처분청은 청구법인이 1991.3.30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 공장용지 1,364㎡ 및 그 지상건축물 1,687.55㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 경락취득등기한 데 대하여 대도시내(ㅇㅇ시)에서 법인설립(1986.8.19)후 5년이내에 취득한 부동산등기로 보아 이건 부동산 취득가액(981,354,453원)에 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 142,204,720원, 교육세 26,070,860원, 합계 168,275,580원(가산세포함)을 1994.1.13. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 수산물가공업을 목적사업으로 하는 법인으로서 이건 부동산을 경락취득 등기하여 등록세를 납부하고 공장(붕장어가공업)으로 사용하고 있으며, 이건 부동산은 공장을 승계취득한 것으로 구 지방세법 제138조제1항제4호 및 같은법시행령 제102조제3항에서 공장을 승계취득하여 등기하는 부동산의 경우에는 등록세 중과세대상에서 제외하도록 규정하고 있음에도 이건 부동산을 대도시내의 부동산등기로 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 대도시내에서 법인설립후 5년이내에 취득등기한 부동산이 공장의 승계취득에 해당되는 경우 등록세 중과세대상에서 제외할 수 있는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다 ... ”라고 규정하고, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 ... 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라고 규정하고, 같은법시행령 제102조제2항에서 “법 제138조제1항제3호에서 ‘법인의 설립 ... 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해법인 ... 이 그 설립·설치·전입(...) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년이내에 취득하는 업무용, 비업무용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설·공장의 승계취득. 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며 ‘지점 등’이라 함은 내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구법인은 수산물가공업을 목적사업으로 1986.8.19. 설립된 법인으로서 이건 부동산을 경락취득하여 1991.3.30. 소유권 이전등기를 경료하였으므로 처분청에서 대도시내에서 법인설립후 5년이내 취득한 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세하였음은 제출된 관계증빙서류에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 법인설립후 5년이내에 이건 부동산을 취득등기하였으나, 취득 당시부터 이건 부동산은 공장으로서 공장의 기계설비 등을 포함하여 포괄적으로 승계취득하였는 바, 구 지방세법 제138조제1항제4호 및 같은법시행령 제102조제3항의 규정에서 공장의 승계취득에 따른 부동산등기의 경우에는 등록세 중과세대상에서 제외하고 있음에도 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하지만, 구 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시내에서 법인설립후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고 있으며, 여기에서 ‘일체의 부동산등기’라 함은 “공장의 신설·증설·공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며 ... ”라고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 대도시내(부산광역시)에서 취득등기한 이건 부동산이 취득할 당시부터 공장으로서 그 공장을 승계취득한 후 계속하여 공장으로 사용하고 있다 하더라도 대도시내에서 법인설립(1986.8.19.) 후 5년이내 취득(1991.2.6.)한 일체의 부동산등기(1991.3.20.)에 해당되어 등록세 중과세대상에 해당된다 하겠으며, 청구법인이 인용하고 있는 구 지방세법 제138조제1항제4호 및 같은법시행령 제102조제3항의 규정은 대도시내에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기의 경우에 적용되는 등록세 중과세규정으로서 대도시내에서의 법인설립후 5년이내 취득한 부동산등기의 경우와는 달리 보아야 하겠으므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠는 바, 처분청에서 이건 부동산을 대도시내에서 법인설립후 5년이내 취득한 일체의 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과고지한 처분은 적법하다고 판단된다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1995. 7. 26

내 무 부 장 관