법하게 제출하였으나 이에 대한 임시투자세액공제를 받지 않은 사실에 대하여는 처분청과 청구법인사이에 다툼이 없다.

(2) 청구법인이 92.8.29 유상증자 700,000,000원을 하고 각사업년도의 법인세과세표준 및 세액 신고시 93사업년도 및 94사업년도에 각각 증자소득공제 84,000,000원을 공제 하는것으로 신고하였으나 처분청은 청구법인이 증자소득공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 증자소득공제를 배제하고 청구법인의 93사업년도와 94사업년도의 과세표준과 세액을 경정결정한 사실이 처분청의 법인세과세표준 및 세액 결정결의서에 의하여 확인되고 있는바, 청구법인은 당초 법인세과세표준 및 세액신고시 착오로 미공제한 임시투자세액을 추가로 공제하여야 한다는 주장이다.

(3) 처분청은 청구법인이 임시투자세액공제 금액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하지 아니하여 공제할 수 없다는 주장이나 임시투자세액공제와 관련된 대법원의 판례나 당심의 선결정례를 보면, 기업합리화적립금의 적립은 감면이나 소득공제등의 사전요건이 아니라 사후요건이고, 당해년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 상당하는 충분한 이익잉여금이 있었던 경우에는 그 다음 사업년도에 적립하였으면 되도록 되어있고(대법원93누15601, 94.1.4), 또한 세액공제는 신고조정사항에 해당하므로 결산시에 예상하지 못했던 세액공제가 결산확정일이후에 확정되어 추가공제됨으로서 잉여금 처분시 이에 상당하는 금액을 부족하게 기업합리화적립금으로 적립한 경우에도 세액공제를 하도록 되어 있고(국심91서2585, 92.3.23), 또한 당해 과세년도의 결산확정후 세무조사에 의하여 세액이 증액되었다면 당해 과세년도의 결산확정시 기업합리화적립금을 적립하지 아니하여 공제하지 아니하였던 임시투자세액은 공제함이 타당하다고 되어 있다.(국심94서3442, 94.11.28)

(4) 전시한 관련 법령 및 선결정례등을 종합하여 볼 때 임시투자세액 공제는 당해과세년도의 결산확정후 세무조사에 의하여 세액이 증액되었다면 법인세과세표준 및 세액 신고시 착오로 공제받지 못한 임시투자세액은 추가 공제가 가능하고 이 경우 기업합리화적립금은 세액공제를 한 당해과세년도에 반드시 적립해야하는 것이 아니라 추후 관련 법령에 따라 적립해도 되는 것으로 판단된다.

(5) 한편 국세청의 이 건 심사결정서의 주문을 보면 “미공제한 임시 투자세액 34,335,867원을 공제하여 경정결정한다”라고 되어있는바, 이는 청구법인이 93사업년도에 중소제조업에 대한 임시특별세액감면 34,397,833원을 공제받은 사실이 청구법인의 93사업년도 법인세과세표준 및 세액 신고서에 의하여 확인되는 점으로 보아 국세청장은 동 임시특별세액감면을 임시투자세액을 공제받은 것으로 잘못 알고 공제대상 임시투자세액 68,733,700원에서 동 감면세액 34,397,833원을 차감한 34,335,867원을 미공제한 임시투자세액으로 공제토록 결정한 것으로 인정되고, 이에 따른 처분청의 96.5.17자 청구법인에 대한 93사업년도분 법인세 과세표준금액 및 세액경정 결의서에 의하면 임시투자세액 24,119,286원을 공제하였음이 확인된다.

(6) 사실이 위와 같다면 청구법인은 93사업년도에 사업용 기계장치를 투자하고 동 투자와 관련된 투자계획 및 완료보고서, 세액공제신청서를 법인세과세표준 신고기한까지 적법하게 신고하였고 단지 법인세 자진납부세액계산시 임시투자세액 68,733,700원을 공제하지 않은 것은 단순한 착오로 보여지고, 당해 년도의 법인세 경정결정시 추가로 납부할 세액은 경정하면서 추가로 공제할 세액에 대해서는 공제하여 주지않는 것은 부당한 처분이라 하겠다.

따라서 청구법인이 93사업년도 법인세과세표준 신고시 착오로 공제받지 못한 임시투자세액 68,733,700원은 당해사업년도의 법인세과세표준 및 세액에 대한 경정결정시 추가로 공제(국세청의 심사결정에 의하여 24,119,286원이 공제되었으므로 추가공제할 세액은 44,614,414원이 됨)하여야 하고 동 금액에 대한 기업합리화적립금은 경정결정후 최초로 이익잉여금 처분시 적립하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.