가. 청구인은 OOO에 위치한 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 운영하는 개인사업자이다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.6.18.∼2019.7.29. 기간 동안 청구인에 대해 2012～2015년을 조사대상기간으로 하여 증여세 자금출처조사를 한 결과, 쟁점사업장의 사업용계좌(이하 “쟁점계좌”라 한다)에 입금된 금액이 쟁점사업장의 수입금액 신고내역보다 더 큰 사실을 확인하고, 출처가 소명되지 아니하는 금액에 대해 청구인이 쟁점사업장의 현금매출을 누락한 혐의가 있는 것으로 보아 자금출처조사를 중단한 후, 청구인을 개인사업자 통합조사 대상자로 선정하였다.

다. 조사청은 남은 기간(2019.7.23.∼2019.7.29.) 청구인에 대해 2014∼2015년을 조사대상기간으로 하여 통합조사를 실시한 결과, 쟁점계좌에 입금된 금액 중 합계 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 매출누락한 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 ＜표1＞과 같이 청구인에게 2014∼2015년 귀속 종합소득세 합계 OOO 및 2014년 제2기∼2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO을 경정․고지하였다.

OOO

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.1.28. 및 2020.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 세무조사 전환통지 전에 증여세 자금출처조사가 아닌 일반통합조사로 조사범위를 임의로 확대하여 조사를 진행한 것은 「국세기본법」 제81조의9를 위반한 절차상 중대한 하자에 해당한다.

(가) 조사청은 2019.6.18.부터 2019.7.10.까지 증여세를 조사하면서 2019.7.23. 개인사업자 통합조사로 조사범위를 확대하였는데, 조사청은 세무조사 전환통지전인 2019.6.26. 증여세 조사와 관련 없는 자료를 제출하도록 요구하였고, 이미 수집한 금융자료로 쟁점계좌의 현금입금액을 산출하여 조사하였다.

당초 증여세를 조사하는 것이 목적이었으면 쟁점금액에 대해 누구에게서 증여를 받았는지 등 증여세를 조사하여야 함에도 쟁점계좌의 입금액을 조사하고, 이에 대한 소명을 요구하는 것은 증여세 조사가 아닌 개인통합조사이다.

(나) 2019.6.26. 이전에는 “신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당하지 않음에도 조사청이 조사진행 중에 세무조사의 범위를 확대하는 것은 「국세기본법」 제81조의9를 위반한 절차상 중대한 하자에 해당하므로 이 건 처분은 위법하다.

(2) 쟁점금액이 매출누락이라는 근거를 제시하지 못한 채, 사업용계좌로 입금된 금액을 매출누락이라고 주장하는 것은 부당하다.

(가) 조사청은 매출한 재화의 품목 및 공급한 시기 등 과세요건을 조사청이 입증했어야 함에도 이를 증명하지 못한 채, 쟁점계좌에 입금된 금액 전부를 사업용자금이라고 오인하여 매출누락으로 과세하였다. 청구인은 부가가치세 매출·매입을 신고하면서 매입은 재고 없이 당기에 매출한 것으로 간주하여 신고하였고, 특별한 사항이 없는 한 매출누락할 원가가 없으며, 조사청이 이에 대해 확인한 사항도 없으므로 매출누락으로 과세할 사항도 없다.

(나) 2014년도 청구인의 영업일수는 346일인데, 조사청이 현금매출 누락일로 본 날은 23일로 그 금액은 1일 평균액으로 보면 OOO이고, 2015년도 청구인의 영업일수는 347일인데, 조사청이 현금매출 누락일로 본 날은 24일이며, 1일 평균액은 OOO이나 산출된다. 조사청은 청구인이 쟁점금액을 청구인의 주소지에 보관하는 금고에 보관하였다가 1년 중 23·24일 입금하였다고 하나, 매일의 현금 매출이 누락되어 입금한 금액을 입증하여야 함에도 이를 증명하지 못하였다.

(다) 쟁점금액 중 일부OOO는 배우자 김춘화 통장에서 현금을 인출하여 쟁점계좌에 현금으로 입금한 것으로 쟁점사업장의 수입금액이 아니다. 쟁점계좌는 청구인과 청구인의 배우자가 공동으로 관리하면서 주로 배우자가 관리를 하였는바, 배우자 통장에서 현금을 인출하여 청구인의 통장에 입금하는 것은 자연스러운 일이다. 또한 청구인의 배우자는 9시부터 18시까지 근무하는 선생님으로 하루 평균 4∼5교시를 강의하면서 쟁점계좌를 관리하는 것에 무리가 없다.

(라) 쟁점금액 중 일부OOO는 청구인의 장인 OOO가 채무를 변제한 금액으로 쟁점사업장의 수입금액이 아니다. 청구인의 장인은 2002.5.4. 청구인에게 OOO을 차용하였고, 2010년부터 2015년까지 이를 수시로 현금변제하였으며, 청구인은 상환액을 쟁점계좌에 입금하였다. 해당 금액은 채무자의 통장 입출금내역, 차용증 및 현금수령증으로 금전대차거래임이 확인된다.

(3) 설령 쟁점금액이 매출누락이라고 하더라도 쟁점금액에는 과·면세 수입금액이 혼재되어 있으므로 이를 안분하여 공급가액을 경정하여야 한다.

1) 청구인의 면세수입 중에는 ‘비보험 약가’라는 수입금액이 있는데, ‘비보험 약가’ 수입은 의사의 처방전에 따라 약사가 조제하는 전문 약가로서, 보험처리가 되지 않으므로 환자로부터 100% 현금으로 결제받으며, 부가가치세가 면세되는 금액에 해당한다.

2) 쟁점금액을 전부 과세로 보아 부가가치세를 과세하려면 과세 근거자료가 확인되어야 하는데, 조사청이 조사한 현금 입금액은 누적 금액만 확인될 뿐, 현금의 구성요소가 과·면세로 구분되지 않으므로 쟁점금액 모두를 부가가치세 과세분이라고 할 수 없다. 따라서 쟁점금액의 부가가치세는 과·면세 공급가액이 불분명한 것으로 보아 「부가가치세법」 제29조 제8항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항에 의한 방법으로 안분계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 자금출처조사 과정에서 소명되지 아니하는 매출누락 혐의가 발견되어 개인사업자통합조사로 전환한 것이므로 조사절차의 하자가 있다는 청구주장은 타당하지 않다.

(가) 일반적으로 자금출처조사의 경우 조사대상 과세기간 전체에 대한 자금운영 내역 및 자금원천 내역에 대해 조사한다. 청구인의 주장과 같이 주식취득자금에 대하여만 조사하는 것이 아니라 금융자산(예금 및 주식 등)의 증가, 신용카드 사용내역 등 자금운영 전체에 대하여 확인, 이에 대응하는 자산양도 내역, 부채의 증가 및 신고한 소득금액을 자금원천으로 하여 폭넓게 검증한다.

(나) 청구인은 약국을 운영하는 사업자로 신고한 소득금액의 적정여부를 확인하는 과정에서 신고한 수입금액보다 쟁점계좌에 수입금액으로 추정되는 금액이 더 많이 입금되었음을 확인하였다. 또 이 금액을 원천으로 청구인의 대신증권 계좌로 OOO이 이체된 내역을 확인하였다. 이에 조사청은 쟁점계좌에 입금된 현금입금액 OOO이 수입금액이 아닌 별도 조성된 자금인지 또는 타인에게 수증하였는지 여부를 확인하고자 청구인에게 2019.7.1.을 제출기한으로 하여 자료제출 요구를 하였다. 이는 자금출처조사 중 신고한 소득금액을 지출원천으로 인정하고자 확인하는 정당한 조사과정이다.

(2) 쟁점금액을 현금매출로 본 당초 처분은 정당하다.

(가) 청구인은 쟁점계좌를 사업용계좌로 과세관청에 신고하였고, 공단부담금 등 주요 수입금액을 쟁점계좌를 통하여 수령하였으므로 쟁점계좌의 현금입금액 중 출처가 확인되지 않는 금액을 쟁점사업장의 매출누락으로 본 당초 처분은 잘못이 없다.

1) 조사청은 2014년부터 2015년까지 쟁점계좌에 현금으로 입금된 OOO에 대하여 소명요구를 하였으나, 청구인은 OOO만 소명하였고, 조사청은 소명하지 않은 OOO 및 소명한 OOO에 대한 추가 소명이 필요하여 청구인에게 출석을 요구하였으나, 건강을 이유로 출석하지 않았으며, 매출·매입에 대한 장부는 3일 정도 보관하다 폐기한다는 구두진술(문답서 작성을 거부함) 외에 추가 소명을 하지 않았다.

2) 이에 조사청은 현금입금액에서 신고한 매출액을 차감하고, 청구인이 소명한 부동산임대료, 장례부의금 및 부가가치세 등을 제외한 OOO(공급가액)을 현금매출 누락액으로 결정하였다.

3) 청구인이 신고한 재고가 일정하다거나, 수입금액으로 잡기에는 금액이 많다는 이유로 현금매출 누락이 없다는 주장은 타당하지 않다.

(나) 배우자가 인출한 현금을 쟁점계좌에 재입금하였다는 주장은 인정하기 어렵다.

1) 청구인의 배우자는 교육직공무원으로 급여를 OOO교육청으로부터 계좌이체로 받으므로 청구인의 수입금액에 배우자의 현금이 유입될 가능성은 희박하다.

2) 쟁점계좌의 현금입출금 지점은 OOO지점으로 청구인의 사업장으로부터 도보 10분 이내 거리로 매우 근접하고, 입출금 시간은 12시부터 16시까지로 근로소득이 있는 배우자가 관리하면서 입출금하였다고 보기 어려우며, 배우자가 인출한 현금(OOO 이하의 금액)을 10∼31일이 경과한 이후에 쟁점계좌로 재입금하였다고 인정하기도 어렵다.

OOO

(다) 현금입금액 중 일부가 대여금을 회수한 내역이라고 소명한 부분도 인정하기 어렵다.

청구인은 2002.5.4. 장인에게 대여한 OOO을 현금으로 받은 금액을 ＜표3＞과 같이 현금으로 회수하였다고 주장하나, 쟁점사업장의 영업일수를 346일이라고 주장하는 청구인이 평일에 OOO에 거주하는 장인을 만나서 계좌이체도 아닌 현금으로 대여금을 회수하였다는 주장은 이해하기 어렵고, 특수관계인 간에 작성한 차용증과 확인서만 제출할 뿐, 청구인과 채무자가 만났음을 인정할 수 있는 자료(고속버스 등의 교통비 내역이나, 톨게이트 영수증 등)를 요청하였으나 이를 제출하지 않았다.

OOO

(3) 쟁점금액을 비과세 수입으로 인정받기 위해서는 관련 증빙을 제출하여야 한다.

(가) 「부가가치세법」 제29조 및 같은 법 시행령 제63조에 따르면 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우 과·면세로 안분할 수 있다고 규정하고 있다.

(나) 조사청은 청구인이 신고한 부가가치세 확정신고서와 면세수입금액을 기준하여 면세수입금액을 계산하였고, 이를 초과한 현금매출 누락은 전액 과세수입으로 계산하였다.

(다) 만약 청구인이 신고하지 않은 비보험 약가 수입금액이 있다면 청구인 스스로 매출누락이 있음을 인정하는 것이고, 이에 따른 면세수입금액을 인정받기 위해서는 안분계산을 주장할 것이 아니라 비보험 약가를 입증할 수 있는 서류를 제출하여야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 세무조사 전환통지 전에 세무조사 범위를 임의로 확대하는 등의 절차상 중대한 하자가 있다는 청구주장의 당부

② 처분청이 매출누락에 대한 과세요건을 입증하지 못한 채, 사업용계좌에 입금된 금액을 매출누락으로 보는 것이 부당하다는 청구주장의 당부

③ 매출누락액은 과세수입과 면세수입이 혼재되어 있으므로 「부가가치세법 시행령」 제63조를 적용하여 공급가액을 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정된 것)

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제26534호로 개정된 것)

제63조의10(세무조사 범위의 확대) 법 제81조의9 제1항에서 “구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우

2. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우

※ 상속세 및 증여세 사무처리규정(국세청훈령 제2291호, 2019.2.1.)

제1조의2(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

11. "자금출처조사"란 거주자 또는 비거주자의 재산 취득(해외유출 포함), 채무의 상환 등에 소요된 자금과 이와 유사한 자금의 원천이 직업·연령·소득 및 재산상태 등으로 보아 본인의 자금능력에 의한 것이라고 인정하기 어려운 경우, 그 자금의 출처를 밝혀 증여세 등의 탈루여부를 확인하기 위하여 행하는 세무조사를 말한다.

(3) 부가가치세법(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정된 것)

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(4) 부가가치세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정된 것)

제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위) 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

4. 「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역

제63조(과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제8항에 따른 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 공급가액이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액으로 계산한다.

(5) 약사법(2014.3.18. 법률 제12450호로 개정된 것)

제23조(의약품 조제) ① 약사 및 한약사가 아니면 의약품을 조제할 수 없으며, 약사 및 한약사는 각각 면허 범위에서 의약품을 조제하여야 한다.

③ 의사 또는 치과의사는 전문의약품과 일반의약품을 처방할 수 있고, 약사는 의사 또는 치과의사의 처방전에 따라 전문의약품과 일반의약품을 조제하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 의사 또는 치과의사의 처방전 없이 조제할 수 있다.

1. 의료기관이 없는 지역에서 조제하는 경우

2. 재해가 발생하여 사실상 의료기관이 없게 되어 재해 구호를 위하여 조제하는 경우

3. 감염병이 집단으로 발생하거나 발생할 우려가 있다고 보건복지부장관이 인정하여 경구용(經口用) 감염병 예방접종약을 판매하는 경우

4. 사회봉사 활동을 위하여 조제하는 경우

제29조(처방전의 보존) 약사 또는 한약사가 약국에서 조제한 처방전은 조제한 날부터 2년 동안 보존하여야 한다.

제30조(조제기록부) ① 약사는 약국에서 의약품을 조제(제23조 제3항 각 호 외의 부분 단서 및 각 호에 따라 처방전 없이 조제하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하면 환자의 인적 사항, 조제 연월일, 처방 약품명과 일수, 조제 내용 및 복약지도 내용, 그 밖에 보건복지부령으로 정하는 사항을 조제기록부(전자문서로 작성한 것을 포함한다)에 적어 5년 동안 보존하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 세무조사와 관련된 경과내용은 다음과 같다.

OOO

(가) 처분청은 2019.5.27. 청구인에게 ‘세무조사 사전통지서’를 발송하였고, 해당 통지서에는 2012.1.1.∼2015.12.31.를 과세대상기간으로, 2019.6.18.∼2019.7.29. 기간을 조사기간으로 하여 증여세 조사를 실시하는 것으로 기재되어 있다.

(나) 청구인이 2019.6.18. 확인한 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서’에 의하면 2019.6.18.부터 2019.7.10.까지 ‘자금출처조사’를 실시한다는 내용이 기재되어 있다.

(다) 처분청이 발송한 ‘일반조사 전환안내 통지서’에 의하면 “귀하의 자금출처 조사와 관련하여 요청한 소명자료를 기한내 제출하지 않는 등 간편조사가 적당하지 않다고 판단되어 세무조사 관리지침에 따라 2019.7.2.자로 일반조사로 전환하였음을 알림”이라는 내용이 기재되어 있다.

(라) 조사청은 2019.7.23. 세무조사 재개통지서를 발송하였는데, ‘2019.7.4.∼2019.7.27. 조사가 중지되었으나, 2019.7.23. 조사를 재개한다’는 내용과 재개사유에는 ‘관련인(청구인) 개인통합조사 동시착수’라고 기재되어 있다.

(마) 청구인이 2019.7.23. 확인한 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서’에 의하면 2019.7.23.부터 2019.7.29.까지 ‘개인통합조사’를 실시한다는 내용이 기재되어 있다.

(바) 조사청이 제출한 ‘세무조사 통지서’에 의하면 2014.1.1.∼2015.12.31.를 과세대상기간, 2019.7.23.∼2019.7.29. 기간을 조사기간으로 하여 통합조사를 실시하는 것으로 기재되어 있다.

(2) 조사청이 제출한 자료에 의하면, 청구인이 신고한 소득금액의 적정여부를 확인하는 과정에서 ＜표5＞와 같이 신고한 수입금액보다 쟁점계좌에 더 많은 금액이 입금되어 쟁점계좌 현금입금액 OOO이 수입금액이 아닌 별도로 조성된 자금인지 여부 등을 확인하기 위해 아래와 같이 자료제출 요구를 한 것으로 나타난다.

OOO

(3) 조사청의 경정내역 등은 다음과 같다.

(가) 조사청은 쟁점계좌 입금액을 ＜표6＞과 같이 구분하였고, ＜표6＞의 ‘1·2·3금액’은 신고내역을 시인하고 ‘4.금액(현금)’을 매출누락 혐의 대상금액으로 보았으며, 매출누락 혐의 대상금액에서 현금매출 신고내역을 차감하여 ＜표7＞과 같이 매출누락액을 산정하였다.

OOO

(나) 청구인이 신고한 면세매출금액은 ＜표8＞과 같이 공단부담금 및 본인부담금으로 구분되어 있고, 앞서 기재한 바와 같이 해당 신고내역은 그 금액이 인정되었으며, 조사청이 매출누락으로 과세한 금액은 전부 과세매출로 구분되었다.

OOO

(다) 이 건 경정내역은 ＜표9＞ 및 ＜표10＞과 같다.

OOO

(4) 청구인이 과세전적부심사청구 및 이 건 심판청구시 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인은 추석과 음력설의 공휴일, 매주 일요일을 제외하고는 매일 영업을 하였고, 현금을 보관하던 금고를 사용하였는데, 조사청은 아래와 같이 현금입금일(2014년은 23일, 2015년은 24일)을 매출누락일로 보는 것이 타당하지 않다고 주장한다.

OOO

(나) 청구인은 배우자 OOO의 통장에서 현금으로 인출한 금액을 쟁점계좌에 현금으로 입금하였다며 입출금 내역을 제출하였고, 배우자 통장 출금 및 쟁점계좌 입금 비교내역은 위 ＜표2＞와 같다.

OOO

(다) 청구인은 장인 OOO에게 2002.5.4. OOO을 대여해주고, 2010년부터 수시로 상환받았다며 OOO의 확인서, 차용증, 현금 수령증, 2002년 현금출금액 등을 제시하였다.

1) 청구인과 OOO가 2002.5.4. 작성한 차용증에는 채권자는 청구인, 채무자는 OOO, 원금은OOO, 이자는 연 5%, 원금변제는 ‘2010년 이후 수시로 변제’한다고 기재되어 있다.

2) 청구인 명의의 금융계좌에는 2002.5.3. OOO이 현금으로 출금된 것이 나타나고, 청구인이 제출한 현금 수령증과 OOO의 통장 인출내역을 요약하면 ＜표11＞과 같이 나타난다.

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구인은 세무조사 전환통지 전에 자금출처조사가 아닌 통합조사로 조사범위를 임의확대하여 조사를 진행하였고, 세무조사 전환통지 전에는 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 명백한 자료가 없었으므로 조사범위를 확대하는 것은 「국세기본법」 제81조의9를 위반한 절차상의 하자라고 주장하나, 조사청이 자금출처조사시 요청하고 수집한 자료들은 자금의 원천을 밝히는 과정에서 사업용계좌의 입금액이 본인의 소득에 의한 것인지 여부를 확인하기 위해 수집할 수 있는 범위 내의 자료에 해당하는 것으로 보이는 점, 조사청은 사업용계좌에 대한 금융자료와 기 신고된 부가가치세 등의 자료를 분석하여 현금매출누락 혐의를 확인하였고, 청구인에게 이에 대한 소명을 요청하였으나, 객관적인 소명이 없었던 것으로 나타나는바, 다른 세목에 대한 구체적인 세금탈루 증거가 확인되어 다른 세목에 대한 조사가 필요하여 통합조사를 실시한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 절차상 하자가 있다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2016중1490, 2016.11.8., 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당하고, 그것이 신고에서 누락된 금액이라는 과세요건사실은 과세관청이 증명하여야 하는 것이 원칙이나, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당한다는 것은 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나 이를 인정할 만한 간접적인 사실을 밝히는 방법으로도 증명할 수 있다. 이 경우 그와 같이 추정할 수 있는지 여부는 해당 금융기관 계좌가 과세 대상 매출이나 수입에 관한 주된 입금·관리계좌로 사용되었는지, 입금 일자나 상대방 및 금액 등에 비추어 매출이나 수입에 해당하는 외형을 가지고 있는지, 그 계좌의 거래 중에서 매출이나 수입 관련 거래가 차지하는 비중, 반대로 매출이나 수입이 아닌 다른 용도의 자금이 혼입될 가능성 및 그 정도 등 해당 금융기관 계좌에 입금된 금액에 관한 여러 사정들을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2015.6.3. 선고 2012두7776 판결).

조사청은 쟁점계좌에 입금된 현금액과 청구인이 신고한 부가가치세 등의 신고내역을 바탕으로 현금매출액을 산정하였는데, 쟁점계좌는 청구인이 과세관청에 신고한 사업용계좌로 공단부담금 및 신용카드결제금액 등 주된 입금 관리계좌로 쟁점계좌에 입금된 금액은 쟁점사업장의 수입으로 추정되는 점, 청구인이 제시한 배우자의 출금내역이나 장인의 대여금 변제액도 쟁점계좌에 입금된 일자 및 시간, 출금일로부터 입금일까지의 기간, 출금액과 입금액의 금액차이 등으로 볼 때 제시된 자료만을 근거로 수입과 무관한 개인적인 입금액으로 인정하기 어려워 보이고, 그 외 매출누락이 아님을 인정할 만한 특별한 사정이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 사업용계좌에 입금된 쟁점금액을 매출누락한 것으로 보아 이 건 종합소득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

청구인은 과·면세 공급가액의 구분이 불분명하므로 이를 「부가가치세법」 제29조 제8항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항에 따라 안분하여 경정하여야 한다고 주장하나, 해당 조항은 사업자가 과세사업과 면세사업에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우 해당 재화를 공급가액 비율로 안분한다는 규정이므로 쟁점사업장의 현금매출 누락액은 위 안분규정을 적용할 대상으로 보이지 아니하는 점, 현금매출 누락액 중 면세 공급가액이 있는 경우, 이를 주장하는 청구인이 처방전 또는 조제기록부 등을 통해 해당 금액이 「부가가치세법」상 면세에 해당한다는 내용을 입증하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 매출누락액을 「부가가치세법 시행령」 제63조의 규정을 적용하여 안분하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.