가. 청구인은 1983.5.4. 취득한 OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 2001.9.18. 철거하고 다세대주택 7세대를신축(2002.1.16. 소유권보존등기)하여 그 중 201호, 202호, 201호, 302호,401호, 402호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2008.4.28. 양도(양도가액 각각 OOO)하고 2008.6.30. 이에 대한 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득 후 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 대하여는 「조세특례제한법」 제99조의3에 따라 감면신청을 하고, 쟁점신축주택 취득일부터 5년이 경과한 이후에 발생한 양도소득금액에 대하여 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 위 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 보아 2013.7.12. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 2013.9.4. 이의신청을 거쳐 2014.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세 특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과했을 경우 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 신축주택 취득일부터 5년 이내부분과 신축주택 취득일부터 5년 이후 부분으로 배분하는 기준을정하고 있는바, 이는 구조조정대상 부동산의 취득자에 대한 양도소득세감면조항으로 배분기준을 기준시가 상승률로 삼아 그에 비례하여 배분하는 취지라 하겠다.

따라서 쟁점신축주택은 기존주택을 철거한 후 신축을 통해 취득한 주택이므로, 쟁점신축주택 취득일 이후 5년 이상 보유했을 경우 위 시행령 제40조 제1항이 적용되는 것은 명백하다.

또한, 위 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 산식의 분자와분모에 명문으로 “취득당시의 기준시가”라고 규정되어 있음에도처분청이 위 규정을 적용함에 있어 분자에 있는 “취득당시의 기준시가”를 “쟁점주택 취득당시의 기준시가”로, 분모에 있는 “취득당시의기준시가”를 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 각 대입하는 것은 자의적인 해석이라 할 것이다.

즉, 처분청과 같이 계산할 경우 청구인이 보유했던 종전주택과철거 후 신축 취득한 쟁점신축주택을 마치 동일한 주택인 것처럼 같은선상에 놓고 두 주택의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범할 뿐만아니라 위 방식에 따른 과세표준의 배분방식은 적어도 분모에 청구인이쟁점신축주택 취득을 위해 지출된 건물신축비용(내지 건물신축비용을기준시가로 환산한 금액)이 포함되지 아니하므로 분모금액이 과다하게산정되고, 감면되는 양도소득금액 또한 과소산정되는 위법한 결과를 가져온다.

그러므로, 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 쟁점신축주택의 양도로 인한 감면소득을 같은 법 시행령 제99조의3제2항 및 제40조 제1항을 적용하여 산정하여 양도소득세를 부과한 이건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에있어서 그 감면대상은 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이며, 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수는 없으므로, 이 건의 경우 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 위 규정에 따른 감면소득에해당하지 않는다.

또한, 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식은 구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을구하는 것은 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식｛양도소득금액×(취득일부터 5년이 되는 날의기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의기준시가)｝을 적용하여야 하는바, 이 건의 경우 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」상 감면대상인지 여부

(2) 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 쟁점신축주택의취득일 이후 5년간 발생한 양도소득금액 계산시 적용하는 같은 법시행령 제40조의 산식 중 “취득당시 기준시가”에 분모, 분자 모두 “종전주택 취득당시의 기준시가”를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「조세특례제한법」(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항은 거주자가 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 「조세특례제한법 시행령」(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항은 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한금액을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점신축주택 양도소득과세표준 예정신고서와 처분청의 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 청구인은 쟁점신축주택을 양도하고 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액도 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 감면대상소득에 해당되는 것으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청은 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의양도소득금액은 위 규정에 의한 감면대상소득에 해당되지 아니한 것으로 보아 이를 감면배제함과 아울러 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 쟁점신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 쟁점신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로, 쟁점신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 산정하여 양도소득세를 재계산한 것으로 확인되고 있다.

(3) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

청구인은 쟁점신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이 「조세특례제한법」상 감면대상이므로 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면하지 아니한 처분은부당하다고 주장하나, 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있다고 보이는 점, 같은 조 제1항은 “신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써발생하는 소득에 대하여만 양도소득세의 세액을 감면”하도록 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 종합할 때, 처분청이 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 소득을 제외하고 쟁점신축주택 취득일부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면을 허용하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2013중2143, 2013.12.11. 등 다수, 같은 뜻임).

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다.

청구인은 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 쟁점신축주택의 취득일 이후 5년간 발생한 양도소득금액 계산시 적용하는 같은 법 시행령 제40조의 산식 중 “취득당시 기준시가”에 분모, 분자 모두 “종전주택 취득당시의 기준시가”를 적용하여야 한다고 주장하나, 「조세 특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항은 같은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 하겠으므로(조심 2013서1746, 2013.6.7. 등 다수,같은 뜻임), 위 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 산식에 있어 분모·분자 모두 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.