청구법인은 1989.1.15 청구외 OO 소유인 경기도 여주군 북내면 OO리 OOOOOOO 외 6필지 대지 3,736㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 지하4층 지상17층 건축연면적 29,106㎡ OOO오피스텔(이하 “OOOOO”이라 한다)을 공사도급금액 149억원에 신축하는 도급계약을 1989.1.15 청구외 OO과 체결하고 신축공사를 진행하는 중에 도급자 청구외 OO의 부도로 인하여 OOOOO 신축공사를 중단하고 위 신축공사로부터 발생한 공사미수금 3,010,520,868원(이하 “쟁점공사미수금”이라 한다)을 회수하기 위하여 쟁점토지와 쟁점토지상의 미완성건축물과 골재(이하 “쟁점유체동산”이라 한다)에 대한 경매를 수원지방법원 여주지원에 신청하여 1992.8.26(93.4.28) 쟁점토지를 946,030,000원에, 1994.2.4 쟁점유체동산을 312,200,000원에 각각 경락으로 취득한 후 1996.8.13 청구외 OOOO산업(주)에게 쟁점토지와 쟁점유체동산을 양도(매매대금 5,570,000,000원)하고 1996.12.31 결산시 쟁점토지의 취득원가는 999,994,180원(경락가액에 취득세 등 포함), 쟁점유체동산의 취득원가는 3,355,035,203원(쟁점공사미수금 + 경락대금 + 기타 공사비 등 32,214,335원)으로 회계처리한 후 1996사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하였다.

처분청은 청구법인에 대한 1996사업년도 법인세 과세표준과 세액의 경정시 청구법인이 1996사업년도 결산시 쟁점유체동산의 취득원가로 회계처리한 쟁점공사미수금은 법인세법 제17조 제2항에서 정한 취득원가에 해당하지 않는 것으로 보아 이를 손금불산입하고 1998.3.5 청구법인에게 1996사업년도 법인세 1,020,016,060원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하고 1998.4.4 심사청구를 거쳐 1998.7.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점공사미수금채권은 청구법인이 쟁점토지와 쟁점유체동산을 경매신청함에 따라 법원이 이를 압류함으로 인하여 그 소멸시효가 중단되었다가 쟁점유체동산에 대한 경매대금의 배분계산일인 1994.3.9 다음 날로부터 3년이 되는 1997.3.9 비로소 그 소멸시효가 완성되므로 쟁점공사미수금채권이 1994사업년도에 시효로 소멸하였음을 전제로 하는 처분청의 주장은 잘못된 것이며

(2) 쟁점공사미수금은 대법원 견해(대법원 87누0465, 1988.9.27 선고)에서 보는 바와 같이 채권의 회수불능이 명백하게 되어 대손이 발생했다고 법인 스스로 회계상의 처리를 하였을 때에 한하여 그 대손처리가 가능하다고 할 것인바, 청구법인이 쟁점공사미수금을 대손금처리한 1996.12.31 현재를 기준하여 볼 때 위 채권이 회수불가능한 사실은 첫째, 임의경매, 강제집행 등의 모든 수단을 동원하여도 청구외 OO의 무재산으로 인하여 더 이상의 채권회수가 불가능하였고, 둘째 청구외 OO의 관할 반포세무서에서도 청구외 OO의 무재산 사실을 인정하고 1995.6.30 및 1996.11.30 그에 대한 체납세액을 결손처분한 점에서 명백하다 할 것이며

(3) 청구법인이 위 쟁점공사미수금에 대하여 외부적인 회계처리를 함에 있어서 비록 이를 공사수입원가 재료비로 계상하였다고 할지라도 1996.12.31자로 이를 손비에 계상함으로써 이를 청구법인의 자산에서 소멸시켜 대손처리하는 회계처리를 하였으며, 청구법인이 이 건 쟁점공사미수금을 내부적으로 판매비와 일반관리비의 대손상각으로 처리하였다가 이를 공사수입원가 재료비로 변경, 계상하게 된 것은 건설회계기준상 건설업의 원가계산은 각 공사별로 개별원가 계산하도록 규정되어 있음에 따라 위 쟁점공사미수금이 쟁점토지와 쟁점유체동산에 대응되는 원가인 것으로 오판하고 이를 대응시켜서 그 양도대금에 관련되는 원가로 계산하여야 되는 것으로 판단하였음에 기인하는바, 청구법인의 위와 같은 착오가 있었다는 사유만으로 쟁점공사미수금을 회계상 손금으로 인식하지 않은 것으로 보는 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 쟁점공사미수금이 법인세법상 대손요건에 해당한다면 대손금으로 회계처리한 사업년도의 손금에 산입하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점토지 및 쟁점유체동산의 취득에 따른 원가에는 해당하지 않으므로 법인세법 제17조 제2항의 규정에 의하여 쟁점공사미수금을 취득원가로 인정하지 아니한 당초 처분은 정당하고

(2) 청구법인은 OOOOO의 신축공사와 관련하여 도급자인 청구외 OO으로부터 공사대금을 어음으로 받았는바, 어음법상 어음의 소멸시효기간은 3년이므로 약속어음금의 소멸시효는 청구외 OO의 부도발생일인 1991.9월부터 기산하여 3년후인 1994.9월에 완성되고 청구법인은 1994사업년도에 이를 대손금으로 손금산입하거나, 채무자인 청구외 OO이 사업의 파산으로 행방불명이고 기타 사유로 인하여 쟁점공사미수금을 회수할 수 없다면 회수할 수 없는 구체적인 입증자료를 갖춘 후 회수할 수 없는 채권으로 확정된 사업년도에 결산조정하여 이를 손금으로 산입하여야 하나, 청구법인은 이를 대손금으로 회계처리한 사실이 없으므로 쟁점공사미수금을 1996사업년도의 대손금으로 인정하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 1996.12.31말 결산시 쟁점공사미수금을 대손금으로 회계처리하지 않고 1996.8.13 청구외 OO종합건설(주)에게 양도한 쟁점유체동산의 취득원가로 회계처리한 경우에도 쟁점공사미수금을 대손금으로 보아 1996사업년도의 손금으로 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법 제17조 제2항은 내국법인이 매입·제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작비용에 부대비용을 가산한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제12조 제2항 제8호는 법 제9조 제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다고 규정하면서 그 제8호는 대손금을 규정하고 있고, 같은 법시행령 제21조에서 영 제12조 제2항 제8호에 규정하는 대손금은 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다고 규정하면서 그 제1호는 채무자의 파산·강제집행·형의 집행 또는 사업의 폐지로 인하여 회수할 수 없는 채권, 제2호는 채무자의 사망·실종·행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권, 제3호는 기타 총리령이 정하는 바에 의하여 회수할 수 없다고 인정되는 채권을 규정하고 있으며, 같은 법시행규칙 제9조 제2항에서 영 제21조 제3호에 규정하는 총리령이 정하는 바에 의하여 회수할 수 없다고 인정되는 채권은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다고 규정하면서 그 제1호는 외상매출금 및 미수금으로서 상법상의 소멸시효가 완성된 것, 제2호는 어음법의 규정에 의하여 소멸시효가 완성된 어음, 제11호는 국세징수법 제86조 제1항의 규정에 의하여 세무서장으로부터 국세결손처분을 받은 채무자에 대한 채권(저당권이 설정되어 있는 채권은 제외한다)을 규정하고 있다.

(2) 상법 제64조(상사시효)는 상행위로 인한 채권은 본법에 다른 규정이 없는 때에는 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성하나 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다고 규정하고 있고, 민법 제163조 제3호는 3년의 단기소멸시효로서 도급받은 자의 공사에 관한 채권을 규정하고 있으며, 민법 제168조 제2호는 소멸시효의 중단사유로 압류를 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 1989.1.5 청구법인은 1989.10.1～1991.3.31까지 쟁점토지상에 OOOOO을 149억원에 신축하는 도급계약을 청구외 OO과 체결하고 신축공사를 진행하는 중인 1991.3.15 그 신축공사대금의 지급을 담보하는 취지로 쟁점토지상에 채권최고액을 10억원으로 하여 1순위로 근저당권을 설정하고 액면금액 2억원의 약속어음 공정증서를 교부받았으나 1991.9월 도급자 청구외 OO의 어음부도로 인하여 그 때까지의 공사대금 3,768,581,238원을 지급받지 못하자 1991.11.5 쟁점토지에 대한 근저당권채무를 40억원으로 하여 수원지방법원 여주지원에 임의경매를, 1992.8.24 액면금액 2억원의 약속어음 공정증서에 의하여 쟁점유체동산에 대한 강제경매를 각각 신청하고 1992.8.26(1993.4.28) 쟁점토지를 946,030,000원에, 1994.2.4 쟁점유체동산을 312,200,000원에 각각 경락받은 사실이 도급계약서, 등기부등본, 경매기일통지서 등 관련기록에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점유체동산에 대한 경매대금 배분계산일인 1994.3.9 현재 청구법인이 청구외 OO으로부터 지급받을 공사대금이 3,010,520,868원(쟁점공사미수금)인 사실, 위 쟁점공사미수금이 쟁점유체동산의 취득원가가 아니라는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 달리 다툼이 없다.

(3) 청구법인은 쟁점토지와 쟁점유체동산을 경락으로 취득하여 OOOOO 신축공사를 다시 진행하는 중인 1996.3.25 여주군수로부터 OOOOO을 당초 오피스텔에서 OOOO콘도미니엄(관광숙박업)으로 변경하는 사업허가를 받아 1996.8.13 청구외 OO레져산업(주)에게 쟁점토지가액을 1,030,000,000원, 쟁점유체동산가액을 4,540,000,000원으로 하여 쟁점토지와 쟁점유체동산을 양도하고 1996년 결산시 쟁점토지의 취득원가는 999,994,180원, 쟁점유체동산의 취득원가는 3,355,035,203원으로 각각 회계처리한 후 1996사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하였으며, 청구법인이 결산시 회계처리한 쟁점유체동산의 취득원가는 쟁점공사미수금, 청구법인이 당초 경락받은 가액(312,200,000원), 기타 공사비(32,214,335원)로 구성되어 있음이 관련기록에서 확인된다.

(4) 청구외 OO의 주소지 관할인 반포세무서장은 1997.3.27 청구외 OO의 체납세액에 대하여 무재산을 이유로 최종적으로 결손처분한 사실이 세입결손결의서에 의하여 확인된다.

라. 판단

(1) 쟁점공사미수금의 소멸시효완성일이 언제인지에 대하여 살펴본다.

전시한 민법 제163조 제3호, 제168조(소멸시효의 중단사유) 제2호, 제178조에 의하면 소멸시효기간이 3년인 도급받은 자의 공사에 대한 채권의 소멸시효는 압류에 의하여 중단되었다가 그 압류절차가 종료하면 다시 새로이 시효가 진행된다 할 것인바, 청구법인이 OOOOO의 신축공사대금인 쟁점공사미수금을 회수하기 위하여 쟁점토지와 쟁점유체동산에 대한 경매신청(95타경3050)을 하자 수원지방법원 여주지원이 1992.9.1 쟁점유체동산을 압류함에 따라 쟁점공사미수금의 소멸시효는 쟁점유체동산 경매대금에 대한 배분완료일인 1994.3.9까지 중단되었다가 1994.3.10부터 새로이 그 시효기간이 진행하므로 소멸시효기간이 3년인 쟁점공사미수금은 1997.3.9 그 소멸시효가 완성한다 할 것이다.

(2) 청구법인이 쟁점유체동산의 취득원가로 계상한 쟁점공사미수금을 대손금으로 보아 손금산입할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 법인세법 제9조 제3항, 제17조 제1항, 같은 법시행령 제12조 제2항 제8호, 제21조, 같은 법시행규칙 제9조 제2항 등을 종합하면 대손금의 형태는 그에 대응한 청구권이 법적으로 소멸된 경우와 법적으로는 소멸되지 아니하였으나 채무자의 자산상황, 지급능력 등에 비추어 자산성의 유무에 대하여 회수불능이라는 회계적 인식을 한 경우로 구분할 수 있으며 전자는 당연히 회수할 수 없게 된 것이므로 법인이 이를 대손으로 회계처리를 하건 안하건 간에 그 소멸된 날이 속하는 사업년도의 손금으로 산입되는 것이고 후자는 채권 자체는 그대로 존재하고 있으므로 법인이 회수불능이 명백하게 되어 대손이 발생했다고 회계상의 처리를 하였을 때에 한하여 세무회계상 당해 사업년도의 손금에 산입할 수 있다(대법원87누0465, 1988.9.27. 선고 같은 뜻).

(나) 위 사실관계에 의하면, 청구법인은 쟁점유체동산을 경락으로 취득하여 양도하였으므로 쟁점유체동산의 취득원가는 그 경락대금 312,200,000원에 기타 공사비 32,214,335원을 합한 344,414,335원임에도 쟁점공사미수금을 그 취득원가에 포함시켜 1996사업년도 결산을 하였는바, 청구법인이 청구외 OO의 소유인 쟁점토지와 쟁점유체동산에 대한 경매를 신청하여 1994.3.9 최종적으로 경매대금을 배분받은 사실, 1997.3.27 반포세무서장이 청구외 OO에 대한 체납세액을 무재산을 이유로 결손처분한 사실을 종합하여 보면 쟁점공사미수금은 1997사업년도에 회수불능이 객관적으로 명백하게 되었다고 봄이 타당하고 설사 청구법인의 주장과 같이 1996사업년도에 대손사유가 발생하였다 할지라도 쟁점공사미수금을 1996사업년도의 손금으로 산입하기 위하여는 청구법인이 쟁점공사미수금을 1996사업년도의 대손금으로 회계처리해야 하나 청구법인은 쟁점공사미수금을 쟁점유체동산의 취득원가로 회계처리하였을 뿐이고 대손금으로 회계처리한 사실이 없으므로 1996사업년도 소득금액계산상 쟁점공사미수금을 대손금으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.