가. 청구법인은 2003.7.29. OOO외 2필지에 있는 OOO재건축을 목적으로 설립된 주택재건축사업조합으로서 위 토지 일대 재건축아파트 신축공사의 사업주체이자 도급인이다.

나. 청구법인은 재건축아파트의 시공을 담당한 OOO(이하 “시공사”라 한다)을 상대로 소송을 제기하여 2016년에 하자보수 손해배상금 OOO(이하 “쟁점손해배상금”이라 한다)을 지급받고, 2017.3.31. 이를 영업외수익으로 익금산입하여 법인세 OOO신고·납부하였다가, 2018.5.21. 과세소득에 해당하지 아니한다는 사유로 기납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 당초 신고내용이 적정하다는 이유로 2018.12.3. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「도시 및 주거환경정비법」에 따르면 청구법인과 같은 재건축정비사업조합은 같은 법 제18조 제2항에 따라 설립등기를 함과 동시에 법인의 지위를 취득하는 것으로 되어 있다. 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」이 시행되기 전인 1999.11.5.에 설립된 조합으로서 동법 시행 직후인 2003.7.29. 법인설립등기를 하였다. 한편 「조세특례제한법」 제104조의7 제2항에 따르면 「도시 및 주거환경정비법」 제18조에 따라 설립된 조합에 대해서는 「법인세법」 제1조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」을 적용한다고 되어 있다. 아울러 「조세특례제한법 시행령」 제104조의4에 따르면 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다고 되어 있다. 따라서 청구법인은 「법인세법」상 비영리내국법인의 지위에서 법인세를 납부하여야 하는데, 「법인세법」 제3조 제1항, 제3항은 비영리내국법인의 법인세에 관하여 아래와 같이 규정하고 있다.