가. 청구법인은 2004.7.7. 설립되어 디스플레이용 반도체 칩의 제조․판매업을 영위하는 법인사업자이다.

청구법인은 2013사업연도 이전에는 「조세특례제한법」상의 각종 세액공제 및 외국인투자감면을 적용하여 산출한 법인세액의 10%를 법인지방소득세로 신고하였고, 그 이후에는 연구인력개발비세액공제 등의 이월세액공제 및 외국인투자감면을 적용하지 아니하여 산출한 법인지방소득세를 신고하였다.

나. 이후 청구법인은 2014.1.1. 개정된 「지방세법」(법률 제12153호로, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”이라 한다) 등에 따라 2014사업연도 이후에도 위 개정 전의 「지방세법」제89조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)이 계속하여 적용된다고 보아 「조세특례제한법」상의 이월세액공제 및 외국인투자감면을 적용하여 2020.4.29. 아래 ＜표＞와 같이 2014〜2018사업연도 법인지방소득세에 대한 경정청구를 제기하였으나, 처분청들은 2020.6.10.～2020.6.22.의 기간 중에 위 경정청구를 거부하였다.

＜표＞ 경정청구 및 심판청구 내역

(단위 : 원)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.7. 및 2020.9.8. 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 그 내용 중 “종전의 규정”에는 「지방세법」뿐만이 아니라 「법인세법」과 「조세특례제한법」의 제반규정이 모두 포함된다고 해석하는 것이 타당하다.

따라서 2013사업연도 이전에 발생하였으나 세액공제를 받지 못한 이월공제세액은 2014사업연도 이후의 법인지방소득세 산정시 공제세액으로 반영되어야 하고, 2004.10.14. 외국인투자감면의 결정을 받아 법인세 신고시 적용된 외국인투자감면도 2014사업연도의 법인지방소득세 산정에 반영되어야 한다.

나. 처분청 의견

개정 지방세법에는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 세액감면에 관한 규정이 없고, 일반적 경과조치에서 언급한 종전 규정은 개정 지방세법이 시행될 당시에 이미 부과되었거나 감면이 종료된 경우 또는 감면의 요건이 완성된 경우를 가리키는 것으로 해석하는 것이 타당하다.

따라서 2014사업연도 이후에 법인지방소득세를 산정할 때에는 「조세특례제한법」상의 이월세액공제 및 외국인투자감면을 적용하지 아니하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도분 법인지방소득세 산정시 「조세특례제한법」상 이월세액공제 및 외국인투자감면을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 경정청구서에 따르면, 청구법인은 법인지방소득세를 산정함에 있어 2013사업연도 이전에 발생하였으나 최저한세 등의 적용에 따라 공제되지 아니한 이월공제세액 합계액 OOO2014～2018사업연도분에, 외국인투자감면 OOO2014사업연도분에 반영하여 달라고 경정청구한 것으로 나타난다.

(나) 2014.1.1. 개정된「지방세특례제한법」은 개인지방소득세에 대한 이월세액공제나 감면을 적용하는 규정을 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니한 것으로 나타난다.

(다) 개정 「지방세법」의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.

(라) 개정 지방세법에 대한 국회 행정안전위원회 전문위원의 검토보고서에는 아래의 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 그 내용 중 “종전의 규정”에는 「법인세법」과 「조세특례제한법」의 제반규정이 모두 포함된다고 해석하는 것이 타당하다고 주장한다.

(나) 그러나 아래의 내용을 감안하면, 2014사업연도 이후분 법인지방소득세를 산정함에 있어 「조세특례제한법」상 이월세액공제 및 외국인투자감면은 적용되지 아니한다고 봄이 타당하다 할 것이다.

1) 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미친다 할 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기는 어렵다.

2) 「지방세법」이 2014.1.1. 개정됨에 따라 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 징수하고 있던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었으므로 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정 지방세법에서 규정한 과세체계를 적용하여야 한다.

3) 「지방세법」제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 「지방세특례제한법」에서는 개인지방소득세의 경우와 달리 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정을 별도로 두고 있지 아니하다.

(다) 따라서 처분청들이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다.(후문 생략)

부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것)

제153조(외국인투자에 대한 개인지방소득세 등의 감면) [본조신설 2014.1.1] ① 「조세특례제한법」제121조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 개인지방소득세를 각각 감면한다.

제174조(세액공제액의 이월공제) ① 제99조, 제102조, 제103조, 제104조제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제99조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[사업소득(「조세특례제한법」 제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 개인지방소득세만 해당한다] 에서 공제한다.

제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 「외국인투자 촉진법」 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업(각 목 이하 생략)

제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.