가.청구법인은 2007.1.1.부터 건설(콘도미니엄)업을 영위하는 법인으로서 OOO 29필지 토지 79,174㎡를 주식회사 OOO로부터, 같은 동 210-3 토지2,073㎡를 OOO으로부터 2007.3.26. 매입하여 콘도미니엄을 건축하기 위하여 2007년 제2기부터 2008년 제2기 부가가치세 과세기간까지의기간 중 주식회사 OOO으로부터도시계획관련용역과 관련된 공급가액 6억원 상당의 매입세금계산서를, 재단법인 OOO으로부터 문화재시발굴용역과 관련한 공급가액 6,188만원 상당의 매입세금계산서를 수취하여 관련 매입세액(도시계획 관련 용역 및 문화재시발굴용역 관련 매입세액을 합한 것, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제 하여 청구법인에게 2009.3.9. 부가가치세2007년 제2기분36,931,200원 및 2008년 제1기분 3,627,700원을 경정·고지하고, 2008년제2기 부가가치세 36,446,300원은 환급하지 아니하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 콘도미니엄을 건설하여회원권을 분양하고 관리비를 수수할 예정인 부가가치세 과세사업자로서 문화재시발굴용역 및 도시계획관련 용역은 콘도미니엄 건축허가를 받기 위해서「문화재보호법」과「국토의 계획과 이용에 관한 법률」의 규정에 따라 반드시 이행되어야 하는 선행절차로 이행하여야 하는 토지관련 매입세액이 아닌 건축 관련 매입세액이므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 전액 공제되어야 한다.

나. 처분청 의견

문화재시발굴용역 및 도시계획관련 용역 관련 매입세액은건축허가를 받기 전의 매입세액으로토지의 조성등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액이므로 불공제 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

도시계획영향평가비 및 문화재시발굴용역비를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제17조【매입세액】② 다음 각 호의 매입세액은매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (1993.12.31. 개정)

(2) 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. (2002.12.30. 개정)

1.토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된매입세액(2002.12.30. 개정)

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액 (2002.12.30. 개정)

3.토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는비용에 관련된 매입세액(2002.12.30. 개정)

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되,과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관 면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. (1995.12.30. 단서 신설)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 건축법 제11조【건축허가】② 시장·군수는 제1항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는건축물의 건축을 허가하려면 미리 건축계획서와 국토해양부령으로 정하는 건축물의 용도, 규모 및 형태가 표시된 기본설계도서를 첨부하여 도시사의 승인을 받아야 한다.

2. 자연환경이나 수질을 보호하기 위하여 도지사가 지정·공고한구역에 건축하는 3층 이상 또는연면적의 합계가 1천 제곱미터 이상의 건축물로서 위락시설과 숙박시설등 대통령령으로 정하는 용도에 해당하는 건축물

(4) 국토의 계획과 이용에 관한 법률 제30조【도시관리계획의결정】② 시·도지사는 제24조 제5항에 따라 국토해양부장관이 입안하여 결정한 도시관리계획을 변경하거나 그밖에 대통령령으로 정하는 중요한 사항에 관한 도시계획관리계획을 결정하려면 국토해양부장관과 협의하여야 한다.

(5) 국토의 계획과 이용에 관한 법률 시행령【도시관리계획의 결정】① 법 제30조 제2항에서 “대통령령이 정하는 중요한 사항에 관한 도시관리계획”이라 함은 다음 각호에 해당하는 도시관리계획을 말한다.(단서 생략)

2. 개발제한구역이 해제되는 지역에 대하여 해제이후 최초로 결정되는 도시관리계획

(6) 문화재보호법 제55조【발굴의 제한】① 옛무덤, 조개무덤, 고생물자료, 천연동굴, 그밖에매장문화재가 포함되어 있는 것으로인정되는 토지와 해저는 발굴을 할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 문화재청장의 허가를 받으면 그러하지 아니하다.

2.건설공사(괄호 생략)를 위하여 부득이 발굴할 필요가 있는 경우

② 제1항 단서에 따라매장문화재의 발굴허가를 받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 직접 발굴할 발굴기관과 그 대표자, 조사단장 및 책임연구원을 적은 허가신청서와 구비서류를 갖추어 시장·군수 또는 구청장을 거쳐시·도지사와 문화재청장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청이 제시한 부가가치세 경정결의서 및 부가가치세 환급현지확인복명서를 보면, 처분청은 청구법인이 2007년 제2기 및 2008년 제2기 과세기간 중 OOO건축으로부터 공급가액 6억원 상당의 도시계획관련 용역과 2008년 제1기 및 제2기 과세기간 중 OOO연구원으로공급가액 6,266만원 상당의 문화재시발굴용역에 대한 공급가액에해당하는 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 2007년 제2기부터2008년 제2기까지의 과세기간 동안에 부가가치세 7,700만원을 경정·고지하거나 환급거부 처분한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 문화재시발굴용역비와 도시계획관련 용역비는 부가가치세 신고일 현재 휴양콘도미니엄 사업계획승인 이전상태(사업계획승인신청일 : 2009.2.)로 건물·구축물 등의 건설과 관련된 것이라 볼 수 없고 부지의 조성과 관련된 것으로 토지관련 매입세액이라는 의견이다.

(3) 청구법인이 제시한 심리자료에 의한 우이동 유원지 추진현황은아래 <표1>과 같다.

OOO

(4) 2009.6.3. 청구법인과 OOO연구원이 계약한 ‘용역계약서’를 보면, 용역명은 OOO 유원지 콘도미니엄 개발사업부지발굴(시굴)조사’로, 용역기간은 2008.6.3.～2008.8.4.(조사일수 20일)이고, 조사대상 면적은 18,885㎡로, 과업지시서의 과업범위는 OOO유원지 콘도미니엄 개발사업’ 부지 중 지표조사 결과 시굴조사를 실시해야 할 지역(약 18,885㎡)에 대하여 사업시행 이전에 시굴조사를 실시하여 매장문화재의 부존여부를 확인하고 그 조사 내용을 수록한 조사보고서를 발간하는 과업의 범위로 한다고 기재되어 있다.

(5) 2007.7.3. 청구법인과 OOO건축이 계약한 용역계약서를 보면,사업명은 OOO사업’으로, 용도는 ‘숙박시설및 부대시설’로, 계약의 목적은 OOO 일대를 유원지설치기준에 의한 휴양시설(숙박시설)등으로 개발하기 위한 도시계획시설(변경)결정 수립 업무를 수행하는 데 그 목적이 있다’로, 용역금액은 ‘6억원’으로, 용역기간은 ‘계약착수일로부터 도시계획시설결정(변경)고시 및 지형고시 완료시까지’로 기재되어 있으며, 동 용역의 내용은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(6) 청구법인은 콘도미니엄을 건설하여 회원권을 분양하고 이용객으로부터 관리비를 수수하는 것이 목적사업이므로「부가가치세법」상과세사업에 해당하고, 청구법인이 공급 받은 문화재발굴용역 및도시계획관련 용역(개발구상 및 타당성검토, 도시계획시설 개발 구상 등 각종 영향평가 등)은 토지의 형질 및 형태를 변경시키거나 토지의 가치를 증가시키기 위한 용역이 아니라, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」과「문화재보호법」에 의하여 건축허가를 받기 위해서는 반드시 이행하여야 하는 선행절차로서 실시한 용역이므로콘도미니엄 건설관련 비용이므로 매입세액이 공제되어야 한다는 주장이다.

(가) 문화재청장이 청구법인에게 한 문화재발굴허가서(허가제2008-262호)를 보면, “허가받는 자”는 “청구법인”으로, 허가사항에서“발굴을 필요로 하는 사유”는 “건물신축”으로, “발굴유적명”은 OOO 콘도미니엄 개발사업부지 내 유적”으로 기재되어있다.

(나) OOO연구원의 발굴조사완료보고서(2008.9.8.) 중 출토유물현황을 보면, 금속류 2점, 기와 100여점, 도기 26점, 자기 47점(분청사기/백자/기타) 등 175여점이 출토되었다고 기재되어 있다.

(다) 도시계획시설(유원지) 변경결정 및 세부시설 조성계획결정고시 통보(서울특별시장, 시설계획과-12988, 2008.11.28.)의내용을 보면,「건설부고시」제34호(1968.1.15.)호로 도시계획시설(유원지) 결정된OOO유원지에 대하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조 동법 시행령 제25조의 규정에 의하여 도시계획시설(유원지) 변경 및 세부시설조성계획을 결정하고, 동법 제32조와 「토지이용규제법」제8조 동법시행령 제7조의 규정에 의해 지형도면을 고시한다고 기재되어 있다.

한편, 세부시설조성계획 결정조서 내용은 아래 <표3>과 같다.

OOO

(7) 관련 규정과 사실관계를 살펴보면,「부가가치세법 시행령」제60조 제6항의토지 관련 매입세액은 토지의 조성 등 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의조성 등에 관련된 매입세액이나, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 규정하고 있다.

이 건의 OOO 유원지 세부조성계획 결정조서(서울특별시장) 중 기본 계획에서 회원모집 계획을 보면, 청구법인의 사업은 휴양형 숙박시설과 산악관광박물관, 전시시설 및 부대시설 등을 설치하여이를 “분양” 또는 “회원모집”을 하는 것으로 나타나고,「문화재보호법」에의한 문화재청장이 청구법인에게 한 문화재발굴허가사항을 보면, “발굴을 필요로 하는 사유”가 “건물신축”으로 나타나고, 청구법인은「국토의 계획과 이용에 관한 법률」의 규정에 의하여 건축허가를 위한 일련의 과정 중 도시계획관련 용역(개발구상 및 타당성검토,도시계획시설개발구상 등 각종 영향평가 등)을 제공받은 것으로 나타난다.

종합하여 보면, 쟁점매입세액은 토지의 가치를 증가시키는 목적을지닌 용역비용에 관련된 매입세액으로 보기 보다는 숙박시설의건축·분양 또는 회원모집을 하는 사업에 관련된 매입세액이라고 보는것이 타당하다고 할 것이다. 다만,콘도미니엄 등을 분양하는 경우면세되는 토지 및 과세되는 건물을 함께 분양할 것이므로 「부가가치세법시행령」제61조의 규정에 의하여 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 등에 의하여 매입세액을 과·면세 안분계산 하여 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.