처분청은 청구인이 2003. 6. 9. 아파트형 공장을 설립하기 위하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 765.7㎡와 건물 518.34㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 것에 대하여, 서울특별시시세감면조례 제19조에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득한 것으로 보아 취득세 등을 감면하였으나, 2004. 2. 27.에 청구외 ○○개발에게 이 사건 부동산을 매각하였으므로 대도시내 법인설립에 따른 세율(등록세)을 적용하여 기감면한 취득세 38,942,280원, 농어촌특별세 3,454,000원 및 등록세 175,960,890원, 지방교육세 32,366,170원, 합계 250,723,340원(가산세 포함)을 2004. 7. 14. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2002. 4월 세계최초의 탄소섬유 “복합소재 라인보링바” 및 “리머” 등을 개발하였고, 신제품 개발 후 산업자원부로부터 한국신기술인정(NT마크), 세계일류상품지정, 부품소재 생산기업 확인, 벤처기업확인, 이노비즈기업인증, 장영실상 등 부품소재부분의 국내 모든 기술인증을 획득한 첨단제품 생산업체로서, 신기술 제품의 양산을 위한 아파트형공장 신축을 위하여 이 사건 부동산을 취득하였으며, 또한 지방세법시행령 제101조제1항제7호에서 정하는 산업발전법에 의하여 산업자원부 장관이 고시하는 첨단기술산업을 영위하는 업체로서 등록세 중과세 제외업종에 해당되고, 매입한 토지는 당초 계획대로 첨단 신기술 제품을 생산할 공장의 신축을 위하여 건축허가를 득하고 계획대로 공사를 진행하였으나, 자금조달에 차질이 빚어져 공사대금에 대한 담보로 토지의 명의를 이전한 것이며, 부동산 매매차익을 노린 전매도 아니고 첨단제품 생산설비가 아닌 다른 용도 건물의 신축 등 다른 업종에 사용하거나 겸용한 경우가 아니므로, 다만 매각하였다는 사실만으로 중과세율을 적용하여 등록세를 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 등록세 중과세 제외업종에 해당하는 자가 취득한 부동산을 유예기간 내에 매각한 경우 등록세 중과세 처분의 적법성 여부가 쟁점이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 서울특별시세감면조례(2003.3.15. 서울시조례 제4064호로 개정된 것)제18조제1항에서 “ 공업배치및공장설립에관한법률 제2조제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일로부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다.”라고 규정하고 있고, 지방세법 제138조제1항본문 및 같은법시행령 제101조제1항제7호와 제2항에서 “산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 첨단업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 그 세율을 법 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다”라고규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003. 4. 30. 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 체결하고 같은해 6. 9. 취득하여 6. 11. 소유권이전등기를 경료하였으며, 7. 9.에 아파트형공장 건축허가를 얻어 착공을 하고 9. 1.에 청구인이 대표이사로 있는 (주)○○본점이전등기를 경료한 후, 2004. 2. 27.에 이 사건 부동산을 청구외 (주)○○개발에 매각하였음은 제출된 관계서류에서 알 수 있다.

이에 대하여청구인은 매각하였다는 사실만으로 중과세율을 적용하여 등록세를 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 서울특별시세감면조례(2003.3.15. 조례 제4064호로 개정된 것)제18조제1항 단서조항에서 건축물의 사용승인일로부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고 있는데, 이는 아파트형공장을 건축하여 사용승인을 받은 후 최소 5년간은 공장 또는 벤처기업의 용도로 사용하여야 한다는 조건으로서, 청구인은 건축물을 완공하여 사용승인을 받지도 아니한 상태에서 이 사건 부동산을 매각하였으며 이러한 매각사유로 청구인이 주장하고 있는 경기악화에 따른 분양미달로 인한 자금악화 등은 청구인의 내부적 사유에 불과하다고 할 것이고, 이러한 내부적 사유를 정당한 사유로 인정할 수 없다고 할 것이므로 면제된 취득세 및 등록세를 추징함은 적법하다고 할 것이고, 또한 지방세법 제138조제1항에 의한 동법시행령 제101조제2항에서 중과세 제외대상에 해당하는 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 중과세율을 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인의 경우 그 목적사업이 산업자원부 고시 제2002-24에 의한 소재부문 첨단기술 및 제품생산에 해당하는 것으로서 중과세 제외업종에 해당한다고 하더라도, 2003. 6. 9.에 이 사건 부동산을 취득하고 등기한 후 공장을 건축 중인 상태에서 2004. 2. 27.에 청구외 (주)○○개발에 매각하였으므로 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니한 것이 분명하고, 이러한 매각에 정당한 사유를 인정할 만한 사정이 존재하지 아니하므로 처분청이 중과세율을 적용하여 등록세를 추징한 처분은 잘못이 없다고 할 것이므로 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 부과처분은잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 11. 30.

행 정 자 치 부 장 관