가. 청구법인은 2016∼2018년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상물건(주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지)에 대하여, 「종합부동산세법 시행령」제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항․제2항 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 아래 ＜표1＞과 같이 종합부동산세를 신고하였다.

나. 청구법인은 2019.6.4. 쟁점규정은 상위 법률인 「종합부동산세법」의 입법취지에 위배되므로 쟁점규정에 따라 공제받지 못한 재산세액을 당초 신고한 종합부동산세액에서 추가로 공제하여 종합부동산세 OOO원 및 종합부동산세에 부가(20%)되는 농어촌특별세 OOO원을 환급하여 달라고 아래 ＜표2＞와 같이 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 2019.7.23. “쟁점규정에 따라 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하는 것이 타당하다”는 이유로 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결은 “종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되는데, 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 것을 뜻하므로 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’ 보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당”한다고 판시하면서, “재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격–과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다”고 판시하였다.

(2) 위 판결 취지에 의하면, 주택 등의 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등 종합부동산세액에서 공제하도록 규정한 「종합부동산세법」제9조 제3항과 같은 법 제14조 제3항 및 제6항에 내포된 공제할 재산세액은 ‘재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 경우, 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식’으로 계산된 금액이라고 할 것이다.

(3) 그럼에도 불구하고, 2015.11.30. 개정된 쟁점규정은 상위 법령인 「종합부동산세법」의 취지에 반하여 공제할 재산세액을 [(감면후 공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식으로 계산하도록 강제하여 공제할 재산세액을 축소하였는바, 쟁점규정은 「종합부동세법」에 위배되어 무효이다.

최근 서울고등법원은 쟁점규정에 의하면 재산세와 종합부동산세가 이중과세된 부분이 여전히 남게 되는데, 종합부동산세 법률 조항은 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 시행령에 위임한 것은 아니고, 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액 전부를 공제하도록 규정한 것으로 보아야 하는바 쟁점규정은 입법자의 의사에 반하여 위법하여 효력이 없다고 판단하였다(서울고등법원 2019.4.3. 선고, 2018누47310 판결).

(4) 따라서 무효인 쟁점규정에 의하여 신고․납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세와 「종합부동산세법」이 본래 예정한 공제할 재산세액에 의하여 계산한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 차액 부분(아래 표3 참고)을 종합부동산세액에서 추가공제하여 환급해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역이 정확하게 특정될 수 있음을 전제로, 쟁점규정이 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세액을 공제해 주지 않았다는 청구법인의 주장은 그 자체로 타당하다고 볼 수 없고, 설령 청구법인의 주장과 같이 쟁점규정이 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 완벽하게 전부 공제해 주지 못한다고 하더라도, 쟁점규정을 현행 「종합부동산세법」제9조 제3항 및 제14조 제3항, 제6항의 위임범위의 한계를 벗어나 위법하다고 해석하는 것은 입법자의 재량을 간과한 잘못이 있다.

대법원 판결은 쟁점규정의 산정방식 자체가 위법하다고 판시한 것이 아니라 관련 시행령 규정의 의미를 대법원과 다르게 해석하였던 것뿐이므로, 비록 대법원이 제시한 재산세액 공제방법을 따르지 않고 ‘공제되는 재산세액’을 축소하더라도, 그러한 사실 자체만으로 입법자가 입법형성의 한계를 넘어서는 입법을 하였다고 단정 지을 수 없다.

(2) 쟁점규정은 위임입법의 한계를 벗어나지 아니하는바 무효라고 할 수 없다.

(가) 「종합부동산세법」은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세로 부과된 세액은 공제하되 위 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하면서, 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지, ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하지 않은 점, 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하고, 포괄위임입법금지원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, ‘공제되는 재산세액의 구체적 범위’까지도 대통령령에 위임하였다고 보는 것이 타당하다.

(나) 쟁점규정은 「종합부동산세법」에 따라 가급적 종합부동산세 과세표준 금액 전체에 대하여 부과된 재산세액을 공제하기 위하여 전체 재산세액 중 ‘재산세 과세표준에서 종합부동산세 과세표준이 차지하는 비율’ 만큼의 재산세액을 종합부동산세액에서 공제해 주고자 하였는데, 이는 합리적인 범위 내에서 비례원칙에 따라 이중과세를 조정하고자 한 것이므로, 쟁점규정이 무효라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(3) 따라서 쟁점규정에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정하는 것이 타당하므로 쟁점규정에 따라 공제받지 못한 재산세액을 추가공제하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세액 산정시 공제되는 재산세액을 「종합부동산세법 시행령」의 쟁점규정에 따라 계산할 경우 일부 재산세액이 공제되지 아니하므로 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016․2017․2018년 귀속 종합부동산세 과세기준일(매년 6.1.) 현재 각 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상물건에 대하여 2016～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 각 신고ㆍ납부하면서, 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 쟁점규정에 따라 계산하였다.

(2) 청구법인은 종합부동산세에서 공제할 재산세액을 아래 산식에 따라 계산하여야 하므로 쟁점규정에 따라 계산한 재산세액과의 차액을 당초 결정․고지한 종합부동산세액에서 추가 공제하여 달라고 경정 청구를 제기하였다.