청구인은 서울특별시 광진구 OO동 OOOOO 대지 100.5㎡ 및 단독주택 73.62㎡(이하 “구주택”이라 한다)를 88.3.28 취득하여 3년이상 거주하다가 91.6.3 구주택을 멸실하고 그 지상에 다가구주택(5가구 169.9㎡로서 이하 “쟁점다가구주택”이라 한다)을 91.11.11 신축준공하여 94.3.31 청구외 OOO 1인에게 양도한 후 95.5.30 쟁점다가구주택 양도에 대한 양도소득과세표준확정신고를 하면서 쟁점다가구주택 169.9㎡중 청구인이 거주한 부분 55.14㎡에 대하여는 양도소득세 비과세 대상으로 보고 나머지 부분 114.76㎡에 대한 양도소득세로 10,105,770원을 자진납부하였고, 그 후 쟁점다가구주택양도의 경우 전체가 비과세대상이라는 이유로 95.6.30 기 납부한 양도소득세(10,105,770원)에 대한 환급을 요구하는 감액수정신고를 하였으며 동 수정신고에 대하여 처분청에서 결정통지가 없자 95.12.15 심사청구를 거쳐 96.4.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 구주택(단독주택)을 취득하여 3년이상 거주하다가 이를 멸실하고 쟁점다가구주택을 신축 준공하여 양도하였으므로 대지부분은 양도소득세 비과세대상이며 건물부분은 건축 증가면적부분에 대하여만 과세대상으로 보아야 한다.

나. 국세청장 의견

쟁점다가구주택의 면적은 지층 57.4㎡, 1층 57.4㎡, 2층 55.1㎡이고 용도는 5가구가 거주하도록 구분되어 있고, 청구인은 2층 55.1㎡에만 거주하고 나머지는 임대하였음에는 다툼이 없는 이 건의 경우 쟁점다가구주택은 5주택에 해당됨이 명백하며 청구인이 거주하지 아니하고 임대한 나머지 4주택 부분 및 전체 건물면적에 대한 임대주택 면적비율에 해당하는 토지면적은 1세대 1주택 비과세요건을 적용할 수 없으므로 청구주장 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건에 대하여 본안 심리를 할 것인지 여부

② 1세대 1주택의 비과세요건을 갖춘 상태에서 구주택을 멸실하고 쟁점다가구주택(5가구)을 신축한 후 그 중 1가구에서는 2년 4개월간 거주하였으나 나머지는 임대에 공하다가 쟁점다가구주택 전체를 1인에게 양도한 경우 양도소득세 비과세대상인지 여부

나. 쟁점①에 대하여

(1) 국세기본법 제55조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있고 심사청구에 대한 결정에 이의가 있거나 결정을 받지 못한 경우에는 심판청구를 할 수 있다고 되어 있다.

(2) 청구인의 이 건 불복청구 경위를 보면, 청구인이 쟁점다가구주택을 양도한 후 95.5.30 양도소득 과세표준확정신고시 납부한 양도소득세 10,105,770원에 대하여 95.6.30 환급을 요구하는 감액수정신고를 하였으나 처분청의 결정통지가 없자 95.12.15 심사청구를 거쳐 96.4.6 심판청구를 하였는데 96.9.2 처분청에서 청구인에게 당초 확정신고 내용대로 결정한다는 감액수정신고에 대한 환급거부통지를 하였다.

(3) 위와같이 이 건 심판청구일인 96.4.6에는 처분청의 처분이 없었으나 96.9.2 처분청에서 청구인에게 확정결정통지(환급거부통지)를 하여 96.10.25 심리일 현재에는 처분이 존재하므로 이 건에 대하여 본안 심리를 함이 타당하다고 판단된다. (국심 96전 420, 96.6.21 같은 뜻임)

다. 쟁점②에 대하여

(1) 관련 법령

소득세법 제5조(94.12.22 전면개정 이전의 것) 제6호 자목에서 『대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득』에 대하여는 양도소득세를 비과세하는 것으로 규정하고 있고

동법시행령 제15조(94.12.31 전면개정 이전의 것) 제1항에서 『법 제5조 제6호 자목에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다.』라고 규정하고 있으며, 같은조 제11항에서 『제1항의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택의 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 기간을 통산한다』라고 규정하고 있다.

한편, 다가구주택에 관한 종전규정인 소득세법시행령 제15조 제5항 제2호(93.12.31 개정분)에서는 다가구주택을 공동주택으로 규정하여 각 가구를 각각 하나의 주택으로 보도록 되어 있었으나 95.12.30 대통령령 제14860호로 신설된 소득세법시행령 제155조(1세대 1주택의 특례) 제15항에서 『제154조 (1세대 1주택의 범위) 제1항의 규정을 적용함에 있어서 총리령이 정하는 다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나, 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다.』고 규정하고 있으며, 동 신설규정은 96.1.1 이후 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용하는 것으로 동시행령부칙 제1조 및 제8조 제2항에 규정되어 있는 바, 이와같이 다가구주택의 경우 95.12.31 이전 양도분이라 하더라도 과세관청에서 96.1.1 이후에 양도소득금액을 결정하는 경우에는 단독주택으로 보아 1세대 1주택 양도에 해당하는지 여부를 판단하는 것임을 알 수 있다.

(2) 사실관계 및 판단

첫째, 청구인이 쟁점다가구주택을 취득하여 양도한 사실관계를 보면, 청구인은 당초 서울특별시 광진구 OO동 OOOOO 소재의 구주택(대지 100.5㎡, 단독주택 73.62㎡)을 88.3.28 취득하여 1세대 1주택의 상태에서 가족과 함께 3년 2개월간 거주하다가 91.6.3 구주택을 멸실하고 그 지상에 91.11.11 쟁점다가구주택(5가구 169.9㎡)을 신축 준공한 후 동 주택중 1가구(55.14㎡)에서 2년 4개월간 거주하다가 94.3.31 청구외 OOO 1인에게 쟁점다가구주택전체를 양도하였음이 등기부등본등 관련 증빙서류에 의해 확인되고 있어 청구인이 구주택을 멸실할 당시에는 1세대 1주택의 양도소득세 비과세요건을 갖춘 상태에 있었다.

둘째, 쟁점다가구주택양도에 대한 처분내용을 보면 앞의 처분개요에서 본 바와같이 청구인이 쟁점다가구주택을 양도한 후 95.5.30 양도소득과세표준확정신고시 납부한 양도소득세 10,105,770원에 대한 환급을 요구하는 감액수정신고를 95.6.30 하였는데 처분청에서는 95.11.9 청구인의 당초 확정신고가 정당하다고 내부결정을 하고 96.9.2 청구인에게 위 환급요구를 거부하는 확정결정통지를 하였다.

셋째, 이 건의 경우 쟁점다가구주택 양도소득금액에 대한 처분청의 결정일을 언제로 볼 것인가를 보면, 양도소득세는 정부결정세목으로서 과세관청이 과세표준과 세액을 결정하여 소득세법 제128조의 규정에 의하여 납세자에게 통지할 의무가 있고 통지가 있어야 조세채무가 확정되며 처분의 효력이 발생되는 것이라 할 것이므로(대법원 87누267, 90.4.27 같은뜻임) 쟁점다가구주택 양도소득금액의 결정일은 처분청에서 청구인에게 최초로 확정결정통지한 96.9.2로 보아야 할 것이다. (재정경제원 재산 46014-155, 96.4.1, 국세청 재일 46014-641, 96.3.11 같은뜻임)

넷째, 1세대1주택의 양도에 대한 그 간의 재무부·국세청 예규와 대법원판례, 당심의 선결정례 등의 취지를 보면 주택의 신·증축시 증가된 건물부분면적은 과세 대상이 되나(증가된 부분에 대하여 비과세요건을 충족한 경우에는 물론 비과세 됨) 토지와 건물, 기존건물과 증축건물이 각기 독립적으로 과세대상 물건이므로 주택의 부속토지가 기왕에 이미 비과세요건이 충족된 경우에는, 이를 새로이 비과세대상에서 제외할 규정이 있지 아니한 것으로 보고 있음을 알 수 있다. (국심 95서 305, 95.3.24 같은 뜻임)

위 사실들을 종합하여 보면, 쟁점다가구주택의 경우 94.3.31 양도하였다 하더라도 처분청에서 양도소득금액을 결정한 날이 96.9.2이므로 이러한 경우 95.12.30 신설된 소득세법시행령 제155조(1세대1주택의 특례) 제15항 및 동시행령부칙 제1조, 제8조 제2항의 규정에 의하여 쟁점다가구주택을 단독주택으로 보도록 되어 있는바, 따라서 구주택에 관하여 비과세 되는 “1세대 1주택” 요건을 갖춘 상태에서 쟁점다가구주택의 신축·양도는 건물부분의 증가분 96.28㎡ (169.9㎡-73.62㎡)에 대하여는 비과세요건을 갖추지 못하였으므로 과세해야 할 것이고, 토지부분 100.5㎡는 구주택에 따른 비과세한도(73.62㎡×5=368.1㎡) 이내이므로 과세대상이 아니라 할 것이다. (국심 95서 305, 95.3.24 같은뜻임)

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.