가. 청구법인은 2006년 4월 OOO에 대한 사업실시 협약(이하 “쟁점협약”이라 한다)을 체결하고 2010년 4월 동 시설을 완공하였으며, 용역대가 OOO을 수령한 시기를 그 공급시기로 보아 2009년 제2기～2011년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점시설 공사용역의 공급시기를 완공일 등으로 보아 2013.2.13. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점시설에 대한 사업실시 협약을 보면 이 건 사업이 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 “민간투자법”이라 한다)에 근거하여 사업을 진행하는 것처럼 되어 있으나, 동 협약 제69조에 의해 쟁점협약의 성격이 사법상 계약으로 서로 확인되었고, 실제 민간투자방식이 아닌 사업자 선부담방식의 도급계약을 체결한 것이라 민간투자법이 규정하고 있는 공공투자관리센터의 적격성 조사를 생략하는 등 같은 법이 규정하고 있는 방식에 따라 사업을 추진하지 않았다.

(2) OOO시는 이 건 계약에 대하여 계약취소[쟁점시설의 연간운영비는 가장 중요한 요소인데, 청구법인은 당초 입찰시 사업자로 선정되는 것을 목적으로 현실적으로 불가능한 낮은 가격을 제시하여OOO 신의칙에 반하는 고지의무 위반의 부작위에 해당하는 기망에 해당함]나 계약해제[계약목적에 비추어 볼 때 당초 이루려고 했던 목적을 달성할 수 없는 경우에는 해제권 행사가 가능하다고 판시OOO하며, 당초목적으로 달성할 수 없는 경우란 “하자가 중대하고 그 보수가 불가능하거나 보수가 가능하더라도 장기간을 요하는 경우”를 비추어 보면, ① 시설을 수리할 경우 엄청난 수리비용 및 보수비용 소요, ② 한번 수리로 모든 문제가 종료될 수 없고 계속 문제발생이 예상되어 무한정 수리비 투입, ③ 막대한 수리비용을 투입한다고 하더라도 시설이 당장 가동이 중단될 가능성이 높은 상황] 상황에서 청구법인이 정산을 요구하고 있어 다툼이 지속되고 있는 상태이므로 별도의 최고절차 없이 계약해지권을 즉시 행사하겠다고 답변하였다.

(3) 청구법인과 지자체 간 총공사비 등에 대한 이견이 있어 역무의 제공이 완료되기는 하였으나, 그 공급가액이 확정되지 아니한 사정이 있는 경우「부가가치세법」상 용역의 원칙적인 공급시기가 아닌 예외적인 공급시기, 즉 당사자 간 총사업비 및 이자에 대한 최종 합의 시점을 공급시기로 판단하고 있는바, 청구법인의 2차 소 제기에 대한 준비서면에서 OOO시는 청구법인과의 계약을 취소 또는 해제하고 손해배상 청구소송을 하겠다고 밝혀 발생된 사업비와 무관하게 공급가액을 확정할 수 없는 실정이었다.

(4) 청구법인은 확정된 공급가액에 대해서는 세금계산서를 발행하고 관련 신고의무를 이행하였으나, 현재 미지급된 OOO의 사업비에 대해서는 그 가액을 확정할 수 없는 상태로 법원의 확정판결이 있는 때를 공급시기로 보아야 할 것이다(청구법인은 미지급된 사업비에 대하여 세금계산서를 발행할 수 없는 재판 진행 중인 상황에 있었으므로 단순히「부가가치세법」상 일반적인 공급시기인 용역제공 완료시점을 공급시기로 보는 것이 불합리하며 예외적인 공급시기를 규정하고 있는 「부가가치세법」의 입법취지에도 맞지 않는다).

(5) 위와 같이 청구법인은 쟁점시설 설치용역을 제공완료하였으나, 총사업비에 대하여 소송을 통해 분쟁 중이었고, 이는 미지급된 사업비에 대하여 당사자 간 다툼이 있어 그 공급가액을 확정할 수 없는 특별한 사정이 있는 것으로 「부가가치세법 시행령」제22조 제3호에서 규정한 예외적인 공급시기를 적용하여 법원 확정판결을 통해 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 보는 것이 타당하므로, 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점협약에 의하면 쟁점시설 설치사업이 “민간투자법의 목적에 따라 시행되는 사업임을 인식한다”라고 명시되어 있을 뿐만 아니라 쟁점협약 내용을 살펴보더라도 협약내용 전 부분에 걸쳐 쟁점협약이 민간투자법 및 같은 법 시행령에 따라 협약하고 있음이 확인되며, 나아가 청구법인이 2012년 8월 OOO시장을 피고로 하여 제기한 소장에도 “민간투자법”으로 기재되어 있음이 확인되고, 「부가가치세법」제9조 및 같은 법 시행령 제22조에 따라 용역의 공급시기는 쟁점시설의 준공일(2010.4.25.)로 봄이 타당하고, 청구법인은 자금사정에 따라 쟁점시설 용역에 대한 대가를 OOO시로부터 수령할 때를 용역의 공급시기로 보아 부가가치세를 신고한 사실을 보면, 청구주장은 설득력이 없다.

(2) 청구법인이 2012년 8월 OOO시장을 피고로 하여 쟁점시설에 대한 사업비 지급 청구소송의 쟁점이 총사업비 지급, 재정조달차액 조정금액 확인 및 지연손해금 지급 등과 관련된 내용OOO으로 청구법인이 주장하는 쟁점시설에 대한 근본적인 소송과 무관한 것으로 보이는 점에 비추어 청구주장은 쟁점시설의「부가가치세법」상 공급시기를 오인한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점시설 공사용역의 공급시기가 언제인지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제9조 [거래 시기] ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것)

제22조 [용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2 제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용역을 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

가. 헬스클럽장 등 스포츠센터를 운영하는 사업자가 연회비를 미리 받고 회원들에게 시설을 이용하게 하는 것

나. 사업자가 다른 사업자와 상표권 사용계약을 할 때 사용대가 전액을 일시불로 받고 상표권을 사용하게 하는 것

다.「노인복지법」에 따른 노인복지시설(유료인 경우에만 해당한다)을 설치·운영하는 사업자가 그 시설을 분양받은 자로부터 입주 후 수영장·헬스클럽장 등을 이용하는 대가를 입주 전에 미리 받고 시설 내 수영장·헬스클럽장 등을 이용하게 하는 것

라. 그 밖에 가목에서 다목까지의 규정과 유사한 용역

6. 사업자가「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

(3) 사회기반시설에 대한 민간투자법

제4조[민간투자사업의 추진방식] 민간투자사업은 다음 각 호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되는 방식

5. 민간부문이 제9조의 규정에 의하여 사업을 제안하거나 제12조의 규정에 의하여 변경제안을 하는 경우 당해 사업의 추진을 위하여 제1호 내지 제4호 외의 방식을 제시하여 주무관청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식

6. 기타 주무관청이 제10조의 규정에 의하여 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식

제8조의2 [민간투자대상사업의 지정] ① 주무관청은 사회기반시설사업을 민간투자방식으로 추진하고자 하는 경우 이를 민간투자대상사업(이하 "대상사업"이라 한다)으로 지정하여야 하며, 대상사업으로 지정되기 위해서는 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 사회기반시설과 관련된 중·장기계획 및 국가투자사업의 우선순위에 부합할 것

2. 민간부문의 참여가 가능할 정도의 수익성이 있는 사업일 것

② 주무관청은 대상사업 중 대통령령이 정하는 일정규모 이상의 대상사업에 대하여는 당해 사업에 대한 타당성분석을 실시한 후 심의위원회의 심의를 거쳐 지정하여야 한다.

③ 주무관청은 대상사업을 지정한 때에는 그 사실을 지체없이 관보에 고시(인터넷에 게재하는 방식에 의하는 경우를 포함한다)하여야 한다.

제10조 [민간투자시설사업기본계획의 수립 및 고시 등] ① 주무관청은 사회기반시설사업의 추진을 위하여 민간부문의 투자가 필요하다고 인정하는 때에는 당해연도 대상사업으로 지정된 후 1년 이내에 민간투자사업기본계획에 의하여 민간투자시설사업기본계획(이하"시설사업기본계획"이라 한다)을 수립하여야 한다. 다만, 불가피한 사유가 있는 경우에는 1년의 범위 내에서 이를 연장할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 시설사업기본계획을 수립함에 있어 대통령령이 정하는 일정요건에 해당하는 시설사업기본계획은 미리 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. 이를 변경할 필요가 있는 때에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 주무관청은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 시설사업기본계획을 수립 또는 변경한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 고시하여야 한다.

④ 주무관청은 제3항의 규정에 의하여 시설사업기본계획을 고시한 후 제13조 제1항의 규정에 의한 사업계획의 제출이 없는 경우에는 1회에 한하여 시설사업기본계획을 재고시할 수 있다. 이 경우 시설사업기본계획의 재고시는 이미 고시된 시설사업기본계획에 따른 사업계획의 제출마감일부터 6월 이내에 행하여져야 한다.

⑤ 주무관청은 제3항 또는 제4항의 규정에 의하여 시설사업기본계획을 고시 또는 재고시하는 때에는 대통령령이 정하는 대상사업에 대하여는 기본설계도서와 타당성분석에 관한 자료를 민간부문이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

제22조 [준공확인] ① 사업시행자가 제15조 제2항 또는 제21조 제2항의 규정에 의하여 고시된 실시계획에 따라 사업을 완료한 때에는 지체없이 대통령령이 정하는 바에 의하여 공사준공보고서를 주무관청에 제출하고 준공확인을 받아야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 준공확인의 신청을 받은 주무관청은 준공검사를 한 후, 준공확인필증을 그 신청인에게 교부하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의한 준공확인필증을 교부한 때에는 제17조 제1항 및 제21조 제3항의 규정에 의한 인·허가 등에 따른 당해 사업의 준공검사 또는 준공인가 등을 받은 것으로 본다.

④ 주무관청은 제2항의 규정에 의하여 준공확인을 하거나 제3항의 규정에 의하여 준공검사 또는 준공인가 등을 받은 것으로 보는 경우에는 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.

⑤ 제2항의 규정에 의한 준공확인필증을 교부받기 전에 민간투자사업으로 조성 또는 설치된 토지 및 사회기반시설은 이를 사용하여서는 아니된다. 다만, 주무관청으로부터 준공 전 사용의 인가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 부가가치세를 신고하고 처분청이 경정한 이 건 과세내역은 아래 <표1>과 같다.

OOO

(2) OOO국세청장의 과세사실판단자문위원회는 2012.12.14. 쟁점시설의 공급시기는 준공일에 중요한 가액이 확정되고 역무의 제공이 완료된 것으로 판단되므로 준공일로 봄이 타당하다고 의결한 내용을 처분청에 통보하였다.

(3) OOO시, OOO 및 청구법인이 2006년 4월에 체결한 쟁점협약의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(4) 경기도 OOO시장이 2010.7.7. 발행한 준공확인필증에는 청구법인이 시행한 민간투자법 제22조 제1항 및 같은 법 시행령 제19조의 규정에 의하여 준공을 확인(① 사회기반시설명 : OOO 자원회수시설, ② 공사종류 : 산업·환경설비, ③ 공사장소 : 경기도 OOO, ④ 공사목적 : OOO시 및 OOO시에서 발생하는 폐기물을 경제적·효율적으로 처리하여 인근지역의 환경오염 방지, ⑤ 공사기간 : 2006.12.15.～2010.4.25., ⑥ 준공시설 : OOO 자원회수시설)하고 있는 내용이 나타난다.

(5) OOO 주요 내용(원고 : 청구법인, 피고 : OOO시)은 다음과 같다.

OOO

(6) OOO에 나타난 청구법인의 소 및 OOO시의 준비서면에 나타난 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

(7) OOO시는 위 소송과 관련하여 OOO 자원회수시설(쟁점시설)을 OOO주식회사에 위탁운영하기로 2013.1.16. OOO주식회사, 청구법인 간에 운영·관리협약서를 체결하였고, 동 운영·관리협약서 제17조 제1항에는 2013.1.1. 현재 OOO시가 청구법인에게 지급하여야 할 쟁점시설 건설사업 미지급 사업비OOO 중 OOO은 청구일로부터 10일 이내에 지급하고, 나머지 사업비는 2013.12.31.까지 지급하되, 이 날 이후에는 민사상 법정이자를 가산하여 지급(단 쟁점협약 제45조 제3항에 의한 지급지연에 따른 2012.4.26. 이후의 가산이자는 지급하지 아니함)하기로, 제2항에는 OOO시, OOO주식회사, 청구법인은 향후 이 협약체결 이전에 발생한 사유를 이유로 일체의 민·형사상 소를 제기하지 아니하기로 한OOO 내용이 나타난다.

(8) OOO이 2013.4.2. OOO시장에게 보낸 OOO 자원회수시설(쟁점시설) 설치사업 정부지원금 산정송부 공문에 첨부된 총사업비 변경현황, 정부지원금 산정금액, 정부지원금 산정안 및 정부지원금 미지급액 산정내액은 아래 <표2>·<표3>·<표4>·<표5>와 같이 나타난다.

OOO

(9) 청구법인은 2014.12.23. 조세심판관회의에 출석하여 여러 차례의 분쟁 및 소송 등의 과정을 통하여 2013년 1월 최종 합의·조정시에 공급가액이 확정되었으므로, 동 시기를 공급가액이 확정되는 때로 보아야 할 것이라고 진술하였다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」제9조 제2항에서 역무가 제공되는 때 등을 용역의 공급시기로 삼으면서 같은 법 시행령 제22조에서 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때(제1호)를, 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(제2호)를, 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(제3호)를 용역의 공급시기로 규정하고 있는바, 이에 의하면 역무의 제공이 완료되었음에도 공급시기가 도래하지 아니하였다고 보는 예외적인 경우는 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니하는 경우이고, 용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 된다 할 것OOO인바,

이 건의 경우 쟁점협약에서 OOO시가 청구법인에게 지급하기로 한 OOO지원금은 쟁점시설 준공 후 1년 이내 일괄 지급하되, 예산부족 등 부득이한 경우에는 2년 이내 분할지급하기로, 경기도 지원금은 쟁점시설 준공 후 1년 이내 일괄지급하기로, 시지원금은 쟁점시설 준공 후 1년 이내 일괄 또는 분할지급하기로 하였으나, 위와 같이 쟁점시설 공사대금의 확정과 관련한 다툼으로 인하여 협약당사자 간에 소송이 제기되었고, 관련 소송 및 쟁점시설 운영·관리협약서를 통하여 쟁점협약 체결당시의 정부지원금이 OOO에서 OOO이 증액되어 최종적으로 OOO에 합의된 점 등에 비추어 쟁점시설이 준공된 시점을 용역의 공급시기로 보기 어려우며, 위에서 살펴 본 바와 같이 청구법인과 OOO시 간에 공사비 정산에 관한 최종 합의가 이루어져야 그 용역의 공급시기가 도래한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점시설 공사용역의 공급시기를 완공일 등으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.