가. 청구인은 OOO 전 927㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2004.9.10. 취득하였다가 2015.8.20. 양도하고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 ‘자경농지에 대한 양도소득세 감면’을 적용하여 2015.9.30. 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 조특법 제69조의 적용 요건인 ‘8년 이상 자경’ 요건을 충족하지 않았다고 보아 양도소득세 감면 적용을 배제하여 2017.4.10. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였음에도 감면을 배제한 처분은 부당하다.

(1) 청구인은 쟁점토지를 10년 이상 소유하면서 자경하여 왔으며, 기독교 신자로서 농사일이 한가한 때에 틈틈이 교회와 관련된 일을 한 것으로 자경에는 전혀 영향이 없었다.

처분청은 청구인이 교회로부터 2007년 OOO원, 2010년 OOO원의 각 소득을 얻은 것으로 확인하여 조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따라 위 기간을 자경기간에서 제외함에 따라 감면을 부인하여 양도소득세를 과세하였으나, 2010년의 소득은 OOO원에 미치지 못하고 교회가 재정난에 봉착하여 2010.5.24. OOO으로부터 회생개시결정을 받았으며, 미지급급여를 회생채권자목록에 등재하였으나, 교회가 2014.6.23. 파산선고됨에 따라 현재까지 지급받지 못하였는바, 동 기간을 포함시 8년 자경요건을 충족하므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

(2) 8년 자경요건에 소득을 제한하는 규정은 2014년에 개정된 것으로 알고 있는데, 동 법령 개정 이전에 이미 8년 이상 자경요건을 갖추어 양도소득세 감면대상이었던 상황에서 이후 소득제한 규정을 추가함으로 인하여 감면을 배제하는 것은 소급입법에 해당하여 위법이다.

나. 처분청 의견

조특법 시행령 제66조에 따라 8년 자경 감면요건 판단시 근로소득 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간을 경작기간에서 제외하여 과세한 처분은 타당하다.

(1) 8년 자경농지 감면요건 적용시 타 소득이 있는 자의 잦은 불복 등으로 인하여 조특법 시행령 제66조 제14항을 개정하여 사업소득금액과 근로소득 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간은 경작한 기간에서 제외하도록 개정하면서 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였는바, 청구인의 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 2007, 2008, 2010년을 청구인의 자경기간에서 제외하고, 이를 제외할 경우 전체 보유기간 중 자경가능기간이 7년 11월 10일에 해당하므로 8년 자경감면을 배제하여 과세한 처분은 타당하다.

(2) 모든 과세요건과 부과·징수절차를 법률로 규정하는 것이 현실적으로 불가능하기 때문에 시행령 등에 위임하는 것이고, 쟁점법령은 포괄위임이 아닌 개별위임에 해당하며, 소급과세금지는 새로운 세법의 시행 이전에 완결된 과세요건 사실에 대하여 당해 세법을 소급하여 적용하는 것을 금지하는 원칙을 말하는 것인바, 쟁점법령은 2014.2.21. 개정하여 2014.7.1. 시행됨에 따라 쟁점토지의 양도와 관련하여 납세의무가 성립되지 아니한 경우이므로 소급과세라고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(후단 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것)

제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】①법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. <신설 2014.2.21.>

<부 칙>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 2004.9.10. 취득하였다가 2015.8.20. 양도한 후 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2015.9.30. 양도소득세 예정신고를 하였으나, 처분청은 청구인이 ‘8년 이상 자경’요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2017.4.10. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

(2) 처분청이 2016년 11월에 작성한 자경농지 감면 적정여부 검토서에 의하면 청구인은 OOO 등 근로소득자로 2007년 OOO원의 근로소득금액이 확인되어 총 보유기간 10년 11월 중 3년이 제외되어 자경기간 요건을 미충족한 것으로 보아 과세예고 통지한 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 2010년 귀속 근로소득 총수입금액이 OOO원에 미달하므로 동 기간을 8년 자경기간에 포함하여야 한다고 주장하며 제출한 2011.6.8. OOO의 회생계획안에 대한 OOO의 인가결정서OOO에 의하면 2009년 6월부터 2010년 5월까지 미지급급여 및 상여금 합계 OOO원을 회생채권으로 신고한 것으로 나타나고, 2014.6.23. 같은 법원 파산부결정OOO시 파산관재인 OOO가 작성한 채권조사결과표에 의하면 청구인에 대한 공익채권(회생개시전 임금)이 OOO원으로 기재되어 있으며, 파산관재인이 2016.11.15.까지 변제되지 아니하였다고 아래 <표3>과 같이 작성한 확인서를 제출하였다.

(4) 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 조특법 시행령 제66조 제14항에 의하면 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작한 기간에서 제외하도록 관련규정을 신설하면서 부칙에서 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으며, 기획재정부에서 발간한 2013 간추린 개정세법에서 개정이유를 자경농민에 대한 지원 취지에 맞도록 감면요건을 보완하는 것으로 기재하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 법령개정 이전에 8년 이상 자경요건을 갖추어 감면대상에 해당함에도 이후에 신설된 소득제한 규정을 들어 감면을 배제한 것은 소급입법에 해당하여 부당하다고 주장하나, 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1996.10.29. 선고 96누9423 판결 등 같은 뜻임).

거주자의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우그 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외하도록 조특법 시행령 제66조 제14항이 2014.2.21. 신설되었고, 부칙 제1조 단서에서 유예기간을 두어 2014.7.1. 시행되었으며, 동 부칙 제3항에서 동 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인이 소유한 쟁점토지는 2015.8.20. 소유권이전된 것으로 나타나고 있어 동 규정 시행 시점에는 쟁점토지 양도라는 과세요건이 완성되지 아니하여 소급과세금지원칙에 반하는 것으로 볼 수 없으므로 이 부분 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

또한, 청구인은 OOO의 재정난으로 2010년에 수령한 급여가 OOO원에 미달함에도 동 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 관련규정에서 실수령액이 아닌 총급여액 합계액이 OOO원 이상인 과세기간을 경작한 기간에서 제외하도록 규정하고 있는 점, 회생계획인가결정 및 파산선고는 회생채권을 소멸하는 것이 아닌 면제·면책하는 것이므로 당초 근로소득이 발생하지 않았다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이에 대한 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 8년자경 감면을 배제하고 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.