가. 청구인은 OOO(이하 “일반주택”이라 한다)를 1999.3.24. 청구인의 배우자와 공동으로 취득(각 1/2 지분)하여 2016.11.24. 양도하고, 1세대 1주택인 고가주택의 양도로 보아 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나.처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사결과, 청구인이 1999.1. 14. 취득하여(1999.1.14. 매매를 원인으로 소유권이전등기되었으나, 청구인은 1996.2.14. 청구인의 4남 OOO로부터 상속받았다고 주장) 2016.4.12. 동일 세대원인 청구인의 3남 OOO에게 증여한 OOO 주택(면적 62.36㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)이 「소득세법 시행령」제155조 제7항 제3호의 귀농주택에 해당하지 않는다고 보아 일반주택의 양도에 대한 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하여 2018.1.5. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2018.3.6. 이의신청을 거쳐 2018.7.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 일반주택 양도 당시 쟁점주택은 「소득세법」제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제7항의 귀농주택에 해당하므로 일반주택은 1세대 1주택에 해당한다.

(가) 처분청은 귀농주택과 그 밖의 주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대의 구성원인 갑이 동일 세대원인 을(갑의 자녀)에게 해당 귀농주택을 증여한 후 그 밖의 주택을 양도하는 경우 「소득세법 시행령」제155조 제7항에 따른 비과세 특례 규정의 적용은 당초 귀농주택을 취득한 증여자 갑을 기준으로 판단하는 것으로 보았으나, 이는 1세대 1주택 비과세 여부를 판단하는 경우 적용할 해석상의 원칙일 뿐, 귀농 여부 및 귀농주택의 취득 시기를 판단하는 이 건에 확장하여 적용할 수는 없고, 일반주택 양도일 현재 쟁점주택 소유자인 OOO가 쟁점주택을 취득한 2016.4.12.을 기준으로 귀농주택 해당 여부를 판단하여야 하고, 이는 실질과세의 원칙에도 부합한다.

(나) 「소득세법」제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제7항 제3호의 귀농주택 해당 여부는 ① 1세대 2주택, ② 귀농주택 해당 여부의 순서로 판단하여야 하는바, ① 일반주택 양도일인 2016.11.24. 현재 청구인과 OOO로 구성되는 1세대가 보유한 주택은 쟁점주택과 일반주택으로 총 2채이고, ② OOO는 2016.4.12. 귀농을 위해서 쟁점주택을 취득하였으므로 이를 기준으로 귀농주택 여부를 판단하여야 한다.

(다) 청구인의 3남인 OOO는 1982.6.9. 출가하여 2016.3.7.에 이르기까지 35년 동안 OOO과 별도의 세대를 이루어 OOO에서 독립적으로 거주해왔고, 2016.3.7. 정년퇴임 이후 부친을 봉양하기 위해 OOO으로 귀농하여 쟁점주택을 취득하게 된 것이다.

OOO가 35년 동안 별도의 세대를 이루어 독립적으로 생활해왔음에도 불구하고 오로지 쟁점주택 취득일보다 약 37일 먼저 전입신고를 하였다는 것만을 이유로 OOO를 청구인과 동일 세대원으로 취급하는 것은 실질관계를 도외시한 처사라고 할 수밖에 없고, OOO가 지난 60여년간 거주해온 OOO을 떠나 귀농하기 위하여 OOO으로 이주하여 쟁점주택을 취득했다는 것은 부정할 수 없는 사실임에도 전입신고일이 쟁점주택취득일에 앞선다는 이유만으로 귀농주택 요건 충족을 부정하는 것은 형식적인 법해석으로 실질관계를 무시하는 처사이다.

(라) 쟁점주택 취득은 「소득세법」제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제7항 제3호의 귀농주택 요건을 충족한다.

1) OOO가 쟁점주택을 취득한 2016.4.12.를 기준으로 「소득세법 시행령」제155조 제7항 제3호 및 제10항의 요건을 검토하면, ① 연고지 규정은 2016.2.17. 개정으로 삭제되었고 OOO는 2016.3.7. 귀농하였으므로 해당 규정은 이 건에 적용되지 아니하고, ② 쟁점주택은 2016년 개별주택 가격확인서에 의하면 OOO원으로 확인되므로 고가주택에 해당하지 아니하며, ③ 쟁점주택의 대지면적은 등기부등본상 569㎡로 660㎡ 미만이고, ④ 농지의 면적은 등기부등본상 OOO 대 336㎡[공부상 대지이나 위성사진 및 2018.6.20.자 농업경영체등록 확인서 등에서 실제는 참깨를 경작하는 전(田)]로 1,000㎡ 이상의 농지를 소유하는 자가 해당 농지소재지에 있는 주택을 취득한 것에 해당한다.

쟁점주택의 취득 당시 세대원으로는 OOO의 배우자인 OOO이 있으나, OOO은 재직증명서에서 확인되는 바와 같이 OOO에서 직장을 다니고 있어 부득이한 사정으로 이사를 하지 못하는 경우에 해당하므로 세대전원이 이사하여 거주한 것으로 인정된다.

2) 한편 처분청의 의견처럼 청구인이 쟁점주택을 취득한 1999.1.14.를 기준으로 「소득세법 시행령」제155조 제7항 제3호 및 제10항의 요건을 검토하면, ① 청구인의 주민등록초본에 의하면 청구인은 1998.8.3.부터 일반주택의 양도일인 2016.11.24.까지 19년간 쟁점주택에 거주하였으므로, 양도일 현재 귀농주택에 주민등록을 이전하여 거주를 개시한 날로부터 5년 이상 거주하였음이 인정되고, ② 쟁점주택은 2016년 개별주택 가격확인서에 의하면 OOO원으로 확인되므로 고가주택에 해당하지 아니며, ③ 쟁점주택의 대지면적은 등기부등본상 569m2로 660m2 미만이고, ④ 농지의 면적은 등기부등본상 OOO 336㎡[공부상 대지이나 위성사진 및 2018.6.20.자 농업경영체등록 확인서 등에서 실제 참깨를 경작하는 전(田)]로 1,000㎡ 이상의 농지를 소유하는 자가 해당 농지소재지에 있는 주택을 취득한 것에 해당한다.

세대전원이 이사하여 거주하여야 하는 요건에는 귀농 후 언제까지 세대원 모두가 이사하여 거주하여야 한다는 규정은 없고, 요건 충족을 판단하는 기준시점은 일반주택의 양도일로 보아야 하므로, 이 건 일반주택 양도일인 2016.11.24. 당시에 청구인의 처 OOO은 이미 2013년부터 질병치료를 받기 시작하여 2016년 8월 대장암말기(복합대장암) 판정을 받아 2016.12.9. 사망하였으므로 이는 부득이한 사정으로 이사를 하지 못한 경우에 해당하여 세대전원이 이사하여 거주한 것으로 인정되어야 할 것이다.

3) 이상의 내용을 종합하면, OOO의 2016.4.12. 쟁점주택 취득은 물론 청구인의 1999.1.14. 쟁점주택 취득도 「소득세법」제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제7항 제3호의 귀농주택에 관한 요건을 충족하였으므로, 일반주택을 양도하는 경우에 있어서 쟁점주택은 주택 수에서 제외되는 귀농주택이라고 할 것이다.

(마) 처분청은 피상속인인 OOO의 쟁점주택 전입일이 1995.7.10.이고, 사망일이 1996.2.14.이므로 쟁점주택은 피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 주택에 해당하지 아니하므로 「소득세법 시행령」제155조 제7항 제1호의 적용대상에도 해당하지 아니한다는 의견이나, 피상속인의 보유기간과 상속인의 보유기간을 합산하는 것이 일반적이다.

(2) 쟁점주택은 「소득세법」제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제2항의 상속주택에 해당한다.

(가) 처분청은 쟁점주택의 건물이 건축물대장 및 등기사항전부증명서상 1948년 사용승인되어 1999.1.5. 매매를 등기원인으로 1999.1.14. 청구인에게 소유권이전등기가 이루어진 것이 확인되고, 청구인이 제출한 부동산매매계약서상 쟁점주택의 건물의 양도인인 OOO과 양수인인 청구인이 부동산매매계약서를 작성한 것으로 확인되므로 쟁점주택의 건물은 「소득세법」제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제2항의 상속주택으로 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점주택의 건물은 청구인의 4남 OOO가 사망함에 따라 청구인이 쟁점주택의 대지 및 토지 등과 함께 상속받은 것이다.

청구인의 4남 OOO는 1992.7.8. OOO으로부터 쟁점주택의 대지와 건물을 함께 매수하여 그곳에서 거주하면서 인근토지에서 농사를 짓다가 1996.2.14. 사망하였다. 청구인은 쟁점주택의 대지 및 인근토지에 대해서 1996.2.14. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 1998.10.15. 소유권이전등기를 하였으나, 쟁점주택의 건물에 관하여는 건축물관리대장만 존재하고 등기부등본은 존재하지 아니하였기에 행정절차상 1999.1.14. 이전 소유자인 OOO의 명의로 소유권보존등기를 한 다음 같은 날 청구인이 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기한 것이다. 즉 처분청이 상속주택을 부정하는 근거로 제시한 사정들은 당시 쟁점주택의 건물에 관한 등기부등본이 존재하지 아니하였기 때문에 행정절차상 청구인 명의의 소유권이전등기를 하기 위해서 형식상 불가피하게 이루어진 것에 불과하므로 쟁점주택은 「소득세법」 제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제2항의 상속주택에 해당한다.

(나) 「소득세법」은 1세대 1주택의 범위나 특례 등을 규정함에 있어 세대원 개개인의 주택 소유를 서로 구분하여 달리 취급하지 않고 1세대가 보유하고 있는 전체 주택수를 기준으로 하고 있는바, 청구인이 생계를 같이하는 동일세대원으로 쟁점주택을 상속받았다거나,상속받은 쟁점주택을 동일 세대원인 3남에게 증여하였다고 해도 청구인의 세대는 동일한 숫자의 주택을 보유하고 있을 뿐이므로, 쟁점주택은 같은 법 시행령 제155조 제2항의 특례적용을 받는 상속주택으로 보아야 한다.

(3) 쟁점주택은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의4의 농어촌주택에 해당하므로 쟁점주택은 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아야 한다.

(가) 조특법 제99조의4의 과세특례를 받기 위한 농어촌주택의 요건은 ① 2003.8.1.～2017.12.31. 기간 중 1채의 주택을 취득할 것, ② 「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍, 면 또는 대통령령으로 정하는 동에 소재하는 주택일 것, ③ 대지면적이 660㎡ 이내이고 주택의 연면적이 150㎡ 이내일 것, ④ 주택 및 이에 딸린 토지의 가액의 합계액이 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것, ⑤ 주택을 3년 이상 보유할 것(다만 농어촌주택의 3년 이상 보유요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 과세특례를 적용) 등이다.

(나) 쟁점주택은 ① 청구인의 3남인 OOO가 2016.4.12. 청구인으로부터 증여로 취득하여 현재까지 보유하고 있고, ② OOO에 소재하고 있으며, ③ 쟁점주택의 대지면적은 569㎡, 주택의 연면적은 62.36㎡이고, ④ 쟁점주택의 건물과 토지에 대한 취득당시의 개별주택가격(기준시가)은 OOO원이며, ⑤ 쟁점주택을 3년 이상 보유하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 과세특례규정이 적용(다만 양도 후 3년간 사후관리대상으로 3년 이내에 쟁점주택 양도시에는 감면받은 세액을 추징)되어 조특법상 농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정의 요건을 모두 충족하고 있다. 따라서, 일반주택의 양도시 쟁점주택은 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주택은 「소득세법 시행령」제155조 제7항에 의한 귀농주택에 해당되지 아니한다.

(가) 귀농주택과 그 밖의 주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대의 구성원인 갑이 동일 세대원인 을(갑의 자녀)에게 해당 귀농주택을 증여한 후 그 밖의 주택을 양도하는 경우 「소득세법 시행령」제155조 제7항에 따른 비과세 특례 규정의 적용은 당초 귀농주택을 취득한 증여자 갑을 기준으로 하는 것(국세청 법령해석과-2696, 2017.9.25.)이므로, 이 건의 경우 비과세 특례 규정의 적용은 당초 쟁점주택을 취득한 증여자인 청구인을 기준으로 판단하여야 한다.

(나) 청구인의 귀농일인 1999.1.14.(등기접수일)을 기준으로 쟁점주택의 귀농주택 해당 여부를 검토하면 쟁점주택은 ‘세대전원 이사’ 및 ‘본적지 또는 연고지 소재’ 요건을 충족하지 않아 귀농주택에 해당하지 않는다.

귀농주택과 관련한 비과세 입법 취지는 귀농을 활성화하기 위하여 ‘세대 전원’이 귀농 주택에 거주하면서 귀농생활을 하는 경우에 일반주택 양도시 비과세특례가 적용된다는 것이나, 청구인은 귀농일인 1999년부터 일반주택 양도일인 2016년까지 17년 동안 홀로 쟁점주택에 거주한 반면, 배우자는 같은 기간 일반주택에 거주하여 세대전원이 쟁점주택에 이사하여 거주한 사실이 없다.

「소득세법 시행령」제155조 제7항과 제10항에는 ‘세대전원’이 이사하여 거주하는 경우(세대의 구성원 중 일부가 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖의 부득이한 사유로 이사하지 못하는 경우 포함)를 귀농주택 요건으로 규정하고 있다.

양도소득세 비과세 판정의 단위가 ‘세대’이고 「소득세법 시행령」 제155조 제10항에서 '세대전원'이 이사하여야 한다고 규정하고 있으므로, 원칙적으로 ‘세대전원’이 ‘귀농일’에 함께 귀농하여야 하나 세대원이 함께 귀농할 수 없는 부득이한 사유가 있는 경우에 한하여 그 예외를 인정할 수 있는바(국세청 재일 46014-1431, 1996.6.14., 심사양도2004-7130, 2005.3.21.), 배우자가 부득이한 사유 없이 1999년부터 질병 발생 전인 2013년까지 장기간 농촌으로 합가하지 않고 홀로 도시 생활을 하였던 점을 감안할 때 배우자가 귀농의사가 있었지만 2013년부터 질병치료 때문에 귀농할 수 없었다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.

한편 2016.2.17. 이전에 귀농주택을 취득한 경우 귀농주택은 양도인의 본적지 또는 연고지에 소재하거나, 귀농주택 취득일 이전에 양도인이 5년 이상 거주한 사실이 있어야 하나(재일46014-1761, 1999. 9.30. 및 심사 양도 99-2402, 1999.10.8.), 쟁점주택 소재지는 청구인의 본적지나 연고지에 해당하지 않고 주민등록상 귀농 이전에 5년 이상 거주한 사실이 없으므로 연고지 요건 또한 충족하지 않는다.

(다) 또한, 청구인은 청구인이 아닌 OOO를 기준으로 귀농주택 해당여부를 판단하여야 한다고 주장하나, 이는 결과적으로 한 세대의 구성원이 동일한 주택으로 각각 귀농할 수 있다는 것으로 비과세의 판정단위가 ‘개인’이 아니 ‘세대’라는 점과 「소득세법 시행령」 제155조 제10항에서 귀농주택의 요건을 “세대전원이 이주하여 거주할 것”으로 규정하고 있는 점 등을 감안할 때 타당하지 아니하고, OOO의 ‘세대전입’ 및 ‘쟁점주택의 수증’이라는 사건은 세대 구성원의 변경과 세대원간 주택 소유권의 변동을 의미할 뿐, 증여행위 전·후 세대의 주택 보유수에 영향을 미치지 아니하고, 동 증여행위가 귀농을 목적으로 다른 세대로부터 주택을 취득하는 본질적인 ‘귀농행위’와 관련이 있다고 할 수 없으므로 쟁점주택이 청구인의 취득을 기준으로 비과세 요건을 충족하지 않는다면, OOO가 동일세대로 전입하고 쟁점주택을 세대원간 증여하였다고 하여 비과세 특례를 새롭게 적용할 수 없다 할 것이다.

(라) 피상속인인 OOO의 쟁점주택 전입일이 1995.7.10.이고, 사망일이 1996.2.14.이므로 쟁점주택은 피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 주택에 해당하지 아니하므로 「소득세법 시행령」제155조 제7항 제1호의 적용대상에도 해당하지 않는다.

(2) 쟁점주택은 「소득세법 시행령」제155조 제2항에 의한 상속주택에 해당되지 아니한다.

(가) 쟁점주택은 1948년 사용승인되어 ‘1999.1.5. 매매’를 등기원인으로 1999.1.14. 소유권이전되었고, 청구인이 제출한 부동산매매계약서에는 양도인이 OOO, 양수인이 청구인으로 나타나며, 청구인은 쟁점주택이 사실상 상속된 주택이라고 주장하나, 상속주택이라는 사실이 객관적인 증거에 의해 입증되지 않는다.

(나) 거주자가 상속받은 주택과 그 밖의 주택을 국내에 각각 1개씩 소유하다가 상속받은 주택을 배우자에게 증여하고, 그 밖의 주택을 양도하는 경우 배우자에게 증여한 주택은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항의 규정이 적용되지 않는 것인바(국세청 부동산거래관리과-1068, 2010.8.17.), 쟁점주택도 동일세대인 OOO에게 증여한 이상 더 이상 상속주택에 해당하지 아니하여 「소득세법 시행령」제155조 제2항의 특례적용을 받을 수 없다.

또한, 쟁점주택을 상속주택이라고 가정하더라도, OOO의 확인서에 의하면 청구인과 4남이 쟁점주택에서 실질적으로 생계를 같이 하던 중 4남의 사망으로 쟁점주택을 상속받은 것이 되므로 쟁점주택은 동일 세대원으로부터 상속받은 주택으로서, 「소득세법 시행령」제155조 제2항에서 규정하는 ‘주택수에서 제외하는 상속받은 주택’에 해당하지 않는다.

(3) 쟁점주택은 조특법 제99조의4의 농어촌주택에 해당하지 아니하여 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 볼 수 없다.

(가) 조특법 제99조의4의 과세특례를 받기 위한 농어촌주택의 요건은 “1세대”가 2003.8.1.～2017.12.31. 기간 중 농어촌주택을 취득하여야 하는데, 청구인 세대의 농어촌주택의 취득시점을 청구인 주장과 같이 청구인이 OOO에게 증여한 2016.4.12.로 볼 수는 없고, 청구인이 쟁점주택에서 OOO와 실질적으로 생계를 같이하던 중 OOO의 사망으로 쟁점주택을 상속받았다고 진술하고 있으므로 쟁점주택은 동일세대원으로부터 상속받은 주택으로 청구인 세대의 쟁점주택 취득시점은 OOO의 취득시점인 1992.7.8.로 보아야 할 것이며, 동일세대원으로부터 상속받은 주택이 아니라고 하더라도 청구인이 쟁점주택을 상속받은 1996.2.14.로 보아야 할 것이다.

(나) 따라서 청구인 세대의 쟁점주택 취득시점은 2003.8.1. 이전으로 조특법 제99조의4의 농어촌주택의 요건을 충족하지 못하며, 이는 「소득세법 시행령」제155조 제7항에 의한 귀농주택에 해당하는지에 대하여 “세대”를 기준으로 판단한 것과 같은 논리이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점주택이 농어촌주택으로서 「소득세법 시행령」제155조 제7항의 귀농주택에 해당하는지 여부

② 쟁점주택이 「소득세법 시행령」제155조 제2항의 상속주택에 해당하는지 여부

③ 쟁점주택이 「조세특례제한법」제99조의4의 농어촌주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

(3) 소득세법 시행령

제155조【1세대 1주택의 특례】

② 상속받은 주택(조합원입주권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다)과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당한다. 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 밖의 지역중 읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)과 그 밖의 주택(이하 이 항 및 제11항부터 제13항까지에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)

3. 영농 또는 영어의 목적으로 취득한 귀농주택

⑩ 제7항 제3호에서 "귀농주택"이라 함은 영농 또는 영어에 종사하고자 하는 자가 취득(귀농이전에 취득한 것을 포함한다)하여 거주하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 연고지에 소재할 것

2. 제156조의 규정에 의한 고가주택에 해당하지 아니할 것

3. 대지면적이 660제곱미터이내일 것

4. 영농 또는 영어의 목적으로 취득하는 것으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가. 1,000제곱미터이상의 농지를 소유하는 자가 당해 농지의 소재지(제153조 제3항의 규정에 의한 농지소재지를 말한다)에 있는 주택을 취득하는 것일 것

나. 기획재정부령이 정하는 어업인이 취득하는 것일 것

5. 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 거주할 것

⑪ 귀농으로 인하여 세대전원이 농어촌주택으로 이사하는 경우에는 귀농후 최초로 양도하는 1개의 일반주택에 한하여 제7항 본문의 규정을 적용한다.

⑫ 제7항의 규정을 적용받은 귀농주택 소유자가 귀농일(귀농주택에 주민등록을 이전하여 거주를 개시한 날을 말한다)부터 계속하여 3년이상 영농 또는 영어에 종사하지 아니하거나 그 기간동안 해당 주택에 거주하지 아니한 경우 그 양도한 일반주택은 1세대 1주택으로 보지 아니하며, 해당 귀농주택 소유자는 3년 이상 영농 또는 영어에 종사하지 아니하거나 그 기간동안 해당 주택에 거주하지 아니하는 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 3년의 기간을 계산함에 있어 그 기간 중에 상속이 개시된 때에는 피상속인의 영농 또는 영어의 기간과 상속인의 영농 또는 영어의 기간을 통산한다.

제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

(4) 소득세법 시행규칙

제71조【1세대 1주택의 범위】

③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대전원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다)를 말한다.

1. 「초ㆍ중등교육법」에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 「고등교육법」에 따른 학교에의 취학

2. 직장의 변경이나 전근 등 근무상의 형편

3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4. 「학교폭력예방 및 대책에 관한 법률」에 따른 학교폭력으로 인한 전학(같은 법에 따른 학교폭력대책자치위원회가 피해학생에게 전학이 필요하다고 인정하는 경우에 한한다)

제72조【1세대 1주택의 특례】

⑦ 영 제155조 제8항 및 같은 조 제10항 제5호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 제71조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다)를 말한다.

⑧ 제7항에 해당하는지의 확인은 재학증명서, 재직증명서, 요양증명서 등 해당 사실을 증명하는 서류에 따른다.

⑨ 제7항을 적용할 때 제71조 제3항 각 호의 사유가 발생한 당사자 외의 세대원 중 일부가 취학, 근무 또는 사업상의 형편 등으로 당사자와 함께 주거를 이전하지 못하는 경우에도 세대원이 주거를 이전한 것으로 본다.

제73조【농어촌주택】① 영 제155조 제10항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 연고지”란 귀농주택 소재지에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자의 가족관계등록부의 최초 등록기준지이거나 5년 이상 거주한 사실이 있는 곳을 말한다.

1. 영농 또는 영어에 종사하고자 하는 자와 그 배우자

2. 제1호에서 규정한 자의 직계존속

(5) 조세특례제한법

제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2017년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍·면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역

3) 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역

4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

나. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액( 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

② 삭제

③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍·면 또는 연접한 읍·면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

⑤ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제1항 및 제4항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

⑦ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료, 국세청 전산자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인의 4남 OOO는 주민등록표 최초 작성일(1969.4.11.)부터 계속 OOO에서 거주하다가 1995.7.10. 쟁점주택에 전입하였고, 1996.2.14. 사망하였다.

OOO는 1992.7.8. OOO으로부터 쟁점주택이 소재하는 OOO 대 569㎡를 취득하였고, 쟁점주택 인근토지 중 1필지(같은 리 583-5 대 207㎡)는 1995.10.6. OOO으로부터 취득하였으며, 나머지 2필지OOO는 1996.1.30. OOO으로부터 취득하였으며, 쟁점주택(사용승인 1948년 4월, 건축물대장상 소유자 OOO)은 1999.1.14. OOO에게 소유권보존등기되어 같은 날 청구인에게 매매를 원인으로 소유권이전되었다.

(나) 청구인은 OOO에게 등기된 위 토지 전부를 1996.2.14. 상속받았고, 1998.8.3.부터 쟁점주택으로 전입하였다. 한편 청구인의 배우자는 계속 OOO에서 거주하다가 1999.4.9. 일반주택에 전입하여 2016.12.9. 사망하였다.

(다) 청구인은 1999.3.24. 일반주택를 취득하고, 2016.11.24. OOO원에 양도하였다.

(라) 청구인의 3남 OOO는 주민등록표 최초 작성일(1969.4.11.)부터 계속 OOO에서 거주하다가 2016.3.7. 쟁점주택에 전입하였고, 청구인은 2016.4.12. 쟁점주택과 인근토지를 모두 OOO에게 증여하였다.

(2) OOO가 작성한 확인서의 주요 내용은 다음과 같다.

(3) 청구인은 일반주택을 1세대 1주택(고가주택)으로 보고 2017.1.25. 양도소득세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였으나, 처분청은 일반주택 양도일 현재 청구인과 OOO는 동일세대이고 청구인은 일반주택을, OOO는 쟁점주택을 보유하여 1세대 2주택에 해당한다고 보아 1세대 1주택 적용을 배제하여 아래 <표>와 같이 이 건 양도소득세를 경정한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 양도소득세 비과세 판정의 단위가 ‘세대’이고 「소득세법 시행령」 제155조 제10항에서 ‘세대전원'이 이사하여야 한다고 규정하고 있음을 감안할 때, 귀농주택과 일반주택을 1개씩 소유하고 있는 1세대의 구성원인 갑이 동일 세대원인 을(갑의 자녀)에게 해당 귀농주택을 증여한 후 일반주택을 양도하는 경우 당초 귀농주택을 취득한 증여자 갑을 기준으로 특례적용 여부를 판단하는 것이 합리적이라 할 것인바, 이 건의 경우 증여자인 청구인을 기준으로 쟁점주택은 청구인의 연고지에 소재하지 아니하고, 세대전원 이사 요건을 충족하지 아니한 것으로 보이므로 같은 법 시행령 제155조 제7항 제3호 및 제10항의 귀농주택에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

또한, 피상속인인 OOO의 쟁점주택 전입일이 1995.7.10.이고, 사망일이 1996.2.14.이므로 쟁점주택은 피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 주택에 해당하지 아니하므로 같은 법 시행령 제155조 제7항 제1호의 상속주택에도 해당하지 않는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「소득세법 시행령」 제155조 제2항은 1세대 1주택을 보유하여 양도소득세가 과세되지 않게 되어 있는 자가 그의 의사나 선택에 의하지 아니하고 상속이라는 사유에 의하여 1세대 2주택이 되게 된 경우에 상속 전에 보유하던 주택에 대하여 비과세의 혜택을 부여함으로써 본의 아니게 1세대 2주택이 됨으로써 양도소득세의 비과세혜택이 소멸됨으로 인한 불이익을 구제하자는 데에 그 취지가 있다고 할 것인바, 청구인은1996.2.14. OOO로부터 상속받은 쟁점주택과 그 후에 취득한 일반주택을 소유하다가 상속받은 쟁점주택을 동일세대원인 OOO에게 증여하고 일반주택을 양도한 경우로, 이 때의 쟁점주택은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항이 적용되지 않는 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 조특법 제99조의4의 농어촌주택의 요건은 “1세대”를 기준으로 적용함을 감안할 때, 쟁점주택의 취득시기를 OOO가 최초 취득한 1992.7.8. 또는 청구인이 상속받은 1996.2.14.로 봄이 상당하므로 농어촌주택등 취득기간에 해당하지 않는 점, 청구인은 OOO를 기준으로 쟁점주택이 조특법상 농어촌주택의 요건을 갖추었다고 주장하나, 조특법 제99조의4의 농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정은 농어촌주택에 대해 도시민도시자금의 농어촌유입을 촉진하고 한계농지의 효율적 이용을 도모하기 위한 목적으로 도입된 제도로 취지상 청구인이 쟁점주택을 일반주택보다 먼저 취득한 후 동일세대원인 OOO에게 증여하고 일반주택을 양도한 경우까지 당해 농어촌주택에 포함된다고 보기는 어려운 것으로 판단된다(조심 2018중72, 2018.4.10. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.