가. 청구인은 1986.7.18. 취득한 서울특별시 OOO OOOO OOOOOOO OOO OOOOOO OOO OOOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2005.6.2. 양도하고, 양도당시 청구인의 처가 경기도 OOO OOO OOO OOOOO OOOOO OOOOOOO OOOO OOOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 소유하고 있어 1세대 2주택자로 2005년 귀속 양도소득세 177,857,280원을 예정신고·납부한 후, 2007.10.9. 처 소유의 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3에 규정한 신축주택으로 1세대 1주택 판정시 주택수에 포함되지 아니하므로 쟁점아파트의 양도는 1세대 1주택의 고가주택 양도에 해당된다 하여 양도소득세 136,268,570원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 2008.1.18. 청구인의 처가 비거주자인 상태에서 쟁점주택을 취득하여 조세특례제한법상의 양도소득세 과세특례규정이 배제된다는 이유 등으로 경정청구에 대하여 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 처가 쟁점주택을 취득할 당시 청구인은 국내에서 직업을 갖고 소득세를 납부하고 있었고, 처는 주택취득일인 2001.11.15.～2003.11.14까지 기간 중 해외 229일, 국내 501일 체류하여 2개 과세기간에 걸쳐 1년이상 국내에 거주하고 국내에 주소를 두고 있었으므로 쟁점주택은 청구인의 처가 거주자의 지위에서 취득한 것이므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점주택은 청구인의 처가 비거주자인 상태에서 취득한 것이어서 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정의 적용을 받지 못하므로 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인의 처가 비거주자인 상태에서 쟁점주택을 취득한 것으로 보아 주택수에 포함시켜 쟁점아파트 양도당시 1세대 2주택이라 하여 경정청구 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제1조【납세의무】

① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1.국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

2.거주자가 아닌 자(이하 “비거주자”라 한다)로서 국내원천소득이 있는 개인

소득세법 시행령 제2조【주소와 거소의 판정】

①법 제1조의 규정에 의한 주소는 국내에서 생계를 같이하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다.

② 법 제1조에서 “거소”라 함은 주소지 외의 장소 중 상당기간에 걸쳐 거주하는 장소로서 주소와 같이 밀접한 일반적 생활관계가 형성되지 아니하는 장소를 말한다.

③ 국내에 거주하는 개인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 본다.

1.계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때

2. 국내에 생계를 같이하는 가족이 있고, 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 때

④ 국외에 거주 또는 근무하는 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 국내에 주소가 없는 것으로 본다.

1.계속하여 1년 이상 국외에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때

2. 외국국적을 가졌거나 외국법령에 의하여 그 외국의 영주권을 얻은 자로서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 아니하는 때

소득세법 시행령 제4조【거주기간의 계산】

① 국내에 거소를 둔 기간은 입국하는 날의 다음 날부터 출국하는 날까지로 한다.

② 국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국 후 다시 입국한 경우에 생계를 같이하는 가족의 거주지나 자산소재지 등에 비추어 그 출국목적이 명백하게 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내에 거소를 둔 것으로 본다.

③ 국내에 거소를 둔 기간이 2과세기간에 걸쳐 1년 이상인 경우에는 국내에 1년 이상 거소를 둔 것으로 본다.

(2) 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 처가 2001.11.15. 쟁점주택을 분양받아 조세특례제한법 제99조의3에 규정한 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 내에 취득한 신축주택인 사실 및 쟁점아파트 양도당시 청구인 세대가 쟁점주택외에 다른 주택을 소유하지 아니한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

처분청이 제출한 자료에 의하면, 처분청은 청구인의 처가 쟁점주택 취득 및 쟁점아파트 양도당시 비거주자에 해당되어 쟁점주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의3에 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례의 적용을 배제하고 청구인의 경정청구를 거부하였는 바,

청구인은 청구인의 처가 쟁점주택 취득당시 거주자였으므로 쟁점주택은 1세대 1주택 판정시 주택수에 포함되지 아니한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 처분청이 제출한 청구인 처의 ‘출입국에 관한 사실증명’(2001.1.1.～2007.11.24)에 의하면 청구인의 처는 쟁점주택 취득당시(2001.11.15)인 2001년도에 246일, 2002년도 159일, 2003년도 314일을 국내에 체류한 것으로 나타나고, 쟁점아파트를 양도할 당시인 2005년도에는 260일을 국내에 체류하였고, 2004년과 2006년도에는 각각 66일과 122일을 국내에 체류한 것으로 나타난다.

(3) 또한, 청구인이 제출한청구인의 주민등록등·초본에 의하면, 청구인세대는 서울특별시 OOO OOOO OOOOOOOO OOOOOO OOO OOOO (1986.2.6. 전입)에 주소를 두고 있었으나 2004.11.29. 이민출국으로 말소된 것으로 나타나고, 청구인의 근로소득원천징수영수증에 의하면, 청구인은 2001년부터 2003년까지 2005년부터 2007년까지 국내에서 소득이 발생한 사실이 확인되고 있다.

(4) 살피건대, 소득세법 제1조에서는 국내에 주소를 두거나 1년 이상거소를 둔 개인을 거주자라고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제4조 제3항에서는 국내에 거소를 둔 기간이 2과세기간에 걸쳐 1년 이상인 경우에는 국내에 1년 이상 거소를 둔 것으로 본다고 규정하고 있다.

앞서 본 바와 같이 청구인과 청구인의 처는 2004.11.29. 캐나다로 이민출국하기 전까지 국내에 주소를 두고 있었을 뿐만 아니라, 청구인의 처가 쟁점주택을 취득한 2001년도부터 해외로 이민한 2004년도까지 기간동안 청구인의 처는 785일간 국내에 체류하여 해외 체류기간 675일 보다 많고, 쟁점주택 취득당시인 2001년도와 2002년도에 걸쳐 1년 이상인 405일을 국내에 체류한 것으로 나타나고 있는 바, 청구인 처의 경우 쟁점주택 취득당시 거주자로 보는 것이 타당하다고 하겠다.

또한, 쟁점아파트 양도당시인 2005년도와 2006년도에 청구인의 처가 382일을 국내에서 체류한 사실 및 당시 배우자인 청구인이 국내에서 소득이 발생한 사실 등을 종합하여 보면 쟁점아파트 양도당시에도 청구인의 처는 거주자에 해당된다고 하겠다.

(5) 따라서, 처분청이 청구인의 처가 쟁점주택 취득 및 쟁점아파트양도당시 비거주자인 것으로 보아 1세대 1주택 판정에 있어서 쟁점주택을 주택수에 포함시켜 청구인이 쟁점아파트 양도당시 1세대 2주택자인 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.