가. 청구법인은 의료법인으로서 2009.2.20. 정신질환자 사회복귀시설로 사용하기 위하여 OOO의 토지상에 건축물을 신축(지상2층, 연면적 594.92㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)한 후, 구 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제287조 제2항의 규정에 의하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당된다는 사유로 지방세 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.

나. 그 후,처분청은 세무조사 결과 청구법인이 쟁점건물을 의료업이 아닌 용도에 사용하는 것으로 보아 신축건물의 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.6.7. 청구법인에게 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.3. 이의신청을 거쳐 2013.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2007년 2월에 처분청과 정신질환자 사회복귀시설 기능보강사업 협약을 체결하였고, 이러한 협약에 따라 건축허가를 받아 쟁점건물을 신축하고 정신질환자 사회복귀시설 설치신청를 한 후 시설을 운영하고 있는 상태로서, 이에 대하여 처분청은 쟁점건물은 사회복지시설로서 의료법인이 의료업에 사용하는 부동산에 해당되지 아니한다는 의견이나,

첫째, 「사회복지사업법」제2조에서 ‘사회복지사업’의 의미에 대하여 규정하면서 「정신보건법」을 규정하고 있으며, 청구법인은 정관상 사회복지사업을 목적사업으로 등재하고 있으므로 「정신보건법」의 규정에 의하여 정신질환자의 사회복귀시설을 설치·운영하는 청구법인은 구 「지방세법」제107조 및 제127조의 규정에 의하여 사회복지사업을 목적으로 하는 비영리사업자에 해당된다 할 것이므로, 쟁점건물은 비영리사업자인 청구법인이 그 목적사업에 사용하고 있는 건물에 해당되어 취득세 등의 비과세 대상에 해당된다고 보아야 할 것이며,

둘째, 설령 청구법인이 사회복지사업을 목적사업으로 하는 사회복지단체에 해당되지 아니한다 하더라도 「정신보건법」은 「의료법」의 특별법적인 지위에 있고, 당해 「정신보건법」제1조의 목적에서 나타난 바와 같이 정신질환자의 의료전달체계는 예방, 발견·상담·진료, 사회복귀 순으로 이루어져 있으며, 「정신보건법」제3조에서는 ‘정신보건시설’이라 함은 ‘이 법에 의한 정신의료기관, 정신질환자 사회복귀시설 및 정신요양시설를 말한다’고 규정하고 있으므로, 청구법인이 쟁점건물을 정신질환자의 사회복귀시설로 운영하는 것은 「의료법」의 특별법인 「정신보건법」의 규정에 따른 것으로서 넓은 의미에서 의료업에 공여되는 부동산에 해당된다고 보아야 할 것이기 때문에, 처분청이 쟁점건물에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점건물을 취득한 후 당초 취득목적대로 사회복귀시설로 사용하고 있으므로 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하지만,구 「지방세법」제287조에서 규정하는의료법인이 그 사업에 직접 사용하는 부동산인가의 여부는 무엇보다 그 실제의 사용관계를 기준으로 하여 판단하여야 할 것이고 정관규정은 이를 판단함에 있어서 하나의 참고자료에 해당된다고 할 것으로서OOO, 청구법인은 의료업무를 주된 목적으로 하여 하여 「의료법」에 따라 설립된 법인으로서 쟁점건물을 의료업과는 거리가 있는 사회복귀시설로 사용하고 있는 이상, 의료용도의 감면 목적에 사용하고 있다는 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 하겠으며,

또한, 구「지방세법」등 에서 감면대상자를 사회복지법인과 의료법인으로 각각의 조항에서 구분하여 규정하고 있는 점을 볼 때, 청구법인이 쟁점건물을 운영하기 위하여 별도의 단체인 소중한 사람들을 등록하고 인사권을 운영하는 등 실질적인 운영주체라 하더라도 쟁점건물을 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으므로, 처분청이 쟁점건물에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

의료법인인 청구법인이 정신병원을 운영하면서 정신질환자의 사회복귀시설로 사용하기 위하여 건축한 건물이 비영리사업자가 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당되는지 여부 및 의료업에 공여되는 부동산으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령 : 별첨

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1992.3.7. 의료기관의 설치운영 등을 목적사업으로, 본점소재지를 OOO로 하여 법인설립등기를 한 것으로 법인등기부상 나타난다.

(2) 청구법인은 2007.2.21. 처분청과 ‘정신장애인 사회복귀시설 기능보강사업’에 대한 협약을 체결하여 청구법인이 쟁점건물을 신축하고, 처분청은 이에 대하여 시설 기능보강사업비로 OOO을 지원하기로 약정한 것으로 협약서의 내용에서 나타난다.

(3) 청구법인은 이러한 협약에 따라 2007.10.31. 건축허가를 받고 건축공사에 착공하여 2009.2.20. 사용승인을 받은 사실이 건축물대장에서 확인된다.

(4) 청구법인의 정관상 목적사업에는 의료기관의 설치·운영, 사회복귀시설의 설치·운영이 포함되어 있으나, 법인등기부상 목적사업에는 사회복귀시설의 설치·운영사업이 포함되어 있지 아니한 것으로 정관과 법인등기부등본에서 나타난다.

(5) 청구법인은 2009.2.27. 쟁점건물의 시설명칭을 OOO로, 운영법인을 청구법인으로 하여 처분청으로부터 정신질환자사회복귀시설설치신고필증을 교부받은 것으로 나타난다.

(6) OOO은 2009.3.9. OOO세무서장으로부터 별도로 법인고유번호를 부여받은 것으로 고유번호증에서 나타난다.

(7) 위의 사실관계와 관련법령을 고려하여 청구주장에 대하여 차례로 살펴본다.

(가) 우선, 청구법인은 사회복지사업을 목적으로 하는 단체로서 비영리사업자에 해당되므로 쟁점건물은 비영리사업자가 그 고유업무에 사용하는 부동산에 해당된다고 주장하나,

1) 청구법인은 「의료법」에 의하여 설립된 법인으로서 「사회복지사업법」에 의하여 설립된 법인에 해당되지 아니한 사실이 명백하고,

2) 청구법인이 사회복지사업을 목적으로 하는 단체에 해당되는지 여부를 보면, 구 「지방세법 시행령」제79조 제1항 제4호에서양로원 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체를 비영리사업자로 규정하고 있으나, 이러한 사회복지단체에 해당되기 위해서는 당해 단체의 주된 목적사업이 사회복지사업을 목적으로 하여야 할 것이고, 사회복지사업을 목적사업으로 하는 단체를 비영리사업자로 규정하고 있는 지방세법상의 문언에서 보듯이 주로 비영리형태로 사회복지사업을 수행함에 따라 이를 재정적으로 지원하는 한편, 그 소유 부동산에 대하여 지방세 감면혜택을 부여하는 형태로 직·간접적인 지원을 하고자 하는데 있다 할 것으로서, 이러한 비영리사업으로서의 사회복지사업을 주된 형태로 운영하는 것이 아니라 다른 목적사업을 수행함에 있어서 부수적인 형태로 이를 운영하는 경우까지 취득세 등 지방세를 감면하는 것은 입법취지에도 부합되지 아니한다 할 것으로서,

3) 청구법인의 경우 「의료법」에 의하여 설립된 의료재단이고, 법인등기부상 의료기관의 설치·운영 등이 목적사업으로 등재되어 있을 뿐 사회복귀시설의 설치·운영은 등재되어 있지도 아니한 점을 감안하면, 청구법인은 사회복지사업이 주된 목적사업이 아니라 의료기관의 설치·운영이 주된 목적사업에 해당된다고 보여지고 사회복귀시설의 운영은 이러한 주된 목적사업을 달성하기 위하여 부수적으로 수행하는 사업에 불과할 뿐이라 할 것으로서, 청구법인을 사회복지사업을 주된 목적사업으로 하는 단체로서 비영리사업자에 해당된다고 보기는 어렵다고 보여진다.

(나) 다음으로 쟁점건물이 의료업에 공여되는 시설에 해당된다는 청구주장에 대하여 살펴보면,

1) 청구법인은 「정신보건법」이 「의료법」의 특별법에 해당되고, 「정신보건법」에서 사회복귀시설을 정신보건시설의 일종으로 규정하고 있으므로 쟁점건물은 의료업에 사용하는 부동산으로 보아야 한다고 주장하나, 「정 신보건법」제12조 제6항에서 정신의료기관에 관하여 「정신보건법」에서 규정한 사항 외에는 「의료법」의 규정을 준용하도록 규정하고 있으므로 정신의료기관에 관하여는 「정신보건법」의 규정이 「의료법」의 특별법적인 성격을 갖고 있다고 볼 수도 있지만,

2)「정신보건법」제10조 제6항에서 정신요양시설에 관하여는「사회복지사업법」의 규정을 준용하도록 규정하고 있는 점을 감안하면, 정신의료기관에 관한 사항에 한하여 「정신보건법」이 「의료법」의 특별법적인 성격을 갖고 있다고 보아야 할 것으로서,사회복귀시설의 경우에는 이에 해당되지 아니하므로 사회복귀시설로 사용하는 쟁점건물이「의료법」에 의하여 의료업에 공여되는 부동산이라고 보기도 어렵다고 보여진다.

(다) 따라서, 처분청이 쟁점건물에 대하여 비영리사업자가 목적사업에 사용하는 부동산에도 해당되지 아니하고, 의료업에 공여되는 부동산에도 해당되지 아니하는 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[별첨] 관련법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1.제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제287조(국민건강증진사업자 등에 대한 감면) ② 「의료법」제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일 부터 1년내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일 부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제2239호로 전문개정되기 전의 것)

제79조 (비영리사업자의 범위) ① 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1.～2.(생략)

3. 「사회복지사업법」의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인

4. 양로원·보육원·모자원·한센병자치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회

(3) 사회복지사업법(2010.4.12. 법률 제10255호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “사회복지사업”이라 함은 다음 각목의 법률에 의한 보호·선도 또는 복지에 관한 사업과 사회복지상담·부랑인 및 노숙인보호·직업보도·무료숙박·지역사회복지·의료복지·재가복지·사회복지관운영·정신질환자 및 한센병력자 사회복귀에 관한 사업 등 각종 복지사업과 이와 관련된 자원봉사활동 및 복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업을 말한다.

가.～사. (생략)

아. 정신보건법

2. “사회복지법인”이라 함은 사회복지사업을 행할 목적으로 설립된 법인을 말한다.

3. “사회복지시설”이라 함은 사회복지사업을 행할 목적으로 설치된 시설을 말한다.

(4) 의료법

제33조(개설) ① 의료인은 이 법에 따른 의료기관을 개설하지 아니하고는 의료업을 할 수 없으며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 의료기관 내에서 의료업을 하여야 한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원·병원·요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원·요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

2. 국가나 지방자치단체

3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 “의료법인”이라 한다)

4. 「민법」이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인

(5) 정신보건법(2010.18. 법률 제9932호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적) 이 법은 정신질환의 예방과 정신질환자의 의료 및 사회복귀에 관하여 필요한 사항을 규정함으로써 국민의 정신건강증진에 이바지함을 목적으로 한다.

제3조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. (생략)

2. “정신보건시설”이라 함은 이 법에 의한 정신의료기관·정신질환자사회복귀시설 및 정신요양시설을 말한다.

3. “정신의료기관”이라 함은 의료법에 의한 의료기관중 주로 정신질환자의 진료를 행할 목적으로 제12조제1항의 시설기준 등에 적합하게 설치된 병원(이하 “정신병원”이라 한다)과 의원 및 병원급 이상의 의료기관에 설치된 정신과를 말한다.

4. “정신질환자사회복귀시설”(이하 “사회복귀시설”이라 한다)이라 함은 이 법에 의하여 설치된 시설로서 정신질환자를 정신의료기관에 입원시키거나 정신요양시설에 입소시키지 아니하고 사회복귀촉진을 위한 훈련을 행하는 시설을 말한다.

제10조(정신요양시설의 설치·운영등) ① 사회복지법인 기타 비영리법인은 보건복지가족부장관의 허가를 받아 정신요양시설을 설치·운영할 수 있다. 허가 받은 사항 중 보건복지가족부령이 정하는 중요한 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

② 정신요양시설에서의 요양과 사회복귀를 위한 훈련은 보건복지가족부장관이 정하는 바에 의하여 행하여져야 한다.

⑥정신요양시설에 관하여 이 법에 규정한 것을 제외하고는 사회복지사업법중 사회복지시설에 관한 규정을 준용한다.

제12조(정신의료기관의 시설기준등) ⑥정신의료기관에 관하여 이 법에 규정된 사항외에는 「의료법」의 규정을 준용한다.

제15조(사회복귀시설의 설치·운영) ①국가 또는 지방자치단체는 사회복귀시설을 설치·운영할 수 있다.

② 제1항에 규정된 자외의 자가 사회복귀시설을 설치·운영하고자 하는 때에는 시설의 소재지를 관할하는 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항중 보건복지가족부령이 정하는 중요한 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

③ 사회복귀시설의 장은 보건복지가족부장관이 정하는 바에 따라 정신질환자에 대하여 사회복귀를 위한 훈련을 실시하여야 한다.

④ 사회복귀시설의 시설기준, 수용인원, 종사자 수 및 자격, 설치·운영신고, 변경신고, 이용 및 운영에 관하여 필요한 사항은 보건복지가족부령으로 정한다.