2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 5. 25. ○○시에게 ○○택지조성공사(1단계)에 편입된 별지1 목록기재 각 토지를 대금 434,653,800원에 협의매도하고, 2004. 7. 6. 피고에게 양도소득세 예정신고액으로 45,009,698원을 자진 납부하였다.

나. 그 후 원고는 2004. 12. 21. 피고에게, 별지1 목록 기재 제1 내지 5토지가 대규모 개발사업에 편입된 농지로서 비과세 대상에 해당된다는 이유로 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였다.

다. 이에 대하여 피고는 2004. 12. 28. 별지1 목록 기재 제1 내지 5토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역에 편입된 지 3년이 지난 농지이고, 도시계획은 대단위 개발사업과 무관하여 조세특례제한법시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항 제1호 단서에서 규정한 농지에 해당되지 않아 양도소득세 감면대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 한편 피고는 2005. 12. 22.경 별지1 목록 기재 제2토지가 양도일 현재 자연녹지에 편입되었고 원고가 8년 이상 농지 소재지에 거주하면서 자경한 농지에 해당한다는 이유로, 별지1 목록 기재 각 토지에 대한 양도소득세 산출세액 50,010,775원 중 위 제2토지에 해당하는 10,167,740원을 감면하는 경정결정을 하였다. 그 결과 산출세액에서 위 감면액과 예정신고납부 세액공제 3,984,303원을 뺀 나머지 결정세액은 35,858,732원이 되었다. 그렇게 되자 피고는 2005. 12. 29.경 원고에게 예정신고액 45,009,698원에서 결정세액을 뺀 나머지 금액 9,150,960원(9,150,966원이나 원 미만은 버리고 계산하였다)과 이에 대한 가산금 436,680원을 합한 9,587.640원에 대한 환급통지를 하였고, 원고는 2006. 1. 5. 이를 수령하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1 내지 5, 제11호증의 1, 2, 제12호증, 을 제1호증, 제2호증의 1내지 7, 제3 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고가 별지1 목록 기재 각 토지 중 제1, 3토지를 1981. 2. 19.부터, 제4, 5토지(이하 제1, 3 내지 5토지를 합하여 이 사건 각 토지라 한다)를 1973. 6. 6.부터 각 ○○시에 양도한 2004. 5. 25.까지 자경함으로써, 이 사건 각 토지는 양도일 현재 원고가 8년 이상 농지 소재지에 거주하며 자경한 농지에 해당된다. 그리고 ○○공업기지개발사업은 시행지역 안의 토지 소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 100만㎡ 이상인 경우에 해당하는데, 이 사건 각 토지는 위 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행이나 보상지연으로 주거지역에 편입된 후 3년이 지났다. 따라서 조세특례제한법시행령 제66조 제4항 제1호 단서의 규정에 따라 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액이 감면되어야 한다. 그럼에도 불구하고 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지2 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 지목이 전 또는 답인 이 사건 각 토지 중 제1, 3토지를 1981. 2. 19.부터, 제4, 5토지를 1973. 6. 6.부터 각 ○○시에 양도한 2004. 5. 25.까지 위 각 토지에서 벼, 고구마, 두충, 콩 등의 농작물을 재배하였다.

(2) 구 산업기지개발촉진법(1978. 12. 5. 법률 제3136호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조의 규정에 의거 1974. 4. 1. 건설부 고시 제92호와 1976. 12. 31. 건설부 고시 제218호로 이 사건 각 토지를 포함하여 985만평의 토지가 산업기지개발구역의 하나인 ○○공업기지로 지정되었다. 이어서 전라남도지사는 건설부장관으로부터 산업기지개발 기본계획을 조정 또는 수립한다는 통첩이 오자, 1977. 1. 19.경 ○○시 등에 기본계획에 반영하고자 하는 사항이 있으면 그 자료를 제출하라고 통지하였다.

(3) 그런데 이 사건 각 토지는 1977. 4. 18. 건설부 고시 제69호로 구 도시계획법에 따른 ○○도시계획결정에 의하여 주거지역에 편입되었다. 한편 전라남도지사는 1992. 12. 30. ○○시 ○○동 ○○○ 일원 1,782,289㎡에 대하여 ○○국가산업단지 개발사업(○○지구 택지개발) 실시계획에 대한 승인을 받아 고시하였는데, 이 사건 각 토지가 수용할 토지에 포함됨으로써 개발사업지역으로 편입되었다.

[인정근거] 위에서 든 증거, 갑 제4호증의 1 내지 5, 제5, 7호증, 제9, 10호증의 각 1,2, 제14호증, 제15호증의 1, 2, 을 제7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1)농지가 소재하는 시 · 군 · 구 안의 지역에서 8년 이상 거주하면서 농지를 경작한 자가 농지를 양도한 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 그러나 양도일 현재 특별시 · 광역시 · 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2002. 12. 31.까지는 도시계획법)에 의한 주거지역 · 상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 제외된다.

(2) 위 인정사실에서 본 바와 같이, 1974. 4. 1.과 1976. 12. 31.에 이 사건 각 토지를 포함한 985만평의 토지를 ○○공업기지로 지정하는 고시가 이루어졌지만, 산업기지 개발촉진법에 의거 산업기지개발지역으로 지정된 토지에 대하여는 구 도시계획법(1979. 4. 17. 법률 제3165호로 개정되기 전의 것) 제4조의 규정이 준용됨에 따라 일정한 행위 등이 제한될 뿐이고, 주거지역 · 상업지역 또는 공업지역으로 편입되는 것은 아니다. 결국 이 사건 각 토지는 1977. 4. 18.에 이르러서야 구 도시계획법에 의한 주거지역으로 지정되었고, 그로부터 3년이 경과한 후에 원고가 이 사건 각 토지를 양도 하였다. 따라서 이 사건 각 토지는 조세특례제한법 제69조 제1항 본분, 조세특례제한법시행령 제66조 제4항 제1호 단서의 규정에 해당되지 않아서, 본문의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상 농지에서 제외되어 양도소득세를 감면받을 수 없으므로 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하고 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

부동산 목록

1. ○○시 ○○동 922 답 2,790㎡

2. ○○시 ○○동 1,046 전 1,646㎡

3. ○○시 ○○동 1,067 답 1,524㎡

4. ○○시 ○○동 920 전 2,337㎡

5. ○○시 ○○동 995 전 1,177㎡

6. ○○시 ○○동 489-2 도로 53㎡

7. ○○시 ○○동 853 묘지 221㎡ -끝-

관계법령

○조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것)

제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[농지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우 에는 3년이상] 계속하여 직접 경작한 토지로소 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액 부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로소 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2002. 12. 11., 2003. 12.30.>

② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. <신설 2002. 12. 11.>

③제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○조세특례제한법 시행령(2005.02.19 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면<개정 2001. 12. 31>)

①법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.<신설 2001. 12. 31.,2002. 12. 30.,2003. 12. 30.>

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

①법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 농업·농촌기본법 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다.<신설 2002. 12. 30>

③법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금"이라 함은 농산물의생산자를 위한직접지불제도시행규정 제3조의2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다.<신설 2003. 12. 30.>

④법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로소 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.<개정 2002. 12. 30.,2003. 12. 30.>

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농북합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의계획및이용에 관한법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당 하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연 으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

○조세특례제한법시행규칙

제27조(농지의 범위 등)

③영 제66조 제3항 제1호 나목에서 "재정경제부령이 정하는 규모"라 함은 100만제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택법에 의한 대지조성사업 의 경우에는 10만제곱미터로 한다.<개정 2002. 3. 30., 2003. 3. 24., 2003. 12. 15.>

○구 산업기지개발촉진법(1978. 12. 5. 법률 제3136호로 개정되기 전의 것)

제5조(산업기지개발구역의 지정 등)

①건설부장관은 중화학공업을 집중적으로 추진하기 위하여 필요한 지역을 관계부처의장과 협의한 후 국무회의의 심의를 거쳐 대통령의 승인을 얻어 산업기지개발지역(이하"기지개발구역"이라 한다)으로 지정한다. 기지개발구역을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 그러하지 아니하다.<개정 1975. 12. 31.>

②건설부장관은 제1항의 규정에 의하여 기지개발구역을 지정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 고시하여야 한다.

③제1항의 규정에 의하여 지정된 기지개발구역에 대하여는 도시계획법 제4조의 규정 을 준용한다.

제6조(산업기지개발기본계획의 수립)

①건설부장관은 제5조의 규정에 의한 기지개발구역의 지정이 있는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 산업기지의 개발에 관한 기본계획을 수립하여야 한다.

②건설부장관은 제1항의 규정에 의하여 기본계획을 수립한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 고시하고, 수립된 기본계획 및 도면을 관할시장(서울특별시장·부산시장을 포함한다) 또는 군수에게 송부하여 일반에게 공람시켜야 한다. 수립된 기본계획을 변경할 때에도 도한 같다.<신설 1975. 12. 31.>

○구 도시계획법(1979. 4. 17. 법률 제3165호로 개정되기 전의 것)

제4조 (행위 등의 제한)

①제12조제4항의 규정에 의한 고시가 있은 후에는 도시계획구역 안에서 다음 각호의 1에 해당하는 행위는 시장 또는 군수의 허가 없이 이를 행할 수 없다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 행위에 대하여는 그러하지 아니하다.<개정 1972. 12. 30>

1. 토지의 형질의 변경 또는 죽목의 재식이나 토석의 채취

2. 건축물 기타 공작물의 신축·개축 또는 증축이나 이동이 용이하지 아니한 물건의 설치 또는 퇴적

3. 대통령령이 정하는 면적이하로의 토지의 분할

②시장 또는 군수가 전항의 규정에 의한 허가를 하고자 할 경우에 전항 각호의 행위가 도시계획사업에 지장이 있다고 인정할 때에는 미리 당해 도시계획사업의 시행자의 의견을 들어야 한다.<개정 1972. 12. 30>

③시장 또는 군수는 허가를 받지 아니하고 제1항 각호의 행위를 한 자에 대하여 그 토지의 원상회복을 명할 수 있다. -끝-