가. 청구법인은 1994.10.13. 설립되어 건축설계․감리․측량 등의 건설 관련 기술용역서비스를 제공하는 법인으로 2013～2017사업연도에 경영기획본부, 경영지원부, 기획부, 비서실, 임원실, 행정지원팀(이하 “경영기획본부 등”이라 한다)에서 근무하는 직원의 인건비로 OOO원을 지출하고 청구법인의 손금으로 계상하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.9.3.～2018.10.13. 기간 동안 청구법인에 대한 일반통합조사를 실시한 결과, 경영기획본부 등에서 근무하는 직원은 청구법인 및 청구법인과 특수관계에 있는 ㈜OOO건축사사무소(이하 “OOO”이라 한다)의 업무를 공동으로 수행하였으므로 청구법인이 지출한 OOO원(이하 “공동인건비”라 한다)은 청구법인과 OOO의 공동인건비에 해당한다고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 공동인건비를 청구법인과 OOO의 당해 사업연도 매출액 비율로 안분하여 청구법인이 초과부담한 인건비를 손금불산입하여 2018.12.5. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO원을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 수주업무를 담당한 경영지원본부 및 경영지원부 소속 직원에게 지급한 인건비 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)은 공동인건비에서 제외되어야 한다.

(가) 청구법인의 경영지원본부 및 경영지원부(이하 “쟁점부서”라 한다) 소속 직원들은 청구법인의 수주 관련 업무만을 담당하였을 뿐 OOO의 수주업무에는 관여한 바가 전혀 없고, 청구법인과 OOO은 업무상 시너지를 얻기 위하여 청구법인의 일부 부서(임원실, 기획부, 행정지원팀 등)의 직원들이 OOO의 업무까지 일부 수행하였으나, OOO은 별도의 수주업무만을 담당하는 경영지원부를 두고 있었고, OOO의 연말정산내역을 보면 해당 부서에 직원들이 근무하였다는 사실이 나타난다.

따라서, 청구법인에서 수주업무를 담당한 쟁점부서 소속 직원들은OOO의 수주업무에는 관여한 사실이 없으므로 쟁점인건비를 공동인건비로 보아 당해 사업연도의 매출액비율로 안분한 금액을 청구법인 몫의 인건비로 볼 것이 아니라 쟁점인건비 전액을 청구법인의 손금으로 인정해야 한다.

(나) 처분청은 청구법인과 OOO의 매출처들이 유사하므로 청구법인이 OOO의 수주활동까지 하였다고 보았으나, 다음과 같은 점에서 OOO의 매출액 중 상당 부분은 청구법인과 연관이 없다.

1) OOO이 수행하는 사업 중 공공하수처리시설 관리대행용역은 이미 완공된 공공하수처리시설의 운영을 위탁받아 관리용역을 제공하는 사업으로, 청구법인이 시설물의 건설이 완공되기 전 단계에서 제공하는 설계․감리용역과 전혀 별개의 업무이고, OOO의 공공기관에 대한 위탁관리대행용역 매출액은 OOO의 총 매출액 중 OOO를 점유하여 가장 높은 매출비중을 차지하고 있으며, 다음으로 매출비중이 높은 사업은 OOO의 본점 소재지가 위치한 OOO의 공공기관이 발주하는 용역을 수주하여 발생하는 매출로 OOO의 총 매출비중의 OOO를 점유하며, 청구법인과 관계없는 민간기업에서 수주한 매출비중 역시 OOO를 차지한다.

따라서, OOO의 총 매출비중 중 OOO(아래 ＜표1＞ 참고)가 청구법인과는 관계가 없는 매출이므로 OOO은 청구법인과 별개의 수주활동을 한 것으로 보아야 한다.

＜표1＞ OOO의 사업부문별 매출비중

2) 처분청은 청구법인과 OOO 모두 OOO, ㈜OOO, OOO 등 공통 매출처에 대한 매출이 있다는 사실을 공동수주 활동의 근거로 들고 있으나, 최근 5개 사업연도 동안 해당 매출처에서 발생한 청구법인의 매출액은 아래 ＜표2＞와 같이 OOO의 매출액 대비 OOO에 불과하다.

＜표2＞ OOO․청구법인의 공통 매출처에서 발생한 매출액 비교

(2) 처분청은 공동인건비를 청구법인과 OOO의 당해 사업연도 매출액 비율로 안분하여 청구법인 몫의 인건비를 계산하였으나, 「법인세법 시행령」 제48조 제1항 제2호 가목에 따라 직전 사업연도의 매출액 비율을 기준으로 공동인건비를 청구법인과 OOO에게 안분해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사시 청구법인과 OOO은 OOO의 사무실을 공동으로 사용하면서 조직을 통합하여 운영하였고, 해당 법인들의 임직원들이 같은 사무실에 근무하면서 업무를 처리하였음을 확인하였다.

(가) 청구법인과 OOO의 수주활동은 유기적으로 연관되어 있는바, 청구법인에서 수주업무를 담당한 쟁점부서 직원의 인건비는 OOO과의 공동인건비에 해당한다.

1) OOO의 주된 매출이 발생하는 사업인 공공하수처리시설 관리대행용역은 청구법인이 공공기관에게 제공하는 공공하수처리시설의 설계 및 감리용역과 유기적으로 연결되어 있고, 청구법인은 공공기관으로부터 공공하수처리시설 감리용역을 수주하여 용역을 제공하는 과정에서 획득한 신뢰관계를 활용하여 OOO이 공공하수처리시설 관리대행용역을 수주할 수 있도록 도와주고 있으며, 청구법인 및 OOO이 발행한 매출전표를 비교하면 청구법인이 감리용역을 제공한 매출처에게 OOO이 완공된 시설에 대한 위탁관리 용역을 제공하고 있음을 알 수 있다.

2) OOO의 2013～2017사업연도의 수입금액 OOO원은 청구법인과 연관된 수입금액으로 OOO의 총 매출 중 OOO는 청구법인과 공통된 매출처에 용역을 공급하고 획득한 것이다.

(나) 청구법인이 세무조사시 제출한 청구법인 및 OOO의 통합조직도 및 “OOO 사무실 통합근무자 명단”(2016.12.19. 기준)에 따르면 양 법인들의 임직원들이 같은 사무실에 유기적으로 배치되어 있음을 알 수 있다.

1) 처분청은 청구법인의 인건비에 대하여 공동인건비 해당 여부 판정시 청구법인의 소명내용을 충분히 반영하여 OOO에 별도의 부서가 존재하고 해당 부서의 근무 인원이 충분한 경우 그 기능과 관련된 청구법인 부서의 인건비를 공동인건비에서 제외하였다.

2) 청구법인은 세무조사 당시 청구법인의 직원별로 OOO 업무의 겸직여부를 파악하여 조사청에 제출하였으며 수주업무와 관련된 직원들의 인건비 역시 안분대상 공동인건비에 해당한다는 사실을 인정하였다.

(다) OOO의 본점 소재지인 OOO에서 발생한 매출이라는 이유만으로 청구법인과 별개의 수주활동에서 발생한 매출이라고 보기는 어렵다.

1) 청구법인은 OOO의 공공기관으로부터 설계용역을 수주받아 용역을 제공하는 과정에서 쌓은 신뢰관계를 활용하여 OOO이 해당 지방자치단체들로부터 다른 설계․감리용역들을 수주할 수 있도록 도와준 것으로 보인다.

2) 청구법인은 지방자치단체의 공사 및 용역 지역 할당제에 따라 공동수주한 용역을 OOO에 본사를 둔 OOO이 하도록 밀어줌으로써 OOO의 매출 중 상당 부분이 OOO에서 발생한 것으로 보이는바 단순히 OOO의 매출이라고 하여 OOO의 수주활동에 따라 발생한 매출이라고 단정하기는 어렵다.

(라) OOO은 독자적인 수주활동을 영위했다고 인정할 만한 수주조직이나 수주인력을 갖고 있지 아니하다.

1) OOO의 수주조직은 확인되지 않고, 수주인력이라고 주장하는 직원들이 실제 수주업무를 담당하고 있다는 증거자료가 없다.

2) 청구법인은 이 건 심판청구시 OOO의 수주업무를 담당하는 경영지원부 부서에 2016년 기준 9명의 직원이 근무하였다고 주장하며 해당 직원들에 대한 연말정산자료를 제출하였으나, 해당 자료는 세무조사시 제출되지 아니한 자료이고 OOO의 조직도를 바탕으로 해당 자료에 언급된 직원의 근무처를 확인해 본 결과 경영지원본부가 아닌 다른 부서에서 근무한 것으로 나타났다.

또한, 청구법인이 세무조사시 제출된 OOO의 근무자명단에는 경영지원부 직원이 1명에 불과하고, OOO의 매출액은 청구법인 대비 OOO에 불과한데 OOO의 수주업무를 담당하는 직원 수가 청구법인과 동일한 9명이라는 청구주장을 신뢰하기는 어렵다.

(2) 청구법인은 세무조사시 당해 사업연도 매출액을 기준으로 공동인건비를 배분하기로 합의하였다가 이 건 심판청구시 직전 사업연도의 매출액을 기준으로 공동인건비를 배분해 줄 것을 요청하였으나, 처분청은 청구법인의 요청내용을 받아들여 아래 ＜표3＞과 같이 공동인건비를 직전 사업연도 매출액 비율대로 안분계산하여 직권경정할 예정이다.

＜표3＞ 공동경비 손금불산입 경정대상 금액

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 처분청이 청구법인과 OOO의 공동인건비라고 본 비용 중 일부는 청구법인의 수주업무와만 연관된 직원의 인건비이므로 전액을 청구법인의 손금으로 인정해야 한다는 청구주장의 당부

② 처분청에서 공동경비를 청구법인과 OOO에 안분하는 기준으로 당해 사업연도 매출액 비율을 사용하였으나,「법인세법」에 따라 직전 사업연도 매출액 비율로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 법인세법 시행령

제48조(공동경비의 손금불산입) ① 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

가. 비출자공동사업자 사이에 제2조 제5항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

나. 가목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제25조(매출액과 총자산가액의 범위등) ② 영 제48조 제1항 제2호 가목 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 손비"와 "기획재정부령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 구분에 따른 손비와 기준을 말한다.

1. 공동행사비 등 참석인원의 수에 비례하여 지출되는 손비 : 참석인원비율

2. 공동구매비 등 구매금액에 비례하여 지출되는 손비 : 구매금액비율

3. 공동광고선전비

가. 국외 공동광고선전비 : 수출금액(대행수출금액은 제외하며, 특정 제품에 대한 광고선전의 경우에는 해당 제품의 수출금액을 말한다)

나. 국내 공동광고선전비 : 기업회계기준에 따른 매출액 중 국내의 매출액(특정 제품에 대한 광고선전의 경우에는 해당 제품의 매출액을 말하며, 주로 최종 소비자용 재화나 용역을 공급하는 법인의 경우에는 그 매출액의 2배에 상당하는 금액 이하로 할 수 있다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에서 조회되는 청구법인과 OOO의 사업자등록내역은 아래 ＜표4＞와 같고, 해당 법인들이 상호 특수관계법인에 해당한다는 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 이견이 없으며, 주주별 지분보유현황은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표4＞ 청구법인․OOO의 사업자등록내역

＜표5＞ 청구법인․OOO의 주주별 지분보유현황(2018사업연도말)

(2) 청구법인 및 OOO의 2013～2017사업연도 수입금액 발생내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 청구법인․OOO의 2013～2017사업연도 수입금액

(3) 처분청은 청구법인의 공동인건비를 아래 ＜표7＞과 같이 청구법인에게 안분하여 청구법인의 손금에서 부인하여 법인세를 과세하였다.

＜표7＞ 처분청의 공동인건비 부인내역

(4) 처분청이 제출한 이 건 심판청구 관련 입증자료는 다음과 같다.

(가) 처분청은 당초 세무조사시 청구법인이 처분청의 공동인건비 배분내역에 동의하였다는 의견으로 청구법인이 작성(2018.9.21.)한 확인서를 제출하였다.

(나) 처분청은 청구법인이 세무조사 당시 제출한 청구법인과 OOO의 통합조직도 및 통합근무자 명단을 아래와 같이 제출하였다.

(다) 처분청이 제출한 청구법인 및 OOO의 매출전표를 보면 청구법인과 OOO은 유사한 시기에 동일 매출처에 대한 매출이 발생한 것으로 나타난다.

(라) 처분청은 청구법인과 OOO이 공동수주한 용역을 OOO 조례에 따라 본점의 소재지가 OOO인 OOO이 수행하였다는 의견으로 OOO 조례를 증빙으로 제시하였다.

＜참고＞ 건설산업 수주 관련 OOO 조례

(마) 처분청은 세무조사 당시 청구법인이 제출한 OOO의 부서별 근무자명단을 제출하였다.

(바) 처분청은 청구법인이 이 건 심판청구시 제출한 OOO의 경영지원부에 근무하는 직원들의 실제 근무부서는 경영지원부서가 아니라는 의견으로 아래 ＜표8＞과 같이 해당 직원들의 근무부서를 제출(2016사업연도 기준)하였다.

＜표8＞ OOO 경영지원부 직원의 실제 근무부서

(5) 청구법인이 이 건 심판청구시 제출한 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 공동인건비 관련 각 부서별 인건비 지출내역은 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표9＞ 청구법인의 부서별 공동인건비 지출내역

(나) 청구법인이 제출한 OOO의 2013～2016사업연도 연말정산내역서상 경영지원부 직원에 대한 급여지출 내역은 아래 ＜표10＞과 같다.

＜표10＞ OOO의 경영지원부 직원에 대한 급여지출 내역

(6) 청구법인은 2019.5.8. 항변서를 제출하였는데, 항변서의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO의 수주업무 담당 직원은 본점소재지인 OOO사무실에서 근무한 3명, OOO사무소에서 근무한 1명, 기타 경영기획본부에서 근무한 5명 등 9명이고, OOO은 신설법인으로 수주인력이 많을 수밖에 없는바 청구법인의 수주 담당 직원 수와 단순 비교하여 많다고 보기는 어렵다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법 시행령」제48조 제1항에서 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 하고 있다.

청구법인은 수주업무를 담당한 직원의 인건비는 OOO과의 공동경비에서 제외하여 전액을 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구법인과 OOO은 특수관계법인으로 영위하는 업종이 건설설계 및 감리용역 제공 등으로 상호 유사하고, 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인이 제출한 통합조직도 및 통합근무자 명단을 보면 청구법인과 OOO은 조직 및 인력을 통합하여 운영한 것으로 보이는 점, 처분청이 제시한 OOO의 매출처 분석자료를 보면 청구법인은 공공하수처리시설에 대한 설계 및 감리용역을 제공하였고, OOO은 시설 완공 이후 해당 매출처에 위탁관리운영용역을 제공한 것으로 보이는 점, 처분청이 제시한 청구법인과 OOO의 매출전표를 비교하면 유사한 시기에 동일 매출처에 대한 매출이 발생한 점, 청구법인은 이 건 심판청구시 OOO의 수주업무를 담당하는 경영지원부에 근무하는 직원들의 연말정산내역을 제출하였으나, 처분청은 해당 직원들이 실제 경영지원부에 근무하지 않았다는 의견으로 해당 인원들의 실제 근무부서를 기재하여 청구주장을 반박하였고 그 외에 청구법인이 제출한 증빙만으로는 OOO에서 독자적인 수주활동을 영위했다고 인정할 만한 조직이나 인력을 갖고 있다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 청구법인과 OOO의 공동경비에 해당한다고 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 「법인세법 시행령」 제48조 제1항 제2호 가목에서 공동 경비를 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액 총액 중 법인이 선택하는 금액으로 배분하되, 선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보도록 하고 있다.

청구법인은 이 건 심판청구시 공동인건비를 청구법인과 OOO의 직전 사업연도의 매출액 비율을 기준으로 배분해야 한다고 주장하고 있고, 처분청도 청구주장을 수용하여 직전 사업연도 해당 법인들의 매출액을 기준으로 공동인건비를 배분하여 청구법인의 2013～2017사업연도 사업소득금액을 경정할 예정이라고 답변한 점 등에 비추어 공동인건비를 직전 사업연도의 매출액 비율을 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.