가. 청구인은 2015.7.20.부터 OOO에서 ‘OOO’라는 상호로 사업자등록상 주택신축판매업(건설업)을 영위하고 있고, 2016년 제2기 과세기간 중 같은 구 OOO 외 2필지에서 집합건축물(지하 1층, 지상 14층, 사용승인일 : 2016.6.20.)을 신축하여, 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 공부(집합건축물대장)상의 용도가 업무시설인 오피스텔 39호(이하 “쟁점호실”이라 한다)를 합계 OOO원, 근린생활시설 2호 및 공동주택 26세대를 각각 합계 OOO원 및 OOO원에 공급(분양)하였으며,

2017.5.31. 위 분양가액 합계 OOO원 중 근린생활시설분(공급가액 OOO원)만을 과세표준에 포함하고 나머지(쟁점호실, 공동주택) OOO원에 대해서는「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택으로 보아 면세를 적용하여 해당 과세기간의 부가가치세 신고를 하고, 위 전체 분양가액을 ‘주거용건물건설업(주택신축판매업, 종목코드 : 451102)’의 수입금액으로 보아 단순경비율(91.0%)을 적용하여 추계한 OOO원을 소득금액으로 하여 2016년 귀속 종합소득세 신고를 하였으나, 2017.6.21. 처분청(청구인의 주소지를 관할하는 OOO세무서장)으로부터 해당 귀속연도의 수입금액이 단순경비율의 적용대상이 아니라는 취지의 해명자료 제출안내문을 받은 후, 2017.6.25. 위 수입금액에 기준경비율(9.5%)을 적용(‘해당 비율로 산출한 기준소득금액’과 ‘위 단순경비율 91.0%로 산출한 소득금액에 기획재정부령으로 정한 배율인 2.6배를 적용한 비교소득금액’ 중 적은 금액인 후자)하여 추계한 OOO원을 소득금액으로 하는 수정신고를 하였다.

OOO

나. 처분청(OOO의 사업장을 관할하는 OOO세무서장)은 2017.8.9. 심판결정례(조심 2016구268, 2016.5.17. 외 2건)를 근거로 청구인에게 쟁점호실이 공부상 업무시설로 등재되었더라도 그 실질용도가 처음부터 주택이었는지 여부 등에 대한 소명을 요청하는 내용의 과세자료 해명안내(이하 “쟁점해명안내”라 한다)를 하였고 청구인으로 받은 소명자료를 검토한 결과, 쟁점오피스텔을 주택으로 보아 부가가치세의 면제를 적용한 당초 신고가 적정한 것으로 보았으나,

OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.1.18.～2018.2.16. 기간 동안 청구인에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 쟁점오피스텔이 조특법 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택에 해당되지 아니하는 것으로 보아 그 공급가액 OOO원(면세가 적용되는 토지분을 제외한 것)을 과세표준에 산입하여 부가가치세를 경정하고, ‘비주거용건물 개발 및 공급업(부동산업, 종목코드 : 703021)’의 단순경비율(85.6%)에 배율(2.6배)을 적용하여 산출된 OOO원을 소득금액으로 하며, 부동산매매업자로서의 ‘토지등 매매차익에 대한 예정신고’를 하지 아니한 것에 대하여 무신고가산세를 부과하는 등 종합소득세를 경정하도록 통보하자, 처분청은 2018.5.11. 청구인에게 2016년 제2기 부가가치세 OOO원(OOO세무서장, 과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 포함), 2016년 귀속 종합소득세 OOO원(OOO세무서장, 무신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 각각 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.8.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)세무조사에 해당하는 쟁점해명안내 후에 조사청이 한 조사는 중복세무조사에 해당하므로 이 건 과세처분 중 부가가치세의 부과는 위법하다.

「국세기본법」제81조의4 제2항에서 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우 등 중복조사를 허용하는 예외에 해당하지 않는 이상 같은 세목․과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있고, 이는 세무조사가 그 강제력으로 인하여 납세자에게 심리적․경제적인 부담을 주어 안정적․정상적인 경제활동을 방해하므로 법률로 정한 요건에 해당되는 경우 외에는 과세관청의 권력남용인 중복조사를 엄격히 통제할 필요가 있기 때문이며, 세무조사는 ‘국가가 과세권을 실현하기 위한 수단으로서 국세의 과세표준 및 세액을 결정․경정하기 위하여 질문을 하고 장부, 서류, 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위’라 할 것이다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결 등).

처분청(OOO세무서장)에서 2017.8.9. 청구인이 한 부가가치세 신고(쟁점호실을 주택으로 보아 면세를 적용한 것)의 적정성 여부를 검증하기 위하여 청구인에게 한 쟁점해명안내는 청구인이 이에 대한 소명을 하기 위하여 상당한 기간 동안 관련된 증빙자료를 수집․정리하여 처분청에게 제출하였음(그 제출 후에도 처분청의 보완요구에 따라 증빙자료를 보완하고 처분청에 출석하여 소명도 하였음)을 감안하면 ‘세무조사’로 보아야 하고, 그렇다면 쟁점해명안내를 통하여 처분청으로부터 청구인의 부가가치세 신고가 적정한 것으로 종결되고 그 과세요건사실이 변경되지 않은 등 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따른 중복조사의 예외에 해당되지 않았음에도 조사청에서 청구인의 위 신고가 부적정하다는 이유로 청구인에게 대하여 다시 개인통합조사를 실시한 것은 중복조사의 금지를 규정한 위 조항에 위배되므로 해당 조사에 근거한 이 건 과세처분은 위법하다.

(2)쟁점호실의 공급은 한국표준산업분류표상 ‘주거용 건물 건설업’(건설업)에 해당하므로 ‘주택신축판매업’의 단순경비율(91.0%)로 종합소득세 소득금액을 추계하여야 한다.

「국세기본법」제14조 제2항에서 ‘과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 행위, 거래 등의 명칭․형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용’하도록 규정하고 있고, 「소득세법」제19조 제1항 제6호․제12호 및 제3항에서 한국표준산업분류에 따른 ‘건설업․부동산업에서 발생하는 소득’을 사업소득으로 구분하고 있으며, 같은 법 시행령 제122조 제1항에서 한국표준산업분류에 따른 ‘비주거용 건물건설업’ 또는 ‘부동산 개발 및 공급업’을 부동산매매업으로 정의하고 있고, 한국표준산업분류에서 ‘단독주택․아파트․기타 공동주택 건설업’(세세분류)을 ‘주거용 건물 건설업’(세분류), ‘사무․상업용 및 공공기관 건물 건설업’ 등(세세분류)을 ‘비주거용 건물 건설업’(세분류)의 각 하위항목으로 구분하고 있으며, 「소득세법」제89조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제154조 제1항 및 같은 법 시행규칙 89-154…3에서 ‘주택이란 공부상 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하되, 그 용도가 불분명한 경우에는 공부상의 용도에 의하도록’ 규정하고 있고, 2016년 귀속 경비율 고시(국세청고시 제2017-7호, 2017.3.30.) 제3조에서 건설업에 속하는 주택신축판매업(코드번호:451102)의 경우 91.0%, 부동산업(부동산매매업) 등에 속하는 비주거용 건물 개발 및 공급업(703021)의 경우 85.6%의 단순경비율을 각각 적용하도록 규정하고 있으며, 위 고시에 관하여 발간한 ‘2016년도 귀속 기준경비율․단순경비율’이라는 제목의 책자를 보면 총칙에서 ‘기준․단순경비율의 업종분류에 관한 해석은 세법령 또는 해당 책자에 특별한 규정이 없는 경우 한국표준산업분류에 따르도록’ 규정하고 있는바, 결국 쟁점호실과 같이 사실상 주거용으로 신축․분양된 오피스텔 등의 건축물이 어떤 업종(주택신축판매업 또는 비주거용 건물 개발 및 공급업)의 단순경비율을 적용받는지 여부는 그 실질에 따르는 것이라 할 것이다.

또한 오피스텔은 그 전부를 업무용으로 사용하는 것이 아니라 그 일부 또는 전부를 주거용으로 사용할 수 있는「주택법」상의 준주택으로, 법적․실질적으로 얼마든지 주거용으로 사용할 수 있으므로 설사 이를 업무용으로 허가받았다 하더라도 주거용으로 신축․공급하였다면 그 실질에 따라 ‘주거용 건물’을 건설․공급(주택신축판매업)한 것으로 보는 것이 타당하므로(대법원 2010.7.22. 선고 2008두21768 판결) 「소득세법 시행령」제143조 제3항 제1호 단서에 따라 단순경비율의 배율만큼을 추계소득금액으로 계산하는 경우에 적용되는 단순경비율은 주택신축판매업의 비율(91.0%)로 보아야 할 것이다.

이러한 법리와 더불어 쟁점호실은 비록 청구인이 업무시설로 허가받아 건축하였다 하더라도 주거용으로 신축하여 주거용으로 사용할 수 있음을 홍보하여 분양한 결과 수분양자들이 입주 당시부터 주민등록을 두고 실제로 거주한 점, 쟁점호실이 면세대상인 국민주택에 해당됨을 전제로 청구인이 관련된 부가가치세 매입세액 공제를 받지 않았고, 관할 지방자치단체인 OOO도 쟁점호실을 주택으로 인정하여 취득세를 부과․징수하였으며, 각 호실에는 산업용이 아니라 주택용 전기가 공급되고 있는 점을 감안할 때 쟁점호실은 신축 및 분양할 때부터 주거용이었고 그 분양 후에도 주거용으로 사용되고 있음이 입증된다. 만약 처분청 의견대로 쟁점호실의 공급을 ‘주택신축판매업’이 아니라 ‘비주거용 건물 개발 및 공급업’으로 본다면 같은 장소에서 쟁점호실(1㎡당 평균분양가 : OOO원)과 함께 신축․공급한 아파트(공동주택, OOO원 상당)가 그 매출이익이 더 많음에도 주택신축판매업으로 인정받아 91.0%의 단순경비율을 적용받는데 반하여, 해당 아파트보다 매출이익이 적은 쟁점호실의 경우 상대적으로 낮은 85.6%의 해당 비율을 적용받게 되어 결국 그 건축에 위 아파트와 동일한 1㎡당 비용(주거용 설비 포함)이 소요되고 분양 후 주거용으로 사용된다는 실질에 반하게 되어 실질과세원칙에 위배된다 할 것이다.

(3)청구인은 가산세의 부과를 감면할 정당한 사유가 있다.

「국세기본법」제48조 제1항에서 납세자가 의무를 이행하지 않은 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 가산세를 부과하지 않도록 규정하고 있고, 과세관청이 세법의 해석에 대한 확실한 견해를 가지지 못하는 등 납세자가 단순한 법률의 부지 또는 오해가 있는 경우를 넘어 세법해석 상의 의의로 인한 과세관청과 납세자의 견해대립이 있는 등 납세자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있는 사정이 있는 경우 등으로서 그 의무를 게을리 하였음을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결).

조세심판원은 청구인이 쟁점호실이 포함된 집합건축물에 대한 허가(2015.8.10.)를 받아 그 착공(2015.9.10.)을 하여 사용승인(2016.6.17.)을 받아 분양할 즈음인 2015.11.25.～2016.7.21.까지의 기간 동안 이 건의 쟁점과 유사한 ‘오피스텔이 조특법 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하는지’가 쟁점인 4건의 심판사건(조심 2015중4669, 2015.11.25., 조심 2015중5668, 2016.3.9., 조심 2016구288, 2016.5.17., 조심 2016중1641, 2016.7.21.)에 대하여 ‘오피스텔이 부가가치세의 면제대상인지 여부는 공부상의 용도가 아니라 실제 용도로 판단’하도록 잇달아 결정하였는바, 청구인으로서는 세법의 해석에 대한 한 축을 담당하는 조세심판원의 위 심판결정례를 존중하여 오피스텔로서 실제 용도가 주거용인 쟁점호실을 ‘주택’으로 보아 부가가치세 신고시 면세로 보고 종합소득세 신고시 ‘주택신축판매업의 단순경비율’로 소득금액을 추계할 수밖에 없었던 점, 설사 조세심판원이 2017.9.22. 위 4건의 심판청구와 동일한 쟁점의 심판사건(조심 2017중897)에 대하여 조세심판관 합동회의의 의결로 오피스텔이 실제 용도에도 불구하고 주택과 구별된다는 취지의 결정을 하였더라도, 선행 심판결정례를 존중하여 제세의 신고를 한 청구인이 2017.9.22.자 심판결정례의 취지를 예상하여 해당 신고를 하지 못한데 대한 잘못이 있다고 보는 것은 청구인에게 가혹한 점 등을 감안할 때 처분청에서 청구인이 쟁점호실을 주택으로 제세의 신고를 한 것이 잘못이라 하여 가산세(특히 부가가치세의 경우 과소신고가산세, 종합소득세의 무신고가산세)를 부과한 것은 신뢰보호원칙에 위배되어 위법하다.

나. 처분청 의견

(1)쟁점해명안내가 세무조사에 해당하지 아니하므로 조사청이 한 조사는 중복세무조사에 해당하지 아니한다.

세무공무원의 조사행위가 사업장의 현장․단순한 기장여부․특정 매출사실 등의 확인, 납세자가 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인 또는 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자로서도 손쉽게 응당할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업상의 자유 등에 대한 영향이 크지 않은 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어려우나, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자의 사무실, 사업장, 공장 또는 주소지 등에서 납세자를 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안 장부, 서류, 물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 세무조사로 보아야 할 것이다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 조심 2017서2193, 2017.9.14., 같은 뜻).

쟁점해명안내는 처분청(OOO세무서장)이 부가가치세 사무처리규정 제77조 제1항에 따른 단순한 과세자료의 처리목적으로 청구인에게 한 것으로, 청구인으로부터 그 준비․제출을 하는데 상당한 기간이 걸리거나 사업에 큰 지장을 초래한다고 보기 어려운 ‘사업장(OOO)의 홍보물, 설계도면 등의 해명자료’를 제출받아 이를 검토하여 청구인에게 유선으로 부가가치세의 신고에 문제가 없다는 취지로 종결하였고, 추가로 청구인에게 증빙자료(분양매매계약서, 금융증빙 등)를 요구하거나, 사실관계의 확인을 위하여 쟁점호실을 분양받은 수분양자 등를 접촉하거나, 현장확인 또는 세무조사로 전환하지 않은 점을 감안할 때 세무조사에 해당하지 아니하므로 조사청의 청구인에 대한 조사는 재조사(중복조사)가 금지되는 세무조사에 해당하지 아니한다.

(2)쟁점호실의 공급은 한국표준산업분류표상 ‘비주거용 건물 개발 및 공급업(부동산업)’에 해당하므로 해당 업종의 단순경비율(85.6%)로 종합소득세 소득금액을 추계하여야 한다.

주택신축판매업에서 ‘주택’이란 본래부터 주거용으로 사용될 목적으로 신축된 것으로, 오피스텔과 같이 그 공부상의 용도를 ‘업무시설’ 등으로 하여 신축된 건축물은 설사 그것이 사후에 주거용으로 사용되었다 하더라도 위 주택신축판매업에서의 주택에 해당되지 않는 것이고(대법원 2010.7.29. 선고 2009두522 판결), 공부상의 업무시설인 오피스텔과 공동주택은 서로 다른 법령 등에 그 근거를 두면서 용도에 따라 엄격히 구별되고 있으므로 오피스텔을 주택으로 볼 수는 없으며(서울행정법원 2017.3.10. 선고 2016구합2243 판결, 조심 2017부5011, 2018.4.10., 국세청 서면-2017-법령해석소득-2469, 2018.2.2., 같은 뜻), 공부상의 용도는 그 건물의 이용현황에 관계되는 법령 상의 규율 등이 종합적으로 반영되어 현실적인 이용상황에 대한 가장 객관적인 징표가 된다 할 것이고(대법원 2009.11.12. 선고 2009두10291),「건축법 시행령」 별표1 제14호에서 오피스텔을 ‘일부 구획에서 숙식을 할 수 있는 건축물’이지만 주용도를 ‘업무시설’로 규정하고 있으므로 오피스텔은 「주택법」상 준주택으로서 사실상 주거용으로 사용되더라도 언제든지 주용도인 업무시실로 전환될 수 있음을 종합하여 보면 결국 건축물을 신축․판매하는 사업은 그 최종 건축물의 상태를 기준으로 건축물의 용도 및 그 업종을 판단하는 것이 합리적이라 할 것인바, 청구인은 건축물을 신축하여 판매하는 사업자로서 쟁점호실을 ‘업무시설’로 하여 건축허가 및 사용승인을 받은 점을 감안할 때 쟁점호실은 공부상의 용도대로 ‘업무시설’로서 주택과 구별된다 할 것이므로 쟁점호실의 공급은 ‘비주거용 건물 개발 및 공급업’으로 보아야 한다.

한편 청구인은 판례(대법원 2010.7.22. 선고 2008두21768 판결) 및 소득세법 기본통칙 89-154…3을 근거로 주거용으로 사용된 오피스텔의 신축․공급을 주택신축판매업으로 보아야 한다고 주장하나, 해당 판례는 부동산매매업자가 부가가치세의 면제를 적용받을 수 있는지를 다투는 사안으로, 법원도 건축물의 공급이 주택신축판매업에 해당하는지는 해당 건축물의 공부상의 용도로 판단하도록 판시한 점, 위 기본통칙 조항은 건축물을 공급받은 자에 관한 ‘1세대 1주택에 대한 양도소득세의 비과세’를 적용하는데 있어서 해당 건축물이 주거용으로 사용되었는지를 판단하는 기준을 규정한 것이어서 건축물을 신축․공급하는 자가 그 신축․공급한 건축물이 주택인지를 다투는 이 건에 적용할 수 없는 점을 볼 때 청구인의 주장은 이유없다.

(3)청구인에게는 가산세의 부과를 면제할 정당한 사유가 없다.

청구인은 쟁점호실의 신축․공급 당시에 다수의 심판결정례에서 오피스텔의 부가가치세 면제여부를 실제 용도로 판단하도록 하는 결정을 한 것을 신뢰하여 제세의 신고를 하였으므로 이를 잘못이라 하여 가산세를 부과할 수 없다고 주장하나, 심판결정의 기속력은 해당 사건의 납세자에게만 그 효력이 미치는 점(국세청 심사1담당관-44, 2010.1.20.), 과세관청(국세청 부가가치세과-420, 2013.5.14. 등)은 그 동안 주거용으로 신축․분양된 오피스텔에 대하여 부가가치세의 면제대상인 국민주택에 해당하지 않는 것으로 일관되게 해석하여 온 점, 조세심판원(조심 2010전3002, 2011.6.1. 등)도 같은 취지의 결정을 한 사실이 있는 점, 청구인과 동일하게 오피스텔을 신축․분양한 납세자들이 해당 오피스텔을 과세대상으로 부가가치세의 신고를 한 사실이 있음을 감안하면 오피스텔이 부가가치세의 면제대상인 국민주택에 해당한다는 해석이 모든 납세자에게 일반적으로 받아들여진 것으로 인정하기 어려운 점 등을 볼 때 청구인이 쟁점호실을 부가가치세의 면제대상인 국민주택으로 보아 그 과세표준에서 제외하여 부가가치세를 신고하고 부동산매매업자로서 주택등매매차익을 무신고한 것은 법령의 부지․오인을 넘어 세법해석 상의 의의가 있는 경우로 인정하기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가.쟁점

①(주위적 청구)이 건 과세처분 중 부가가치세 부분이 중복세무조사의 결과를 근거로 한 것이어서 위법하다는 청구주장의 당부

②(주위적 청구) 공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔이나 실제로는 주택용도로 쟁점호실을 공급한 것이 ‘비주거용 건물 개발․공급업(부동산업)’이 아니라 주택신축판매업(건설업)에 해당하므로 그 단순경비율로 소득금액을 추계하여야 한다는 청구주장의 당부

③(예비적 청구) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청이 제출한 쟁점해명안내문, 집합건축물대장(쟁점호실이 포함된 것), 해당 건축물의 신축허가신청서(청구인이 2015.6.25. OOO에게 제출한 것), 건축허가서(같은 시 OOO이 2015.8.10. 발급한 것), 사용승인서(같은 시 OOO이 2016.6.17. 발급한 것), 결의서 등의 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실관계 및 이 건 과세처분 내역이 나타난다.

(가)청구인은 2015.7.20. ‘OOO’라는 상호로 개업한 사업장과 관련하여 2016년 제2기 과세기간 중 위 ＜표1＞ 기재의 쟁점호실이 포함된 건축물을 공급한 후, 2017.5.31. 그 분양가액 합계 OOO원 중 근린생활시설분(공급가액 OOO원)만을 과세표준에 포함하고 나머지(쟁점호실, 공동주택) OOO원에 대해서는 조특법 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택으로 보아 면세를 적용하여 해당 과세기간의 부가가치세 신고를 하고, 위 전체 분양가액을 ‘주거용건물건설업(주택신축판매업, 종목코드 : 451102)’의 수입금액으로 보아 단순경비율(91.0%)을 적용하여 추계한 OOO원을 소득금액으로 하여 2016년 귀속 종합소득세 신고를 하였으나, 2017.6.21. 처분청(청구인의 주소지를 관할하는 OOO세무서장)으로부터 해당 귀속연도의 수입금액이 단순경비율의 적용대상이 아니라는 취지의 해명자료 제출안내문을 받은 후, 2017.6.25. 위 수입금액에 기준경비율(9.5%)을 적용(‘해당 비율로 산출한 기준소득금액’과 ‘위 단순경비율 91.0%로 산출한 소득금액에 기획재정부령으로 정한 배율인 2.6배를 적용한 비교소득금액’ 중 적은 금액인 후자)하여 추계한 OOO원을 소득금액으로 하는 수정신고를 하였다.

(나)처분청(OOO의 사업장을 관할하는 OOO세무서장)은 2017.8.9. 심판결정례(조심 2016구268, 2016.5.17. 외 2건)를 근거로 청구인에게 쟁점호실이 공부상 업무시설로 등재되었더라도 그 실질용도가 처음부터 주택이었는지 여부 등에 대한 소명을 요청하는 내용의 쟁점해명안내를 하였고 청구인으로 받은 소명자료를 검토한 결과, 쟁점오피스텔을 주택으로 보아 부가가치세의 면제를 적용한 당초 신고가 적정한 것으로 보았으나, 조사청은 쟁점오피스텔이 조특법 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택에 해당되지 아니하는 것으로 보아 그 공급가액 OOO원(면세가 적용되는 토지분을 제외한 것)을 과세표준에 산입하여 부가가치세를 경정하고, ‘비주거용건물 개발 및 공급업(부동산업, 종목코드 : 703021)’의 단순경비율(85.6%)에 배율(2.6배)을 적용하여 산출된 OOO원을 소득금액으로 하며, 부동산매매업자로서의 ‘토지등 매매차익에 대한 예정신고’를 하지 아니한 것에 대하여 무신고가산세를 부과하는 등 종합소득세를 경정하도록 통보하자, 처분청은 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 소득금액을 경정하여 2018.5.11. 청구인에게 이 건 과세처분을 하였다.

OOO

(2) 청구인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

(가) 청구인이 2017년 9월 제출한 것으로 보이는 ‘과세자료 해명’이라는 제목의 문서를 보면 청구인은 쟁점호실에 대하여 업무시설(오피스텔)로 승인받았으나 주거용으로 신축하여 분양당시 주거용으로 사용할 수 있다는 내용의 홍보를 하였고, 전기요금청구서에 ‘주택용 전력’으로 표시되어 있으며, 관련된 부가가치세 신고당시 면세대상인 주택으로 인식하여 부가가치세 매입세액 공제를 받지 않았으므로 심판결정례(조심 2016구288, 2016.5.17.)에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택으로 보아야 한다는 내용의 회신을 한 것으로 나타나고, 동 소명서에 분양홍보사진, 분양 후 실거주 사진, 전기요금청구서, 건축물평면도 및 건물면적표(국민주택이하)를 첨부하였다.

(나) 청구인이 작성한 홍보물로 보이는 문서를 보면 분양가격표 부분에 ‘주거용 오피스텔’을 공급하는 것으로 나타난다.

(다)설계개요, 공지비율표, 건물면적표, 기타사항이 나타나는 문서(작성일시, 주체, 해당 문서의 명칭 등은 미제시) 및 이를 정리한 것으로 보이는 표를 보면 쟁점호실(39호) 및 아파트(26세대)의 1㎡당 분양가액은 각각 OOO원 및 OOO원 상당인 것으로 나타난다.

(3)우리 원은 공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 조특법 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부에 대하여, 청구인이 제시한 심판결정례(조심 2015중4669, 2015.11.25., 조심 2015중5668, 2016.3.9., 조심 2016구288, 2016.5.17., 조심 2016중1641, 2016.7.21.)와 같이 해당 오피스텔의 공부상의 용도가 아니라 실제용도에 따라 국민주택의 공급에 해당하는지를 판단하도록 하거나, 처분청이 제시한 심판결정례(조심 2010전3002, 2011.6.1. 등)와 같이 업무시설인 오피스텔이 설사 주거용으로 공급되었더라도 위 조항에 따른 면세대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단하다가, 2017.9.22. 조세심판관 합동회의에서 후자와 같이 판단하도록 결정(조심 2017중897)한 이후 같은 쟁점의 심판청구에 대하여 같은 취지로 결정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점해명안내가「국세기본법」에 따른 세무조사에 해당하므로 같은 법 제81조의3 제2항에 따른 예외적인 사유에 해당하지 아니한 이상, 조사청의 청구인에 대한 세무조사가 같은 항에 따라 금지되는 재조사에 해당하므로 동 세무조사에 따른 이 건 과세처분이 위법하다고 주장하나, 중복세무조사의 금지원칙에 위반된 것으로 보려면 세무조사에 선행하여 과세관청의 납세자에 대한 소명 등의 요청행위가 후속하는 세무조사와의 ‘목적, 대면, 장소, 일정기간의 행위, 인과관계’ 등 관련성이 있어야 한다는 요건을 갖출 것이 요구되나, 쟁점해명안내는 청구인의 부가가치세 신고내용이 적정한지를 확인하기 위한 사후검증으로서 처분청이 청구인의 사업장 등을 방문하지 아니하고 쟁점호실이 부가가치세의 면제요건을 충족하였는지를 확인하기 위한 증빙자료의 제출 요청 및 그 확인을 한 것에 불과하고, 그 제출된 자료도 쟁점호실과 관련한 홍보물, 설계도면 등으로서 청구인이 이를 준비․제출하는데 상당한 기간이 필요한 것으로 인정하기 어려워서 장기간 동안 청구인의 사업활동에 지장을 주었다고 보기도 어려우므로 위 5가지 요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때 쟁점해명안내는 조사청의 청구인에 대한 세무조사(개인통합조사)를 위한 전단계로서 세무조사로 보기는 어려우므로 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2018서2319, 2018.7.27., 같은 뜻).

(나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 오피스텔인 쟁점호실의 전부를 주거용으로 사용하도록 신축․공급한 것이 실질과세원칙에 따라 ‘주거용 건물’을 건설․공급한 것에 해당하므로 그 수입금액에 주택신축판매업의 단순경비율(91.0%)을 적용하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」제19조 제3항에서 사업의 범위에 관하여는 같은 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고 한국표준산업분류에 따르도록 규정하고 있으며, 한국표준산업분류표에서 주거용 건물 건설업(분류번호:4111)으로 단독주택(41111)․아파트(41112)․기타 공동주택(41119) 건설업을, 비주거용 건물 건설업(4112)으로 사무․상업용 및 공공기관용 건물(41121)․제조업 및 유사 산업용 건물(41122)․기타 비주거용 건물(41129) 건설업을 각각 열거하고 있고, 「주택법 시행령」제4조 제4호에서 오피스텔을 준주택으로 분류하여 주택과는 별도로 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점호실을 주택과 구별되는 업무시설로 하여 건축허가를 받았고, 설사 쟁점호실이 ‘주거용’으로 신축되어 그 수분양자들이 주거용으로 사용하고 있다 하더라도 업무시설인 쟁점호실의 공급을 주택의 공급으로 보기는 어려운 점, 「소득세법」상 거주자의 양도소득을 계산함에 있어서는 공부상의 용도구분과 무관하게 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 주택으로 볼 수 있는 것이나 이는 해당 건물의 공급 이후의 사용상황에 따라 1세대1주택 비과세 등 양도소득세의 과세여부를 결정하기 위한 것으로, 그 공급 이전에 해당 건물을 공급하는 사업자가 ‘주택’을 공급한 것인지를 판단하는 것과 무관하고, 만약 청구인의 주장대로 업무시설인 오피스텔의 공급도 실질과세원칙에 따라 주택으로 볼 수 있다고 볼 경우에는 그 공급 이후에 수분양자의 사용상황에 따라 소득금액의 추계에 적용될 단순경비율의 결정과 더불어 재화의 공급시기에 결정되어야 할 부가가치세의 납부의무도 결정되어야 하는 불합리한 상황이 발생하는 점, 나아가 설사 수분양자가 청구인으로부터 공급받은 쟁점호실을 주거용으로 사용하고 있다 하더라도 쟁점호실이 공부상 ‘업무시설’인 이상 언제든지 이를 업무시설로 사용할 수 있고, 그럴 경우 쟁점호실을 주택으로 보아 그 공급을 주택신축판매업으로 본 것이 오히려 실질과세원칙에 배치되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 오피스텔인 쟁점호실을 공급한 것은 주택신축판매업이 아니라 비주거용 건물 개발 및 공급(부동산업)으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

따라서 처분청이 쟁점호실의 수입금액에 부동산업의 단순경비율(85.6%)을 적용하여 추계한 금액을 소득금액으로 하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③(예비적 청구)에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이러한 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것인바(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 참조), 그동안 이 건의 쟁점과 유사한 ‘공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 조특법 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당하여서 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부’에 대하여 납세자와 과세관청 간에 세법해석상 견해의 대립이 있었고, 이러한 견해의 대립이 납세의무자의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것이어서 우리 원도 위 면세적용 여부에 대한 결정이 엇갈리다가, 2017.9.22. 조세심판관합동회의 결정으로 ‘오피스텔의 공급이 위 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것’으로 판단한 점에 비추어 볼 때, 청구인이 위 조세심판관합동회의의 결정이 있기 전인 2015.8.10.～2016.7.21. 기간 동안 오피스텔인 쟁점호실이 포함된 집합건축물을 허가받아 공급한 후 오피스텔을 위 국민주택으로 인정한 심판결정례를 신뢰하여 부가가치세의 신고시 쟁점호실에 대하여 면세를 적용하고 「소득세법」제69조 제1항에 따른 토지등매매차익예정신고를 하지 아니한 것에 대하여 책임이 있다고 보기는 어렵다 하겠다.

따라서 처분청이 이 건 과세처분을 할 때 「국세기본법」제47조의3 제1항에 따라 부가가치세의 과소신고에 대한 가산세 및 같은 법 제47조의2 제1항에 따라 토지등매매차익예정신고의 무신고에 대한 가산세를 각각 부과한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정되기 전의 것)

제14조[실질과세] ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제47조[가산세 부과] ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

제47조의2[무신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」,「농어촌특별세법」및「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

제47조의3[과소신고․초과환급신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,「교육세법」및「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

제47조의4[납부불성실․환급불성실가산세] ①납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

1.납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

제81조의2[납세자권리헌장의 제정 및 교부] ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1.국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 경우(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 장에서 "세무조사"라 한다)

제81조의4[세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4.제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5.납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6.제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7.그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

제81조의11[통합조사의 원칙] ① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 "부분조사"라 한다)를 실시할 수 있다.

1.제45조의2 제3항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 제51조 제1항에 따른 국세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우

2.제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제 4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우

3.거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우

4.납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경우

5.명의위장, 차명계좌의 이용을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경우

6.그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령

제63조의2[세무조사를 다시 할 수 있는 경우] 법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2.각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 「조세범 처벌절차법」제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. (단서 생략)

제63조의12[부분조사 사유] ① 법 제81조의11 제3항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.법인이 주식 또는 출자지분을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 거래하거나 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 각 목 및 같은 항 제8호의2의 자본거래로 인하여 해당 법인의 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여(分與)하거나 분여받은 구체적인 혐의가 있는 경우로서 해당 혐의에 대한 확인이 필요한 경우

2.무자료거래, 위장ㆍ가공 거래 등 특정 거래 내용이 사실과 다른 구체적인 혐의가 있는 경우로서 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급한 조사가 필요한 경우

※ 부가가치세 사무처리 규정(2018.7.5. 국세청훈령 제2266호로 일부개정되기 전의 것)

제77조[과세자료 처리] ① 과세자료 처리를 위해 납세자의 해명이 반드시 필요한 경우에는「과세자료 해명안내(별지 제14호 서식)」를 작성하여 발송할 수 있다. 또한, 해명안내에 대해 납세자가 해명자료를 제출하는 경우「납세자 해명자료(별지 제15호 서식, 이하 같다)」에 따라 제출하도록 안내하여야 한다.

④ 부가가치세 담당과장은 해명자료를 제출하지 않거나 해명자료를 검토한 결과 부득이하게 현장확인이 필요한 경우에는 현장확인을 실시할 수 있다.

⑤ 부가가치세 담당과장은 현장확인, 해명자료 및 신고내용 분석결과 조사대상자로 선정할 필요가 있다고 판단되는 경우 세무서장의 결재를 받아 조사과장에게 통보한다.

※조사 사무처리 규정(2018.5.2. 국세청훈령 제2253호로 일부개정되기 전의 것)

제3조[정의] 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1."세무조사"란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말하며,「국세기본법」과「조세범 처벌절차법」에 따라 일반세무조사와 조세범칙조사로 구분한다.

2."현장확인"이란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 따라 세원관리, 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느 하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 세무조사에 의하지 아니하고 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다. (각목 생략)

18. "일반세무조사"란 특정납세자의 과세표준 또는 세액의 결정 또는 경정을 목적으로 조사대상 세목에 대한 과세요건 또는 신고사항의 적정 여부를 검증하는 일반적인 세무조사를 말한다.

22. "실지조사"란 납세자의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 관련인을 상대로 실시하는 세무조사를 말한다.

23. "간접조사"란 납세자가 제출한 신고서 등의 서류나 과세자료 등의 분석을 통해 신고사항의 적정 여부를 검증하거나 특정거래의 사실관계 확인을 위하여 납세자 또는 그 관련인으로부터 우편질문 등을 통해 증빙자료를 수집하고 거래내용을 조회하는 등 실지조사 이외의 방법으로 실시하는 세무조사를 말한다. ※ 2018.5.2. 개정시 삭제

24."통합조사"란 납세자의 편의와 조사의 효율성을 제고하기 위하여 조사대상으로 선정된 과세기간에 대하여 그 납세자의 사업과 관련하여 신고·납부의무가 있는 세목을 함께 조사하는 것을 말한다.

(3) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정되기 전의 것)

제19조[사업소득] ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

6. 건설업에서 발생하는 소득

12. 부동산업 및 임대업에서 발생하는 소득 (단서 생략)

③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제64조[부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례] ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 “부동산매매업”이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제4호·제8호·제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 “주택등매매차익”이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

1. 종합소득 산출세액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

가.주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제69조[부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부] ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 “토지등 매매차익예정신고”라 한다.

제80조[결정과 경정] ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1.제94조 제1항 제1호․제2호 및 제4호에 따른 자산

　제55조제1항에 따른 세율

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 (표 생략)

9.제94조 제1항 제4호 다목 및 라목에 따른 자산 중 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 보유 현황을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산 (표 생략)

(4) 소득세법 시행령

제122조[부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례] ① 법 제64조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 부동산매매업”이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 “주거용 건물 개발 및 공급업”이라 한다)은 제외한다.

② 법 제64조 제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 자산의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.

1.제163조 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산한 양도자산의 필요경비

2. 법 제103조에 따른 양도소득 기본공제 금액

3. 법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액

제143조[추계결정 및 경정] ③법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. (단서 생략)

1.수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2018년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

다.수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액 (단서 생략)

1의2.수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

(5) 소득세법 시행규칙

제67조[소득금액 추계결정 또는 경정시 적용하는 배율] 영 제143조 제3항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 배율"이란 3.2(법 제160조에 따른 간편장부대상자의 경우에는 2.6)를 말한다.

(6) 2016년 귀속 경비율 고시(국세청 고시 제2017-7호, 2017.3.30.)

제1조[목적] 이 고시는 「소득세법」제80조 제3항 단서, 같은 법 시행령 제143조 제3항, 제145조 제3항에서 국세청장에게 위임한 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에 적용할 경비율을 정하는 것을 목적으로 한다.

제2조[적용범위] 이 고시는 2016년 귀속 소득금액을 추계결정·경정하는 경우에 적용한다.

제3조[단순경비율 및 기준경비율] 국세청장이 해당 과세기간(2016년 귀속)에 적용할 단순경비율과 기준경비율은 다음 표와 같다.