1) 청구인이 쟁점사업장에서 부동산매매업을 영위하면서 1993년～1996년까지 할인료 등으로 지급한 차입금 지급이자합계 2,646,186,973원을 1996과세연도와 1997과세연도에 발생한 분양수입금액의 비율로 안분하여 1996과세연도와 1997과세연도의 필요경비에 각각 산입하고

2) 쟁점사업장내 건물신축과 관련된 총 공사원가를 공동사업자의 취득당시 토지소유면적 지분비율로 안분하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOOO 대지 785.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 그 대지상에 근린생활시설을 신축·분양하는 사업을 영위하는 자로서 1993.10.1 OO프라자(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 관할세무서장에게 사업자등록을 신청하였다.

청구인은 쟁점사업장에서 부동산매매업을 영위하기 위한 토지를 취득하여 동 지상에 신축한 건물의 1996년 분양수입금액 17,184,692,000원에 대한 종합소득세 984,310,872,000원을 처분청에 신고하였다가 1996년도의 위 분양수입금액에 대응하는 분양원가로서 토지분 12,269,397,000원, 건물분 5,283,195,000원 합계 17,552,592,000원을 과소계상하여 소득금액을 산출하고 이에 따른 종합소득세를 과다신고하였으므로 동 분양원가를 필요경비에 산입하여 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 경정청구를 1998.5.30 처분청에 청구하였다.

이에 대하여 1998.7.28 처분청은 청구인의 위 경정청구가 이유없다는 내용으로 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

청구인은 이에 불복하여 1998.9.25 심사청구를 거쳐 1999.2.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 당초 종합소득세 신고시 쟁점사업장의 토지취득과 관련된 차용어음에 대한 할인이자등 2,646,186,973원(이하 “쟁점차입금지급이자”라 한다)이 매출원가계상에서 누락되었고,

(2) 건물 신축원가를 토지의 소유비율에 따라 안분계산하여야 함에도 공유물분할 면적비율로 잘못 계산하여 1996년분 1,462,806,813원과 1997년분 326,950,450원 합계 1,789,757,263원의 건물신축원가가 과소계상되었음이 확인되어 자진납부한 세액을 환급해 달라는 경정청구를 한 데 대하여, 처분청이 이유없다고 회신함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 1993.10.1 사업자등록을 하고 쟁점사업장의 상가분양이 개시된 1993년 이후 1995년까지는 관련재무제표를 첨부하여 종합소득세 신고등을 하지 아니하였다가 분양수입의 수입시기가 도래한 1996년도에 이르러 당해연도 분양수입 17,184,692,000원에 대한 원가로 토지분 10,211,821,000원과 건물분 3,820,388,000원을 계상한 재무제표를 첨부하여 신고한 반면, 쟁점토지 취득과 관련하여 1993년～1996년의 차용어음에 대한 할인이자로 2,646,186,973원이 발생하였고, 그 중 2,057,576,000원이 1996년 분양분 토지원가에 해당되어 신고소득금액이 부수가 되므로 당초 납부한 984,311,000원은 환급되어야 한다는 청구주장이나, 부동산매매업의 경우 매매용으로 신축한 상가의 부속토지는 사업용 고정자산이 아닌 재고자산에 해당되어 토지에 대한 건설자금이자로 계상할 수 없는 것이어서 자본적지출로 볼 수 없을 뿐만 아니라 분양수입에 대응하는 토지의 분양원가가 될 수 없으며, 청구인은 이 건 관련 경정청구 당시 위 차용어음의 할인이자에 대한 1993년～1996년의 명세만을 제출하였을 뿐 차용어음의 발행자가 누구인지 또는 청구인이 동 차입금을 부채로 계상하고 쟁점토지 취득자금에 사용한 것이라고 인정할 아무런 증빙도 제출한 바 없음은 물론 1996년도와 그 이전 재무제표상에 동 이자를 쟁점사업장의 필요경비로 계상한 사실이 없는 점 등으로 미루어 청구주장은 사실로 인정하기 어렵다.

(2) 건물분에 대한 분양원가는 당초 약정이 배부기준에 우선하고 또한 배부기준에 오류가 있다 하더라도 건물면적기준이 우선할 것이므로 이를 토지면적기준으로 하여 건물분 분양원가를 수정해 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구인의 종합소득세 과세표준과 세액을 계산함에 있어서 쟁점차입금지급이자를 필요경비로 인정할 수 있는지 여부와,

② 건물신축에 관한 공사원가를 토지소유면적의 비율로 안분하여 계산함이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의 2 제1항 제1호에는 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.”고 규정하고 있고,

같은 조 제3항에는 “제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 구소득세법(1995.12.29 법률 제5031호로 개정되기 전의 것) 제27조 제1항은 “부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해 연도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 한다.”고 규정하면서 같은 법 시행령 제55조 제1항 제13호는 “총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자는 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 한다.”고 규정하고 있고

같은 법 제33조 제1항 제10호에는 “거주자가 당해연도에 지급하였거나 지급할 차입금중 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자는 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 이를 필요경비에 산입하지 아니한다.”고 규정하면서 같은 법 시행령 제75조 제1항에는 “법 제33조 제1항 제10호에서 『대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자』라 함은 그 명목여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 매입·제작·건설(이하 이 조에서 『건설』이라 한다)에 소요된 차입금(고정자산의 건설에 소요되었는지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.”고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에는 “제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날까지(토지를 매입한 경우에는 그 대금을 완불한 날까지로 하되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 제공한 경우에는 그 제공한 날까지로 한다) 이를 자본적지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적지출금액에서 이를 차감한다.”고 규정하고 있다.

(3) 같은 법 제43조 제2항에는 “사업자가 자산을 공유 또는 합유하거나 공동으로 사업을 경영하는 경우에는 그 지분 또는 손익분배의 비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 거주자별로 그 소득금액을 계산한다.”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(가) 쟁점①에 대하여 본다.

(1) 청구인이 쟁점사업장에서 부동산매매업을 영위하면서 쟁점차입금지급이자를 지급한 사실이 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

① 청구인이 1993.5.25과 1995.12.2 각각 주식회사 OO고속 및 주식회사 OO건설과 체결한 어음대여약정서와 신탁계약서 및 쟁점토지에 대한 등기부등본 등에 의하면, 차용자인 청구인과 대여자인 주식회사 OO고속 및 주식회사 OO건설은 OO프라자 신축공사의 원활한 진행과 쟁점사업장의 상가신축을 위하여 60억원과 75억원의 약속어음을 대여하여 이를 할인한 자금으로 쟁점토지를 매입함과 동시에 대여자는 쟁점토지에 대하여 근저당권 설정 및 매매예약가등기와 신탁계약에 의한 신탁등기를 하고, 청구인은 관련 할인이자를 지급함과 동시에 어음만기일에 대여금을 전액 상환하기로 약정하였음이 확인된다.

② 부동산매매계약서 등에 의하면, 청구인은 1993.5.27 청구외 OOO 및 OOO으로부터 쟁점사업장내에 있던 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOOO 소재 상가건물을 5,800,000,000원에, 1996.2.22 청구외 OOO으로부터 같은 동 OOOOOOOO 소재 상가건물을 7,000,000,000원에 각각 취득하기로 매매계약을 체결하고 매매대금을 지급하였던 것으로 나타난다.

③ 청구인이 제시한 어음차용증, 어음할인계산서, 이자지급내역서 및 계정별원장 및 관련전표등 입증자료에 의하면, 청구인은 할인이자등으로 합계 2,646,186,973원(1993년 303,552,185원, 1994년 685,378,769원, 1995년 872,814,769원, 1996년 784,441,626원)을 OOOO금융주식회사 등 금융기관에 지급하고 관련장부를 수정하였음이 확인된다.

위 사실들을 종합하여 보면, 쟁점사업장에서 부동산매매업을 영위하기 위하여 차입금으로 쟁점토지를 취득한 이후인 1993년부터 1996년까지 쟁점차입금지급이자가 실제 발생하였다는 청구주장은 그 이유가 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점차입금지급이자가 쟁점사업장의 분양수입금액에 대응하는 필요경비에 해당되는지와 필요경비에 해당된다면 분양수입금액에서 공제하는 방법에 대하여 살펴본다.

① 먼저 이 건 관련법령으로서 전시한 구소득세법 제27조(필요경비의 계산) 제1항에서 사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해 연도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 한다고 규정하면서 같은법시행령 제55조 제1항 제13호는 총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자를 각과세연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 규정하고 있는 바, 위 규정들을 모아보면 거주자가 총수입금액을 얻기 위하여 지출한 비용중 매출원가에 해당하는 차입금지급이자는 수익비용대응원칙이 적용되는 것으로 해석된다.

② 소득세법상 거주자의 각과세연도의 소득금액을 계산함에 있어서 지급이자를 비용으로 인식하는 방법은 차입금으로 취득한 자산의 종류에 따라서 또는 지급이자의 성격에 따라서 달리 분류될 수 있는 바,

사업용고정자산의 매입·제작·건설에 소요된 차입금에 대한 지급이자는 이를 필요경비에 산입하지 않고 자본적 지출로 하여 당해 고정자산의 원본에 가산한 후 당해 고정자산의 내용연수에 따른 감각상각범위액을 필요경비로 산입( 구소득세법 제33조 제1항 제10호)하여 그 차입금지급이자를 비용화하는 반면, 재고자산(부동산매매업자가 판매목적으로 보유하는 부동산등)을 취득하는데 소요된 차입금에 대한 지급이자는 매출액(분양수입금액)에 직접 대응되는 매출원가에 해당하므로 수익비용대응원칙을 적용하여 총수입금액에 대응하는 필요경비로 산입하는 것이 기업회계기준이나 소득세법의 과세체계에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다.

한편, 차입금에 대한 지급이자가 재고자산의 매출원가를 구성하지 않거나 사업용고정자산을 취득하는데 소요된 것으로 볼 수 없는 경우에는 그 차입금에 대한 지급이자의 성격은 영업외비용으로 보는 것이 타당하고, 일반적으로 공정타당한 회계원칙에 의하면 영업외비용은 발생주의에 따라 회계처리하는 것이므로 영업외비용에 해당하는 차입금지급이자는 발생한 날이 속하는 과세연도의 필요경비에 산입하여야 할 것이다.

③ 위에서 본바와 같이 쟁점차입금지급이자는 청구인이 쟁점사업장에서 부동산매매업을 영위하기 위한 대지(쟁점토지)를 차입금으로 취득하면서 지급된 비용이므로 재고자산의 취득에 소요된 차입금지급이자라 할 것이고, 재고자산의 취득에 소요된 차입금지급이자는 매출원가를 구성하는 것이므로 쟁점차입금지급이자의 발생시기에 관계없이 각과세연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 산입하여야 할 것이다.

따라서 이 건의 경우 수익비용대응원칙에 따라 쟁점차입금지급이자(2,646,186,973원)를 쟁점사업장에서 분양수입금액이 최초로 발생한 1996과세연도(분양수입금액 1,71,184,692,133원)와 1997과세연도(분양수입금액 5,196,736,865원)의 분양수입금액비율로 안분하여 위 과세연도의 분양수입금액에 대한 필요경비로 각각 산입한 후 청구인의 이 건 사업소득금액을 계산함이 타당한 것으로 판단된다.

(나) 쟁점②에 대하여 본다.

청구인은 당초 신축상가에 대한 원가배분시 토지의 소유면적 비율에 따라 안분계산하여야 함에도 건물공유분할 면적비율로 잘못 계산하여 원가가 과소계상되었다는 주장에 대하여, 처분청은 건물면적 기준으로 원가를 배분하는 것이 타당하다는 의견인 바, 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인이 제시한 공동개발약정서에 의하면, 공유물은 토지의 면적에 따라 지분을 갖기로 하고, 지상건물의 지상 1·2·3층 및 5층은 청구인이 단독소유하며, 지하 1·4층 및 6～11층은 청구외 OOO가 단독소유하기로 하고 층별, 호별 분양가는 전적으로 건축주인 청구외 (주)OO건설이 결정하며, OO프라자 건물의 신축에 따른 분양·임대수입금액은 각자 향유하고, 건물의 신축·처분에 따른 공사비등 모든 직접비는 각각의 토지면적 지분에 따라 부담하기로 약정하였음이 확인된다.

(2) 청구인이 제출한 종합소득세 신고서 등에 의하면, OO프라자의 취득당시 총토지면적 1,704.50㎡중 청구인 지분면적이 46.08%로서 785.40㎡인 반면, 총건물면적 9,366.39㎡중 청구인 지분면적은 32.80%로서 3,072.14㎡에 불과하나, 실제 원가배분은 분양된 건물부속토지의 총면적을 기준으로 안분하여 청구인의 분양수입금액에 대응하는 공사원가를 배분하였음이 확인된다. 또한 청구인과 청구외 OOO가 쟁점사업장에서 근린생활시설을 신축분양함에 따라 발생한 총분양수입금액 48,770,186,620원을 토지소유지분별로 안분하면 청구인의 토지지분에 해당하는 분양수입금액은 22,381,428,991원(총분양수입금액의 45.9%)이고, 공동사업자인 청구외 OOO의 토지지분(53.921%)에 해당하는 분양수입금액은 26,388,757,622원(총분양수입금액의 54.1%)으로 각각 확인된다.

(3) 일반적으로 상가건물은 각 층별로 이용가치에 차이가 있을 뿐만 아니라 그 이용가치의 차이에 따라 각 층의 분양가격도 차이가 있는 것이고, 상가건물의 공사원가는 토지대금 및 공사비와 기타 설계비등으로 구성되는 점을 감안할 때 그 원가계산은 개별원가방식보다 종합원가계산방식이 합리적이라 할 것으로서 완성된 상가건물은 각 층별로 분리하여 다수인을 상대로 분양하게 되므로 이들 각 층별 단위는 소위 연산품에 해당된다고 볼 수 있으며 판매가격이 상이한 이러한 연산품에 대한 각 층별 제품의 원가는 각층이 분리되기 직전까지 공동으로 발생한 총결합원가를 연산품의 판매가격에 따라 배분하여 산출하는 것이 기간손익계산이나 원가계산의 합목적성에 부합될 뿐만 아니라 기업회계기준에서도 비용은 영업활동의 결과로 발생하는 수익을 창출하는 과정에서 경제적 효익이 희생되었을 때 인식하는 것으로 규정하고 있는 점을 감안할 때, 특별한 경우를 제외하고는 일반적으로 당해 공사원가는 분양수입금액을 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다(같은 뜻 : 국심 98경 261, 1998.3.30).

(4) 그러나, 이 건의 경우 총분양수입금액의 청구인 지분 45.9%와 토지소유면적 지분비율 46.08%가 유사하고, 사전약정에 의하여 쟁점사업장의 건물 신축과 관련된 공사비등 모든 직접비는 토지소유면적을 기준으로 신축상가의 공사원가를 배분하기로 결정한 점, 공동으로 사업을 경영하는 경우에는 그 지분 또는 손익분배의 비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 거주자별로 그 소득금액을 계산함과 동시에 사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해 연도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 하도록 규정한 관련세법의 내용을 감안할 때, 쟁점사업장의 건물신축과 관련된 총공사원가는 공동사업자의 토지소유면적 지분비율에 따라 안분하여 계상하는 것이 합리적이고 타당한 것으로 판단된다.

라. 결 론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.