청구인은 1998.5.1. 상속으로 취득한 OOOO OOO OOO OOO OOOOO O O,OOOOO(이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 2005.8.25. 양도하고 2005.10.18. 양도가액은 실지거래가액인 605,000,000원으로 취득가액은 양도가액을 기준시가로 환산한 가액인 378,782,608원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였는데, 처분청은 취득가액을 소득세법시행령 제163조 제9항에 따라 상속개시일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액인 79,272,000원(상속세 결정금액)으로 하여 2006.6.16. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세91,650,240원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지 소재지가 지정지역으로 지정(2004.8.25.)되었다고 하여 실지거래가액으로 과세하였으나, 그동안 17년을 보유하였고 상속개시 후 7년을 보유하던 일반농지로서 쟁점토지의 취득과 양도에 투기성은 없으며 상속 후 1년내 단기매매도 투기성이 없으면 기준시가로 과세하는 것(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)이고, OOOO로부터 주택건설허가를 받은 주택건설사업자에게 양도한 쟁점토지의 양도는 소득세법 제96조 제1항 제4호 및 동법 시행령 제162조의2 제4항과 조세특례제한법 제85조의 지정지역 내 공익사업용 부동산으로서 공익사업시행자에게 양도한 것에 해당되므로 기준시가에 의하여야 한다.

(2) 쟁점토지는 거주요건을 갖추지는 못하였지만 통작거리 20km 내에서 거주와 생계를 같이하는 남편이 경작해왔으므로 자경농지로서 조세특례제한법 제69조의 감면대상이다.

(3) 피상속인이 매입하여 양도하기까지 보유기간이 10년을 초과하므로 장기보유특별공제율은 30%를 적용해야 한다.

(4) 조세특례제한법 제85조 및 동법 시행령 제79조의2에 의하여 공익사업용 토지로 양도한 것이므로 조세특례제한법 제77조에 의해 양도소득세의 10%가 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지가 위치한 OOO은 2004.8.25. 주택외 부동산에 대한 투기지역으로 지정되었으므로 실지거래가액에 의한 양도차익계산이 타당하며, 소득세법 제96조 제1항 제4호 및 소득세법시행령 제162조의2 제4항은 부득이한 사유로 취득 후 1년 이내에 양도하는 경우 기준시가에 의할 수 있다는 것이므로 쟁점토지의 양도와는 무관한 조항이며, 쟁점토지의 매수자인 주식회사 OOOO 및 OOOO 주식회사는 공익사업시행자가 아니므로 조세특례제한법 제85조는 쟁점토지의 양도와 무관한 조항이다.

(2) 청구인 및 피상속인이 거주요건을 충족하지 못하므로 조세특례제한법 제69조에 의한 감면대상이 아니다.

(3) 장기보유특별공제는 피상속인의 보유기간과는 무관하며 소득세법 제104조 제2항은 상속으로 취득한 자산의 세율 적용시의 보유기간 계산을 위한 규정으로 장기보유특별공제의 적용과는 무관하므로 당초의 15% 공제가 타당하다.

(4) 쟁점토지를 조세특례제한법 제77조의 적용을 받는 공익사업용 토지로서 양도한 것이 아니며 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받은 사실도 없으므로 감면대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점토지의 양도에 투기성이 없고, 지정지역내 토지를 공익사업용 부동산으로 양도한 것으로 보아 양도차익 계산시 기준시가를 적용하여야 하는지 여부

(2) 거주요건이 미비하지만 자경농지로서 감면대상이라는 주장의 당부

(3) 장기보유특별공제율 적용시 피상속인 보유기간도 포함하여 계산하는지 여부

(4) 공익사업용 토지로 양도한 것으로 보아 양도소득세의 10%를 감면할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제95조 【양도소득금액】 ② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것

양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

양도차익의 100분의 15[괄호내용 생략]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30[괄호내용 생략]

제96조 【양도가액】 ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 실지거래가액 이라 한다)에 의한다. (2002. 12. 18 개정)

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우 (1999. 12. 28 개정)

6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 (2002. 12. 18 신설)

④ 제1항 제4호의 규정을 적용함에 있어서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다) 등 부득이한 사유로 취득후 1년 이내에 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 기준시가에 의할 수 있다. (2002. 12. 18 개정)

제104조 【양도소득세의 세율】 ② 제1항 제2호 제2호의 2 및 제4호 가목의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 당해 자산의 취득일로 본다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 상속받은 자산은 피상속인이 당해 자산을 취득한 날 (2000. 12. 29 개정)

(2) 소득세법시행령

제162조의 2 【양도가액】 ④ 법 제96조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 상속에 의하여 취득한 부동산을 취득후 1년 이내에 양도하는 경우 또는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다) 등 부득이한 사유로 인하여 취득후 1년 이내에 양도하는 경우로서 부동산의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 때에는 제176조의 2 제5항의 규정에 의한 자문을 거쳐 기준시가에 의할 수 있다. (2005. 2. 19. 개정)

(3) 조세특례제한법

제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29 제목개정) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 농업법인 이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역 상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 주거지역등 이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 개정)

제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 (2003. 12. 30. 제목개정) ① 다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2006년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 한한다)에 대하여는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (2003. 12. 30. 개정)

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (2002. 12. 30 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)

3. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 11 개정)

제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2004. 12. 31. 신설)

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날 (2004. 12. 31. 신설)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 지역, 개발권역 지정，보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (2004. 12. 31. 신설)

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 쟁점토지를 1998.5.1. 상속으로 취득하여 2005.8.25. 양도하고 2005.10.18. 양도가액은 실지거래가액인 605,000,000원으로 취득가액은 양도가액을 기준시가로 환산한 가액인 378,782,608원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였음이 확인된다.

(2) 쟁점토지가 위치한 OOO은 2004.8.25. 주택외 부동산에 대한 투기지역으로 지정되어 쟁점토지는 실지거래가액에 의한 양도차익계산 대상임이 확인된다.

(3)처분청은 청구인이 취득가액으로 신고한 환산가액이 잘못이라고 보아 쟁점토지의 취득가액을 소득세법시행령 제163조 제9항에 따라 상속개시일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액인 79,272,000원(상속세 결정금액)으로 하여 이 건 처분을 하였음이 확인된다.

(4) 쟁점토지의 양도에 투기성이 없고, 지정지역내 토지를 공익사업용 부동산으로 양도한 것이므로 양도차익 계산시 기준시가를 적용하여야 하는지에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점토지의 취득과 양도에 투기성은 없으므로 기준시가에 의해 양도소득세를 계산하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지가 위치한 OOO은 2004.8.25. 주택외 부동산에 대한 투기지역으로 지정되었으므로 실지거래가액에 의해 양도차익을 계산함이 타당한 것으로 판단된다.

(나) 청구인은 쟁점토지의 양도는 소득세법 제96조 제1항 제4호 및 동법 시행령 제162조의2 제4항에 규정하는 바와 같이 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아닌 경우에 해당되므로 기준시가에 의해 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지는 위 규정에서 정하는 취득 후 1년 이내의 부동산이 아니라 소득세법 제96조 제1항 제6의2호의 지정지역 내 토지이므로 청구인의 주장을 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 청구인은 쟁점토지의 양도는 조세특례제한법 제85조 지정지역내 공익사업용 부동산으로서 공익사업시행자에게 양도한 것이므로 기준시가에 의하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지의 매수자인 주식회사 OOOO 및 OOOO 주식회사는 공익사업시행자가 아닌 것으로 확인되므로 청구인의 주장을 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 거주요건이 미비하지만 자경농지로서 감면대상이라는 주장에 대하여 살펴본다.

조세특례제한법 제69조의 자경농지로서 양도소득세가 감면되기 위해선 농지가 소재하는 시 군 구나 그와 연접한 시 군 구에서 거주하였어야 하나, 청구인과 피상속인 모두 쟁점토지가 소재하는 시 군 구나 그와 연접한 시 군 구에서 8년 이상 거주한 사실이 없음이 확인되며 청구인도 이를 인정하고 있으므로 쟁점토지의 양도소득을 자경농지로서 감면대상으로 보기는 어렵다고 판단된다.

(6) 장기보유특별공제율 적용시 피상속인 보유기간도 포함하여 계산하는지에 대하여 살펴본다.

청구인은 피상속인이 매입하여 양도하기까지 보유기간이 10년을 초과하므로 장기보유특별공제를 30%로 해야 한다고 주장하나, 장기보유특별공제는 피상속인의 보유기간과는 무관하며, 청구인이 쟁점토지를1998.5.1. 취득하여 2005.8.25. 양도한 사실이 확인되므로장기보유특별공제율을 15%로 적용한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 공익사업용 토지로 양도한 것으로 보아 양도소득세의 10%를 감면할 수 있는지에 대하여 살펴본다.

청구인은 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제77조의 공익사업용 토지에 해당되어 양도소득세의 10%가 감면되어야 한다고 주장하나, 쟁점토지를 조세특례제한법 제77조의 적용을 받는 공익사업용 토지로서 양도한 것이 아니며 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받은 사실도 없으므로 청구인의 주장을 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.