가. 청구인은 1981.4.15. 미국으로 해외이주한 자로 2001.7.23. OOO아파트(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득하여 2009.5.28. 양도한 후 「소득세법」제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조의 규정에 의한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정의 적용 및 같은 법 제95조 제2항 단서규정에 의한 「표1」의장기보유특별공제율 21%를 적용하여 2009.7.31. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다

나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 등에 대한조사를 실시하여 양도차익을 OOO원, 장기보유특별공제율 21%를 적용하여 2011.7.1청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 이 후 2011.9.27.청구인은 대법원 판결(2009두21147, 2011.7.14.)에 따라 청구인이 비거주자라 하더라도 1세대 1주택 양도의 경우, 장기보유특별공제도 「소득 세법」제95조 제2항 단서의 56% 공제율을 적용하여야 한다 하여 이미 신고·납부한 세액에서 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은기획재정부(재재산-962, 2008.12.10.) 및 국세청(서면4팀-1532, 2008.6.25.)의 기존해석에 변동사항이 없음을 이유로 2011.12.7. 경정청구를 거부하였다

라. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

구 「소득세법」제121조 제2항에서 비거주자의 양도소득에 대하여 ‘거주자와 동일한 방법으로 과세한다.’라고 함은 소득금액과 과세표준 및 세액 등을 산정함에 있어 거주자와 동일한 방법을 적용해야 한다는 의미이므로 양도소득금액 산정시 공제되는 항목인 장기보유특별공제액의산정도 거주자와 동일한 방법을 적용해야 하며, 비거주자도 1세대 1주택의 요건을 갖출 수 있으므로 구 「소득 세법」제95조 제2항 단서 규정은 비거주자에게도 그대로 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

「소득 세법」제95조 제2항은 장기보유특별공제액은 당해 자산의 보유기간이 3년이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음「표1」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을말한다고 규정하고, 그 단서는 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당자산의 양도차익에 다음「표2」를 적용하도록 규정하고 있다. 또한 전항 단서의 위임을 받은「소득세법시행령」제159조의2는 “1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있으며, 「소득세법 시행령」제154조 제1항은, ‘1세대’를‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’로 정의하고 그 괄호에서 “이하 1세대”라 한다고 규정하고 있어 「소득세법 시행령」제159조의2의 “1세대” 역시 제154조 제1항의 ‘1세대’를 의미하므로 「소득 세법」제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액 적용에 있어 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택’ 해당하는 경우에는 특별히「표2」의 공제율을 적용하도록 하고, 여기서 ‘1세대’는 「소득세법 시행령」제159조의2 및 제154조 제1항에 따라 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’를 의미하는 것이므로비거주자인 청구인에게는 「소득 세법」제95조 제2항 단서가 적용되지 아니하는 것이므로청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1세대 1주택으로서장기보유특별공제의 경우 비거주자에게도 거주자에게 적용되는 「소득 세법」제95조 제2항「표2」의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음「표1」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음「표2」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

「표1」

「표2」

구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 당해 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 당해 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의 3부터 제156조의 5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다.

소득세법 (2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 후의 것) 제121조【비거주자에 대한 과세방법】① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 해당 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 그 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.

② 제120조에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의 3부터 제156조의 5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다.

(2) 소득세법 시행령

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」제3조에 따라 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

제159조의 2【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 쟁점주택을 2001.7.23. 취득하여 2009.5.28. 양도한 후, 양도소득세 신고시 「소득세법」 제95조 제2항 단서규정에 의한「표1」의 장기보유특별공제율 21%를 적용하여 공제한 것으로 나타나고 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다.

OOO

(나) 장기보유특별공제에 관한 규정인 「소득 세법」제95조 제2항 본문에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여「표1」에서 규정하는 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고, 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산’의 경우에는 그 자산의 양도차익에「표2」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세를 규정하는 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는가족을 “1세대”로 정의하고 있고, 같은 법 시행령 제159조의2에서 위의“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조, 제155조의2, 제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함)을 말한다.”고 규정하고 있어, 위 규정에 의하면 “1세대”라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족으로 구성된 개념임을 알 수 있다.

또한, 비거주자인 경우 「소득 세법」제95조 제2항 단서를 적용하지 아니하도록 규정한 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 「소득세법」제121조 제2항의 개정취지가 거주자의 주거생활의 안정목적에서 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명백히 하기 위한 것으로 보인다(조심 2010서3583, 2011.7.8. 같은 뜻임).

(2) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 1981년에 미국에 이주한 자로 영주권을 취득한 비거주자인 점, 비거주자는 국내에 1세대를 구성할 수가 없고 나아가 비거주자를 거주자와 동일한 것으로 보아 양도소득세 과세특례규정인「소득세법 」제95조 제2항 단서「표2」에서 규정하는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율을 적용할 수 없게 관련법령이 개정된 점 등을 감안할 때, 쟁점아파트의 양도당시 비거주자인 청구인에게 적용할 장기보유특별공제율은 거주자에게 적용하는「표2」가 아니라「표1」로 보는 것이타당하다 할 것이므로 처분청이「소득세법 」제95조 제2항 단서의「표2」의장기보유특별공제율을 적용하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2011서3548, 2011.11.25. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.