가.청구인은 1973.12.28. 취득한 OOO외 5필지 4,611.52㎡(888-2 대지 149㎡, 888-3 전 129㎡, 888-7 대지 466㎡, 888-14 전 2,076㎡ 및 건물 178㎡, 889-4 대지 774㎡ 및 단독주택 839.52㎡, 이하 “쟁점외부동산”이라 한다)와 같은 곳 901-2 전 1,488㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2006.10.20. 주식회사 OOO에게 양도가액 5,530,397,000원에 양도하고, 2006.12.31. 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 쟁점농지가 「조세특례제한법」제69조에 의한 8년 이상 자경농지에 해당된다 하여 양도소득세 감면한도인 1억원을 감면신청하고 양도소득세 1,101,695,420원을 납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점농지 양도당시 근로소득자로서 근로소득이 발생하고 있고, 근로소득이 발생하기 이전에도 쟁점농지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 「조세특례제한법」제69조소정의 8년 자경농지로서의 양도소득세 감면을 배제하고, 2009.1.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 114,303,980원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.2. 이의신청을 거쳐, 2010.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1973.12.28. 취득하여 보유하던 쟁점농지 소재지 인근에서 태어나 인근 초·중·고교를 졸업하였으며, 특히 고등학교는 OOO고등학교 농업과를 다니면서 수업전·후를 이용하여 쟁점농지를 실제로 자경하였으며, 농사를 짓기 위하여 대학진학을 포기하였고, 1982.8.5. OOO시청 공무원으로 임용되기 전까지는 부모님과 함께 거주하면서 직접 농사를 지었으며, 공무원으로 임용된 후에도 출근하기 전인 새벽에 경운기 등을 이용하여 농지를 경작하였음이 같은 마을주민의 사실확인서에 의하여 확인되며, 1984.2.26. 결혼 한 후 1988.6.23. 분가한 이후에도 부친의 질병으로 청구인이 경작을 할 수 밖에 없었음이 관련증빙에 의하여 확인되는데도 쟁점농지의 양도시점에 청구인이 근로소득자라는 이유로 쟁점농지에 대한 8년 자경 감면을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점농지 보유기간 중에 고등학교 재학중이었고, 군복무도 마쳤으며, 1982.8.5.부터 OOO시청 공무원으로 재직하면서 계속하여 근로소득이 발생한 자로서 농업 외 타 직업에 전념하며 간접적으로 경작한 자에 불과하고, 쟁점농지를 직접 경작하였다는 사실을 입증할 만한 직접적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 청구인이 쟁점농지에서 농작물 경작에 상시 종사하거나 농작업의 2분의1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작하였다고 보기 어려우므로 「조세특례제한법」제69조 소정의 8년 자경농지로서의 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 양도소득세 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였다고 보아 「조세특례제한법」제69조 소정의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.4.28. 법률 제7949호로 개정되기 전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령(2006.10.26. 대통령령 제19714호로 개정되기 전의 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지.(단서생략)

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점농지의 부동산 등기부등본에 의하면, 쟁점농지는 청구인이1973.12.26. ‘매매’를 등기원인으로 취득하여2006.10.20. ‘신탁’을 등기원인으로 하여 OOO부동산신탁주식회사에 소유권 이전등기하였다가, 2008.10.30.‘매매’를 등기원인으로 하여 주식회사 OOO에 소유권 이전등기를 하였음이 확인되며, 2006.5.4. 청구인과 주식회사 OOO간에 체결된 쟁점농지의 부동산 매매계약서에 따르면, 청구인은 쟁점농지를 비롯한 6필지를 양도가액 55억4,160만원으로 매매계약을 체결하였으며, 쟁점농지의 양도가액은 13억7,250만원임이 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점농지의 양도에 대하여 2006.12.31. 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 쟁점농지가 「조세특례제한법」제69조 소정의 8년 이상 자경농지에 해당한다 하여 감면한도인 1억원을 감면신청하였으나, 처분청은 청구인이 1982.8.5.부터 재직한 OOO사무소 및 OOO시청으로부터 근로소득이 발생하고 있으므로쟁점농지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 감면세액을 배제하고, 청구인에게 이 건 양도소득세를 고지하였음이 확인된다.

(3) 청구인은 1973.12.28. 취득한 쟁점농지를 2006.10.20. 양도할 때까지 직접 경작하였다며,OOO외 2명의 경작사실확인서, 고교졸업증명서, 농지원부, 청구인 및 부친의 주민등록초본 등의 자료를 제출하였으am로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인이 제출한 OOO 외 2인OOO의 경작사실확인서에 의하면 청구인은쟁점농지 소재지인 OOO에 거주하며 1970년대부터 직접 경작을 하였으며, 고교시절에도 새벽에 경운기 등으로 농지를 갈고 하교 후에도 쟁점농지를 직접 경작하였다는 취지의 확인내용이 기재되어 있다.

(나) 2008.12.9. OOO고등학교장이 발행한 졸업증명서에 의하면 청구인은 1976.2.20.까지 농업과 3년의 과정을 졸업하였음이 확인되며, 청구인은 당시 농업고등학교에서는 농번기에 농사일을 한 경우 결석처리도 하지 않았으며, 3학년 1학기 중반부터는 등교하지 않아도 실습으로 인정하여 농사에 전념하도록 하였다고 주장하고 있다.

(다)2009.11.27. OOO지방병무청장이 발행한 청구인의 병적증명서에의하면, 청구인은 1978.2.18. 육군이병으로 입영하여 1979.3.14.전역하여 보충역을 필한 것으로 확인되며, 청구인은 OOO지역에서 방위병으로 복무하면서 1일 근무 2일 휴식 하는 근무형태로 군 복무기간중에도 쟁점농지를 자경하였다고 주장하고 있다.

(라) 2006.1.19. OOO장이 발행한 농지원부에 의하면, 최초작성일자는 1991.4.1.로 되어 있고 청구인은 쟁점농지 외에 아래와 같이 6필지의 토지를 보유하고 있으며 재배작물은 벼와 채소인 것으로 기재되어 있다.

<표> 농지원부상 청구인의 소유농지 현황

OOO

(마) 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인은 OOO번지에서 출생하여 약 40년 동안 계속 거주하고 있으며, 부친은 1979년 전입한 이래 5개월을 제외하고 2002.1.23. 사망시까지 동일한 주소지에 주소를 두고 있었음이 확인된다.

(바)쟁점농지로부터 청구인의 주소지까지의 거리는 100m이내이며, 공무원 임용시 최초 근무지인 OOO사무소까지의 거리는 1.5km, OOO시청까지의 거리는 7.2km 정도인 것으로 확인된다.

(사) 이외에도 청구인은 부친(2002.1.23 사망)이 1970년대부터 지병을 앓고 있었다며 1999.1.27.이후부터 OOO 등의 치료기록을 제출하였으며, 이에 따라 청구인이 쟁점농지를 자경하였다고 주장하고 있다.

(4) 이상의 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지 인근에서 태어나 인근 농업계 고등학교까지 졸업하였고, 고교재학중에도 수업전·후를 이용하여 쟁점농지를 경작하였으며, 1982.8.5. OOO 공무원으로 임용되기 전까지 8년 이상 쟁점농지를 직접 경작하였다고 주장하나, 청구인이 쟁점농지를 취득한 1973년도에 청구인은 고등학교 1학년에 재학중(1976년 졸업)이었고, 쟁점농지 소유기간 중 군복무기간(78.2～79.3)이 포함되어 있어 쟁점농지를 자경할 여건이 아니었다고 보이며, 이후 1982년에 OOO시청 공무원으로 입직하여 25년간 재직하면서 계속하여 근로소득이 발생한 점으로 보아 청구인이 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력을 투입하는 방법에 의하여 8년 이상 쟁점농지를 직접 경작하였다고 인정하기는 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점농지의 양도에 따른 소득에 대하여 「조세특례제한법」제69조 소정의 8년 이상 자경농지로서의 양도소득세감면을 배제한 처분은달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.