처분청은 청구인의 1995년도분 법인세 결정세액(243,262,805원)과 1996년도분 법인세 결정세액(298,227,248원)에 대하여 청구인의 총종업원수 및 건축물연면적중 처분청 관내 종업원수 및 건축물연면적에 따라 안분계산한 금액(1995년 62,737,477원, 1996년 76,912,807원)에 경기도용인시세조례제15조제2항의 세율을 적용하여 산출한 1995년도분 법인세할 주민세 7,528,490원, 1996년도분 법인세할 주민세 9,229,520원, 합계 16,758,010원(가산세 포함)을 1997.12.27. 부과고지하여, 청구인이 1998.1.17. 납부하였다. 그 이후 청구인의 1997년도분 법인소득이 결손이 발생함에 따라 1998.4.18. 법인세법 제38조의2의 규정에 의하여 1996년도분 법인세액중 249,920,420원을 환급받고, 이러한 법인세액의 환급에 따라 법인세할 주민세의 환부를 신청하자 처분청은 환급받은 법인세액에 상당하는 주민세액 7,734,520원과 그 환부이자 219,669원, 합계 7,954,180원을 1998.6.9. 환부하였다. 그러나 법인세법 제38조의2의 규정에 의하여 법인세가 환급받은 경우에는 당초 법인세가 과오납되어 환급하는 경우와는 다르므로 주민세 환부대상에 해당하지 않는다고 보아 환부결정을 취소하고, 환부한 주민세액 7,954,180원을 1998.7.27. 다시 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 처분청이 한 이건 주민세 부과 처분의 취소를 청구하면서 그 이유로, 주민세는 법인세액을 과세표준으로 하여 부과하는 것으로서, 법인세의 산출과정을 보면 각 사업년도 소득금액에서 이월공제하는 결손금을 차감하도록 되어 있고, 일정년도에 결손금이 발생하면 차기 사업년도부터 5년간 이월공제하거나 중소기업에 한하여 직전 사업년도분 법인세액을 한도로 소급공제를 허용하고 있으며 이렇게 소급공제를 받는 경우 당연히 직전년도 법인세액이 소급하여 경정되었다고 보는 것이 타당하다 할 것이다. 또한 처분청과 같이 소급공제를 법인세액이 감액 경정된 경우로 보지 아니한다면 중소기업이 여러 사업년도에 걸쳐 소득과 결손이 교차하여 발생(1996년 100,000원, 1997년 -250,000원, 1998년 250,000원)할 경우 이월공제와 소급공제시 3년동안 총 주민세 부담은 소급공제시에는 총 5,600원을 부담하게 되고, 이월공제시에는 2,800원을 부담하게 되는 모순이 발생하므로, 법인세의 환급분에 해당하는 법인세할 주민세도 환부하여야 할 것인데도, 이러한 경우는 법인세가 경정된 경우에 해당되지 아니하므로 주민세 환부대상이 아니라고 보아 환부한 주민세를 재 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 당해 사업년도 결손이 발생하였을 경우 이미 납부한 직전 사업년도 법인세액을 한도로 하여 법인세액을 환급받은 경우, 직전 사업년도 법인세액에 대한 주민세액을 환부하여야 하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

관련규정을 보면, 지방세법 제178조제1항 및 제2항에서, 소득할 주민세는 소득세법 또는 법인세법에 의하여 신고하거나 결정, 경정된 세액을 과세표준으로 하여 신고납부하여야 하며, 법인세 등의 결정 또는 경정으로 달라진 경우에는 결정 또는 경정된 세액에 따라 소득할 주민세를 환부 또는 추징하도록 규정하고 있으며, 법인세법 제38조의2제1항 및 같은법시행령 제68조, 제100조의2제1항 및 제2항에서 조세감면규제법시행령 제2조에서 규정하고 있는 중소기업이 각 사업년도에 결손금이 발생한 경우 직전 사업년도에 부과된 법인세액을 한도로 하여 그 결손금에 상당하는 법인세액을 환급신청할 수 있다고 규정하고 있다.

청구인의 경우 1997년도 결산결과 2,798,165,568원의 결손이 발생하였고, 이로 인하여 1998.3월경 청구외 ㅇㅇ세무서장에게 249,920,420원을 소급공제법인세액환급신청을 하였으며, 청구외 ㅇㅇ세무서장은 청구인의 환급신청한 금액에 대하여 같은 금액으로 환급결정하고, 환급금중 98,868,250원은 미납된 법인세 등에 충당하고, 나머지 금액(151,052,170원)은 청구인에게 환급한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으나, 이렇게 당해연도 결손금에 대하여 전년도 법인세액을 한도로 하여 법인세액을 환급하는 경우의 성격을 보면, 착오로 과다납부하거나 납세의무가 없는데도 불구하고 잘못 납부한 경우와는 달리 정상적으로 납세의무가 이행되었으나 그 이후의 사유로 인하여 이미 정상적으로 납부된 법인세를 소급하여 환급하도록 규정하고 있는 것으로, 법인세는 매년 연간법인소득에 대하여 독립된 납세의무가 발생하는 것이므로 어느 과세년도에 결손이 발생한 것을 다음 연도에 이월하여 공제하는 것이나, 전년도 법인세액을 소급하여 환급하는 것은 연간 법인소득에 과세하는 법인세의 과세성격상 예외적인 경우에 해당한다고 하겠으며, 이러한 규정은 오로지 조세정책적인 목적에서 법률에서 규정하고 있는 경우에 한하여 인정된다 하겠다. 따라서 직전 연도의 법인세가 소급환급되었다고 하여 법인세가 과오납된 경우와 같이 직전 연도의 법인세가 소급하여 착오 또는 과다납부된 경우에 해당된다고 볼 수는 없다 하겠으며, 법인세할 주민세의 규정에서는 법인세 등이 결정 또는 경정으로 인하여 달라지는 경우에 한하여 환부 또는 추징하도록 규정하고 있고, 법인세 등이 결정 또는 경정으로 달라지는 경우라 함은 결국 법인세가 과오납된 경우를 의미한다고 해석하는 것이 타당하다 하겠고, 지방세법에서 이러한 법인세법의 규정과 같이 소급 공제제도를 도입하고 있지 아니한 이상, 단지 당해연도에 결손이 발생하여 직전 연도에 납부한 법인세액의 일부를 환급받았다고 하여 직전년도의 법인세 납세의무 자체가 소멸된다고 볼수는 없다 하겠으므로, 처분청이 적법하게 납부된 법인세액을 과세표준으로 하여 부과 고지한 주민세를 착오로 환부하였다가 재부과고지한 처분은 적법하다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 11. 28.

행 정 자 치 부 장 관