가.청구법인은 OOO 외 7필지 토지 2,687㎡ 및 그 지상의 근린생활시설 704.46㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2011.7.11. 김OOO에게 OOO원에 양도하고, 2011.7.15. 폐업하였으며, 쟁점부동산의 건물분 관련 세금계산서는 청구법인이 폐업되어 공인인증서를 발급받을 수 없다는 이유로 전자세금계산서가 아닌 종이세금계산서로 공급시기를 2011.7.11.로 하여 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산 양도에 따른 건물분 세금계산서를 청구법인이 전자세금계산서로 발행하여야 함에도 전자세금계산서를 발급하지 않았다고 하여, 2012.9.14. 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세(가산세) OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점부동산 양도과정에서 국세청에 사업의 포괄적 양도양수에 해당하는지 세법해석 사전답변 신청서를 2011.7.8. 제출하여 2011.8.10. 이에 해당하지 않는다는 답변서를 국세청으로부터 받고, 쟁점부동산 건물분에 대하여 전자세금계산서를 발행하려고 하였으나, 청구법인이 이미 폐업되어 전자세금계산서용 공인인증서가 발급되지 않아 전자세금계산서를 발급할 수 없어 부득이하게 종이세금계산서를 발행하였다.

청구법인은 고의로 전자세금계산서를 발행하지 않은 것이 아니라 공인인증서라는 시스템적인 문제로 전자세금계산서를 발행하지 못하였는바, 이 건 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2011.7.11. 쟁점부동산 양도, 2011.7.15. 폐업신고, 2011.8.10. 종이세금계산서를 발행하였음이 확인되는바, 청구법인은 세금계산서 발행시기인 2011.7.11.에 정상적으로 세금계산서를 발행하지 않고, 폐업일 이후에 종이세금계산서를 발행하였으므로 세금계산서 관련 가산세를 고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

전자세금계산서가 아닌 종이세금계산서를 발급하였다고 하여 부가가치세(가산세)를 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산 매매계약서의 주요내용은 아래 <표1>과 같다.

<표1> OOOOO OOOO

(2) 쟁점부동산 등기부등본에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산을 2004.2.2.(또는 2003.3.14.) 취득하였으며, 2011.7.11.(등기접수일) 양도한 것으로 나타난다.

(3) 국세청통합전산망(TIS)에 의하면, 청구법인의 사업자등록현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> OOOOO OO

(4)청구법인의 본점인 주식회사 OOO는 2011.7.8. 국세청에 쟁점부동산의 매매계약서상에는 양수인의 부동산 취득 목적이 부동산임대업으로 확인되나, 쟁점부동산이 공가인 상태이고, 종업원(종업원 없음), 채무(원화대출금 OOO원과 엔화대출금 OOO엔)에 대한 내용이 없는 경우 「부가가치세법」제6조 제6항 제2호의 규정에 의한 사업의 양도에 해당하는지에 대하여 세법해석 사전답변을 신청하였고, 이에 국세청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하면서 임차인 및 담보채무 등을 제외하고 부동산을 양도하는 경우에는 「부가가치세법」제6조 제6항 제2호의 규정에 의한 사업의 양도에 해당하지 않는다고 2011.8.10.답변을 한 것으로 나타난다.

(5) 위와 같은 국세청의 회신에 따라 청구법인은 쟁점부동산의 건물분에 대한 공급시기를 2011.7.11.로 하여 공급가액 OOO원의 종이세금계산서를 2011.8.10. 매수인에게 발급한 것으로 나타난다.

(6) 국세청통합전산망(TIS)에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산 건물분 세금계산서에 대하여 부가가치세를 신고납부하였고, 쟁점부동산을 취득한 김OOO도 해당 매입세액을 공제받은 것으로 나타난다.

(8) 국세청에 문의한바, 전자세금계산서는 사업자가 세무서에 등록한 공인인증서와 보안카드에 의하여 발급이 가능하나, 폐업일 이후에는 발급이 불가능한 것으로 확인된다.

(9) 「부가가치세법」제16조(세금계산서) 제2항 및 제3항에는 법인사업자는 전자세금계산서를 발급하여야 하고, 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제22조(가산세) 제3항에는 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다고 규정하고, 「국세기본법」제48조(가산세 감면 등)에는 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 2004두930, 2005.11.25 같은 뜻).

(10)위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 양도가「부가가치세법」상 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 포괄적 양도에 해당하는지 여부가 불분명하여 쟁점부동산을 양도하기 전인 2011.7.8. 국세청에 세법해석 사전답변신청을 하였으나, 국세청은 쟁점부동산이 양도되고 청구법인이 폐업한 이후인 2011.8.10.에야 청구법인에게 사업의 포괄적 양도에 해당하지 않는다고 회신함에 따라 쟁점부동산의 양도가 세금계산서 발행대상인지를 확신할 수 없었을 것으로 보여 폐업일(2011.7.15.) 이전에 전자세금계산서를 발행·전송하는 것이 어려웠을 것으로 보이는 점, 쟁점부동산이 매매계약에 따라 양도되는 경우 부동산임대사업장이 없으므로 임대사업자인 청구법인의 존속이유가 없었던 점에 비추어 폐업에 고의성이 있다고 보기 어렵고, 폐업일 이후에는 전자세금계산서를 발행할 수 없는 점, 국세청으로부터 쟁점부동산의 양도가 포괄적 사업의 양도에 해당되지 않는다는 회신을 받고 즉시 종이세금계산서를 발급하였으며 이에 따라 양도자인 청구법인과 양수자가 모두 정상적인 제세신고를 한 점, 청구법인이 폐업함에 따라 공인인증서를 발급받지 못하여 종이세금계산서를 작성·교부하였으나, 「부가가치세법 시행령」제54조 제1항 제3호에 따라 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 발급하였던 점 등의 특별한 사정에 비추어 볼 때, 청구법인이 전자세금계산서를 발급하지 못한데 있어 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로, 처분청이 부가가치세(전자세금계산서미발급가산세)를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.